Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F422 I51 R1
|
223 |
69.9 |
1534784 |
95.1% |
1459579 |
214.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,589,778 |
T→G |
D728E (GAT→GAG) |
acrD → |
aminoglycoside/multidrug efflux system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,589,778 | 0 | T | G | 100.0%
| 281.8
/ NA
| 80 | D728E (GAT→GAG) | acrD | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (34/46); total (34/46) |
AGGCGTTTAACCAAATTAAAGAAGCTCGCGTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGATATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATCAATCTCTGGTATGTCCGAAATAAAGATGGCGGCATGGTGCCCTTCTCTGCTTTCGCG > NC_000913/2589549‑2590003
|
agccGTTTAACCAAATTAAAGAAGCTCGCTTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGAc < 2:194511/233‑1 (MQ=255)
aGGCGTTTACCAAAATGAAAGAAGCTCGCGTTAGCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTGGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGAc < 1:561585/236‑1 (MQ=255)
aGGCGTTTAACCAAATTAAAGATGCTCGCTTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGAc < 1:317277/236‑1 (MQ=255)
aGGCGTTTAACCAAATTAAAGAAGCTCGGGTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGAc < 2:422186/236‑1 (MQ=255)
aGGCGTTTAACCAAATTAAAGAAGCTCGCGTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGAc < 1:642222/236‑1 (MQ=255)
aGGCGTTTAACCAAATTAAAGAAGCTCGCGTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGAc < 1:371807/236‑1 (MQ=255)
ccGTTAAACCAAATGAAAGGAGTTCGCGTTATCGACAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTGGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGAc < 2:614390/233‑1 (MQ=255)
tttAACCAAATTAAAGAAGCTCGCGTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCg > 1:424510/1‑236 (MQ=255)
aCCAAATTAAAGAAGCTCGCGTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTaaa > 1:614390/1‑236 (MQ=255)
aTTAAAGAAGCTCGCGTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGTCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGGTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCa > 2:485983/1‑236 (MQ=255)
aagaagCTCGCGTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGgcg < 1:567337/236‑1 (MQ=255)
cTCGCGTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGc > 2:163837/1‑236 (MQ=255)
cgcgTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGCCGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAgcggccgtgc > 1:115986/1‑225 (MQ=255)
cagcagCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATcgacg < 2:727553/236‑1 (MQ=255)
cagcagCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTGGCGAtggtcg > 2:314943/1‑231 (MQ=255)
cagcCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGCGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGata > 1:205409/1‑236 (MQ=255)
ccAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGa > 1:307412/1‑236 (MQ=255)
gactaTTAGCGTTCTTGGTAGTTATGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCGGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGaca < 2:618244/232‑1 (MQ=255)
cagaaTTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACG‑GATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGacac < 2:345524/233‑1 (MQ=255)
gCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCaa < 1:739762/236‑1 (MQ=255)
tccgCAGTTTTTGATAGGGAGTTGCAGGTCCCAGCTGGGGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGtt < 2:481127/232‑1 (MQ=255)
tCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGAc < 2:250615/165‑1 (MQ=255)
tCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGAc > 1:250615/1‑165 (MQ=255)
tCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGtt > 2:123060/1‑235 (MQ=255)
tGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGat > 1:734546/1‑202 (MQ=255)
tGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGat < 2:734546/202‑1 (MQ=255)
gCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAg < 1:123060/236‑1 (MQ=255)
gCAGGTTGTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAg < 1:473975/236‑1 (MQ=255)
aGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCt < 1:163837/236‑1 (MQ=255)
tttGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTc < 1:371334/227‑1 (MQ=255)
tttGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTc > 2:371334/1‑227 (MQ=255)
tttGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAAACGCCTGGGGTTCGAGCTAtgt > 1:411249/1‑236 (MQ=255)
ttGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTAtgtg > 1:557942/1‑236 (MQ=255)
tGATAGGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTAt < 1:131675/232‑1 (MQ=255)
gATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGaa > 2:208631/1‑236 (MQ=255)
atatGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTAACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAAt < 2:605726/236‑1 (MQ=255)
ggAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGGGAATGACt > 2:307876/1‑236 (MQ=255)
gTTGCGGAACCGCGCGGGAGCGGTTCACGATGCGCTGATGGAAGCACGTAATCGGTTGCTGGCGCTGGCAGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTa < 2:115986/236‑1 (MQ=255)
gCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATgg > 1:622999/1‑236 (MQ=255)
ccACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAg < 1:530097/210‑1 (MQ=255)
ccACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAg > 2:530097/1‑210 (MQ=255)
ccACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACAGCCTGGGGTTCGAGCTATGGGAATGAATTTATGGATccag > 2:226638/1‑233 (MQ=255)
ccACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAAAGACACACTGCAAACAGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGTATGACTTTATGGactgcg > 2:469615/1‑231 (MQ=255)
aCGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACCCTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGt > 2:583296/1‑236 (MQ=255)
aCGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACAAACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGACcg > 1:616886/1‑232 (MQ=255)
cGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACATTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCCATGTGAAAGAAGTTATGGATCGCGGta > 2:37875/1‑235 (MQ=255)
gTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGaca < 2:343844/171‑1 (MQ=255)
gTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGaca > 1:343844/1‑171 (MQ=255)
gATGCGCTGATGGCAGGCAGTAAGCAGTGGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAGCCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATAAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCt < 2:605138/235‑1 (MQ=255)
tGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTAt < 2:307412/235‑1 (MQ=255)
gcTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCCTTTGGAATGACTTATTGGAACGCGGTCCCGTGACGAAAGCCAAtgtta > 2:552915/1‑234 (MQ=255)
gagggCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTgca < 1:740619/231‑1 (MQ=255)
aTGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGaa > 1:482629/1‑191 (MQ=255)
aTGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGaa < 2:482629/191‑1 (MQ=255)
ggCAGCCCGTAAACCGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTgcaggcag < 2:186083/236‑1 (MQ=255)
agcaCGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTCTGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGGCTATGTGCAGGCAGCt > 2:543231/1‑235 (MQ=255)
aCGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTCTATGGATCGCGGTCCCGTGAAGAAAGTGTATGTGCAGGCGGCTgcgc > 2:214113/1‑236 (MQ=255)
gTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGa > 1:616662/1‑180 (MQ=255)
gTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGa < 2:616662/180‑1 (MQ=255)
tAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTgcg < 2:622999/232‑1 (MQ=255)
gctggcgctggcGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTa < 2:578098/179‑1 (MQ=255)
gctggcgctggcGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTa > 1:578098/1‑179 (MQ=255)
ctggaggacaaaagCCAGGAGCACACCCGTGTGCGCCAGAAGGGCCACGACGAAATTCCGCAGTTGCGGATGGAGCTCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCAtgctgc < 2:424510/222‑1 (MQ=255)
ttgggacggAAACCGCGGAGCAAGCCCGTGTGGGCCGTAACGGCCGCGACGACAGTACGCATGTGGAGGTTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCATGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACAGTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGa < 2:428785/229‑1 (MQ=255)
tggcgGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGa < 1:624903/235‑1 (MQ=255)
ggAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATACCGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTTCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATc < 1:226638/235‑1 (MQ=255)
ggAAAACCCGGAGCTAACCCGTGGTCGGCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATc < 1:552915/235‑1 (MQ=255)
aCCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATCAAtct < 2:302622/235‑1 (MQ=255)
tgtgCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATcgacg < 2:463956/89‑1 (MQ=255)
tgtgCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATcgacg > 1:463956/1‑89 (MQ=255)
tgCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATCa > 2:453711/1‑213 (MQ=255)
tgCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATCa > 2:723200/1‑213 (MQ=255)
tgCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATCa < 1:723200/213‑1 (MQ=255)
tgCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATCa < 1:453711/213‑1 (MQ=255)
tagacgCCTCGGCGACAGTCCGCAGTTACAGAGTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATCAATCTCTGGTATGTCCGAAATAAAGATggcg < 2:313107/231‑1 (MQ=255)
aaCGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAg < 1:519063/116‑1 (MQ=255)
aaCGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAg > 2:519063/1‑116 (MQ=255)
cGGCCTGGGCGACAGTCCGGAGTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATCAATCTCTGGTATGTCCGAAATAAAGATGGCGGCa < 2:557942/236‑1 (MQ=255)
gTTGCAGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACTCACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATCAATCTCTGGTATGTCCGAAATAAAGATGGCGGCATGGTGCCCTTCTCTGCTTTcg < 1:469615/236‑1 (MQ=255)
aGATTGAGATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATCAATCTCTGGTATGTCCGAAATAAAGATGGCGGCATGGTGCCCTTCTCTGCTTTcgcg < 1:307876/233‑1 (MQ=255)
|
AGGCGTTTAACCAAATTAAAGAAGCTCGCGTTATCGCCAGCAGCCCGCCAGCAATTAGCGGTCTTGGTAGTTCTGCAGGTTTTGATATGGAGTTGCAGGACCACGCTGGAGCGGGTCACGATGCGCTGATGGCAGCACGTAATCAGTTGCTGGCGCTGGCGGCGGAAAACCCGGAGCTAACCCGTGTGCGCCATAACGGCCTCGACGACAGTCCGCAGTTGCAGATTGATATCGACCAGCGTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGGGGTTCGAGCTATGTGAATGACTTTATGGATCGCGGTCGCGTGAAGAAAGTCTATGTGCAGGCAGCTGCGCCGTATCGCATGCTGCCAGATGACATCAATCTCTGGTATGTCCGAAATAAAGATGGCGGCATGGTGCCCTTCTCTGCTTTCGCG > NC_000913/2589549‑2590003
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
