Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F63 I0 R1
|
89 |
546.6 |
19089912 |
98.5% |
18803563 |
135.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,171,201 |
G→C |
69.8% |
R10P (CGT→CCT) |
rpoB → |
RNA polymerase, beta subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,171,201 | 0 | G | C | 69.8%
| 1197.2
/ inf
| 681 | R10P (CGT→CCT) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (126/78); new base C (306/166); total (435/246) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 681 total aligned reads displayed.
CAACAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCC > CP009273/4171064‑4171337
|
tgCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGt < 2:7698074/139‑1 (MQ=255)
gCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGAt < 2:1179358/140‑1 (MQ=255)
gCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGAt < 1:3115256/140‑1 (MQ=255)
cGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCTTAAGGAtt > 1:6485225/1‑140 (MQ=255)
tCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACg > 2:4851704/1‑140 (MQ=255)
tCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACg < 2:1039130/140‑1 (MQ=255)
tttCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCcac < 1:4681465/140‑1 (MQ=255)
tttCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCcac < 1:9318115/140‑1 (MQ=255)
gttCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCcac < 2:9416591/139‑1 (MQ=255)
ggTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGtt < 1:3855192/140‑1 (MQ=255)
ggTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGtt < 1:9219890/140‑1 (MQ=255)
ggTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGtt < 1:4246082/140‑1 (MQ=255)
acaaAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGa < 1:8883479/140‑1 (MQ=255)
aaaaTAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATg < 1:5771687/140‑1 (MQ=255)
aaaTAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGt < 1:8520680/140‑1 (MQ=255)
aTAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTAc < 2:2296772/140‑1 (MQ=255)
tAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTAcc < 2:3130356/140‑1 (MQ=255)
aGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTAGACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCt < 2:7121175/140‑1 (MQ=255)
aGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACGTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCt < 1:7910644/140‑1 (MQ=255)
tgtTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTAccgaa > 2:3310878/1‑137 (MQ=255)
ttGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTAtc > 2:6124008/1‑140 (MQ=255)
tGCACAAACTGTCCGCTCACTGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTAtct < 1:7544258/140‑1 (MQ=255)
tGCACAAACTGTCCGCTCAATTGACAGATTGTTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGTTTTACTCCTATACCGAGAAAAAAAGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTAtct < 2:5490521/140‑1 (MQ=255)
tGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTAtct < 2:4425172/140‑1 (MQ=255)
tGCACAAACTGTCCGCTCAAGGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTAtct < 2:7347066/140‑1 (MQ=255)
cacaAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTcc > 2:9092587/1‑140 (MQ=255)
acaAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCt < 1:4499800/140‑1 (MQ=255)
caAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGCGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCtt > 1:1168740/1‑140 (MQ=255)
gTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATc < 1:2792141/140‑1 (MQ=255)
gTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATc < 1:6624862/140‑1 (MQ=255)
gTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATc < 1:1806604/140‑1 (MQ=255)
ccGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCa > 2:4011568/1‑140 (MQ=255)
ccGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCa > 2:8641096/1‑140 (MQ=255)
cTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGACCCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTACACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCt > 2:821231/1‑140 (MQ=255)
cTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTAGCTTATCTCCTTTCTATCCAGCt > 2:5218178/1‑140 (MQ=255)
cTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTGATCTCCTTTCTATCCAGCt > 1:2280789/1‑140 (MQ=255)
aCAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGt > 2:4317424/1‑140 (MQ=255)
gATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGGTTc > 2:757409/1‑140 (MQ=255)
tCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTCCTCCTATTCCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCGACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCGTTCTATCCCGCTTGAGTCGTTTCAGatct > 2:7235873/1‑137 (MQ=255)
tCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAATACCTCGTCGTAAGGATTTGGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTAGCGTATCTCGTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTGCAGAAAt > 1:2960884/1‑140 (MQ=255)
tCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAAt > 1:1516473/1‑140 (MQ=255)
aCTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGTTGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTa > 1:4793557/1‑140 (MQ=255)
aCTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTa > 1:1636770/1‑140 (MQ=255)
gTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTACACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGa > 2:3039226/1‑140 (MQ=255)
gTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGa > 2:693873/1‑140 (MQ=255)
aGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCa < 1:2601830/140‑1 (MQ=255)
aGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCa < 2:5006291/140‑1 (MQ=255)
gAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGa < 1:6294715/140‑1 (MQ=255)
aGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGAt > 2:2179164/1‑140 (MQ=255)
gAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTg < 1:4009111/140‑1 (MQ=255)
gAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTg < 1:1937104/140‑1 (MQ=255)
gAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTCAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTg < 2:3937050/140‑1 (MQ=255)
gAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTg < 2:5634690/140‑1 (MQ=255)
gAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTg < 2:8944/140‑1 (MQ=255)
gAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTg < 2:6801505/140‑1 (MQ=255)
gAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTg < 2:3397445/140‑1 (MQ=255)
aaCCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAgg < 1:7637698/140‑1 (MQ=255)
aCCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAggg < 1:6757875/140‑1 (MQ=255)
aCCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAggg < 1:9045464/140‑1 (MQ=255)
cccTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGc > 1:6103253/1‑140 (MQ=255)
cTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGACATTTATCGAGCAAGATCAGGAAGGGCAg > 2:8440475/1‑140 (MQ=255)
cTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCa < 1:7736431/124‑1 (MQ=255)
tATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTCCCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCACGATCCTGAAGGGCAGt > 1:3482094/1‑140 (MQ=255)
tATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGt > 1:3355073/1‑140 (MQ=255)
tATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGGATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGt < 1:7306704/140‑1 (MQ=255)
aTGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTa < 2:2886318/140‑1 (MQ=255)
tGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTg > 1:511970/1‑129 (MQ=255)
tGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTAt < 2:1516473/140‑1 (MQ=255)
tACTCCTATAGCTAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCATCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATAGAGCTAGATCCTGAATGGCAGTATTGTCt > 2:9282921/1‑140 (MQ=255)
tACTCCTATACCGAGAAAATACCTATTCGTAAGGATTTTGGTCAACGTCCACAAGTTCTCGATGTACCTTATCTACTTTCTATCCAGCTTGACTCGGTTCAGAAATTTATCTATCTAGGTACTTAATGGCAGTATGGTCt > 2:7859178/1‑140 (MQ=255)
tACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAggg < 1:822243/129‑1 (MQ=255)
tACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCt > 1:4873193/1‑140 (MQ=255)
tACTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGAGTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTACTTTCAATCCAGCATGACTAGTTTCAGAAAGTTATCGAGCAAGATCCTGAACGTCAGTATgtgct > 2:6448581/1‑136 (MQ=255)
aCTCCTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTg > 2:1779834/1‑140 (MQ=255)
cTATACCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAg > 2:1444274/1‑140 (MQ=255)
ataCCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAgct > 1:2160288/1‑140 (MQ=255)
ataCCGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAgct > 1:8651088/1‑140 (MQ=255)
taacGAGAAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGTGCAGTAGGGTCTGGAAgctg > 2:2686474/4‑140 (MQ=255)
taCCGAGAAAAATCCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAgctg > 2:1970311/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGACGATGCTttc > 2:131450/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 1:3658446/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 1:8109344/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 1:7010234/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGAGGTACGTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 1:7140993/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGACGGGCAGTATGGTCTGGACGCTGCTttc > 1:5509647/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAg < 1:134148/132‑1 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 2:7535551/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 1:1015044/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 2:455413/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 1:528089/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 1:6004997/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 1:2387532/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 1:7390235/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 2:6569055/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 2:528876/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 2:6306568/1‑140 (MQ=255)
agaAAAAACCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATATCCTTTATATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttc > 2:2507979/1‑140 (MQ=255)
taaaaaaCCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttcc < 2:5851086/139‑1 (MQ=255)
aaaaaaCCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttccg < 2:4658977/140‑1 (MQ=255)
aaaaaaCCTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTttccg < 2:3573908/140‑1 (MQ=255)
|
CAACAGGCATTGCGGAAAGTGTTCCATTTTCCGGTCAACAAAATAGTGTTGCACAAACTGTCCGCTCAATGGACAGATGGGTCGACTTGTCAGCGAGCTGAGGAACCCTATGGTTTACTCCTATACCGAGAAAAAACGTATTCGTAAGGATTTTGGTAAACGTCCACAAGTTCTGGATGTACCTTATCTCCTTTCTATCCAGCTTGACTCGTTTCAGAAATTTATCGAGCAAGATCCTGAAGGGCAGTATGGTCTGGAAGCTGCTTTCCGTTCC > CP009273/4171064‑4171337
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
