Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A16 F1 I0 R1
|
29 |
113.4 |
1962504 |
97.5% |
1913441 |
273.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,088,201 |
C→A |
5.7% |
intergenic (+341/‑83) |
metK → / → galP |
S‑adenosylmethionine synthetase/D‑galactose transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,088,201 | 0 | C | A | 5.7%
| 245.1
/ 3.9
| 70 | intergenic (+341/‑83) | metK/galP | S‑adenosylmethionine synthetase/D‑galactose transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/26); new base A (2/2); total (42/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 |
TTCTTCCTGATCACGTTTCACCGCAGATTATCATCACAACTGAAACCGATTACACCAACCACAACAGACAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAATGGGTCGTAAGCTCCATGATGTTCGGTGCGGCAGTCG > NC_000913/3087965‑3088485
|
ttcttcCTGATCACGTTTCACCGCAGATTATCATCACAACTGAAACCGATTACACCAACCACAACAGACAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCGTTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTc > 1:128239/1‑289 (MQ=255)
gATCACGTTTCACCGCAGATTATCATCACAACTGAAACCGATTACACCAACCACAACAGACAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATaaaa > 1:352899/1‑289 (MQ=255)
aTCACGTTTCACCGCAGATTATCATCACAACTGAAACCGATTACACCAACCACAACAGACAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATaaaaa > 1:256425/1‑289 (MQ=255)
aCCGCAGATTATCATCACAACTGAAACCGATTACACCAACCACAACAGACAAAGATTTGTAATATTTTCATTTTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCatat < 1:49181/289‑1 (MQ=255)
aGATTATCATCACAACTGAAACCGATTACACCAACCACAACAGACAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGa < 1:942311/288‑1 (MQ=255)
catcaCAACTGAAACCGATTACACCAACCACAACAGACAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGcatca > 1:967809/1‑289 (MQ=255)
aCCGATTACACCAACCACAACAGACCCAGATTTGTAATATTTTCATCTTCTTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAACTCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACTTCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTATTTCCCTATAAAAACTAACCATATTGTCGGGCATCATGCCTGACGCTaa > 2:260263/1‑289 (MQ=255)
aCCGATTACACCAACCACAACAGACAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTaa > 1:431812/1‑289 (MQ=255)
acaGACAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAAc > 1:222367/1‑289 (MQ=255)
aCAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAAt < 2:497612/233‑1 (MQ=255)
aCAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAAt > 1:497612/1‑233 (MQ=255)
aCAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAg > 2:915908/1‑288 (MQ=255)
aCAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACAATGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAgg > 1:488110/1‑289 (MQ=255)
ttttCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGt > 2:568445/1‑289 (MQ=255)
tttCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTc < 2:352899/289‑1 (MQ=255)
atatTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGAGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCt > 2:691212/1‑289 (MQ=255)
ttattCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCtt > 1:545123/1‑288 (MQ=255)
ttCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGcc > 2:295976/1‑288 (MQ=255)
ttttCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGa < 2:245615/210‑1 (MQ=255)
ttttCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGa > 1:245615/1‑210 (MQ=255)
ttttCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTg > 2:366344/1‑289 (MQ=255)
tttCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACAATGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTgg < 1:472293/289‑1 (MQ=255)
tCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTgg > 1:187200/1‑287 (MQ=255)
cTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGc < 2:187200/287‑1 (MQ=255)
aGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGatat < 2:431812/289‑1 (MQ=255)
aaaGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGatat < 1:295976/286‑1 (MQ=255)
aGATAACAGCGTTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGCTATCGGTGTAATTGCTGgc > 2:148103/1‑289 (MQ=255)
aGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGgc > 2:634287/1‑288 (MQ=255)
gttttAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTg < 2:128239/283‑1 (MQ=255)
gatgatATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATg < 1:634287/289‑1 (MQ=255)
taACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCa > 1:692653/1‑289 (MQ=255)
aCTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGa > 1:556683/1‑289 (MQ=255)
aaTTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTg > 1:790014/1‑60 (MQ=255)
aaTTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTg < 2:790014/60‑1 (MQ=255)
attattTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACt > 1:919556/1‑289 (MQ=255)
ttattTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCACCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCg < 1:722115/238‑1 (MQ=255)
ttattTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCACCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCg > 2:722115/1‑238 (MQ=255)
ttCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGca > 2:358955/1‑288 (MQ=255)
ttCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGca > 1:454125/1‑288 (MQ=255)
tCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGcac > 2:820122/1‑288 (MQ=255)
tCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACAATGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGcaca < 2:488110/289‑1 (MQ=255)
aTGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGcac < 1:921427/286‑1 (MQ=255)
aTGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGcac > 2:921427/1‑286 (MQ=255)
aTGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTGTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCacac > 1:533908/1‑288 (MQ=255)
gCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTCCTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAATCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAACAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATCTCGGTGTAAGTGCTGGAGCACTGCCGGTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCTCACACGCa > 2:677909/1‑289 (MQ=255)
tAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAAt < 2:256425/289‑1 (MQ=255)
aaaTCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAATg > 1:875556/1‑289 (MQ=255)
tAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAATGGGTCGt < 2:692653/289‑1 (MQ=255)
tAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAATGGGTCGt < 2:222367/289‑1 (MQ=255)
tAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAATGGGTCGt < 1:358955/289‑1 (MQ=255)
tAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAATGGGTCGt < 1:366344/289‑1 (MQ=255)
aCTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAATGGGTCGTaa > 2:942923/1‑289 (MQ=255)
aCTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGAGTACTTCGCACACGCCAGAATGGGTCGTaa > 2:442101/1‑289 (MQ=255)
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gtgtAAGCGATTACAATGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTCGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGTTGAATTCCAGCTTACTTCGCTTACGCAAGCATTGTGCGGAAGTCCCTTGATGTTTgg > 2:271402/1‑289 (MQ=255)
aGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCAGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGTCTGGATATCGGTGTAATTCCTGGCGCCCTGCCGTTTATTGCCGATGAATTCCAGATTACTTCGCATACGCAAGAATGGGTCGTAAGCCCCAGGATgttcggttcgt > 2:946961/1‑288 (MQ=255)
gATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAATGGGTCGTAAGCTCCATGATGTTCGGTGCGGc < 1:820122/287‑1 (MQ=255)
tACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCATATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAATGGGTCGTAAGCTCCATGATGTTCGGTGCGGCAGTcg > 1:398228/1‑289 (MQ=255)
|
TTCTTCCTGATCACGTTTCACCGCAGATTATCATCACAACTGAAACCGATTACACCAACCACAACAGACAAAGATTTGTAATATTTTCATATTATTATTCGGTTTTCACAGTTGTTACATTTCTTTTCAGTAAAGTCTTAATTGCAGATAACAGCG‑TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAATGGGTCGTAAGCTCCATGATGTTCGGTGCGGCAGTCG > NC_000913/3087965‑3088485
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
