Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F36 I0 R1
|
80 |
95.4 |
3476014 |
97.7% |
3396065 |
133.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,560,985 |
C→A |
21.2% |
intergenic (+87/‑383) |
yffL → / → yffM |
CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,560,985 | 0 | C | A | 21.2%
| 74.5
/ 3.9
| 39 | intergenic (+87/‑383) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/17); new base A (5/4); total (18/21) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAG > NC_000913/2560841‑2561129
|
ggCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaa < 1:431419/148‑1 (MQ=255)
aaaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTg < 6:307190/148‑1 (MQ=255)
gCACCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:132491/147‑1 (MQ=255)
cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 6:383389/147‑1 (MQ=255)
aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaaa < 8:340715/133‑1 (MQ=255)
aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaaa > 7:340715/1‑133 (MQ=255)
aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACCTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa < 6:401101/148‑1 (MQ=255)
aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCATAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa < 7:103756/148‑1 (MQ=255)
aGTTATTATTAAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCTCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTTGGTAAAAATTTGCCTTTAATGTGGGAAAAAAg > 1:420264/1‑147 (MQ=255)
gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGTAATCAGGCGGGCAATGTTCACGCCTTTTATTTGCCTTAAATCCATGAATTCAGGGGTGTCAAAAGTTGCCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 6:369065/148‑1 (MQ=255)
gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGATTGGTGTGTAAAAAGTAGACTTTAAGGAGTGTCAAAAttt > 8:257345/1‑148 (MQ=255)
ttattaTTCTAGCAGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGGCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGATTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg < 8:183829/148‑1 (MQ=255)
tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGTTGGGTAAAATTTTGCCTTAAAGGTGGGGAAAATGTTg > 7:325925/1‑147 (MQ=255)
tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg > 6:124630/1‑135 (MQ=255)
tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 5:124630/135‑1 (MQ=255)
tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAATGATGGGTAAAAAGTTTCCTTTAAGGAGCGTGAAAAGttt > 2:373983/1‑146 (MQ=255)
tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCAGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTTGGTAAAAATTTGACTTTAAGGAGGGTCAAAATTTg > 4:402752/1‑147 (MQ=255)
ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCAGtt > 5:310705/1‑147 (MQ=255)
ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTTAGGGGGGTGGAAATTTggagtg > 5:52801/1‑142 (MQ=255)
gacGTATAACATGAAATAACGGAATAAGCAGTGCAATTTTCCCTCCTTTTCTTTGCCTTAATTCAATGAATTCATGTGGGTCATAAGTTGCCGTTTTTGTTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 6:301744/144‑1 (MQ=25)
cAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg > 7:211545/1‑97 (MQ=255)
cAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 8:211545/97‑1 (MQ=255)
ggCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGGTCAAAATATGCATTTTAGGAGGGTGAAATTTTGGCGTATAGGTGTGTGAAATTTTGACTAGTAAGGAttg > 3:166921/1‑146 (MQ=255)
gTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAATGGTGGCTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGCTGAAAAGTTGACTCGTAAGCATTGTACTAGTAAg > 3:202930/1‑147 (MQ=25)
ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCTAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 3:143536/64‑1 (MQ=255)
tctgctaaaaaGTACCCCTTATTGCTGGGTAAAAACCTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtcg < 7:257345/139‑1 (MQ=37)
ttctaatttGCCTTTATTGTGGGGTAAATACTAGCAGTTCAGTTGGTTCAAACTATGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATag < 2:338026/141‑1 (MQ=255)
aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGGCTAATGTTGACGAGAAAGAATTCTACTATTAAGATTTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTATCGGTCGGTCATa > 1:171361/1‑145 (MQ=37)
aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGATGTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTATCCTCCCGGTCGGTCATagagc > 2:295143/1‑147 (MQ=255)
gTTTGTGGGGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 5:334358/148‑1 (MQ=255)
gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc > 3:36148/1‑145 (MQ=255)
cttAGTGGTTCGTCAAAAGATTCCGTTAAGGTTGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 3:164288/147‑1 (MQ=38)
tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttt < 2:339696/112‑1 (MQ=255)
tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttt > 1:339696/1‑112 (MQ=255)
aGTGCTGGGTCATTACTAGCCTTTTAGGTGGGTTAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag < 8:236412/147‑1 (MQ=255)
ctggtggGTCAATACGAGCCGTTTAGTTGGGTAAAATGTAGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTACGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGGCGCCTAGAGt < 5:28743/146‑1 (MQ=255)
ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTGGGACAAAAGTTTCAGAGAAAGAATTCTACAATTAAGAATTCAAGGCGACGGCAGTTATTTATCATCACGGGCGGTCATAGAGAGGCGAATAGAGTTa > 4:186447/1‑147 (MQ=21)
tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 7:138059/1‑147 (MQ=255)
gggTAAATAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACa < 6:310705/148‑1 (MQ=255)
cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 7:113842/1‑145 (MQ=255)
cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 1:84125/1‑145 (MQ=255)
|
GGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAG > NC_000913/2560841‑2561129
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
