Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A7 F422 I53 R1 229 158.0 8090706 91.1% 7370633 100.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 513,767 A→C S398R (AGT→CGT)  ybaT → putative amino acid transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_000913513,7670AC97.0% 423.7 / 0.5 134S398R (AGT→CGT) ybaTputative amino acid transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (3/1);  new base C (56/73);  total (60/74)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01

Only 100 of 134 total aligned reads displayed.

GGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCG  >  NC_000913/513670‑513863
                                                                                                 |                                                                                                
ggtggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGGTGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGt                                                                                                >  1:3414956/1‑100 (MQ=255)
ggtggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTTGCTTTATCTACCGt                                                                                                >  1:2151124/1‑100 (MQ=255)
ggtggCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGCTGTTGGCGATCGTTGGCTTTATCTACCGt                                                                                                >  1:3722772/1‑100 (MQ=255)
        tCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTc                                                                                        <  2:3064820/100‑1 (MQ=255)
         ccGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTcc                                                                                       <  1:3485896/100‑1 (MQ=255)
          cGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTccc                                                                                      <  1:2814365/100‑1 (MQ=255)
            ccTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAg                                                                                    <  2:1761643/100‑1 (MQ=255)
            ccTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGCTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAg                                                                                    <  2:3807289/100‑1 (MQ=255)
              tGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAggg                                                                                  <  1:3689649/100‑1 (MQ=255)
                  tCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGc                                                                              >  2:2150948/1‑100 (MQ=255)
                    aTGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCg                                                                            >  2:586877/1‑100 (MQ=255)
                    aTGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCg                                                                            >  2:2686017/1‑100 (MQ=255)
                     tGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGt                                                                           >  1:1455131/1‑100 (MQ=255)
                     tGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGt                                                                           >  2:147886/1‑100 (MQ=255)
                     tGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGAGGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGt                                                                           <  2:2094630/100‑1 (MQ=255)
                      gATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTg                                                                          <  1:740732/100‑1 (MQ=255)
                      gATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTg                                                                          <  2:1424157/100‑1 (MQ=255)
                      gATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCCGTGGTCCCAGGGTAGCCGTg                                                                          <  2:2375668/100‑1 (MQ=255)
                       atatTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGc                                                                         <  2:2290060/100‑1 (MQ=255)
                        tatTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTGGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCg                                                                        <  1:2097159/100‑1 (MQ=255)
                         atTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGt                                                                       >  1:2982272/1‑100 (MQ=255)
                           tCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTg                                                                     <  1:1567692/100‑1 (MQ=255)
                            cACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGa                                                                    >  1:31123/1‑100 (MQ=255)
                            cACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGa                                                                    <  2:1014003/100‑1 (MQ=255)
                              cGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGata                                                                  <  2:1226649/100‑1 (MQ=255)
                              cGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGata                                                                  >  1:3356792/1‑100 (MQ=255)
                                 cTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATgg                                                               <  1:678333/100‑1 (MQ=255)
                                    ggtggcGATTCTTATCGTTGGTACGGTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGATAGCCGGGCGTTGATATGGatt                                                            <  2:3532195/95‑1 (MQ=255)
                                      tGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGattat                                                          <  2:3518742/100‑1 (MQ=255)
                                       gctgATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGattatt                                                         <  2:3350023/97‑1 (MQ=255)
                                       gCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGattatt                                                         >  2:1881409/1‑100 (MQ=255)
                                        ccGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTg                                                        <  2:2274948/100‑1 (MQ=255)
                                         cGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTgg                                                       <  2:1894779/100‑1 (MQ=255)
                                          gATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGc                                                      <  1:2655886/100‑1 (MQ=255)
                                            ttCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTc                                                    <  2:28217/100‑1 (MQ=255)
                                              cTTATCGTTGGTACGTTGGTGCTGTGGTTGGTGATCTTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCAc                                                  <  2:3784224/100‑1 (MQ=255)
                                               ttATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCAct                                                 <  1:3833380/100‑1 (MQ=255)
                                                tATCGTTGGTACGCTGGTGATGTTGTTGGTGCTCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCActc                                                <  2:3129933/100‑1 (MQ=255)
                                                 atctttGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCActct                                               <  1:1523741/96‑1 (MQ=255)
                                                 aTCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCActct                                               >  1:405115/1‑100 (MQ=255)
                                                   cGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTa                                             >  1:1256884/1‑100 (MQ=255)
                                                   cGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTa                                             >  1:2611156/1‑100 (MQ=255)
                                                   cGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTa                                             >  2:292207/1‑100 (MQ=255)
                                                    gTTGGTACGTTGGTGCTGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGGGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTAc                                            <  1:3403495/100‑1 (MQ=255)
                                                    gTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTTGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTAc                                            >  1:2660691/1‑100 (MQ=255)
                                                    gTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTAc                                            <  1:1227514/100‑1 (MQ=255)
                                                    gTTGGTACGTGGGGGATGTTGTTGGTGTTCGTTGGCTTGAACTACCGGCTGTGGACCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATCGATTATTGGCTCACTCTTAc                                            <  2:1164320/100‑1 (MQ=255)
                                                     ttGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCActctagat                                           >  2:1497559/1‑96 (MQ=255)
                                                      tGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTc                                          <  2:3045542/100‑1 (MQ=255)
