Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F27 I0 R1
|
60 |
79.9 |
2053078 |
82.8% |
1699948 |
215.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,283,059 |
C→A |
13.6% |
D297Y (GAT→TAT) |
yejK ← |
spermidine nucleoid‑associated protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,283,059 | 0 | C | A | 13.6%
| 110.8
/ 2.6
| 44 | D297Y (GAT→TAT) | yejK | spermidine nucleoid‑associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/4); new base A (2/5); total (35/9) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 |
AAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGCGCACGTTCTGTC > NC_000913/2282821‑2283292
|
aacccccccccCGGCGGGGTTTTTGTTTTTTGCAGATTATGCCTGATTACGTGATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGAAAAGGCTTTTACGCCGCATCTTGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAgcatcgcatc < 2:1019327/236‑1 (MQ=255)
aCCCCGGTGCGGCGGGGGTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGGTCACGACGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAAATCGGC‑GGCGTGCATTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCaa < 1:378992/239‑1 (MQ=255)
ggcggGGTTTTTGGTTTCGGCAAGTTTTGGCGGATTCCGGTTTTGTTTTTTTTTCCCAGCCAGATAAGGGCTTCCAGCCGCATTGGGAATTCAGAA‑CCCAAATCCGATTAATTCCCGCCAGCCGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAATTTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCCCCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGt < 2:300173/239‑1 (MQ=255)
gcggGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTc > 1:258466/1‑239 (MQ=255)
cggGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCCCGCAAATTCGGCGGGCGT‑CCTTTAATGGTCAA‑GGAATCGGTTGCTGGATCCCAAAA‑GCTTCGTTCCCCTAACACCATCCCATACAAATTAAAAGTCa > 2:743685/1‑239 (MQ=255)
aTCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGGATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTCAACCTGACAGCCTGGCATCAAAGTTAATAGTCAAT‑CCACCCCCCCt > 1:901917/1‑239 (MQ=255)
aTTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCa > 1:113217/1‑238 (MQ=255)
aTTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGAATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAAAAGCATCCCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCCCCCCCCCCACCGGCAAACATccccc > 2:555648/1‑234 (MQ=255)
ttttttGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACCCAGTGTGCt > 1:929410/1‑239 (MQ=255)
ttttGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTAc > 1:296402/1‑239 (MQ=255)
ttttGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTAc > 1:362659/1‑239 (MQ=255)
ttttGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGAGTGCAAc > 1:386077/1‑239 (MQ=255)
aaaGGTGTTCCGGCCGCAT‑TGGGATTGAAAACCAAAAAACCTATTAATTGCCGCCAGCCGCCCGGCGTTGAAATTGGTCGCGAAATTCCGGC‑GGGGTCCTTTTAAGGGTCAA‑GTTATGGGTTGCTGGACCACAAAA‑GAGGCGTTCACCTAACAGCATCGCATAAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAg < 1:616243/238‑1 (MQ=255)
gCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGccct > 1:423330/1‑239 (MQ=255)
ttCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATATTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGctctct > 1:1005446/1‑238 (MQ=255)
cACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGCC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATAGGTTGCTGGACCCCAGAA‑GATGCGTTAACCTAACAGACTCGCCTACAAGTTAAAAGTCAAG‑CCACCCCCCCTACCGCCAACATTCGTCAACTGCAGCGCGGGGCTCCGTGCTGCCGGGAAGcacctatcc > 2:580711/1‑231 (MQ=255)
ccgcATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCaa < 1:907237/152‑1 (MQ=255)
ccgcATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCaa > 2:907237/1‑152 (MQ=255)
cgcATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAAACGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGTTACCGGCAAACTTCGTCAACTGCCGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAGGCTTCCTTCCAGTTc > 1:721783/1‑239 (MQ=255)
cAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCCCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTc > 2:830788/1‑238 (MQ=255)
cacaAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCTTAGCCTTTTTCAGCCGc > 1:794164/1‑239 (MQ=255)
cacaAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAACCTTTTTCAGCCGc > 1:714405/1‑239 (MQ=255)
aaaaCCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCaa > 1:862509/1‑238 (MQ=255)
aaaCCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAG‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCCGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCaaa > 1:958549/1‑238 (MQ=255)
aaCCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGGGCCTTTAACGGCCAA‑GGTATCGGTTCCTGGATCCCAGTA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATAGCATCAAAGTTAAACGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCTCCCAATGTCGTCAATTGACTAAGTGTGCTCCGCTCGTCCGGGAAGTCCTCTCCCAATTCGTACCCTTTTTCacctcacacc > 2:818903/1‑229 (MQ=255)
tttatgtcccgccAGGCGCCCGGGTCTGAAATGGGTCGCAAAATTTGGGC‑GGAGTGCTTTTAATGGTCAA‑GGTATCGTTTGCGGGACCCGAAAA‑GATGCATTCACTTAACAGCAACGCACAAAAGTTAATAGTCAAG‑CCTCCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTa < 1:667005/174‑1 (MQ=255)
aTTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTACTAGTCAAG‑CCACCGCGCCCACCGGAAACCCTCGTCAACTGACGCAGGGGGCTCCGGCCTGCCGGGAAGCACCCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCACCCCCAAACACCgct > 2:151643/1‑237 (MQ=255)
aTTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGCCCCAGTGCGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAACCTccctt > 1:455845/1‑236 (MQ=255)
aTTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTCCCGGGAAGCTCTCTTCCAGGTCGTAGCCTTTTTCAGCCCCAAACTCCGTg > 2:310867/1‑239 (MQ=255)
aaTTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCACCTGACGCAGTGTGCTa > 1:573663/1‑179 (MQ=255)
cgccgtgtgTCCGCCGCTATATTTGGTC‑CGCCAAATCGGG‑GGGGCGTCGTTTATGGCCAATGGTGTCGGTTCCTGCGCCCCAGAA‑GAGGCGTTCCACAAACAGCATCTAAGAAAGTTTAATGGCAAAG‑CGCCCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGCGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACt < 2:386077/231‑1 (MQ=255)
taaattggggcgcgAAATTTGGGG‑GGCGTGCTTTAAATGGTAAG‑GGTATCGGTGGCGGGACCCAAGAG‑GTTGCGTTCCCCTAACAGCATCGAATAAAAGTAAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCa < 1:743685/228‑1 (MQ=255)
gTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCCCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAATTCGCTCTCTTCccctg > 1:494756/1‑238 (MQ=255)
tCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCgcctg > 1:568488/1‑237 (MQ=255)
cAA‑GGAATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTCCGCCTGCCAGCTCTTTCGACAACGATTTAAGTCCGACCTCTTAccctgct > 1:875715/1‑237 (MQ=255)
tttCGGTTCCGGGACCCAAAAA‑GTTGCTTCCCCATAACGGCCTCCCAAAAAATTTAATAG‑CAAGCCCCCCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAg < 1:555648/236‑1 (MQ=255)
cggtttgcgggtCCCAGAAGGATGCGTTCCCCTAACAGCACCTCACCAAGTTTAATTGTCAGC‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAgctg < 1:544470/228‑1 (MQ=255)
gCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCGGCTCAt > 1:763839/1‑238 (MQ=255)
cTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGACTGCCTGCAGCTGCTCAtt > 1:701949/1‑238 (MQ=255)
cTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGGGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTATTCGCCCGCCTGCAgctgccaatt > 1:779627/1‑233 (MQ=255)
gATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCCCTTTCGACAGCGATTCCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAg > 1:991816/1‑239 (MQ=255)
tGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATaaa > 1:250643/1‑237 (MQ=255)
gCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGCCAGCGATTTCCGTTCCACCTCTCTGCCTGCCCGCCACTGCCCATTACCGTACCTAAAAAcc > 2:387869/1‑238 (MQ=255)
gCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATaaa > 1:396016/1‑236 (MQ=255)
ttCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGAAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGCCAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCCGCTGCCCATTACAGTAGCTATAAACct > 1:728356/1‑236 (MQ=255)
cgcatcAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCGGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTCTaaa > 1:74663/1‑218 (MQ=255)
cgcatcAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGc > 1:151040/1‑143 (MQ=255)
cgcatcAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGCTTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCCCATTACAGAACCTATAAACCTCCTGCCCCCCGTTCTGt > 2:121220/1‑238 (MQ=255)
cgcatcAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGGCCACGTTCTGtg > 2:260124/1‑238 (MQ=255)
cgcatcAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGCGCACGTTCTGt > 1:936054/1‑238 (MQ=255)
|
AAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAA‑CACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGC‑GGCGTGCCTTTAATGGTCAA‑GGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAA‑GATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATCAAAGTTAATAGTCAAG‑CCACCGCCGCTACCGGCAAACTTCGTCAACTGACGCAGTGTGCTACGGTCTGCCGGGAAGCTCTCTTCCAGTTCGTAGCCTTTTTCAGCCGCAAACTCCGTGAAGCTCACTTCGCTTACGCCTGCCAGCTCTTTCGACAGCGATTTCAGTTCGATCTCTTCGCCTGCCTGCAGCTGCTCATTACAGTAGCTATAAACCTGCTGGCGCACGTTCTGTC > NC_000913/2282821‑2283292
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
