Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,237,242 |
+C |
intergenic (+55/‑342) |
ygjT → / → ygjU |
putative transport protein/putative transport protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,237,240 | 1 | . | C | 98.7%
| 475.3
/ ‑1.1
| 156 | intergenic (+53/‑344) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (86/68); total (86/70) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
CTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCA > NC_000913/3237148‑3237325
|
cTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTtct < 1:177973/93‑1 (MQ=255)
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTtct‑c < 1:2723858/93‑1 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTtct‑cc > 2:4288930/1‑93 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTtct‑cc > 1:3877878/1‑93 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTtct‑cc > 1:205089/1‑93 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGAGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTtct‑cc > 2:4190614/1‑93 (MQ=255)
ggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTtct‑ccc < 2:2466666/93‑2 (MQ=255)
ggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTtct‑ccc < 1:2098074/93‑2 (MQ=255)
gTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTtct‑ccct < 2:1431394/93‑3 (MQ=255)
gTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTtct‑ccct < 1:223564/93‑3 (MQ=255)
aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑cc < 1:72246/93‑1 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑ccc > 1:539296/1‑92 (MQ=255)
aTCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑ccctt > 1:2074523/1‑90 (MQ=255)
tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑cccttc > 1:1045885/1‑89 (MQ=255)
tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑cccttc > 1:3615634/1‑89 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa < 2:3214581/93‑1 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa > 1:767988/1‑93 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAg < 1:668071/93‑1 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAg < 2:2745129/93‑1 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAg < 2:4411050/93‑1 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAg < 1:1915982/93‑1 (MQ=255)
aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAggg > 2:3732009/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGga < 1:4614689/93‑1 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGga > 2:3583448/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGga < 1:2134429/93‑1 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGGGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGga > 2:2631416/1‑93 (MQ=255)
gATAAGCAGCGGGGTGTATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgag < 2:2555723/93‑1 (MQ=255)
gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgag < 1:117948/93‑1 (MQ=255)
gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgag < 2:3275572/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgagg < 1:3354095/93‑2 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgagg < 1:4406982/93‑2 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgagg < 2:3195030/93‑2 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgaggg < 2:1790270/93‑3 (MQ=255)
aaGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAgggg < 2:1337911/93‑1 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGgggg < 2:3671634/93‑1 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGt < 2:2805972/93‑1 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCgg > 1:3428434/1‑93 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCgg < 1:2615888/93‑1 (MQ=255)
cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCggg > 1:1996204/1‑93 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGt < 1:762792/93‑1 (MQ=255)
ggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTg > 2:2454508/1‑93 (MQ=255)
gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGa > 1:3013331/1‑93 (MQ=255)
tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAg < 1:864956/93‑1 (MQ=255)
tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAg < 2:971537/93‑1 (MQ=255)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAggg < 1:1073197/93‑1 (MQ=255)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAggg > 1:3709509/1‑93 (MQ=255)
tAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAgggga > 2:2827224/1‑91 (MQ=255)
tAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTa > 1:4094166/1‑93 (MQ=38)
tAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTa > 1:3600691/1‑93 (MQ=38)
tAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGAGAGGGTa > 1:2133968/1‑93 (MQ=255)
tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt > 1:3337201/1‑93 (MQ=38)
tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAAtttt > 2:568835/1‑93 (MQ=38)
tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAAtttt < 1:4191695/93‑1 (MQ=255)
ttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAAttttt > 1:252103/1‑93 (MQ=38)
aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCg > 1:3286135/1‑93 (MQ=38)
aTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGc > 2:477637/1‑93 (MQ=38)
aTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGc > 1:1484855/1‑93 (MQ=38)
tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa > 2:1599250/1‑93 (MQ=38)
tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa < 2:342694/93‑1 (MQ=37)
tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa < 2:4468614/93‑1 (MQ=37)
cTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAc < 1:2845765/93‑1 (MQ=38)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 1:4313680/1‑93 (MQ=38)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 2:1776741/1‑93 (MQ=38)
gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg < 1:4149294/93‑1 (MQ=38)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 2:2897040/1‑93 (MQ=38)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt < 1:3982663/93‑1 (MQ=255)
tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg > 1:2591041/1‑93 (MQ=38)
gCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg > 2:2321219/1‑93 (MQ=38)
gtgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGcc > 1:787263/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt < 1:272059/93‑1 (MQ=38)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 2:2034739/1‑93 (MQ=37)
gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg < 1:2499581/93‑1 (MQ=38)
tACCCTGTCATCAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGt < 2:2487338/93‑1 (MQ=25)
aCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGtt > 1:3205416/1‑93 (MQ=37)
aCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGtt > 1:1614813/1‑93 (MQ=37)
aCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGtt < 2:3339304/93‑1 (MQ=38)
aCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGtt > 1:4461096/1‑93 (MQ=37)
cccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTc < 2:2808721/93‑1 (MQ=38)
cccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTc > 1:2650788/1‑93 (MQ=37)
cTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTccc > 2:1095170/1‑93 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc > 2:2974933/1‑93 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc > 2:3085465/1‑93 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc > 2:3359920/1‑93 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc < 2:3524666/93‑1 (MQ=37)
gTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCt > 1:4522276/1‑93 (MQ=37)
ttAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAcc > 2:4360257/1‑93 (MQ=25)
aaCATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCCCCCAcccc > 1:154818/1‑92 (MQ=25)
aCATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTa > 1:4338666/1‑93 (MQ=21)
aCATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTa < 1:4276925/93‑1 (MQ=21)
cATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccccccccccca > 1:973283/1‑90 (MQ=25)
cATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTaa < 1:3042541/93‑1 (MQ=21)
aTGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAc > 1:2320777/1‑93 (MQ=21)
gAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAccc > 1:3838206/1‑93 (MQ=21)
gAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAccc > 2:1538983/1‑93 (MQ=21)
gCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCCCCCCCCCCCAccccc > 2:4155983/1‑91 (MQ=18)
gCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTGCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCctc < 2:3958926/93‑1 (MQ=18)
cGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCcccc > 1:178225/1‑93 (MQ=18)
gTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTcccc < 2:3605194/93‑1 (MQ=17)
gTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTcccc > 2:2387873/1‑93 (MQ=18)
ttttCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCa > 1:3135238/1‑93 (MQ=18)
|
CTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCA > NC_000913/3237148‑3237325
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAG > NC_000913/3237149‑3237336
|
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CC > SRR4302535.206496/1‑94 (MQ=60)
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CC > SRR4302535.3904508/1‑94 (MQ=60)
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CC < SRR4302535.2743312/94‑1 (MQ=60)
GGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CCC > SRR4302535.2576154/1‑94 (MQ=60)
GGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CCC > SRR4302535.219791/1‑94 (MQ=60)
GGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CCct < SRR4302535.2113204/94‑3 (MQ=60)
GTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CC‑CT‑C < SRR4302535.225103/94‑1 (MQ=60)
TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCT < SRR4302535.1995050/94‑1 (MQ=60)
TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCT > SRR4302535.4296729/1‑94 (MQ=60)
GAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCT‑C < SRR4302535.1557251/94‑1 (MQ=60)
GAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGGGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCT‑C > SRR4302535.577788/1‑94 (MQ=60)
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CCctctccc < SRR4302535.72772/94‑8 (MQ=60)
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CCctctccc > SRR4302535.543059/1‑87 (MQ=60)
TATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CCctctccctt > SRR4302535.2089466/1‑85 (MQ=60)
ATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CCctctcccttc > SRR4302535.3640701/1‑84 (MQ=60)
ATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CCctctcccttc > SRR4302535.1053297/1‑84 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCA < SRR4302535.101727/94‑1 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCA > SRR4302535.3276002/1‑94 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCA > SRR4302535.773394/1‑94 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCATTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCA > SRR4302535.2763245/1‑94 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGG < SRR4302535.3478279/94‑1 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGG < SRR4302535.4329102/94‑1 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGG < SRR4302535.1929789/94‑1 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGG < SRR4302535.672727/94‑1 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302535.1086275/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAG < SRR4302535.3820608/94‑1 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAG < SRR4302535.4419562/94‑1 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAG < SRR4302535.4646043/94‑1 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAG < SRR4302535.2149809/94‑1 (MQ=60)
GATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGG < SRR4302535.1824079/94‑1 (MQ=60)
GATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGG < SRR4302535.118777/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGG < SRR4302535.3377451/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGG < SRR4302535.302604/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGG < SRR4302535.4437141/94‑1 (MQ=60)
AAGCAGCGGGGTGGTTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCGCCGTTTTCAC‑CCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGG < SRR4302535.4047002/94‑1 (MQ=60)
GCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTGACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTC > SRR4302535.2705065/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGG > SRR4302535.3452265/1‑94 (MQ=60)
GCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGG > SRR4302535.2010576/1‑94 (MQ=60)
GCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGG < SRR4302535.2634646/94‑1 (MQ=60)
GGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGT < SRR4302535.3984988/94‑1 (MQ=60)
GGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTG < SRR4302535.768168/94‑1 (MQ=60)
GGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGA > SRR4302535.3034447/1‑94 (MQ=60)
GTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAG < SRR4302535.4133158/94‑1 (MQ=60)
TGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGG < SRR4302535.871068/94‑1 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCATCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGG < SRR4302535.2530346/94‑1 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302535.3735200/1‑94 (MQ=60)
GATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGT < SRR4302535.1080827/94‑1 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTA > SRR4302535.4122185/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTA > SRR4302535.2084853/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTA > SRR4302535.3625676/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTA > SRR4302535.681884/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGGGAGGGTA > SRR4302535.3315974/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGAGAGGGTA > SRR4302535.2149346/1‑94 (MQ=60)
ATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATT > SRR4302535.3360443/1‑94 (MQ=60)
ATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATT < SRR4302535.304789/94‑1 (MQ=60)
TTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTT < SRR4302535.729681/94‑1 (MQ=60)
TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTT < SRR4302535.4220380/94‑1 (MQ=60)
TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTT > SRR4302535.253839/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCG > SRR4302535.3308976/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCG < SRR4302535.2341662/94‑1 (MQ=60)
TAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCG > SRR4302535.1591225/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCG < SRR4302535.3442101/94‑1 (MQ=60)
AATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGC > SRR4302535.447372/1‑94 (MQ=60)
AATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGC > SRR4302535.1495480/1‑94 (MQ=60)
CTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACC > SRR4302535.2620098/1‑94 (MQ=60)
CTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACC > SRR4302535.4343186/1‑94 (MQ=60)
CTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACC < SRR4302535.2865941/94‑1 (MQ=60)
GCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGA < SRR4302535.4177704/94‑1 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG < SRR4302535.4009873/94‑1 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG < SRR4302535.1266926/94‑1 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302535.770064/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302535.2051868/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302535.3173609/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302535.2609645/1‑94 (MQ=60)
CGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCC > SRR4302535.792785/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302535.3873244/1‑94 (MQ=60)
TGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG < SRR4302535.273953/94‑1 (MQ=60)
GTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGT < SRR4302535.2517613/94‑1 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT > SRR4302535.4491693/1‑94 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT > SRR4302535.3371424/1‑94 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT > SRR4302535.1626454/1‑94 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT > SRR4302535.3227614/1‑94 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT > SRR4302535.4364391/1‑94 (MQ=60)
ACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTC < SRR4302535.4635408/94‑1 (MQ=60)
ACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTC > SRR4302535.2669777/1‑94 (MQ=60)
CCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTGCC > SRR4302535.3729126/1‑94 (MQ=60)
CCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCC > SRR4302535.213557/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGCTACCC > SRR4302535.858512/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTGTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCC < SRR4302535.1704657/94‑1 (MQ=60)
TGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCT > SRR4302535.4553265/1‑94 (MQ=60)
ATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccccc > SRR4302535.376830/1‑85 (MQ=60)
TAACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCCCCCACCCC > SRR4302535.155905/1‑94 (MQ=60)
AACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTA > SRR4302535.4368335/1‑94 (MQ=60)
ACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCcccccccca > SRR4302535.980190/1‑85 (MQ=60)
ACATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAA < SRR4302535.4306198/94‑1 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAC < SRR4302535.3063860/94‑1 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAC > SRR4302535.2337388/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTttccccacccccccc > SRR4302535.1654088/1‑79 (MQ=60)
ATGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACC > SRR4302535.528836/1‑94 (MQ=60)
TGAGCACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCC > SRR4302535.3864664/1‑94 (MQ=60)
CACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTC < SRR4302535.2740104/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCC < SRR4302535.927481/94‑1 (MQ=60)
CCGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCCCCC > SRR4302535.179463/1‑94 (MQ=60)
CGTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC > SRR4302535.2295063/1‑94 (MQ=60)
GTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCA < SRR4302535.630633/94‑1 (MQ=60)
GTTTTC‑TCCCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCA > SRR4302535.3157061/1‑94 (MQ=60)
CCTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGC < SRR4302535.2787119/94‑1 (MQ=60)
CCTC‑‑CCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGA < SRR4302535.1976389/94‑1 (MQ=60)
CTCTCCCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCG < SRR4302535.3814353/94‑1 (MQ=60)
CTC‑‑CCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCTCCTCACCCcctacccctcccccaacgcggcgag > SRR4302535.295885/1‑69 (MQ=60)
CTC‑‑CCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAG < SRR4302535.1924198/94‑1 (MQ=60)
CTC‑‑CCTTCCAGGGAGGGGGTCGGGGGGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGgttccccccccctcaaccccccccccccccgggcggg > SRR4302535.3466140/1‑57 (MQ=60)
|
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAG > NC_000913/3237149‑3237336
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
