Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
66 |
46.7 |
5280542 |
98.1% |
5180211 |
47.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_017635 |
2,322,282 |
A→G |
A137A (GCT→GCC) |
ECW_RS11650 ← |
head completion/stabilization protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_017635 | 2,322,282 | 0 | A | G | 100.0%
| 101.8
/ NA
| 28 | A137A (GCT→GCC) | ECW_RS11650 | head completion/stabilization protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (10/18); total (10/18) |
CACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCAGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCACGCCGCGGTAAC > NC_017635/2322250‑2322325
|
cacaGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGccc < 1:1668492/48‑1 (MQ=12)
cacaGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGccc < 2:544530/48‑1 (MQ=12)
cacaGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGccc < 2:2105927/48‑1 (MQ=12)
aGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTg > 2:875802/1‑48 (MQ=255)
aGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTg < 2:2081574/48‑1 (MQ=255)
aGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTg < 2:1167460/48‑1 (MQ=255)
cTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGc < 1:2401458/48‑1 (MQ=255)
cTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGc < 2:2324616/48‑1 (MQ=255)
atcaATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCa < 2:56784/46‑1 (MQ=255)
tcaATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTg > 1:1444094/1‑48 (MQ=255)
tcaATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTg > 1:1047749/1‑48 (MQ=255)
caATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTgg > 2:1356771/1‑48 (MQ=255)
aTGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCa < 2:1662859/48‑1 (MQ=255)
aTGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCa < 2:25844/48‑1 (MQ=255)
aTGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCa < 2:2414974/48‑1 (MQ=255)
ggTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATc > 2:1470448/1‑48 (MQ=255)
gTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATcc < 1:601733/48‑1 (MQ=255)
gTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATcc < 2:440857/48‑1 (MQ=255)
gTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATcc < 1:221462/48‑1 (MQ=255)
gTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATcc < 1:180097/48‑1 (MQ=255)
tGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCa > 1:77960/1‑48 (MQ=255)
tGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCa > 2:1760501/1‑48 (MQ=255)
cTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCAcg < 2:1573767/48‑1 (MQ=255)
cAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCAcgccgc > 2:2513866/1‑48 (MQ=255)
gCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCACGCCGCGGt > 2:2395592/1‑47 (MQ=255)
cTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCACGCCGCGGTa < 1:783812/47‑1 (MQ=255)
cTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCACGCCGCGGTa < 2:746755/47‑1 (MQ=255)
tGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTTGCACTGGCATCCACGCCGCGGTAAc > 2:2280682/1‑48 (MQ=11)
|
CACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCAGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCACGCCGCGGTAAC > NC_017635/2322250‑2322325
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CATATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCAGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCACGCCGCGGTAAC > NC_017635/2322240‑2322325
|
CATCTCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2107:11152:13589/51‑1 (MQ=0)
CATATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCAGCCTTCTT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1105:15422:7271/1‑51 (MQ=0)
ATATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTG > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2102:19352:14914/1‑51 (MQ=0)
ATATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTG > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1105:4361:19893/1‑51 (MQ=0)
ATATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTG > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2101:15609:5532/1‑51 (MQ=0)
ATATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTG > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1110:8345:9739/1‑51 (MQ=0)
ATATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTG > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1107:21200:11810/1‑51 (MQ=0)
ATATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCAGCCTTCTTG > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1101:7303:10597/1‑51 (MQ=0)
ATATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCAGCCTTCTTG > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2114:13475:18541/1‑51 (MQ=0)
ATATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCAGCCTTCTTG > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2103:25437:7957/1‑51 (MQ=0)
tccCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1102:6295:13882/46‑1 (MQ=0)
TATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCAGCCTTCTTGT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1112:15204:15914/1‑51 (MQ=0)
GCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1106:4537:9322/51‑1 (MQ=3)
GCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2114:20689:21020/51‑1 (MQ=3)
CCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2101:12636:7699/51‑1 (MQ=7)
GCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCAC < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2107:27351:15670/51‑1 (MQ=26)
CATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGG > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1109:20900:27371/1‑51 (MQ=32)
CATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGG > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1113:10888:10789/1‑51 (MQ=32)
CATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGG > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2110:2928:18602/1‑51 (MQ=32)
GGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCAC < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1106:16479:7752/51‑1 (MQ=60)
GGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCAC < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1102:7132:25362/51‑1 (MQ=60)
GGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCAC < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1102:2352:16538/51‑1 (MQ=60)
GGTGCTGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCAC > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1101:20536:19261/1‑51 (MQ=60)
TGTCAATGCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCACGCCGC > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2111:9394:15893/1‑51 (MQ=32)
GCTGTCGGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCACGCCGCGGTAAC < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1107:20603:20466/50‑1 (MQ=33)
|
CATATCCCGCCACAGCTCATCAATGGTGCTGTCAATGCTGTCAGCCTTCTTGTCGCCCTTGGCACTGGCATCCACGCCGCGGTAAC > NC_017635/2322240‑2322325
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
