Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F15 I1 R1
|
10 |
34.7 |
1290222 |
96.6% |
1246354 |
128.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,683,472 |
G→T |
intergenic (‑25/+158) |
dctA ← / ← yhjK |
C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,683,472 | 0 | G | T | 100.0%
| 123.8
/ NA
| 36 | intergenic (‑25/+158) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (17/19); total (17/19) |
AGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGT > NC_000913/3683327‑3683613
|
aGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTc < 6:79777/149‑1 (MQ=255)
ggTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATgg < 6:104838/149‑1 (MQ=255)
tCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAAt < 2:120851/148‑1 (MQ=255)
tAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACAcc > 2:75973/1‑148 (MQ=255)
aGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACAcc > 1:78477/1‑147 (MQ=255)
aGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACAcc > 3:124880/1‑147 (MQ=255)
aTGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGac > 7:12918/1‑148 (MQ=255)
tGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAAAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGacaa < 5:62860/149‑1 (MQ=255)
aaGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATca > 6:153946/1‑149 (MQ=255)
ggAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATcaca < 2:78477/149‑1 (MQ=255)
gagaATACCAAAGGCTATCTCTGTCAGGACATGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGTTTTTAATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCAAATGTATTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCTGCCTTAAAATAAAACCAAGACAACATca > 8:7673/1‑146 (MQ=255)
ccAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGt < 8:12918/148‑1 (MQ=255)
cAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAAt > 6:149340/1‑145 (MQ=255)
cAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAAt < 5:149340/145‑1 (MQ=255)
cAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTAc > 2:84747/1‑149 (MQ=255)
cAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTAc < 5:153946/149‑1 (MQ=255)
cAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTAc > 8:12955/1‑149 (MQ=255)
aTGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCt < 7:7673/149‑1 (MQ=255)
gCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGa < 1:75973/149‑1 (MQ=255)
tCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAAtt < 1:84747/147‑1 (MQ=255)
tAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATggg > 7:141426/1‑72 (MQ=255)
tAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATggg < 8:141426/72‑1 (MQ=255)
gCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAAt < 5:83004/111‑1 (MQ=255)
gCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAAt > 6:83004/1‑111 (MQ=255)
tttAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGttt > 3:94998/1‑148 (MQ=255)
aaaCAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGttt < 7:131563/145‑1 (MQ=255)
aaaCAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGttt > 8:131563/1‑145 (MQ=255)
tgtCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAAtt > 7:93384/1‑100 (MQ=255)
tgtCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAAtt < 8:93384/100‑1 (MQ=255)
tCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACttt < 4:124880/148‑1 (MQ=255)
cTTTAGTAAAACCACATGTCTTGAAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACAACCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAACGTTAAAAAGTTTGAGCAGGCTCGCACAAACCAGCACttttt > 3:41698/1‑148 (MQ=255)
aaaCCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTg < 7:12955/149‑1 (MQ=255)
aaaCCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTg > 2:178447/1‑149 (MQ=255)
aaCCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTTAAATAACACGCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGt < 4:41698/149‑1 (MQ=255)
ccACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAg > 4:32694/1‑129 (MQ=255)
ccACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAg < 3:32694/129‑1 (MQ=255)
|
AGCCGTCGCCAAGCGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGT > NC_000913/3683327‑3683613
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGT > NC_000913/3683368‑3683613
|
TAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCC > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11306:1738:16649/1‑149 (MQ=60)
TAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCC > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21303:14458:6345/1‑149 (MQ=60)
AATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACA > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11407:2958:6698/1‑150 (MQ=60)
ATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAAAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAAC < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11603:17500:5629/151‑1 (MQ=60)
CCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACC < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21606:23925:10739/151‑1 (MQ=60)
CCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATG < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21604:2520:10521/147‑1 (MQ=60)
AATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTG < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11404:12267:16393/151‑1 (MQ=60)
GGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGAT < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11305:3232:17215/151‑1 (MQ=60)
GTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTG < NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11309:22887:4277/149‑1 (MQ=60)
GTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGG > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21612:2424:7293/1‑74 (MQ=60)
GGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATG < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11611:8689:10362/113‑1 (MQ=60)
TTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTG > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21111:20031:19048/1‑150 (MQ=60)
TAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTG < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21606:19094:18577/147‑1 (MQ=60)
GTGTCCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTG > NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21411:12139:3220/1‑102 (MQ=60)
CCTTTAGTAAAACCACATGTCTTGAAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACAACCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAACGTTAAAAAGTTTGAGCAGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTA > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11210:8232:6837/1‑150 (MQ=60)
AAAACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGT < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:11407:16193:6961/151‑1 (MQ=60)
ACCACATGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGC < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11205:18382:17073/131‑1 (MQ=60)
|
TAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGT > NC_000913/3683368‑3683613
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
