Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F28 I1 R1
|
142 |
96.2 |
3256224 |
98.9% |
3220405 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,212,088 |
(C)8→9 |
intergenic (‑85/+172) |
iraM ← / ← ymgK |
anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 96.5%
| 191.4
/ ‑0.2
| 57 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (32/23); total (33/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.24e-01 |
TATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTT > NC_000913/1211941‑1212214
|
tatGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTa > 2:841620/1‑140 (MQ=255)
gCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑cccc > 1:1329241/1‑140 (MQ=255)
cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑ccccc > 2:936358/1‑140 (MQ=255)
aaaaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑ccccc‑ccc > 2:943877/1‑140 (MQ=255)
caTGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAaaataaa < 2:176635/140‑1 (MQ=255)
aTGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAaaataaat < 2:1329241/140‑1 (MQ=255)
aTGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAaaataaat < 1:943877/140‑1 (MQ=255)
aTGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAaaataaat > 2:380757/1‑140 (MQ=255)
tGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAaatt > 1:321217/1‑140 (MQ=255)
aGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAaattaat < 2:122552/140‑1 (MQ=255)
aGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCCTCCCTCAAAAAAATAaattaat < 1:28408/140‑1 (MQ=255)
gTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAattaatta > 1:1403179/1‑140 (MQ=255)
gTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAattaatta > 1:153854/1‑140 (MQ=255)
aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAaaataaat < 1:1400596/130‑1 (MQ=255)
aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAaaataaat > 2:1400596/1‑130 (MQ=255)
aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat > 2:411006/1‑140 (MQ=255)
aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat > 2:1263924/1‑140 (MQ=255)
aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 1:1500893/140‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:609062/140‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 1:411006/140‑1 (MQ=255)
cGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGc < 2:1403179/140‑1 (MQ=255)
cGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGc > 1:303455/1‑140 (MQ=255)
ttCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTa > 1:598865/1‑140 (MQ=255)
ttCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTa > 2:543866/1‑140 (MQ=255)
cATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTaaa > 1:1027698/1‑140 (MQ=255)
aTTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAg < 2:1434639/140‑1 (MQ=255)
tGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAAt < 2:1324290/140‑1 (MQ=255)
ttATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCa < 1:546601/140‑1 (MQ=255)
ttATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCa > 2:585126/1‑140 (MQ=255)
aTCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAAt < 1:1263924/140‑1 (MQ=255)
tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 2:205353/1‑140 (MQ=255)
cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:1091913/1‑140 (MQ=255)
cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 2:1194724/1‑140 (MQ=255)
cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTAAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:1052915/1‑140 (MQ=255)
ggTATTTAATATGGTTCATTAGAATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGtt > 1:1549926/1‑140 (MQ=255)
atGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATg > 1:1379859/1‑140 (MQ=255)
ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgag > 1:1102607/1‑140 (MQ=255)
ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgag > 1:1155914/1‑140 (MQ=255)
ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgag > 1:1434203/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGTATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 2:60787/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt < 1:884459/140‑1 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 1:668281/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 1:1470389/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 2:399188/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAtt > 2:920748/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGAATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt < 2:1549926/140‑1 (MQ=255)
aGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTtgtg < 2:263075/140‑1 (MQ=255)
ggATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGa < 1:1073463/140‑1 (MQ=255)
gATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATAGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGaa < 2:1153803/140‑1 (MQ=255)
tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAg > 2:1413829/1‑140 (MQ=255)
tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAg > 2:681374/1‑140 (MQ=255)
tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAg > 2:1347505/1‑140 (MQ=255)
tttATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCa > 1:244804/1‑140 (MQ=255)
tttGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGAc < 2:598865/140‑1 (MQ=255)
ttGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACt < 2:153854/140‑1 (MQ=255)
tGCATATGAGTATATTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACtt > 2:1083686/1‑140 (MQ=255)
tataTTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAt > 1:1623184/1‑140 (MQ=255)
tataTTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAt < 2:668281/140‑1 (MQ=255)
tataTTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTAAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAt < 2:1052915/140‑1 (MQ=255)
atatTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAtt < 1:1352810/140‑1 (MQ=255)
tatTACCCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGACTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTTTGAAAGTAATAAATTATTGACTAAGTTTTAGAttt > 2:1134955/1‑140 (MQ=255)
|
TATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCC‑CCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTT > NC_000913/1211941‑1212214
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
