Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
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1548 |
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96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 525 total aligned reads displayed.
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|
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aaattacccaacggtaaaatcctgcaatatggtcgaggtgcggTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAAT < SRR4302540.549920/51‑1 (MQ=60)
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GTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCC < SRR4302540.9649665/94‑1 (MQ=60)
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atcctgcaatatggtcgaggtgcggTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACC < SRR4302540.9851219/69‑1 (MQ=60)
TTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACC < SRR4302540.4747154/94‑1 (MQ=60)
TACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCG < SRR4302540.228890/94‑1 (MQ=60)
ctgcaatatggtcgaggtgcggTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCC < SRR4302540.6641113/72‑1 (MQ=60)
tgcaatatggtcgaggtgcggTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCC < SRR4302540.3348766/73‑1 (MQ=60)
GTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCG > SRR4302540.6487196/1‑94 (MQ=60)
caatatggtcgaggtgcggTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGC > SRR4302540.3702376/20‑94 (MQ=60)
atatggtcgaggtgcggTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAA < SRR4302540.6734084/77‑1 (MQ=60)
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atatggtcgaggtgcggTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAA > SRR4302540.2549184/18‑94 (MQ=60)
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GGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAAT < SRR4302540.2389742/94‑1 (MQ=60)
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GATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATG < SRR4302540.3275618/94‑1 (MQ=60)
tggtcgaggtgcggTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGC < SRR4302540.1028606/80‑1 (MQ=60)
gtcttGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGC < SRR4302540.8578947/89‑1 (MQ=60)
ggtcgaggtgcggTTACGCCGCCGATGTCTCGATACAATTGGGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCC < SRR4302540.7245085/81‑1 (MQ=60)
TCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCC < SRR4302540.2720763/94‑1 (MQ=60)
gtcgaggtgcggTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCT < SRR4302540.8781498/82‑1 (MQ=60)
tcgaggtgcggTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTG < SRR4302540.5371016/83‑1 (MQ=60)
TGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTG < SRR4302540.8254756/94‑1 (MQ=60)
TGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTG < SRR4302540.5680390/94‑1 (MQ=60)
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GGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGG < SRR4302540.663234/94‑1 (MQ=60)
GGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGG < SRR4302540.1570468/94‑1 (MQ=60)
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gtgcggTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAAC > SRR4302540.5814196/7‑94 (MQ=60)
TTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAAC > SRR4302540.3459389/1‑94 (MQ=60)
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GTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGC > SRR4302540.8565663/1‑94 (MQ=60)
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gtaccCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGTTCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCT < SRR4302540.6652849/89‑1 (MQ=60)
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TACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATAACGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTT > SRR4302540.9776603/1‑94 (MQ=60)
ACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTT > SRR4302540.741786/1‑94 (MQ=60)
ACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTT < SRR4302540.5981751/94‑1 (MQ=60)
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CGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCC > NC_000913/1949134‑1949320
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