                                                        gTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAg                                        >  2:3244261/1‑100 (MQ=255)
                                                        gTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAg                                        <  2:1489632/100‑1 (MQ=255)
                                                         tACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGc                                       <  2:2039061/100‑1 (MQ=255)
                                                         tACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGc                                       <  2:1344085/100‑1 (MQ=255)
                                                          aCGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGcc                                      <  1:3934775/100‑1 (MQ=255)
                                                           cGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCt                                     >  2:1723582/1‑100 (MQ=255)
                                                           cGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCt                                     >  2:1054224/1‑100 (MQ=255)
                                                           cGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCt                                     <  1:3396139/100‑1 (MQ=255)
                                                                gTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATtg                                >  2:1964303/1‑100 (MQ=255)
                                                                gTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATtg                                <  1:2056849/100‑1 (MQ=255)
                                                                gTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATtg                                >  2:488195/1‑100 (MQ=255)
                                                                 tGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATtgt                               >  2:2336342/1‑100 (MQ=255)
                                                                 tGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATtgt                               >  1:1612143/1‑100 (MQ=255)
                                                                  gATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATtgtg                              <  1:3556595/100‑1 (MQ=255)
                                                                  gATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATtgtg                              <  1:1231439/100‑1 (MQ=255)
                                                                     gttgttGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCa                           <  2:3643640/100‑1 (MQ=255)
                                                                     gttgttGGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCa                           <  1:2423773/100‑1 (MQ=255)
                                                                     gttgttGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCa                           >  2:24842/1‑100 (MQ=255)
                                                                       tgttgGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAAt                         >  1:1804557/1‑100 (MQ=255)
                                                                       tgttgGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAAt                         <  1:3285374/100‑1 (MQ=255)
                                                                       tgttgGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAAt                         <  1:2989438/100‑1 (MQ=255)
                                                                         ttgGTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATgg                       <  1:2242548/100‑1 (MQ=255)
                                                                           ggTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTc                     >  1:1375744/1‑100 (MQ=255)
                                                                           ggTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTc                     <  1:413653/100‑1 (MQ=255)
                                                                           ggTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTc                     >  2:2561346/1‑100 (MQ=255)
                                                                            gTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCa                    <  1:1615170/100‑1 (MQ=255)
                                                                            gTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCa                    <  1:359106/100‑1 (MQ=255)
                                                                            gTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCa                    <  1:1360092/100‑1 (MQ=255)
                                                                            gTGATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCa                    <  1:2372830/100‑1 (MQ=255)
                                                                              gATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATg                  <  2:2936199/100‑1 (MQ=255)
                                                                              gATCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGATCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATg                  >  1:3845468/1‑100 (MQ=255)
                                                                                tCGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATCGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGaa                <  1:1359733/100‑1 (MQ=255)
                                                                                 cGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg               >  1:3002120/1‑100 (MQ=255)
                                                                                 cGTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAg               >  2:456103/1‑100 (MQ=255)
                                                                                  gTTGGCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAgc              <  1:2282215/100‑1 (MQ=255)
                                                                                     ggttttATCTACCGTCTGTGGTCGCAGGCTAGCCGCTCGTAGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCGGCGTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCa           >  2:3775459/4‑100 (MQ=255)
                                                                                     ggCTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCa           >  2:2229388/1‑100 (MQ=255)
                                                                                     ggCGTTACCAACCGTCTGTGGTCCGATTGTACCCGGCCGTTGATATGGTTTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTAGTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCa           <  2:3345922/100‑1 (MQ=255)
                                                                                       cTTTATCTACCGTCTGTGGTCTCAGGGTCGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTAATGTGGGAATGGTCATGAAGCGCAAt         >  2:1390129/1‑100 (MQ=255)
                                                                                       cTTTATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAAt         >  1:1497917/1‑100 (MQ=255)
                                                                                        tttATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATa        <  1:254751/100‑1 (MQ=255)
                                                                                         ttATCTACTGTCTGTGGTCTCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCCCTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaa       >  2:1552762/1‑100 (MQ=255)
                                                                                         ttATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCACTaa       >  1:950765/1‑100 (MQ=255)
                                                                                          tATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTGACTCTTACACAGCCTTATTGAGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaa      >  1:3790590/1‑100 (MQ=255)
                                                                                          tATCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaa      >  1:1671992/1‑100 (MQ=255)
                                                                                           aTCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaaa     <  1:634452/100‑1 (MQ=255)
                                                                                           aTCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATaaaa     <  1:1774798/100‑1 (MQ=255)
                                                                                            tCTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAAc    <  2:2881877/100‑1 (MQ=255)
                                                                                             cTACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAAcc   >  2:492918/1‑100 (MQ=255)
                                                                                              tACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCg  <  2:1415104/100‑1 (MQ=255)
                                                                                              tACCGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCg  <  2:808484/100‑1 (MQ=255)
                                                                                                 |                                                                                                
GGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGGTACGTTGGTGATGTTGTTGGTGATCGTTGGCTTTATCTACAGTCTGTGGTCCCAGGGTAGCCGTGCGTTGATATGGATTATTGGCTCACTCTTACTCAGCCTTATTGTGGCAATGGTCATGAAGCGCAATAAAACCG  >  NC_000913/513670‑513863

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A