Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
39 |
94.7 |
2129336 |
96.2% |
2048421 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
707,910 |
A→G |
83.0% |
intergenic (‑1/‑121) |
znuC_1 ← / → ideR |
High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 707,910 | 0 | A | G | 83.0%
| 224.6
/ 31.1
| 98 | intergenic (‑1/‑121) | znuC_1/ideR | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/11); new base G (47/34); total (53/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAG > USA300TCH1516_ALE/707773‑708049
|
ttGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACTTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGt > 2:660767/1‑141 (MQ=255)
taTAAGGGAAGATTGACCACGCCCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCGTTTGTTTCTAACAAA‑CGttt < 2:896539/140‑1 (MQ=255)
tAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTtat < 2:195166/141‑1 (MQ=255)
aGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTGATTACCTACCACCAGCTTTAAATCGTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATAc > 1:402075/1‑141 (MQ=255)
aGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATAACAATTATTTCGCCGCGTATTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTTTTTCTAACAAG‑CGTTTATAc > 1:260526/1‑141 (MQ=255)
gggAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAA‑CGTTTATAcc > 2:1045623/1‑141 (MQ=255)
gAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTACAAACAGATTTACATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATAcctc > 2:855037/1‑141 (MQ=255)
gaGATTTACCAGCACCAGTCGGGCCCATGATAACAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATAcctcc < 2:519852/140‑1 (MQ=255)
aaGATTTCCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATAcctcc < 2:1054746/141‑1 (MQ=255)
aaGATCTACCAGCACCATCCGGGCCCATGATACTAATTATTTCGCCGCGTACTAGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATAcctcc < 2:582497/141‑1 (MQ=255)
tttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAAt > 1:543222/1‑141 (MQ=255)
tACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCTATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACACATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTa < 1:601205/141‑1 (MQ=255)
ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTGCATGCTTATTACCTAAAGACAGATTTAACTCTTTTGTTTCTACCAAG‑CGTGTATACCGCCTGATTaaa > 2:424909/1‑141 (MQ=255)
ccAGCACCATCCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGGGTCGCTAAGGAAATGTTTTTAAGTCCACCATTACTCCCTTGAAACTAATATCAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTCTATACCCCCTAATaaaa > 2:1017824/1‑141 (MQ=255)
gCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCAATAATGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGt > 1:35270/1‑141 (MQ=255)
ccATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTa < 2:677490/141‑1 (MQ=255)
aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg < 1:857468/141‑1 (MQ=255)
tCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCt > 1:860050/1‑141 (MQ=255)
tCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCt > 1:22087/1‑141 (MQ=255)
tCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTCTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCt < 1:757877/141‑1 (MQ=255)
gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAAACAAGATAAATCTTTTGTTTCAAACAAG‑GGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTaa > 1:1041106/1‑141 (MQ=255)
cccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt < 2:813206/141‑1 (MQ=255)
ccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGATTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta > 1:827942/1‑141 (MQ=255)
tGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatt > 2:253189/1‑141 (MQ=255)
aaCCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaat < 2:643879/140‑1 (MQ=255)
ccAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg < 1:1043818/141‑1 (MQ=255)
cAATTACTTCGCCGCGAACTGGTACCCATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGt < 1:974/141‑1 (MQ=255)
ccctgtttCGCCCCGTACTGGTACCGATAAGGAAATGTTGTGAAGTATATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTCGGCTAACTTAATTAATTGta < 2:465426/136‑1 (MQ=255)
cattattTCGCCACGTACTGGTATCTATAAGCAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGta < 2:625660/140‑1 (MQ=255)
aaTTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGta < 1:964218/141‑1 (MQ=255)
attattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtat > 1:314635/1‑141 (MQ=255)
tattTCGCCGCGTACTGGTAACGATAAGGAAATTATTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAAAAG‑CGTTTATACATCCTAAATAAAAGTTTAGACCACACCAATTAATGGCataa > 2:246633/1‑141 (MQ=255)
cgccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTATATATTaaaa > 2:850834/1‑140 (MQ=255)
agccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATTAAc > 2:126283/2‑141 (MQ=255)
gcggtcTGGGATCGATAAGGAAATGTGTTTAAGGACGTGCGTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGGTTCTAACAAA‑CGGTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTGATTAATTGTATAATAAACTgag < 1:476756/136‑1 (MQ=255)
gcatACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAATAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgag < 2:262779/138‑1 (MQ=255)
cgTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgaga > 1:184954/1‑141 (MQ=255)
cTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAatat > 1:818593/1‑141 (MQ=255)
tATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTAt < 1:893836/141‑1 (MQ=255)
tATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTAt < 1:391066/141‑1 (MQ=255)
tATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTAt < 1:710453/141‑1 (MQ=255)
tgATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCAt < 1:416763/140‑1 (MQ=255)
ctaTAAGGAAATTTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCAt < 2:30240/139‑1 (MQ=255)
aTAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGt > 1:830114/1‑141 (MQ=255)
tAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTACTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTAGAATAAACTGAGAATATTTATCATGTc > 1:640937/1‑141 (MQ=255)
aGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATTTCaa > 2:66915/1‑141 (MQ=255)
