Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F59 I1 R1
|
8 |
162.1 |
3105144 |
95.3% |
2959202 |
252.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,854,297 |
G→A |
E126K (GAA→AAA) |
emrD → |
multidrug efflux pump EmrD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,854,297 | 0 | G | A | 99.3%
| 482.5
/ NA
| 136 | E126K (GAA→AAA) | emrD | multidrug efflux pump EmrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (67/68); minor base C (0/1); total (67/69) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GGCGCGCGATCTCAACGTCCGTGAAGGGGCGGTGCAGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGTGTGACCTTCAGTATGGCCCGCTGGATGCCGGAAACGCGTCCGGTCGATGCACCGCGCAC‑GCGCCTGCTTACCAGTTATAAAACGCTTTTCGGTAACAGCGGTTTTAACTGTTATTTGCTGAT > NC_000913/3854023‑3854565
|
ggCGCGCGATTTCAAAGTCCGTAAAGGGGCGGTGCTGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGTTGTCTCTCAGCTGTTGTATGTCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTGGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGa < 2:368091/281‑1 (MQ=255)
ctcACCGTCCGTGAAGGGTCGGTGCAGAGCGTAATGGGCGCTTTTCTGCTTACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTCTGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGGCGGAATGTCCATTTGTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTgc < 2:384229/280‑1 (MQ=255)
cgcAACGGCCGGTAGGGGGCGGTGCGTAGTGTAATGGGCGCTTATCTGCTGTCTTACGGGGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTgc < 2:803661/278‑1 (MQ=255)
cAACGTCCGTGAAGGGGCGGTGCAGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGcc < 1:199592/281‑1 (MQ=255)
gaggTCCGTGAAGGGGCGTTGCAGAGCGTAATGGCCTCATATCTGCTGTCTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCa < 1:843278/278‑1 (MQ=255)
cGTGAAGGGGCGGGGCAGAGCTTTATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTGTATGGCCCGATTTCTGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTaa < 2:955790/281‑1 (MQ=255)
tGAAGGGGCGGTGCAGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGGGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCAGGCTcaca > 2:584014/1‑281 (MQ=255)
tGAAGGGGCGGTGCAGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGCTTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACa > 1:994407/1‑281 (MQ=255)
aaGGGCCTGTTCAGCGCGTATTTGGTCCTTACCTGCTTACTTACGGTTTCTCTCCGCTGTTTTTTGTCCCTATTTCCGACCTCGTGGGCCGCCGTCCGGTGATCCTCCTCGGGATGTCCATTTTTATTCTGGCAACGCTGGTCGCGCTCACGGCCTCCAGTTTGACGTTGTTTATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGc < 2:1322968/281‑1 (MQ=255)
gggCGGTGCAGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTg > 1:548070/1‑281 (MQ=255)
gTGCAGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGCTTTACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCCACGGCGTTGGCGGCGCAATGGCTCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGCTGCGCCATGCTAACACCCttgta > 2:1236278/1‑275 (MQ=255)
tGCAGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGCATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGAGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGTGAGTTATATAATCGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAAc > 1:252092/1‑281 (MQ=255)
agCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATgg < 1:676295/280‑1 (MQ=255)
cGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTGACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGGGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGATTGTCCATTTTTATGCTGGGAACGCTGGTCGCTGTCCCTACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGACGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGGGTAGTTAACCGCGAGATGCATATAATCGAC‑CCCTGTTGGCCCATGCTAACAGCAGGCTAACCATggggg > 2:156910/1‑280 (MQ=255)
aaTTGGCTCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACATCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGAtt < 1:285919/280‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGAtt > 1:849400/1‑280 (MQ=255)
aaTGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCCCCGACCGGTGATCCTCGTCGGCATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCCGCGCGCGGTTACGACCTCAACTTCGACGGTGTTGATTCCCGCCAGAGCGGCGCAGGGGACGGGCACTGGCCTTGGCGGCGTATTGGCGCGTACTTTACCGCGAGCATTATAGAAACGGACCACA‑TTGCGCCCTGCCCACACCCTGTTACACATggagcat > 2:922935/1‑275 (MQ=255)
aCTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGc > 1:368389/1‑281 (MQ=255)
gtgtCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCt < 2:434169/280‑1 (MQ=255)
tctcACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTa > 1:927454/1‑278 (MQ=255)
acctcTGTTTTATGGCCCGATTTCCGCCCGCGTGCGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGCCCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATcggcg < 2:1186480/277‑1 (MQ=255)
tgttttcagcgccGATTTCCATCCACGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCTGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTctg < 1:760077/270‑1 (MQ=255)
tttATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGTCGGCGTCACGGGGCGTACTTTACCGCGACATTGATATAAACGGG‑CACAGTGGCGCCCTGCTAACAGACTGTTAAACATGGGGATTCGAGTCAGTCCGTTGTTCGCCCCGCTAATTCGCGGTtcgctg > 2:135977/1‑281 (MQ=255)
tGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGTCGCCGACCGGTGCTCCTCGTCGGAATAGCCATTTTTAGGCTTGCAACGCTGGTAGCGGTAACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATCAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATa < 1:761181/281‑1 (MQ=255)
tGGCCCCCTTGCCGGCCGCGTGGGCCGCCGACCGGTTATCCTCGTCGGAGTGTCCATTTTTTTGCTGGCACCGCCGGTCGCGGTTACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATa < 2:1365605/281‑1 (MQ=255)
ggCGCGGTTTCCGGCCGGTGGGGCCGCCGCCCGGGGGTCCTCGTCGGAAGGTCCATTTTGATGCTGGCAACCCTGGGCGCGGTCAGTACCTCCAGTTTGACGGTGTGGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATa < 2:1150607/280‑1 (MQ=255)
ggCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTTGTCGCGGTCACGACCTCCCGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATa < 1:1232504/280‑1 (MQ=255)
ggCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATa < 1:584014/280‑1 (MQ=255)
cGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGAGTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCCGGATACGAtg > 1:840224/1‑281 (MQ=255)
aTTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGAtgtg > 1:857934/1‑281 (MQ=255)
gcgTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGCCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGgcgc > 1:470588/1‑281 (MQ=255)
cgTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGgcgc > 1:131628/1‑280 (MQ=255)
cgTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGCTGGCGGCGTAATGGCGCGCACTTTACCGCGAGATTAATATACACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTACCAGCCTGTTAAACATgggg > 2:1475574/1‑214 (MQ=255)
tGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGc > 1:716483/1‑197 (MQ=255)
tGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGc < 2:716483/197‑1 (MQ=255)
gccgACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTa < 2:131628/280‑1 (MQ=255)
cggggttcctgtgtggAATGTCCGTTTGTGTGCCGGCACCTCTGGTCGCGGTCCCGCCATCCAGTTGGCCGGTGTTGAGTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCtt < 2:840224/266‑1 (MQ=255)
cgtcgGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTgg > 1:1298410/1‑278 (MQ=255)
cgGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGt < 1:565041/226‑1 (MQ=255)
tCCATTTTTATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGAGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTTGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCGGTTTACTCTTTTTGTTGGttagtttggttgg > 2:560663/1‑270 (MQ=255)
tttttATGCTGGCAACGCTTGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGTTACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGtgtg < 2:548070/281‑1 (MQ=255)
tttttATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGtgtg < 1:387245/281‑1 (MQ=255)
ttttctgcggcaagcGCTGGTGGAGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCAGCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGtgtg < 1:1506844/266‑1 (MQ=255)
tttATGCTGGCAACCCTGGTCGCGTTCACGACCTCCATTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGTGTGAc < 1:1362669/281‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGTGTGAcc < 1:1306700/281‑1 (MQ=255)
cTGGCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGt < 1:1482032/207‑1 (MQ=255)
gCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCTCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCCCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGAGACGATGTGGGACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGGTCTTTTGGCTGGTGTGACCTTCAGtct > 2:387245/1‑279 (MQ=255)
gCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCt > 2:1061519/1‑185 (MQ=255)
gCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCt < 1:1061519/185‑1 (MQ=255)
gCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATcggcg < 1:168294/202‑1 (MQ=255)
gCAACGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATcggcg > 2:168294/1‑202 (MQ=255)
gTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGTGTGACCTTCAGTATGGCCCGCTg > 1:882186/1‑281 (MQ=255)
tCGCGGTCCCGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGA‑CACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGgcgcgc < 2:1472357/223‑1 (MQ=255)
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
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ATGGCGCGTCCTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGTGTGACCTTCAGTATGGCCCGCTGGATGCCGGAAACGCGTCCGGTCGATGCACCGCGCACGCGCCTGCTTACCAGTTATAAAACGCTTTTCGGTAACAGCGGTTTTAACTGTTATTTGCTGATGC < M01186:115:000000000‑A8T0D:1:1104:11324:11300/301‑1 (MQ=60)
TGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATAAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGCTGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGTGTGACCTTCAGTATGGCCCGCTGGATGCCGGAAACGCGTCCGGTCGATGCCCCGCGCACGCGCCTGCTTACCAGTTATAAAACGCGTTTCGGTAACAGCGGTGTTAACTGTTATTTGCTGATG > M01186:115:000000000‑A8T0D:1:1102:7890:21873/1‑299 (MQ=60)
ATTTATATAAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGTGTGACCTTCAGTATGGCCCGCTGGATGCCGGAAACGCGTCCGGTCGATGCACCGCGCACGCGCCTGCTTACCAGTTATAAAACGCTTTTCGGTAACAGCGGTTTTAACTGTTATTTGCTGATGCTGATTGGCGGTCTGGCCGGGAT < M01186:115:000000000‑A8T0D:1:1108:25074:13997/301‑1 (MQ=60)
ATATAAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTG > M01186:115:000000000‑A8T0D:1:1107:14203:12708/1‑133 (MQ=60)
TAAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGTGTGACCTTCAGTATGGCCCGCTGGAGGCCGGAAACGCGTCCGGTCGATGCACCGCGCACGCGCCTGCTTACCAGTTATAAAACGCTTTTCGGTAACAGCGGCTTTAATTGTTATTTTCTGCTGCTGATTGGCGGTCTTGCCGGGGTTGCCGC > M01186:115:000000000‑A8T0D:1:2116:12354:5294/1‑300 (MQ=60)
AAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTC < M01186:115:000000000‑A8T0D:1:2106:18272:7739/136‑1 (MQ=60)
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CCAGCTATTGCCGATATGGCGCGCGATCTCAACGTCCGTGAAGGGGCGGTGCAGAGCGTAATGGGCGCTTATCTGCTGACTTACGGTGTCTCACAGCTGTTTTATGGCCCGATTTCCGACCGCGTGGGCCGCCGACCGGTGATCCTCGTCGGAATGTCCATTTTTATGCTGGCAA‑CGCTGGTCGCGGTCACGACCTCCAGTTTGACGGTGTTGATTGCCGCCAGCGCGATGCAGGGGATGGGCACCGGCGTTGGCGGCGTAATGGCGCGTACTTTACCGCGAGATTTATATGAACGGACACAGTTGCGCCATGCTAACAGCCTGTTAAACATGGGGATTCTCGTCAGTCCGTTGCTCGCACCGCTAATCGGCGGTCTGCTGGATACGATGTGGAACTGGCGCGCCTGTTATCTCTTTTTGTTGGTTCTTTGTGCTGGTGTGACCTTCAGTATGGCCCGCTGGATGCCGGAAACGCGTCCGGTCGATGCACCGCGCACGCGCCTGCTTACCAGTTATAAAACGCTTTTCGGTAACAGCGGTTTTAACTGTTATTTGCTGATGCTGATTGGCGGTCTGGCCGGGATTGCCGC > NC_000913/3854006‑3854595
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
