Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F13 I1 R1
|
28 |
562.2 |
19051950 |
96.7% |
18423235 |
140.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,818,550 |
(C)7→8 |
intergenic (‑50/+55) |
chbF ← / ← chbR |
monoacetylchitobiose‑6‑phosphate hydrolase/DNA‑binding transcriptional dual regulator ChbR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,818,543 | 1 | . | C | 97.6%
| 2052.2
/ 38.8
| 503 | intergenic (‑43/+62) | chbF/chbR | monoacetylchitobiose‑6‑phosphate hydrolase/DNA‑binding transcriptional dual regulator ChbR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/5); new base C (244/246); total (252/251) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 |
Only 100 of 563 total aligned reads displayed.
AATTCGCTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑C‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAAC > NC_000913/1818394‑1818687
|
aaTTCGCTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTg > 1:3494523/1‑150 (MQ=255)
aTTCGCTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTGTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑c < 2:3494152/150‑1 (MQ=255)
aTTCGCTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑c < 2:3494113/150‑1 (MQ=255)
cTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑c‑ccccc > 2:3494529/1‑150 (MQ=255)
aCCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑c‑cccccccg > 1:3494538/1‑148 (MQ=255)
aCCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑c‑cccccccg < 2:3493912/150‑3 (MQ=255)
aaTTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑c‑cccc > 2:3494544/1‑140 (MQ=255)
ttCGTGATAACGCGTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACataaa < 2:3494164/150‑1 (MQ=255)
gTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACataaata < 1:3493906/149‑1 (MQ=255)
tGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAaataat < 1:3493564/150‑1 (MQ=255)
tGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAaataat > 1:3494554/1‑150 (MQ=255)
tGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑c‑ccc > 2:3494556/1‑133 (MQ=255)
aaCGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAg > 1:3494567/1‑150 (MQ=255)
aaCGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAg > 2:3494564/1‑150 (MQ=255)
aCGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAg < 2:3493871/149‑1 (MQ=255)
gCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCaa < 2:3494176/150‑1 (MQ=255)
cTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCaa > 1:3494575/1‑149 (MQ=255)
ttAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑c‑cccccccg > 2:3494577/1‑127 (MQ=255)
ataaATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGa < 1:3493962/150‑1 (MQ=255)
taaATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAaataat < 1:3493863/137‑1 (MQ=255)
taaATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGa > 1:3494588/1‑149 (MQ=255)
aaTCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGa > 2:3494591/1‑147 (MQ=255)
tCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGa > 1:3494597/1‑149 (MQ=255)
cTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGatat > 1:3494604/1‑150 (MQ=255)
ccAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑c‑ccccc > 2:3494608/1‑113 (MQ=255)
aGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGaa > 1:3494616/1‑150 (MQ=255)
tAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAg > 2:3494620/1‑139 (MQ=255)
aCTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTg < 2:3494385/149‑1 (MQ=255)
aCTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGt > 1:3494628/1‑150 (MQ=255)
aCTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGt < 2:3494364/150‑1 (MQ=255)
ccGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAg > 1:3494635/1‑150 (MQ=255)
cGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGACTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCa < 2:3494137/148‑1 (MQ=255)
gggTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGt < 2:3494062/149‑1 (MQ=255)
taGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAAc < 1:3494162/149‑1 (MQ=255)
aGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGa > 2:3494642/1‑150 (MQ=255)
gctgctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGAc < 1:3494104/150‑1 (MQ=255)
ctgctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGAc < 1:3494017/149‑1 (MQ=255)
tgctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACt > 1:3494648/1‑149 (MQ=255)
gctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAAAATGACa > 2:3494654/1‑120 (MQ=255)
tCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACt > 1:3494658/1‑150 (MQ=255)
gcccGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTAc < 2:3494226/148‑1 (MQ=255)
cGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGAt > 1:3494666/1‑150 (MQ=255)
cGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGAt < 1:3494205/150‑1 (MQ=255)
gCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAAGTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGAtt < 1:3494145/150‑1 (MQ=255)
caccaATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTaa < 1:3494028/150‑1 (MQ=255)
caccaATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCGGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGa > 2:3494670/1‑110 (MQ=255)
caATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAAtt > 2:3494676/1‑150 (MQ=255)
aaTAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAAt > 2:3494683/1‑148 (MQ=255)
aTAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCa < 1:3494265/150‑1 (MQ=255)
aTAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑C‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAg < 2:3494291/150‑1 (MQ=255)
tAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAg < 1:3494322/150‑1 (MQ=255)
gTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGt < 1:3493755/149‑1 (MQ=255)
gacgacTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGTCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTa < 1:3494179/132‑1 (MQ=255)
cgacTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATAGTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAAtt > 1:3494694/1‑150 (MQ=255)
cgacTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATAtgt > 2:3494693/1‑107 (MQ=255)
acTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTc > 2:3494702/1‑150 (MQ=255)
acTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTc < 1:3494053/150‑1 (MQ=255)
cTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCt < 2:3494327/150‑1 (MQ=255)
ttttAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCACGTATAACGACTTACTGAtt > 1:3494710/1‑132 (MQ=255)
tAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTAc < 1:3494125/149‑1 (MQ=255)
tAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATACAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACg > 2:3494715/1‑118 (MQ=255)
aaTTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACg < 1:3494281/149‑1 (MQ=255)
aTTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGAt < 2:3494208/150‑1 (MQ=255)
ttCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACtaa > 2:3494721/1‑121 (MQ=255)
gCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGctc < 1:3494292/148‑1 (MQ=255)
gCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGctc > 2:3494728/1‑148 (MQ=255)
tCATAATTTATCCATTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑CACCCCCCGGACATAAATCATCCCGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGATATAACGACTTACTGATTaaa > 2:3494734/1‑121 (MQ=255)
cATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAgg > 1:3494740/1‑150 (MQ=255)
aTAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAg < 1:3494460/148‑1 (MQ=255)
tAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGc > 2:3494744/1‑149 (MQ=255)
tAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCg < 2:3494244/150‑1 (MQ=255)
tctcCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCGGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTNACGATAGCTCTTAGGCGTAAAg > 2:3494753/1‑150 (MQ=255)
tctcCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCATAAAg > 1:3494754/1‑150 (MQ=255)
ctcCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCCACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGc < 1:3494546/143‑1 (MQ=255)
tcCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCg < 2:3493973/143‑1 (MQ=255)
tcCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGa > 2:3494760/1‑150 (MQ=255)
ccgtCAGCACAGAATACTGATATCTTGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCtt < 2:3494442/133‑1 (MQ=255)
tCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACg > 2:3494767/1‑124 (MQ=255)
cAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGtt < 1:3494085/148‑1 (MQ=255)
cAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGtt < 1:3494232/148‑1 (MQ=255)
gTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAAtt < 1:3494365/150‑1 (MQ=255)
gTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAAtt < 2:3494276/150‑1 (MQ=255)
gTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAAtt < 2:3494633/150‑1 (MQ=255)
tACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAAttt > 1:3494778/1‑150 (MQ=255)
tACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAAttt > 2:3494775/1‑150 (MQ=255)
aCAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAAtt < 2:3494309/103‑1 (MQ=255)
aaTACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTa > 1:3494786/1‑149 (MQ=255)
tACTGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAAc < 1:3494685/150‑1 (MQ=255)
tGATATCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGtt > 2:3494788/1‑150 (MQ=255)
atatCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGttt < 2:3494345/149‑1 (MQ=255)
atatCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACAGAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGGCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAg < 2:3494097/119‑1 (MQ=255)
tatCTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGtttt > 1:3494795/1‑149 (MQ=255)
cTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGt > 2:3494804/1‑143 (MQ=255)
cTGGCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTtaat > 1:3494805/1‑149 (MQ=255)
gCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTtaataa < 1:3494343/148‑1 (MQ=255)
gCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTtaataa < 1:3494413/148‑1 (MQ=255)
gCATATCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTtaata < 2:3494515/147‑1 (MQ=255)
atatCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATaaacaa < 1:3494386/150‑1 (MQ=255)
atCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATaaacaaac > 1:3494816/1‑150 (MQ=255)
atCTGCC‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATaaacaaa < 2:3494031/149‑1 (MQ=255)
|
AATTCGCTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑C‑CCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAAC > NC_000913/1818394‑1818687
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
