Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F412 I3 R1
|
53 |
201.3 |
10250884 |
92.1% |
9441064 |
100.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
345,973 |
(G)5→4 |
coding (365/672 nt) |
yahN ← |
amino acid exporter for proline, lysine, glutamate, homoserine |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 345,969 | 0 | G | . | 98.8%
| 786.6
/ 4.7
| 169 | coding (369/672 nt) | yahN | amino acid exporter for proline, lysine, glutamate, homoserine |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base . (72/93); total (73/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
TTCGGCATTTAATGTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCAGGGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGCGCCGCCGAC > NC_000913/345870‑346064
|
ttCGGCATTTAATGTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCAg < 1:1938874/100‑1 (MQ=255)
ggCATTTAATGTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCAgggg > 1:1794164/1‑100 (MQ=255)
aTTTAATGTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCAggggcgc > 2:4366012/1‑97 (MQ=255)
tttAATGTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCAggggcgct < 1:1411670/100‑5 (MQ=255)
tAATGTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTaa > 1:1995449/1‑100 (MQ=255)
aaTGTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAAt < 2:338249/100‑1 (MQ=255)
aTGTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATc < 1:2567644/100‑1 (MQ=255)
aTGTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATc < 1:5101688/100‑1 (MQ=255)
gTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCgg < 1:3112789/100‑1 (MQ=255)
gTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCAGAAGAAAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCgg < 2:2318295/100‑1 (MQ=255)
ttACTAAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACAGACCA‑GGGGCGCTAATCGgt < 2:4647040/100‑1 (MQ=255)
cTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTTGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGgttgt < 1:2160449/100‑1 (MQ=255)
cTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGgttgt > 1:2964886/1‑100 (MQ=255)
cTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGgttgt > 2:1679233/1‑100 (MQ=255)
cTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGgttgt > 2:3138820/1‑100 (MQ=255)
cTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGgttgt > 2:3334026/1‑100 (MQ=255)
cTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGgttgt < 2:3797178/100‑1 (MQ=255)
cTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATA‑CAAGGGGCGCTAATCGgatgt > 2:4421658/1‑100 (MQ=255)
cTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGATAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGgttgt < 1:4927984/100‑1 (MQ=255)
tGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGgttgtt < 2:1341694/100‑1 (MQ=255)
gagaAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGttgttg > 1:1392655/1‑100 (MQ=255)
gagaAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGttgttg > 2:676701/1‑100 (MQ=255)
agaAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTtgttgt < 2:3576186/100‑1 (MQ=255)
gaAAATACTGGTAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATTCCA‑GGGGCGCTAGTCGGTTGTTGTa < 2:3959847/100‑1 (MQ=255)
gaAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATTGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTa > 1:1106945/1‑100 (MQ=255)
aaaaTACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAg < 1:1500675/100‑1 (MQ=255)
aaaaTACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAg < 1:4144271/100‑1 (MQ=255)
aaaTACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAgt > 2:1940523/1‑100 (MQ=255)
aCTGATCAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GTGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGc < 2:1507083/100‑1 (MQ=255)
aCTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGc < 2:423473/100‑1 (MQ=255)
gATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCa > 2:1207291/1‑100 (MQ=255)
gATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCa > 1:4991027/1‑100 (MQ=255)
gATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCa > 2:949593/1‑100 (MQ=255)
aTAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTCATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCAt > 2:4106180/1‑100 (MQ=255)
aTAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCAt > 1:4219769/1‑100 (MQ=255)
aTAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCAt > 1:4441817/1‑100 (MQ=255)
aTAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCAt > 1:579695/1‑100 (MQ=255)
tAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCAtt > 1:1220746/1‑100 (MQ=255)
tAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCAtt < 1:303257/100‑1 (MQ=255)
tAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCAtt < 1:531310/100‑1 (MQ=255)
tAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCAtt > 2:2457981/1‑100 (MQ=255)
aaaaaaTAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCAttt > 2:4668624/1‑100 (MQ=255)
aaaaaaTAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCAttt > 2:1132840/1‑100 (MQ=255)
aaaaaTAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTg > 2:2882074/1‑100 (MQ=255)
aaaaTAAAGCGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACACACCA‑GGGGCGCTGATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGc > 2:4861061/1‑100 (MQ=255)
aaaaTAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGc > 2:2788261/1‑100 (MQ=255)
aaaTAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCg > 1:1298823/1‑100 (MQ=255)
