Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F13 I1 R1
|
28 |
562.2 |
19051950 |
96.7% |
18423235 |
140.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,549,342 |
A→G |
T179A (ACT→GCT) |
fimH → |
type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,549,342 | 0 | A | G | 99.5%
| 2502.3
/ ‑4.3
| 587 | T179A (ACT→GCT) | fimH | type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/0); new base G (301/283); total (304/283) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 592 total aligned reads displayed.
TGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGCAGATGCGGGCAAC > NC_000913/4549196‑4549488
|
gACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCctgctg < 1:9067193/149‑1 (MQ=255)
aCGCCTGTGAGCAGGGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTgg < 1:9067219/149‑1 (MQ=255)
gCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTggcgg > 1:9067545/1‑150 (MQ=255)
tgtgAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCt < 1:9067105/149‑1 (MQ=255)
aGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGAt > 1:9067552/1‑150 (MQ=255)
gTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTggc > 1:9067561/1‑137 (MQ=255)
gTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGtt < 1:9067179/149‑1 (MQ=255)
gggcgggGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGc < 1:9066700/150‑1 (MQ=255)
cgggGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCg > 1:9067570/1‑150 (MQ=255)
gTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAt > 2:9067574/1‑150 (MQ=255)
tGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATg < 1:9067016/150‑1 (MQ=255)
gATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGATTATTTTGCAACAGACCAACAACTATAACAGAGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCAc > 1:9067585/1‑150 (MQ=255)
ttAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCAcc > 2:9067588/1‑149 (MQ=255)
aaaGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGt > 1:9067598/1‑149 (MQ=255)
aaGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGtt > 2:9067602/1‑149 (MQ=255)
gCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTAct < 2:9067367/150‑1 (MQ=255)
tGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTActct > 1:9067612/1‑150 (MQ=255)
gCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTActct < 1:9067076/148‑1 (MQ=255)
tCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCg > 1:9067618/1‑150 (MQ=255)
cATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTGTGTGTGTAATATTCACGCCAATAATGATGTGGTCGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCt < 2:9067062/122‑1 (MQ=255)
aTTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTg > 2:9067631/1‑145 (MQ=255)
aTTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGa > 1:9067628/1‑150 (MQ=255)
ttAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGAc > 1:9067635/1‑150 (MQ=255)
ttGCCGTGCTTATTTTGGGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGc > 2:9067645/1‑118 (MQ=255)
ttGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTAcc > 1:9067645/1‑150 (MQ=255)
ccGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCt < 1:9067318/149‑1 (MQ=255)
ccGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTGGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTg < 1:9066962/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTgg > 1:9067656/1‑150 (MQ=255)
cGTGCTCATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTg < 2:9067170/149‑1 (MQ=255)
gTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTg < 2:9066961/148‑1 (MQ=255)
tGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGtt < 2:9067128/150‑1 (MQ=255)
tGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGtt > 2:9067657/1‑150 (MQ=255)
tGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGt < 2:9067088/149‑1 (MQ=255)
cTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCa < 2:9067039/150‑1 (MQ=255)
tttGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTg < 2:9066862/148‑1 (MQ=255)
tttGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTGCAGTGc > 2:9067669/1‑149 (MQ=255)
ttGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGcc > 1:9067672/1‑149 (MQ=255)
cGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAAtt < 2:9067395/150‑1 (MQ=255)
cAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCct > 1:5455645/1‑150 (MQ=255)
cAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCct < 1:9067133/150‑1 (MQ=255)
aGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCctc > 1:9067682/1‑150 (MQ=255)
aCCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGTCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTc > 2:9067682/1‑105 (MQ=255)
ccAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTa < 2:9066906/150‑1 (MQ=255)
aacaacTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCa > 2:9067690/1‑132 (MQ=255)
aacaacTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTAcc < 1:9067246/150‑1 (MQ=255)
acaacTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCg < 2:9066988/150‑1 (MQ=255)
acaacTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAAGATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTc < 2:9066822/93‑1 (MQ=255)
acTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAAGTCCTCTTACCGtt > 1:9067699/1‑149 (MQ=255)
cTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGttt < 2:9067152/149‑1 (MQ=255)
ataACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTAt > 2:9067705/1‑149 (MQ=255)
taACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATtg > 1:9067708/1‑150 (MQ=255)
taACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATCATGTGGTGGTGCGTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTAtt < 2:9067298/149‑1 (MQ=255)
cAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGc < 1:9066923/150‑1 (MQ=255)
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tgatTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAg > 2:9067729/1‑150 (MQ=255)
tttCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGcc > 2:9067736/1‑149 (MQ=255)
ttCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCa > 1:9067744/1‑149 (MQ=255)
tCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCaa > 2:9067749/1‑149 (MQ=255)
aGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAAcc < 1:9067046/150‑1 (MQ=255)
aGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAAc > 2:9067757/1‑149 (MQ=255)
gTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCt < 1:9067384/150‑1 (MQ=255)
tttGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTg < 1:9067291/150‑1 (MQ=255)
ttGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTgg > 1:9067765/1‑150 (MQ=255)
tgtgtgGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATg > 2:9067770/1‑56 (MQ=255)
tgtgtgGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTgg < 1:9067443/149‑1 (MQ=255)
gtgtgGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTggg < 2:9067232/149‑1 (MQ=255)
gtgtgGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGATTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTACGAAAAGCCAAAACCTgggg > 1:9067773/1‑150 (MQ=255)
tgtgGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGTTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTg < 2:9067107/146‑1 (MQ=255)
tgtgGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTgggg < 2:9067425/149‑1 (MQ=255)
tgGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTAt < 1:9067474/150‑1 (MQ=255)
ggAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCCGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGc > 2:9067781/1‑127 (MQ=255)
gAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTa < 2:9067549/147‑1 (MQ=255)
gAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTAtt < 1:9067155/149‑1 (MQ=255)
atatTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTAcc > 1:9067790/1‑150 (MQ=255)
tatTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACct > 2:9067791/1‑150 (MQ=255)
atTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGtt < 2:9066522/114‑1 (MQ=255)
tttACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACctc > 1:9067801/1‑149 (MQ=255)
ttgcGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGcc < 2:9067261/125‑1 (MQ=255)
ttACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCtctc > 2:9067801/1‑150 (MQ=255)
cGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGTCGGCTGCGNTGTTTCTGCTCTTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGGATTACCTCTCCg < 2:9067193/149‑1 (MQ=255)
gCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCgg > 2:9067810/1‑149 (MQ=255)
gCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGc < 2:9067346/150‑1 (MQ=255)
cAATAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGca > 1:9067816/1‑149 (MQ=255)
taatGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAAc < 2:9067210/150‑1 (MQ=255)
aatGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAAcc > 1:9067825/1‑150 (MQ=255)
atgatgTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCAGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTAGCCTAGTTCAGTGcc > 2:9067828/1‑85 (MQ=255)
tgatgTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGc < 1:9067354/150‑1 (MQ=255)
gatgTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCg > 1:9067833/1‑148 (MQ=255)
atgTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGCa < 1:9067334/149‑1 (MQ=255)
tgtgGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGCAg < 2:9067444/149‑1 (MQ=255)
tggtggtgCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGCAGAt < 1:9067524/149‑1 (MQ=255)
tggtggtgCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGCAGATg > 1:9067843/1‑150 (MQ=255)
gtggtgCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGTTGTCACCGTTACTCTGCCGGACTANCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGCAGATGc < 1:9066816/149‑1 (MQ=255)
gtggtgCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGCAGATGCg < 2:9067311/150‑1 (MQ=255)
gtggtgCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGCAGATGCg > 2:9067842/1‑150 (MQ=255)
gtgCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGCAGAGGCggg > 1:9067850/1‑149 (MQ=255)
tgCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGCAGATGCGGGCa < 1:9067260/150‑1 (MQ=255)
|
TGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCACAACCGCAGATGCGGGCAAC > NC_000913/4549196‑4549488
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
