Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,127,778 |
C→T |
G239G (GGC→GGT) |
mviN → |
putative virulence factor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,127,778 | 0 | C | T | 98.7%
| 792.0
/ ‑3.5
| 227 | G239G (GGC→GGT) | mviN | putative virulence factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (118/106); total (120/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.61e-01 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
GAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGCGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACGCCGA > NC_000913/1127688‑1127867
|
gaTCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGtctc > 2:9816559/1‑93 (MQ=255)
tCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCtg < 2:2655523/93‑1 (MQ=255)
cGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCtgt < 2:4707363/93‑1 (MQ=255)
ggCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCtgtg < 1:6827533/93‑1 (MQ=255)
aTGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGc < 2:3090142/93‑1 (MQ=255)
tGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGcc > 1:1038166/1‑93 (MQ=255)
tGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGcc > 1:2173298/1‑93 (MQ=255)
tGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGcc > 1:3889148/1‑93 (MQ=255)
tGCTGGTCCGGCCGCGCATTAACTTCTACGATGCCGTAGGGCTTCGCGTGGTGTAACAGATGGGACCTTCGATCCTTGGTGGCTCTGTGAgtc > 2:6027840/1‑91 (MQ=255)
tGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGa > 2:5631065/1‑93 (MQ=255)
tGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGa < 2:645333/93‑1 (MQ=255)
ggTCCTGCTGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGAt < 1:4593948/93‑1 (MQ=255)
ggTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGAt < 2:7605440/93‑1 (MQ=255)
ggTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGAt < 2:7842193/93‑1 (MQ=255)
gTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGAtc > 1:4308403/1‑93 (MQ=255)
gTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGAtc < 1:6347508/93‑1 (MQ=255)
cTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTcc < 1:2148993/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCt > 1:7209796/1‑93 (MQ=255)
tGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCt < 2:7041647/93‑1 (MQ=255)
gCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCtt > 1:7522935/1‑93 (MQ=255)
gCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCtt < 2:9419662/93‑1 (MQ=255)
gCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCACGTGGTGAAACGGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCCCTGTGAGCCAGATCTCCtt < 2:3436670/93‑1 (MQ=255)
ccGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTa > 1:5866375/1‑93 (MQ=255)
gcgcATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAat > 2:1806013/1‑93 (MQ=255)
gcgcATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAat > 1:8719392/1‑93 (MQ=255)
cATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAatcat > 2:6356019/1‑93 (MQ=255)
cATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAatcat < 1:8981974/93‑1 (MQ=255)
ttAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAAtcatca > 1:3479375/1‑93 (MQ=255)
ttAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAAtcatca > 1:9601869/1‑93 (MQ=255)
ttAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAAtcatca > 1:3182441/1‑93 (MQ=255)
tAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCaa > 2:4441446/1‑93 (MQ=255)
aaCTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAac < 1:9811142/93‑1 (MQ=255)
aCTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAaca > 2:2440123/1‑93 (MQ=255)
aCTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAaca < 1:8290056/93‑1 (MQ=255)
aCTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAaca < 2:5933328/93‑1 (MQ=255)
aCTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGCGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAaca < 1:7165489/93‑1 (MQ=255)
ttCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACAcc < 2:9457011/93‑1 (MQ=255)
tCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCa > 1:9173679/1‑93 (MQ=255)
tCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCa > 1:5692128/1‑93 (MQ=255)
cACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCAtt > 2:9747046/1‑93 (MQ=255)
cACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCAtt > 2:5438782/1‑93 (MQ=255)
aCGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCAttt > 1:3334987/1‑93 (MQ=255)
aCGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCAttt < 1:9409092/93‑1 (MQ=255)
aCGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCAttt > 1:2389024/1‑93 (MQ=255)
aCGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCAttt < 2:8029917/93‑1 (MQ=255)
gATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCAttttt < 2:3550908/93‑1 (MQ=255)
gATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGCGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCAttttt > 1:6215150/1‑93 (MQ=255)
tGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGc > 2:6855478/1‑93 (MQ=255)
gCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGcc > 2:8840866/1‑93 (MQ=255)
gCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGcc < 1:6299060/93‑1 (MQ=255)
gCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGcc < 1:8633754/93‑1 (MQ=255)
ccGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCt < 1:4740048/93‑1 (MQ=255)
gAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGt < 1:8954906/93‑1 (MQ=255)
gAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGt > 2:7171680/1‑93 (MQ=255)
gCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGttt < 2:3700177/93‑1 (MQ=255)
cAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTc < 1:1962766/93‑1 (MQ=255)
cAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTc < 1:6423293/93‑1 (MQ=255)
aaTGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCt > 2:9466277/1‑93 (MQ=255)
aaTGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCt > 2:5476577/1‑93 (MQ=255)
aTGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCtt > 2:3280278/1‑93 (MQ=255)
aTGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCtt > 2:6529943/1‑93 (MQ=255)
aTGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCtt > 1:9336681/1‑93 (MQ=255)
tGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTg > 2:9556669/1‑93 (MQ=255)
gcgcGTGGTGGAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACTCCATTTTTGCCTCGTTTCTTGc < 2:4862317/93‑1 (MQ=255)
gcgcGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGc < 1:2739105/93‑1 (MQ=255)
gcgTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCtt > 1:9800583/1‑93 (MQ=255)
cgTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTc > 1:6018015/1‑93 (MQ=255)
cgTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTc < 1:5024781/93‑1 (MQ=255)
cgTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTc < 2:7595252/93‑1 (MQ=255)
tggtgAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCg < 2:5145863/93‑1 (MQ=255)
tggtgAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCg > 1:4879716/1‑93 (MQ=255)
gtgAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGt > 2:4609761/1‑93 (MQ=255)
gAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTc < 1:2943569/93‑1 (MQ=255)
gAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTc > 2:7412649/1‑93 (MQ=255)
gAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTc > 1:1604760/1‑93 (MQ=255)
gAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTc < 2:198627/93‑1 (MQ=255)
aaaCAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCg > 1:6965909/1‑93 (MQ=255)
aCAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGgt < 2:4906960/93‑1 (MQ=255)
aCAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGgt > 2:2251972/1‑93 (MQ=255)
cAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGgtg > 2:5145459/1‑93 (MQ=255)
aGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGgtgt < 2:31587/93‑1 (MQ=255)
tGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCtt < 2:5765157/93‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTg > 1:4210308/1‑93 (MQ=255)
gACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGa > 2:3712569/1‑93 (MQ=255)
gACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCACCTTAATCATCAACCCCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGa < 2:1688554/93‑1 (MQ=255)
aCCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGAt > 2:2927209/1‑93 (MQ=255)
ccGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATg > 2:9298632/1‑93 (MQ=255)
ggCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTa > 1:6776986/1‑93 (MQ=255)
ggCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGCTCGGTGTCTTGGCTGTa > 1:3986711/1‑93 (MQ=255)
gCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTAt < 2:5765645/93‑1 (MQ=255)
gCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTAt < 1:6455877/93‑1 (MQ=255)
gATCCTTTGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTa < 2:934989/93‑1 (MQ=255)
gATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTa < 2:8627095/93‑1 (MQ=255)
aTCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTAc < 1:6167114/93‑1 (MQ=255)
aTCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTAc > 2:5010402/1‑93 (MQ=255)
tCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACg > 1:5425567/1‑93 (MQ=255)
ccTTGGTGTCTCTCTCAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTGGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACGc < 2:3982771/93‑1 (MQ=255)
ttGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACGCCg > 2:8415278/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACGCCg > 2:8687802/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACAATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACGCCg > 2:7291033/1‑93 (MQ=255)
|
GAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGCGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACGCCGA > NC_000913/1127688‑1127867
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGCGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACGCCGACCG > NC_000913/1127685‑1127870
|
GAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGT > SRR4302540.8792306/1‑94 (MQ=60)
GAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGT < SRR4302540.2311008/94‑1 (MQ=60)
GAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGG > SRR4302540.8792307/1‑94 (MQ=60)
AGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATTCTTGGCGT > SRR4302540.4025662/1‑94 (MQ=60)
AGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTC > SRR4302540.625414/1‑94 (MQ=60)
AGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTC > SRR4302540.3261769/1‑94 (MQ=60)
ATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTG > SRR4302540.6833707/1‑94 (MQ=60)
GGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGA < SRR4302540.6903132/94‑1 (MQ=60)
ATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCC > SRR4302540.3298105/1‑94 (MQ=60)
ATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCC > SRR4302540.3931376/1‑94 (MQ=60)
ATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCC > SRR4302540.2196736/1‑94 (MQ=60)
ATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCC > SRR4302540.4526769/1‑94 (MQ=60)
ATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCC > SRR4302540.2718552/1‑94 (MQ=60)
ATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCC > SRR4302540.1048725/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAG < SRR4302540.2950093/94‑1 (MQ=60)
CTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGA > SRR4302540.5580084/1‑94 (MQ=60)
CTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGA > SRR4302540.4289926/1‑94 (MQ=60)
TGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGAT > SRR4302540.9789074/1‑94 (MQ=60)
GGTCCTGCTGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATC < SRR4302540.4643373/94‑1 (MQ=60)
GGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATC > SRR4302540.4355303/1‑94 (MQ=60)
GGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATC < SRR4302540.4643374/94‑1 (MQ=60)
GTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCT < SRR4302540.6418188/94‑1 (MQ=60)
GTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCT < SRR4302540.3675941/94‑1 (MQ=60)
GTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCT > SRR4302540.64569/1‑94 (MQ=60)
GTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCT < SRR4302540.9537094/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCT > SRR4302540.7290173/1‑94 (MQ=60)
CTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCT < SRR4302540.2172101/94‑1 (MQ=60)
TGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTT > SRR4302540.7607091/1‑94 (MQ=60)
GCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTA < SRR4302540.9922397/94‑1 (MQ=60)
GCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTA > SRR4302540.5931230/1‑94 (MQ=60)
CCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAA < SRR4302540.9209329/94‑1 (MQ=60)
CCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAA > SRR4302540.7592869/1‑94 (MQ=60)
CGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAAT > SRR4302540.8820629/1‑94 (MQ=60)
GCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATC > SRR4302540.7122684/1‑94 (MQ=60)
GCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATC > SRR4302540.9147504/1‑94 (MQ=60)
GCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCAT > SRR4302540.6805783/1‑94 (MQ=60)
GCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCAT < SRR4302540.1063653/94‑1 (MQ=60)
CATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATC < SRR4302540.9089083/94‑1 (MQ=60)
ATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCA > SRR4302540.9715137/1‑94 (MQ=60)
ATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCA > SRR4302540.3517257/1‑94 (MQ=60)
ATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCA > SRR4302540.3217020/1‑94 (MQ=60)
AACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACA < SRR4302540.6082349/94‑1 (MQ=60)
AACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACA < SRR4302540.9925964/94‑1 (MQ=60)
ACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACAC < SRR4302540.8386325/94‑1 (MQ=60)
ACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGCGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACAC < SRR4302540.7245374/94‑1 (MQ=60)
CTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACC < SRR4302540.4088337/94‑1 (MQ=60)
TTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCA > SRR4302540.5754792/1‑94 (MQ=60)
TTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCA > SRR4302540.9283716/1‑94 (MQ=60)
CACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTT > SRR4302540.3371610/1‑94 (MQ=60)
CACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTT > SRR4302540.2414774/1‑94 (MQ=60)
ACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTT < SRR4302540.632309/94‑1 (MQ=60)
ACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTT < SRR4302540.9520980/94‑1 (MQ=60)
CGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGCGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTT > SRR4302540.6284303/1‑94 (MQ=60)
ATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGC < SRR4302540.8632984/94‑1 (MQ=60)
TGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCC > SRR4302540.1009297/1‑94 (MQ=60)
TGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCC > SRR4302540.9607385/1‑94 (MQ=60)
GCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCT < SRR4302540.8734039/94‑1 (MQ=60)
GCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCT < SRR4302540.6369205/94‑1 (MQ=60)
GCCGGAGCAAGGCGCGTGGTGAAACAGATGCGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCT < SRR4302540.8734040/94‑1 (MQ=60)
CCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTC < SRR4302540.4790633/94‑1 (MQ=60)
CCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTC > SRR4302540.6512945/1‑94 (MQ=60)
CGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCG > SRR4302540.4962845/1‑94 (MQ=60)
GGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGT < SRR4302540.3103556/94‑1 (MQ=60)
GAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTT < SRR4302540.9060621/94‑1 (MQ=60)
CAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCT < SRR4302540.1984090/94‑1 (MQ=60)
CAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCT < SRR4302540.6494789/94‑1 (MQ=60)
AATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTT > SRR4302540.9447973/1‑94 (MQ=60)
AATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTT < SRR4302540.5783067/94‑1 (MQ=60)
ATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTG > SRR4302540.2094770/1‑94 (MQ=60)
ATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTG > SRR4302540.7259929/1‑94 (MQ=60)
ATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATATTTGCCTCGTTTCTTG > SRR4302540.9078700/1‑94 (MQ=60)
TGCGCTTGTTGAAACAGATGGGGCCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACCCCATTTTTGCCTCGTTTCTTGC < SRR4302540.351224/94‑1 (MQ=60)
GCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCT < SRR4302540.2768673/94‑1 (MQ=60)
GCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCT < SRR4302540.7953456/94‑1 (MQ=60)
CGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTT > SRR4302540.9915334/1‑94 (MQ=60)
GCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTC > SRR4302540.6084760/1‑94 (MQ=60)
CGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCC < SRR4302540.5079172/94‑1 (MQ=60)
CGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCC < SRR4302540.441843/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCG > SRR4302540.6908016/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCG > SRR4302540.4932108/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCG > SRR4302540.4932107/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCG > SRR4302540.2029267/1‑94 (MQ=60)
TGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTC > SRR4302540.1622321/1‑94 (MQ=60)
GAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAGCACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCG > SRR4302540.7043364/1‑94 (MQ=60)
GAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCG < SRR4302540.2975928/94‑1 (MQ=60)
GAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCG > SRR4302540.7043363/1‑94 (MQ=60)
GAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCG < SRR4302540.2736334/94‑1 (MQ=60)
AAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGG > SRR4302540.617175/1‑94 (MQ=60)
AAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGG > SRR4302540.2178648/1‑94 (MQ=60)
AACAGNTGGGNCCGGCGATCCNTNGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGT < SRR4302540.9492517/94‑1 (MQ=60)
ACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTG < SRR4302540.4967266/94‑1 (MQ=60)
ACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTG < SRR4302540.1825686/94‑1 (MQ=60)
CAGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGT < SRR4302540.6382905/94‑1 (MQ=60)
AGATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTC > SRR4302540.6884009/1‑94 (MQ=60)
AGATGGGACCGGCGATCCTTGGCGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTC > SRR4302540.6204749/1‑94 (MQ=60)
GATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCT < SRR4302540.8331242/94‑1 (MQ=60)
ATGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTT < SRR4302540.6380687/94‑1 (MQ=60)
TGGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTG > SRR4302540.4256151/1‑94 (MQ=60)
GGGACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGG < SRR4302540.2396501/94‑1 (MQ=60)
GACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGAT < SRR4302540.9340239/94‑1 (MQ=60)
GACCGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGAT < SRR4302540.5412844/94‑1 (MQ=60)
CGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTA > SRR4302540.4029635/1‑94 (MQ=60)
CGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTA > SRR4302540.6851897/1‑94 (MQ=60)
CGGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGCTCGGTGTCTTGGCTGTA > SRR4302540.4029637/1‑94 (MQ=60)
GGCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCATGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTAT > SRR4302540.8954975/1‑94 (MQ=60)
GCGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATT < SRR4302540.6527739/94‑1 (MQ=60)
CGATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTA > SRR4302540.5498221/1‑94 (MQ=60)
GATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTAC > SRR4302540.9045587/1‑94 (MQ=60)
ATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACG < SRR4302540.6235825/94‑1 (MQ=60)
ATCCTTGGTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACG > SRR4302540.5485233/1‑94 (MQ=60)
GTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACGCCGACCG > SRR4302540.2176497/1‑94 (MQ=60)
GTGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACGCCGACCG > SRR4302540.684315/1‑94 (MQ=60)
|
GAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCCTTGGCGTCTCTGTGAGCCAGATCTCCTTAATCATCAACACCATTTTTGCCTCGTTTCTTGCTTCCGGTTCGGTGTCTTGGATGTATTACGCCGACCG > NC_000913/1127685‑1127870
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
