Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 546 total aligned reads displayed.
CGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACT > NC_000913/1949317‑1949503
|
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CTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAAC < SRR4302540.8830165/94‑1 (MQ=60)
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TGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACG > SRR4302540.7065308/1‑94 (MQ=60)
GTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGC < SRR4302540.1865694/94‑1 (MQ=60)
GTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGC > SRR4302540.5256672/1‑94 (MQ=60)
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AGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGT > SRR4302540.7800416/1‑94 (MQ=60)
GTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTT > SRR4302540.9796871/1‑94 (MQ=60)
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GTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTT > SRR4302540.9705427/1‑94 (MQ=60)
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GCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTAT > SRR4302540.8716827/1‑94 (MQ=60)
GCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTAT < SRR4302540.4806439/94‑1 (MQ=60)
CCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCTTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATG < SRR4302540.5749571/94‑1 (MQ=60)
CCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATG > SRR4302540.7050303/1‑94 (MQ=60)
CGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGT > SRR4302540.1449213/1‑94 (MQ=60)
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CGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGAATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGTAAGAGATCCTTCACGCGGTATGA > SRR4302540.6168859/1‑94 (MQ=57)
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GCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGAT < SRR4302540.1784466/94‑1 (MQ=60)
GCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGAT > SRR4302540.8551258/1‑94 (MQ=60)
GCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATGAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGAT > SRR4302540.956146/1‑94 (MQ=60)
CCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGAT < SRR4302540.259713/94‑1 (MQ=60)
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CAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTT < SRR4302540.8319074/94‑1 (MQ=60)
CAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTT > SRR4302540.2812137/1‑94 (MQ=60)
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AGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTA > SRR4302540.2881081/1‑94 (MQ=60)
GCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTAC < SRR4302540.8281925/94‑1 (MQ=60)
CGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACA > SRR4302540.125972/1‑94 (MQ=60)
CCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATC > SRR4302540.8885157/1‑94 (MQ=60)
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CGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCG > SRR4302540.3440582/1‑94 (MQ=60)
CGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCG < SRR4302540.7026435/94‑1 (MQ=60)
CGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCG > SRR4302540.116872/1‑94 (MQ=60)
CGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCG > SRR4302540.5141463/1‑94 (MQ=60)
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AGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGT > SRR4302540.1454276/1‑94 (MQ=60)
GCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTC < SRR4302540.6763475/94‑1 (MQ=60)
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AATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCA > SRR4302540.8456384/1‑94 (MQ=60)
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cagcattaatCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGT < SRR4302540.915185/84‑1 (MQ=60)
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agcattaatCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTC > SRR4302540.175172/10‑94 (MQ=60)
agcattaatCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTC < SRR4302540.6235303/85‑1 (MQ=60)
aacaggagtgATATCTACCCGCGGATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTC < SRR4302540.5867695/84‑1 (MQ=60)
AGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTC < SRR4302540.4844158/94‑1 (MQ=60)
AGTACCAACCATAGCTGCCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTC < SRR4302540.11178/94‑1 (MQ=60)
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ATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCA > SRR4302540.1562232/1‑94 (MQ=60)
ATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCA > SRR4302540.7368125/1‑94 (MQ=60)
ATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCA > SRR4302540.4764974/1‑94 (MQ=60)
ATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCA > SRR4302540.2419677/1‑94 (MQ=60)
ATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCA > SRR4302540.734319/1‑94 (MQ=60)
ttaatCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT < SRR4302540.3286356/89‑1 (MQ=60)
ttaatCATATCTACAAGCGCATCGCCCGTGTGCTTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT < SRR4302540.4348284/89‑1 (MQ=60)
taatCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATC < SRR4302540.9905173/90‑1 (MQ=60)