aaTAGAGCGGTTTGCGGGTTAGAGGGATCGGTAATTATTGCGGGGGGAAGAAGGACTTACGAGGGGG‑GCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCgg < 2:4094491/100‑1 (MQ=255)
aaTAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCgg > 2:530154/1‑100 (MQ=255)
aaTAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCgg < 1:1346892/100‑1 (MQ=255)
aaTAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCgg < 2:1050913/100‑1 (MQ=255)
aTAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTTCTCATTTGCGgt < 1:4437870/100‑1 (MQ=255)
aTAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGgt > 1:154596/1‑100 (MQ=255)
tAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGgtg < 2:600029/100‑1 (MQ=255)
aaaaCGGTTTGTGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGgtgt > 1:3564999/1‑100 (MQ=255)
aaaaCGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGgtgt < 1:3174313/100‑1 (MQ=255)
aaaCGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGtt > 2:2959448/1‑100 (MQ=255)
aaaCGGTTGGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGATCATTTGCGGTGtt > 2:1213906/1‑100 (MQ=255)
aCGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGTGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGa < 1:4854062/100‑1 (MQ=255)
aCGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGa > 1:2819662/1‑100 (MQ=255)
aCGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGa < 2:1693680/100‑1 (MQ=255)
cGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGAc < 1:4076925/100‑1 (MQ=255)
ggTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACt < 2:4914481/100‑1 (MQ=255)
tGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTggcg > 1:2338980/1‑100 (MQ=255)
gCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTggcgg < 2:3917098/100‑1 (MQ=255)
gCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTggcgg > 1:2480515/1‑100 (MQ=255)
cGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTggcggc < 1:1918939/100‑1 (MQ=255)
gTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCa < 2:1970493/100‑1 (MQ=255)
tAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCAtg > 1:2502033/1‑100 (MQ=255)
agagagATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCAtgc > 1:2757793/1‑100 (MQ=255)
agagagACCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCAtgc < 2:4725300/100‑1 (MQ=255)
gagagaTCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCAtgct < 1:787802/100‑1 (MQ=255)
gagaTCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCAtgctgc < 2:2635476/100‑1 (MQ=255)
agaTCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGca < 1:8129/100‑1 (MQ=255)
agaTCGGTAATAAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTGGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGca < 2:3980047/100‑1 (MQ=255)
aTCGGTAGTTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGtacc < 1:2094329/100‑1 (MQ=255)
tCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGcacca > 1:1094608/1‑100 (MQ=255)
tCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGcacca > 1:3165417/1‑100 (MQ=255)
cGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCAGGGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGcacca < 1:4293465/100‑1 (MQ=255)
ttaatCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAAc < 2:3698408/100‑1 (MQ=255)
ttaatCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAAc > 2:4242048/1‑100 (MQ=255)
aatCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCa > 2:2010622/1‑100 (MQ=255)
atCCGCGGCTAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGCTGTAGTGTGCTCATTTGGGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCAt < 1:4495289/100‑1 (MQ=255)
tCCGCGGCGAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATa < 1:4193745/100‑1 (MQ=255)
ccGCGGCG‑AAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAag < 1:5017015/100‑1 (MQ=255)
cggcgAAAAAAGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAagag < 1:964879/100‑1 (MQ=255)
cgAAAAAAGACATACCA‑GGAGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCACGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATa > 2:1850203/1‑100 (MQ=255)
aaaaaaGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAg > 2:2382188/1‑100 (MQ=255)
aaaaaGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAgc < 1:4744501/100‑1 (MQ=255)
aaGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGcgcc > 2:2874037/1‑100 (MQ=255)
aGACATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGcgccc > 1:2217473/1‑99 (MQ=255)
aCATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGCgccgcc < 1:1758123/100‑1 (MQ=255)
aCATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGCgccgcc < 1:3274639/100‑1 (MQ=255)
aCATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGCgccgcc < 1:4223224/100‑1 (MQ=255)
cATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGCGccgccg < 1:3777242/100‑1 (MQ=255)
cATACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGCGccgccg < 1:3779655/100‑1 (MQ=255)
tACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGCGCCGCcgac > 1:2262218/1‑100 (MQ=255)
tACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGCGCCGCcgac < 2:2491840/100‑1 (MQ=255)
tACCA‑GGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGCGCCGCcgac > 2:892953/1‑100 (MQ=255)
tACCA‑GGGGCGCTAAGCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGCGCCGCcgac < 2:4047628/100‑1 (MQ=255)
|
TTCGGCATTTAATGTTACTGAGAAAATACTGATAAAAAATAAAACGGTTTGCGGGTTAGAGAGATCGGTAATTAATCCGCGGCGAAAAAAGACATACCAGGGGGCGCTAATCGGTTGTTGTAGTGTGCTCATTTGCGGTGTTGACTGGCGGCGCATGCTGCACCACGCAAACCATAAGAGATAAGCGCCGCCGAC > NC_000913/345870‑346064
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
