Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F17 I0 R1
|
43 |
55.2 |
1410130 |
81.3% |
1146435 |
215.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,196,305 |
C→T |
100% |
R395C (CGT→TGT) |
icd → |
isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,196,305 | 0 | C | T | 97.6%
| 130.3
/ ‑6.0
| 49 | R395C (CGT→TGT) | icd | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (26/18); minor base G (3/1); total (30/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑CGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTA > NC_000913/1196089‑1196528
|
gCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTgatgga < 1:383775/227‑1 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGCAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑GGTCTGATGGATAGCGCt > 1:215255/1‑228 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCt > 1:28285/1‑228 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAAATGTTAAAGGAATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTTTGACTTCGAG‑GGTCTGATGGATGgcgtc > 1:69546/1‑226 (MQ=255)
ggTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTAGGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCt > 2:491275/1‑216 (MQ=255)
gTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTa < 1:491275/216‑1 (MQ=255)
gAAGGCGCCCTTTTTGAAGCCACCCACGGTCCTGCGCCGAAATAGGTCGGTCAGGACAAAGTAAATCCGGGCTCTATTATTCGCTCCGCTGAGATGATGCTGCGACACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCa < 2:69546/228‑1 (MQ=37)
ttttGAAGCCCCCCCCGGTACTGCTCCGAAATAGGCCGGTAAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGa < 2:215255/227‑1 (MQ=255)
ttcgagtcacccccGGGTCTGCGCCTAAATCGGCCGGGCAGGCCAAAGGAAATACGTGCTCTATTTGTCGCGCGGCTGGGATGATGCTGAGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAT‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAcg < 2:201709/221‑1 (MQ=18)
cccacGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGGTCATCg > 1:456913/1‑228 (MQ=255)
cccGGTTCTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCGCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGa < 1:7438/225‑1 (MQ=255)
aaaTATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGGAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGCGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAAAATGAAATAccta > 1:209881/1‑226 (MQ=255)
ccGGTTAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTg < 1:642680/227‑1 (MQ=255)
ggTAAATCCTGGCTCTATTAATCTCTCCGAGTAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAATCCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAAc < 1:702840/227‑1 (MQ=255)
aGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCAACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGAATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGCATTTGGTGACGCGATTATCGAAAACATGTAATGCCGTCGTTTTGTAACGTTATTaa > 1:288271/1‑227 (MQ=255)
ggCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGTTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGATCGTaa > 1:639204/1‑228 (MQ=255)
gCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTGAATTTGTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTTACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGAGGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATg < 1:33921/188‑1 (MQ=255)
ctctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTACATTTATTAACGGGAGCGTAACg > 1:34564/1‑228 (MQ=255)
tctctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGGGTAACGCTCCCgttg > 1:511078/1‑228 (MQ=255)
tcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAACACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGttt > 1:332588/1‑227 (MQ=255)
tcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGACGTAGTTTGTTAAATTTATTAAAGGGGGCGAAACGCTCCCGTTGttt > 2:406798/1‑227 (MQ=255)
cGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGGTGtttttt > 1:515906/1‑228 (MQ=255)
agagtatgCGGGGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑g < 1:617410/223‑1 (MQ=255)
atgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑CGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGAAACGACCCCGTTGTTTTTTGTTA‑Ggctgc > 1:551474/1‑228 (MQ=255)
gctgcGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGCCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGATGAAATGTTCAGAGTTTGGTGCCGCGATCATCGAAACCTTGTAATGCCGAAGTTTGTTAATTTTATTAACGGGGACGACACGCTCCCGCTGTTTTTGTTTA‑GGTTGCTa > 2:443784/1‑228 (MQ=255)
aaGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCCATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTa < 1:240276/155‑1 (MQ=255)
aaGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATAGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTa > 2:240276/1‑155 (MQ=255)
aGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGGAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGAAGCGTAACGCACCCGTTGTTTTTTGTTA‑GTCTGCTAAGTGTTATCAAAATTTTATCaaaa > 2:504453/1‑228 (MQ=255)
tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAACAAAAGTTATCAAAACCCCt > 1:170884/1‑228 (MQ=255)
tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCt < 1:39226/228‑1 (MQ=255)
tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGGTATCAAAATTTTATCAAAAAATATTTTCAAAAccccc > 2:416451/1‑227 (MQ=255)
tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GACTGCTAACGGTGATCAAAACTTTATCAATAAAAGTTATCAAAAACCCt > 1:320218/1‑228 (MQ=255)
aaGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCg > 1:424841/1‑228 (MQ=255)
tggTTTGGGAGGCGGAAGTCACGCTAAAACCGTAACCTAGGGCTTCGAG‑TGTCTGGTGGGTGGCGCTAACCTGCAGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCCATCAGCGAAAACATGTAATGTCTTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCgg < 2:288271/227‑1 (MQ=255)
tGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAACCATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGTAGCGTACCGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGATGCTTACGGTTATCAGAATTTTTTCAAAAAAATTTATCAAAAACCCTCgggtgtt > 2:343871/1‑223 (MQ=255)
tGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGATCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCG‑TGTTTTTTGGTAGGGCTGCTAACGGTGATCAAAATTTTATCTAAAAAAGTTATCAAACACACTCGTTAg > 1:306395/1‑226 (MQ=255)
tGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑GGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGATTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTccag > 1:305950/1‑155 (MQ=255)
ggAACGCGCAGTCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCgt < 2:305950/157‑1 (MQ=255)
cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGGG‑TGTCTGATGGATGACGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACCCGATCATCGAAAACATGTAATGACGTAGTTTGTTAAATTTGTTAACGAGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACTGTTATCAAAATTTTTTATAAAAAATTTGTAAAAACCCCTCTGGAGTTTGTGGGt > 2:697991/1‑228 (MQ=255)
cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTTTCCAAAAAAGTTATCa > 2:5545/1‑205 (MQ=255)
cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTGGTTTTGGGGt > 1:232968/1‑228 (MQ=255)
cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGt > 1:69216/1‑228 (MQ=255)
gcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCaa < 1:5545/205‑1 (MQ=255)
aaaaaCCGTAACCTTTTGCTTCGGGTTGTCT‑ATGGATGGCGCTAAACTGCGTAAATGTTCAGAGTTTGGTGTCGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGt < 2:28427/227‑1 (MQ=255)
ccGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGGTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAggt < 1:182604/228‑1 (MQ=255)
gTAACCTATGAATTCGAG‑GGTCTGATGGTTGGCGCAAAACTTCTTAAATGTTCAGAGTTTGGTTACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAggtgg < 2:639204/228‑1 (MQ=255)
cGAG‑TGTCTTAGGGAAGGCGGTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTATGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTctactacta < 1:443784/228‑1 (MQ=255)
cGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGACAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGTTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCCACAAAAGTTTTTAAAACCCCCCGGAATTTTTGGGGTAGGCTGGCAGGGCGAGTGGTGGTTcatctaata > 2:490094/1‑220 (MQ=255)
cGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTctactacta > 1:100362/1‑228 (MQ=255)
|
GCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑CGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTA > NC_000913/1196089‑1196528
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTG‑AAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGC > NC_000913/1196077‑1196553
|
GGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTG‑AAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAAC < M01186:129:000000000‑A5M8V:1:2102:13081:11747/250‑1 (MQ=60)
GTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTG‑AAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGCAAACCGTAACCTATGACTTCGAGGGTCTGATGGATAGCGCTAAACTGCTGAAA > M01186:129:000000000‑A5M8V:1:1107:18099:22478/1‑251 (MQ=60)
GTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTG‑AAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAA > M01186:129:000000000‑A5M8V:1:1101:14615:21658/1‑251 (MQ=60)
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