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AACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCTCAATGGTCGCATCC < SRR4302540.6794609/94‑1 (MQ=60)
AACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCC > SRR4302540.7745925/1‑94 (MQ=60)
AACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCC < SRR4302540.430576/94‑1 (MQ=60)
ATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCT > SRR4302540.2579657/1‑94 (MQ=60)
ATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCT > SRR4302540.5334691/1‑94 (MQ=60)
ATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAAGGGTCGCATCCT > SRR4302540.804363/1‑94 (MQ=60)
ACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCT > SRR4302540.6676949/1‑94 (MQ=60)
TCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTA > SRR4302540.6421159/1‑94 (MQ=60)
CATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTGA > SRR4302540.7098471/1‑94 (MQ=60)
CATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAA > SRR4302540.4917100/1‑94 (MQ=60)
CATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAA > SRR4302540.4916797/1‑94 (MQ=60)
ATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAA < SRR4302540.9547536/94‑1 (MQ=60)
ATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAA > SRR4302540.201924/1‑94 (MQ=60)
TATCTACCCGCGCATCGCCGGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAAT < SRR4302540.100493/94‑1 (MQ=60)
TATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAAT < SRR4302540.3380472/94‑1 (MQ=60)
TATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAAT > SRR4302540.847677/1‑94 (MQ=60)
TATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAAT < SRR4302540.1808431/94‑1 (MQ=60)
TATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAAT > SRR4302540.6264657/1‑94 (MQ=60)
TATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAAT < SRR4302540.7868731/94‑1 (MQ=60)
ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATG > SRR4302540.9632630/1‑94 (MQ=60)
TCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGG > SRR4302540.5461453/1‑94 (MQ=60)
CTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGG > SRR4302540.5019726/1‑94 (MQ=60)
CTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGG > SRR4302540.1070260/1‑94 (MQ=60)
CTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGG > SRR4302540.9826048/1‑94 (MQ=60)
CTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGG < SRR4302540.6353094/94‑1 (MQ=60)
TACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTACATGGGG > SRR4302540.8778306/1‑94 (MQ=60)
TACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGT > SRR4302540.9320122/1‑94 (MQ=60)
TACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGT < SRR4302540.6385353/94‑1 (MQ=60)
TACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGT < SRR4302540.10124961/94‑1 (MQ=60)
TCCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTG < SRR4302540.5836236/94‑1 (MQ=60)
ACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTG > SRR4302540.1643271/1‑94 (MQ=60)
ACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTG > SRR4302540.4609934/1‑94 (MQ=60)
ACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATAGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTG > SRR4302540.8910723/1‑94 (MQ=60)
CCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGC < SRR4302540.60467/94‑1 (MQ=60)
CCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGC > SRR4302540.10145822/1‑94 (MQ=60)
CCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGC < SRR4302540.6623344/94‑1 (MQ=60)
CCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCG > SRR4302540.1473886/1‑94 (MQ=60)
CGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGG > SRR4302540.1533870/1‑94 (MQ=60)
GCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGT < SRR4302540.4554853/94‑1 (MQ=60)
CGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTT < SRR4302540.8934957/94‑1 (MQ=60)
CGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTT < SRR4302540.4129556/94‑1 (MQ=60)
CGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTT < SRR4302540.1339868/94‑1 (MQ=60)
CGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTT < SRR4302540.1033873/94‑1 (MQ=60)
GCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTG > SRR4302540.2918723/1‑94 (MQ=60)
CATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGG < SRR4302540.8686771/94‑1 (MQ=60)
CATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGG < SRR4302540.6457459/94‑1 (MQ=60)
CATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGG > SRR4302540.3638284/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGG > SRR4302540.9656248/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGG > SRR4302540.4493490/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGG < SRR4302540.5917082/94‑1 (MQ=60)
CGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTA < SRR4302540.7414440/94‑1 (MQ=60)
GCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTAT > SRR4302540.8015418/1‑94 (MQ=60)
GCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTAT < SRR4302540.1361530/94‑1 (MQ=60)
GCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTAT < SRR4302540.5423927/94‑1 (MQ=60)
GCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTAT < SRR4302540.6559503/94‑1 (MQ=60)
GCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGAT > SRR4302540.7490231/1‑94 (MQ=60)
GCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGAT < SRR4302540.9291125/94‑1 (MQ=60)
GCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGAT < SRR4302540.4574232/94‑1 (MQ=60)
CCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATC < SRR4302540.4983166/94‑1 (MQ=60)
CCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCA > SRR4302540.3870383/1‑94 (MQ=60)
CGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCAC < SRR4302540.3147697/94‑1 (MQ=60)
CGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCAC > SRR4302540.9198486/1‑94 (MQ=60)
GTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACC < SRR4302540.4452957/94‑1 (MQ=60)
GTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACC > SRR4302540.7213035/1‑94 (MQ=60)
GTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACC > SRR4302540.1686698/1‑94 (MQ=60)
TGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCA > SRR4302540.9172444/1‑94 (MQ=60)
GTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAG < SRR4302540.5560000/94‑1 (MQ=60)
GTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAG < SRR4302540.4240323/94‑1 (MQ=60)
TGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGC > SRR4302540.552969/1‑94 (MQ=60)
GCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCC < SRR4302540.4394034/94‑1 (MQ=60)
GCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCACCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGCTGGGTATCACCAGCC > SRR4302540.1931628/1‑94 (MQ=60)
CGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCT < SRR4302540.9010176/94‑1 (MQ=60)
CGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCT > SRR4302540.9433371/1‑94 (MQ=60)
GTATCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTT > SRR4302540.7361131/1‑94 (MQ=60)
GTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTT > SRR4302540.1854228/1‑94 (MQ=60)
GTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTT < SRR4302540.3666763/94‑1 (MQ=60)
TAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTG < SRR4302540.1194972/94‑1 (MQ=60)
AGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGA < SRR4302540.951220/94‑1 (MQ=60)
GCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAA < SRR4302540.5223381/94‑1 (MQ=60)
CGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAG < SRR4302540.5504915/94‑1 (MQ=60)
GTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGA > SRR4302540.2197415/1‑94 (MQ=60)
GTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGA > SRR4302540.2274296/1‑94 (MQ=60)
GTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGA < SRR4302540.9372696/94‑1 (MQ=60)
GTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGA > SRR4302540.3827248/1‑94 (MQ=60)
GTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGA > SRR4302540.5592574/1‑94 (MQ=60)
GTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGA > SRR4302540.10162874/1‑94 (MQ=60)
TGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAG > SRR4302540.8201065/1‑94 (MQ=60)
TGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAG > SRR4302540.7926614/1‑94 (MQ=60)
TGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAG < SRR4302540.6496790/94‑1 (MQ=60)
TGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAG < SRR4302540.6900121/94‑1 (MQ=60)
GAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGAGGTTGGGCATCACCAGCCTTGAAGAGTA > SRR4302540.3537719/1‑94 (MQ=60)
AAGATATCCTTCACGCGTTATGATATACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTAT < SRR4302540.6184664/94‑1 (MQ=60)
AAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTAT < SRR4302540.205350/94‑1 (MQ=60)
AAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTAT > SRR4302540.4723213/1‑94 (MQ=60)
AGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATG < SRR4302540.1010302/94‑1 (MQ=60)
AGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATG > SRR4302540.2951344/1‑94 (MQ=60)
AGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATG < SRR4302540.9274666/94‑1 (MQ=60)
GAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGC > SRR4302540.7809412/1‑94 (MQ=60)
GAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGC > SRR4302540.6024296/1‑94 (MQ=60)
GAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGC < SRR4302540.5952551/94‑1 (MQ=60)
GAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGCATGC > SRR4302540.1898729/1‑94 (MQ=60)
GATCCTTCACTCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC < SRR4302540.947847/94‑1 (MQ=60)
GATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC < SRR4302540.3952878/94‑1 (MQ=60)
GATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC > SRR4302540.727857/1‑94 (MQ=60)
GATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC > SRR4302540.3527387/1‑94 (MQ=60)
GATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC < SRR4302540.5339430/94‑1 (MQ=60)
GATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC > SRR4302540.8419277/1‑94 (MQ=60)
ATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCG < SRR4302540.6505264/94‑1 (MQ=60)
ATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCG > SRR4302540.3763972/1‑94 (MQ=60)
TCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGC > SRR4302540.1963946/1‑94 (MQ=60)
CAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACT > SRR4302540.2488265/1‑94 (MQ=60)
|
CGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACT > NC_000913/1949317‑1949503
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
