Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F422 I51 R1
|
223 |
69.9 |
1534784 |
95.1% |
1459579 |
214.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
394,041 |
T→G |
pseudogene (1072/1449 nt) |
yaiT → |
pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 394,041 | 0 | T | G | 100.0%
| 229.1
/ NA
| 65 | pseudogene (1072/1449 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (28/37); total (28/37) |
TTCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAA > NC_000913/393809‑394267
|
ttCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACg > 1:293005/1‑236 (MQ=255)
ggTCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAg < 2:293005/236‑1 (MQ=255)
ggTCAGGTCGAGCAGGACATCCAGACTGCCTACAGCTACTCTTCTTCTCACTTCGCAAACAACGTCTTGGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGGCCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAg < 2:665112/236‑1 (MQ=255)
gCCAGTCTGCCTACATCTGCTCTGCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGtt < 2:688370/232‑1 (MQ=255)
ccAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTc > 1:502684/1‑232 (MQ=255)
aCTGCCTACATCTACTATTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTc < 2:516232/228‑1 (MQ=255)
tACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTc < 2:741218/222‑1 (MQ=255)
tACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTc > 1:741218/1‑222 (MQ=255)
ctctTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGc > 2:648280/1‑236 (MQ=255)
ctGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGt > 2:508528/1‑203 (MQ=255)
ctGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGt < 1:508528/203‑1 (MQ=255)
tGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCa > 2:417946/1‑236 (MQ=255)
cTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAAc > 1:735373/1‑236 (MQ=255)
cgcgAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGa > 1:606640/1‑236 (MQ=255)
cTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTc < 1:80246/236‑1 (MQ=255)
cTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTc < 2:606640/236‑1 (MQ=255)
tttGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACg < 2:53891/232‑1 (MQ=255)
tgttgATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGt < 2:306879/236‑1 (MQ=255)
tgctAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACg < 2:325769/233‑1 (MQ=255)
ggTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACg > 1:525703/1‑235 (MQ=255)
cTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCa > 1:402453/1‑236 (MQ=255)
ttGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCAt < 1:417946/236‑1 (MQ=255)
tGAGCTACTCTCACTTCACCAGCGGCCTGTCTGCAGCCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTGGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCAt < 2:11008/235‑1 (MQ=255)
cTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGtt < 2:502684/236‑1 (MQ=255)
ctctCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTc < 1:616242/212‑1 (MQ=255)
ctctCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTc > 2:616242/1‑212 (MQ=255)
ctctCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTa > 2:418425/1‑234 (MQ=255)
cACTTCAACCACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACt < 2:341427/236‑1 (MQ=255)
aCTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTg > 1:129572/1‑236 (MQ=255)
acaacGTCCGGGATGCAACCATGTGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGaa < 2:716849/232‑1 (MQ=255)
cgcccTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATg < 1:648280/233‑1 (MQ=255)
cGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGt < 2:528238/152‑1 (MQ=255)
cGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGt > 1:528238/1‑152 (MQ=255)
gACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGc < 2:525703/236‑1 (MQ=255)
cTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATg < 2:764350/232‑1 (MQ=255)
tGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCAcc > 2:292726/1‑236 (MQ=255)
tGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCAcc > 2:252396/1‑236 (MQ=255)
tGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCAcc > 1:623744/1‑236 (MQ=255)
aGCCACGGTTCTGACGTTAACGGTAACACCAGATACGACGATTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGTCTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGACTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTa < 2:705189/236‑1 (MQ=255)
cGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTg < 2:337163/167‑1 (MQ=255)
cGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTg > 1:337163/1‑167 (MQ=255)
cGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCg > 2:569981/1‑236 (MQ=255)
tACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCa < 1:140150/236‑1 (MQ=255)
gACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATg < 1:114296/199‑1 (MQ=255)
gACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATg > 2:114296/1‑199 (MQ=255)
gACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTAACCTACAGCGAAGATCAGGctc > 1:584379/1‑235 (MQ=255)
aCTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGTCTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACt < 2:335329/175‑1 (MQ=255)
aCTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACt > 1:335329/1‑175 (MQ=255)
cGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAAc < 1:418425/236‑1 (MQ=255)
ttGGGGCTTCGGTGTGAACGCCGGTTGCGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACGCCTGACGGCAGCTGTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCtt < 2:549442/236‑1 (MQ=255)
tGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTa < 2:129572/236‑1 (MQ=255)
tGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTa < 2:402453/236‑1 (MQ=255)
gttgtaaaGCCGGTTACGACTTAAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTacgac < 2:735373/231‑1 (MQ=255)
aaaGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCCCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGActc > 2:640548/1‑236 (MQ=255)
gggTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACg > 2:21395/1‑236 (MQ=255)
gTGATGCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGc > 1:71744/1‑236 (MQ=255)
gCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGAtt < 2:623744/235‑1 (MQ=255)
gCTGGTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGAtt < 1:21395/235‑1 (MQ=255)
gTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTacgac > 1:545500/1‑197 (MQ=255)
gTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTacgac < 2:545500/197‑1 (MQ=255)
gTTACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATc > 2:92275/1‑236 (MQ=255)
tACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTg > 2:559906/1‑114 (MQ=255)
tACGTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTg < 1:559906/114‑1 (MQ=255)
gTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATaa < 1:252396/236‑1 (MQ=255)
gTGACTCCTGACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATaa < 1:292726/236‑1 (MQ=255)
|
TTCTGGTCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACC‑‑‑‑‑AGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGACGGTCAGTCTTACGACAGCATGCGTTATGAACTGGGTGTAGATGCAGGTTATACCTTCACCTACAGCGAAGATCAGGCTCTGACTCCGTACTTCAAACTGGCTTACGTCTACGACGACTCTAACAACGATAACGATGTGAACGGCGATTCCATCGATAA > NC_000913/393809‑394267
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
