Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F75 I0 R1
|
89 |
94.9 |
3159934 |
98.0% |
3096735 |
144.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,560,996 |
G→T |
22.0% |
intergenic (+98/‑372) |
yffL → / → yffM |
CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 22.0%
| 95.3
/ 4.3
| 54 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/18); new base T (7/6); total (30/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560854‑2561144
|
tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAATAAGTTGCCGTTAAgg > 5:45407/1‑149 (MQ=255)
cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 2:403869/149‑1 (MQ=255)
cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTAAAGTTg > 3:226662/1‑149 (MQ=255)
aaCGAATACCAGTTATTATTCATGCCGTTCAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGTGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 6:117117/149‑1 (MQ=255)
aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 2:151607/149‑1 (MQ=255)
aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGATTGGTGGGTCATATTTTGCCGTTAAGGTgg > 5:387782/1‑149 (MQ=255)
aaCGAATACCAGATATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 2:364247/149‑1 (MQ=255)
aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTgtg > 6:310633/1‑147 (MQ=255)
aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAAGGTGTGTAAAAATTTGACTTAAaggaggctg > 3:160015/1‑145 (MQ=255)
aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGTTGGGTAAAAAGTTGCATTTAAGGAGGGTCa > 6:329874/1‑148 (MQ=255)
tACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGTCaa > 3:202620/1‑148 (MQ=255)
ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg > 7:315258/1‑149 (MQ=255)
aGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt > 5:171104/1‑149 (MQ=255)
aGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 8:315258/149‑1 (MQ=255)
aGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGAGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTCCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 4:124145/149‑1 (MQ=255)
gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAATTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAAttt > 8:222709/1‑148 (MQ=255)
attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:111848/148‑1 (MQ=255)
ttattCAAGCCGTACAACATTAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 3:230403/149‑1 (MQ=255)
ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGtt > 7:146238/1‑147 (MQ=255)
ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAGTGGTGGGTAAAAATTTGACTTTTAGGAGGCGCAAAAttttgctatt > 2:133047/1‑141 (MQ=255)
gCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 7:364969/149‑1 (MQ=255)
caacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg > 8:265769/1‑139 (MQ=255)
caacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 7:265769/139‑1 (MQ=255)
caTTAAATAACTCAATCAGTCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTCATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 2:383058/136‑1 (MQ=37)
caTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg > 1:383058/1‑136 (MQ=255)
tGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGGGGCTCAAAATTTGCCGGGTAGGTGGGGGAAAAGTTg > 7:9976/1‑149 (MQ=255)
aaaTAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAATTTGCCTGTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACTATAAGGTGTGTGAAAATTTgac > 3:225834/1‑147 (MQ=255)
aTAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAGAAGTTGCCGa < 7:278760/149‑1 (MQ=255)
aattatCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTGCATGAATTCAGGTTGGTAAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTaa < 1:107967/144‑1 (MQ=38)
ttCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGAGGAGGGTAAAAAGTTGCCGTGAAGGATCGGCAAAAGTTGACGAATACGAGGCTCAAAAGTTGCGGAGGAAAAATTATAAGAGTAAGaa > 2:349343/1‑148 (MQ=16)
cccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTAAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGaa < 5:316140/146‑1 (MQ=255)
ttttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAATTTGAAGTTAAGGTGTGTCTAAATTTGAATAGTAAGAATTCTACTAATAAGAATTGTACGc > 1:317943/1‑148 (MQ=21)
tacTTAATTCAATTAATTCATGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 6:20015/93‑1 (MQ=18)
gCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCACAAGTTGCCTTTAAGGTgg > 5:20015/1‑95 (MQ=255)
ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGCCGGGAGtt > 7:62832/1‑149 (MQ=255)
aatCCATGAATTCAGGCGGGTCAAAAGACGCCTTTATTGGTGTGTCCAAACTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTa < 1:261659/147‑1 (MQ=37)
aTTCAATGAATTCATGTTGGTCAAAAGCTGGCGTTAGTGGGGGGTAAAAACTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTa < 5:310633/149‑1 (MQ=37)
tttcATGAATTCTGTTGGCTCAAAAGTACGCTTTAGTGGTGGGTAAAAAGTCGCCTTTACGGTGGGTCAAAAGGTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTATGCGACGGGAGTTTTTTa < 6:190782/145‑1 (MQ=25)
ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAATTTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGAAGTGAAGGGGTGGGAAATTTTGCCGAGTATGGAGTGTACGATTAGGATTTGTTCGCGTCGGGAGtttttttg > 2:360246/1‑147 (MQ=12)
aTTCAGGTTGGTTAAAAGTAGCCTTTATGGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGTTGGGTCAAAAGTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcgg < 8:146238/149‑1 (MQ=37)
gggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAATAAGAATTCTAGGCGACGTGATATTTTTAGCCTCACGGTCGGTCa > 2:180834/1‑148 (MQ=37)
aGTTGCCCTTTCTGGTGGGTAAATAGTTGCCTTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTc < 8:201646/149‑1 (MQ=38)
ttGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGGCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGATTTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTATCATCCCTGTCGGTCATAGAGAGTct > 5:297106/1‑147 (MQ=37)
tGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCCGAGTAAGATTTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGGCGGTCATAGAGAGTCTcc > 5:65457/1‑149 (MQ=255)
gtggtgGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGTGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGtt > 3:313000/1‑148 (MQ=255)
gtggtgGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGAAAGAATTCTACTATTAAGAATACTAGGCGACGGGAGTATTTTAGACTCCCGCTCGCTCATAGAGAGTCGCCTagagat > 4:364381/1‑146 (MQ=37)
gtggtgGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGGTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGACTTCAAGGCCACGGGCGGTTTTTAGCATCCCGGGCGGTCATAGAGCTTCGCCTAGAGtt > 3:216431/1‑148 (MQ=25)
tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCGACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 2:385526/1‑147 (MQ=255)
aaaaGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGGGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAgaagaa < 7:222709/149‑1 (MQ=255)
aaaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAgaagaa > 2:22158/1‑149 (MQ=255)
aGTTGCCGTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatta < 7:218487/149‑1 (MQ=255)
gTTGCCGTTCATGTTGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattat < 6:297106/149‑1 (MQ=255)
ttGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCGACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGGTTTTTTGCCGCCCGGTGGGTCATTGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACa > 6:367772/1‑138 (MQ=38)
gtGCCTTTTAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattat < 8:9976/147‑1 (MQ=255)
gTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgcc > 7:165498/1‑149 (MQ=255)
|
TGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560854‑2561144
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
