Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I1 R1
|
31 |
90.0 |
1985866 |
95.2% |
1890544 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
37,551 |
T→A |
intergenic (+575/‑262) |
USA300HOU_RS14915 → / → ugpQ_1 |
hypothetical protein/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 37,551 | 0 | T | A | 75.0%
| 21.6
/ 13.7
| 33 | intergenic (+575/‑262) | USA300HOU_RS14915/ugpQ_1 | hypothetical protein/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/1); new base A (9/15); total (17/16) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.73e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
GCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCAT > USA300TCH1516_ALE/37411‑37686
|
gCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGAAAAATTGCt > 1:661533/1‑141 (MQ=255)
gCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGGTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGAAGTTCTCAGTAAAATTGCt > 2:646942/1‑141 (MQ=255)
aTTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGAt > 1:613494/1‑141 (MQ=255)
ttCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATa < 1:281537/141‑1 (MQ=255)
tCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATaa > 1:117320/1‑141 (MQ=255)
tCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATaa > 1:618913/1‑141 (MQ=255)
aTGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAggg > 1:341420/1‑141 (MQ=255)
aTGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGAAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAggg > 1:344558/1‑141 (MQ=255)
aaaTTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAACAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTaca > 1:379172/1‑139 (MQ=255)
aaTTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTacag > 2:143501/1‑138 (MQ=255)
gATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAttt < 2:218573/141‑1 (MQ=11)
caaGTGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTGGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGAttttt < 1:296984/140‑1 (MQ=14)
agagGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTa < 2:822566/141‑1 (MQ=14)
agagGTAAGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTa < 2:822641/141‑1 (MQ=11)
agGTACGTTAAAAGCAGTTCAAGGCAAAGTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGGAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTaaa > 1:640516/1‑141 (MQ=14)
gcaacgctAACAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTaaaa < 1:963906/134‑1 (MQ=14)
acGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatg > 1:621201/2‑141 (MQ=17)
cGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatga > 1:907092/1‑141 (MQ=14)
ttAAAAGCAGTTCTAGGCAACGTTGGCGCTAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGCTCGCAGCAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAACTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatgaga > 1:391889/1‑141 (MQ=12)
ttAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAACATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatgaga < 2:308637/141‑1 (MQ=17)
aaaGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGCTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTATGCTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatgagatga < 1:660832/141‑1 (MQ=14)
aaGTAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatgagatgag < 1:198634/141‑1 (MQ=17)
aaGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAatgagatgag < 1:388163/141‑1 (MQ=18)
tctaggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGTAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGa < 1:252364/134‑1 (MQ=18)
ctaggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGAt > 2:756856/7‑141 (MQ=18)
taggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGAtt < 1:851400/136‑1 (MQ=18)
aggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTa < 1:879526/137‑1 (MQ=21)
aggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTa > 2:293827/5‑141 (MQ=18)
aggcaaaaTTGCAGATAAGAGGTGCGATAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTGTGGACATAAATGATTTGTTAAAAATGAGATAAGACGAAGATTa > 2:263529/5‑141 (MQ=17)
gcaaaaTTGCAGATAAGAGGAGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAAc < 1:991022/139‑1 (MQ=21)
gacaaaCTGCAGATAAGAGGGGAGGTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAAc < 2:153299/138‑1 (MQ=25)
aaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTcc > 1:646615/1‑141 (MQ=21)
aaaTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTcc > 1:251116/1‑141 (MQ=21)
aTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCAt > 1:379725/1‑141 (MQ=21)
aTTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCAt < 2:707206/141‑1 (MQ=25)
|
GCAATTCCATGCAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTACGTTAAAAGCAGTTCTAGGCAAAATTGCAGATAAGAGGTGCGTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTAAAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCAT > USA300TCH1516_ALE/37411‑37686
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