ggAAATGTTTTTACGTACATGCTTATTACCTAATATCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATGAATTGTATATTATACTGAGATTATTTATCATGTCAAg < 2:848606/141‑1 (MQ=255)
ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg < 2:666999/141‑1 (MQ=255)
ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCCTATGATTC‑AACAAAGAGATTAAACCTCCTAAGTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg < 1:41157/141‑1 (MQ=255)
gAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGTGAATATTTATCATGTCAAGt < 1:469706/141‑1 (MQ=255)
gAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGt < 1:790527/141‑1 (MQ=255)
aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAGTTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 2:891795/141‑1 (MQ=255)
aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 2:384489/141‑1 (MQ=255)
aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa > 2:193993/1‑141 (MQ=255)
tttAAGTACATGCTTATTTCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATAATGTTCAATAAATTCGt > 1:948481/1‑141 (MQ=255)
tttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCgg > 2:852050/1‑140 (MQ=255)
gTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatat < 2:416895/141‑1 (MQ=255)
gTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatat > 1:87933/1‑141 (MQ=255)
tACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatata < 1:385508/141‑1 (MQ=255)
tACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatata > 1:138373/1‑141 (MQ=255)
tACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatata < 1:82765/141‑1 (MQ=255)
tACATGCGTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatata < 1:130372/141‑1 (MQ=255)
aTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataata > 1:126822/1‑141 (MQ=255)
ttattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGCTATAATATAGa > 1:1055550/1‑141 (MQ=255)
ttattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGa > 2:351681/1‑141 (MQ=255)
aCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatg > 1:995261/1‑141 (MQ=255)
cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgta > 1:982430/1‑141 (MQ=255)
cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgta > 1:931424/1‑141 (MQ=255)
cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgta > 1:982321/1‑141 (MQ=255)
cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgta > 2:1029721/1‑141 (MQ=255)
cTAAAAACAGATTTAAATCTTATGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgta < 2:622567/141‑1 (MQ=255)
aaaaCGGATTTGAATCTTTTGTCGTTACCAAG‑CTTTTATACCCACCAATGAAAAGTTTAGGCTAACCTAACTAATTGTATAATAAACTGAGAATATATAGCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtatgt < 2:889959/141‑1 (MQ=255)
aaCTGATTTAAATCTTTTGCTTCTAGCAAG‑CGTTTATACGTCCTAATTAAAAGTTTACGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATGTATCACGATAACTTAATTCGTGTTATAATATAGCCAATGTATGTGa < 2:6153/141‑1 (MQ=255)
cAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATCAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAgg > 1:112002/1‑141 (MQ=255)
gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCGAGTACATTCGTGATATACTATAGCCAATGTATGGGAgggg > 2:35599/1‑139 (MQ=255)
aTTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCATAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAGTTCGTGATATAATATAGACAATGTATAGGGGGTGa > 1:274054/1‑141 (MQ=255)
tAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGTCAATGTATGTGAGGTGAAAg < 1:641744/141‑1 (MQ=255)
tAAATCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATAATGTCAAGTAAAATCGTGATAAAATATAGACACTGTATGTGAGGTGAAAg > 1:8248/1‑141 (MQ=255)
tAAATCTTTCGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAg > 2:823084/1‑141 (MQ=255)
tAAATCTTTAGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAg < 1:817784/141‑1 (MQ=255)
aaaTCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGt > 2:869767/1‑141 (MQ=255)
tCTTTTGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATg < 1:683385/141‑1 (MQ=255)
tttGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTa > 1:1060646/1‑141 (MQ=255)
tttGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTa > 1:698414/1‑141 (MQ=255)
tGTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGCGGGGAAAGAATGTTAAc > 2:596883/1‑141 (MQ=255)
ttttCTAACAAG‑TGTTTATACCTCCTAATTATAAGTTTAGGCTAACTTAATTAAGTGTATAATAAACTGAGAATAGTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACt < 2:986599/140‑1 (MQ=255)
gTTTCTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACt > 1:1030357/1‑141 (MQ=255)
ttCTAACAAG‑CGTTTATGCCTCCTAATTAAAAGTTTAGGGTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTCTCATGACAAGTCGCTTCGTGCTATAATATAGACAATTTATGTTAGGTTAAAGTATGTTAACTga < 2:469571/141‑1 (MQ=255)
tccTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGTCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTga < 2:405999/139‑1 (MQ=255)
tCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAAAATGTATGTGAGGTGAAAGTTTGTTAACTgag > 2:428085/1‑140 (MQ=255)
cTAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaa > 1:528487/1‑140 (MQ=255)
tAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga < 1:757586/141‑1 (MQ=255)
tAACAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga < 2:127825/141‑1 (MQ=255)
aaCAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaagaa > 1:817055/1‑141 (MQ=255)
aaCAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaagaa > 1:887727/1‑141 (MQ=255)
aaCAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaagaa > 2:988068/1‑141 (MQ=255)
aaCAAG‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAAAGAATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaagaa > 1:346681/1‑141 (MQ=255)
aCAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGaaa > 1:279826/1‑141 (MQ=255)
ta‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAag < 1:841527/140‑1 (MQ=255)
ta‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAag < 1:378167/140‑1 (MQ=255)
|
TTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAA‑CGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAAAAG > USA300TCH1516_ALE/707773‑708049
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
