Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
647 |
270.1 |
21258240 |
98.4% |
20918108 |
94.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,477,281 |
Δ1 bp |
intergenic (‑391/‑29) |
b4256 ← / → yjgN |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,477,279 | 0 | T | . | 100.0%
| 1758.4
/ NA
| 381 | intergenic (‑389/‑31) | b4256/yjgN | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (260/121); total (260/121) |
Only 100 of 403 total aligned reads displayed.
AAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTT > NC_000913/4477186‑4477369
|
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gTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAttc > 2:2087776/1‑93 (MQ=255)
ttttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAttcag < 2:7681721/94‑4 (MQ=255)
tGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGa < 1:144574/94‑1 (MQ=255)
gCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGaa > 2:7594889/1‑94 (MQ=255)
aGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAttt > 1:5697374/1‑94 (MQ=255)
ccTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAttttt < 1:8753448/94‑1 (MQ=255)
ccTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAttttt < 1:2629005/94‑1 (MQ=255)
cTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTa < 1:7809098/94‑1 (MQ=255)
cTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTa > 2:2345864/1‑94 (MQ=255)
tagtACTGATAAGAGTATGGTAGCGTGGCAGAACATTGTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTAt < 2:903553/91‑1 (MQ=255)
aTTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATg > 1:4730702/1‑94 (MQ=255)
aTTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATg > 1:7448015/1‑94 (MQ=255)
tACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGc < 2:4651831/94‑1 (MQ=255)
tACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGc > 1:3346978/1‑94 (MQ=255)
aCTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCt > 2:8347401/1‑94 (MQ=255)
cTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCta > 1:5643356/1‑93 (MQ=255)
cTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTc > 2:7185437/1‑94 (MQ=255)
cTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTc > 1:1167293/1‑94 (MQ=255)
cTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTc > 2:8611231/1‑94 (MQ=255)
cTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTc > 1:6160661/1‑94 (MQ=255)
cTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTc > 1:2928760/1‑94 (MQ=255)
cTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTc > 2:4044679/1‑94 (MQ=255)
cTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTc > 2:411247/1‑94 (MQ=255)
tGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCa < 2:5198577/94‑1 (MQ=255)
tGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGA‑TTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCaa > 2:6487218/1‑94 (MQ=255)
tAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGt > 2:257164/1‑94 (MQ=255)
tAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGt > 2:10621580/1‑94 (MQ=255)
aaGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtt < 1:6567814/94‑1 (MQ=255)
agagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtta > 2:9687049/1‑94 (MQ=255)
gagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGttat < 1:368629/94‑1 (MQ=255)
gTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGttatta > 2:5487209/1‑94 (MQ=255)
gTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGttatta > 1:10567636/1‑94 (MQ=255)
tATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATTGCTTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTaa > 2:9734903/1‑94 (MQ=255)
tATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTaa > 1:8852393/1‑94 (MQ=255)
aTTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAAt > 1:8427981/1‑94 (MQ=255)
aTTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAAt < 1:8524560/94‑1 (MQ=255)
ttGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATg > 2:8424214/1‑94 (MQ=255)
ttGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATg < 2:7999830/94‑1 (MQ=255)
ttGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATg < 2:7806360/94‑1 (MQ=255)
tGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGa > 1:7059891/1‑94 (MQ=255)
tGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGa < 1:10118141/94‑1 (MQ=255)
tGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGa > 2:10403240/1‑94 (MQ=255)
aaCGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAAt < 2:3112883/94‑1 (MQ=255)
tGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGTAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAt < 2:7382764/94‑1 (MQ=255)
tGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAt > 2:8642887/1‑94 (MQ=255)
ggCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtg < 1:635305/94‑2 (MQ=255)
gCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgt > 2:3242395/1‑92 (MQ=255)
gCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgt > 1:5927497/1‑92 (MQ=255)
cAGAACATTTTACTGTCTTTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGTAATTTTTCTGGCTAAGTTTATTAATGAGATGGAtgtt > 2:6323065/1‑91 (MQ=255)
cAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgtt > 2:879903/1‑91 (MQ=255)
cAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgtt > 2:7498732/1‑91 (MQ=255)
aGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgttc > 1:1697400/1‑90 (MQ=255)
aGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgttc > 1:381553/1‑90 (MQ=255)
aGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgttc > 1:831094/1‑90 (MQ=255)
gAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTcc > 1:3139697/1‑94 (MQ=255)
gAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAACGGAT‑GTTcc > 1:9006065/1‑94 (MQ=255)
aCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGt > 2:10239984/1‑94 (MQ=255)
aTTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTcc > 1:457177/1‑94 (MQ=255)
tttACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCa > 1:2077648/1‑94 (MQ=255)
ttACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAt > 2:9187593/1‑94 (MQ=255)
aCTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTc < 1:5761792/94‑1 (MQ=255)
ctgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCg > 2:1519307/1‑94 (MQ=255)
ctgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCg > 2:93547/1‑94 (MQ=255)
ctgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCg > 1:9212229/1‑94 (MQ=255)
ctgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCg > 1:8082846/1‑94 (MQ=255)
tgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgt > 1:4890329/1‑94 (MQ=255)
gtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtt > 1:4210371/1‑94 (MQ=255)
gtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtt > 2:4488341/1‑94 (MQ=255)
gtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtt > 1:155556/1‑94 (MQ=255)
tctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgttt < 2:8059082/94‑1 (MQ=255)
ctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttg > 2:4920470/1‑94 (MQ=255)
tgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgt < 2:6765214/94‑1 (MQ=255)
tgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgt > 2:1481373/1‑94 (MQ=255)
gtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgtt > 1:5818672/1‑94 (MQ=255)
atataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTc > 2:3044257/1‑94 (MQ=255)
tataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa < 1:5498768/94‑1 (MQ=255)
tataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa > 1:7917297/1‑94 (MQ=255)
tataAGTTATATCAATGGATTTTGTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa < 1:7257466/94‑1 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCAt < 2:3543598/94‑1 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCAt > 2:1264461/1‑94 (MQ=255)
aaGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATgg > 1:6728959/1‑94 (MQ=255)
aGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGt > 1:6481695/1‑94 (MQ=255)
gTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTa < 2:5569984/94‑1 (MQ=255)
ttATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTAc > 2:4554279/1‑94 (MQ=255)
tataTCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACa < 2:5963365/94‑1 (MQ=255)
atatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAg > 2:2801515/1‑94 (MQ=255)
atatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAg < 1:6950678/94‑1 (MQ=255)
tatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAgg > 2:8170092/1‑94 (MQ=255)
tatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAgg > 1:10352470/1‑94 (MQ=255)
cAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTga > 2:696396/1‑94 (MQ=255)
cAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTga > 1:5195266/1‑94 (MQ=255)
aTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgaga > 2:5137838/1‑94 (MQ=255)
aTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgaga > 2:3846206/1‑94 (MQ=255)
tGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagag < 1:1890094/94‑1 (MQ=255)
aTTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGata > 2:1673959/1‑94 (MQ=255)
aTTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGata > 1:913193/1‑94 (MQ=255)
ttttttAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGatat > 2:6204454/1‑94 (MQ=255)
tttttAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATAtt > 1:9541474/1‑94 (MQ=255)
ttttAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATAttt > 2:1863439/1‑94 (MQ=255)
|
AAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTT > NC_000913/4477186‑4477369
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 224 total aligned reads displayed.
GGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGT > NC_000913/4477227‑4477414
|
GGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATG > SRR4302545.10896821/1‑94 (MQ=60)
GGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATG < SRR4302545.3333690/94‑1 (MQ=60)
GGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATG > SRR4302545.10537269/1‑94 (MQ=60)
CAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTT > SRR4302545.5924658/1‑94 (MQ=60)
CAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTT > SRR4302545.5924657/1‑94 (MQ=60)
CAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTT > SRR4302545.9472598/1‑94 (MQ=60)
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GGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGT > SRR4302545.1208234/1‑94 (MQ=60)
GGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGT > SRR4302545.1207852/1‑94 (MQ=60)
GGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTG < SRR4302545.118989/94‑1 (MQ=60)
GAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGT < SRR4302545.1033140/94‑1 (MQ=60)
GAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGT > SRR4302545.948143/1‑94 (MQ=60)
AATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTTTTTTTGTG > SRR4302545.196157/1‑94 (MQ=60)
ATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGG < SRR4302545.460020/94‑1 (MQ=60)
ATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGG > SRR4302545.6531965/1‑94 (MQ=60)
TTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACGGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGT < SRR4302545.6412366/94‑1 (MQ=60)
TTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGT < SRR4302545.1424166/94‑1 (MQ=60)
TTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTG > SRR4302545.2989295/1‑94 (MQ=60)
TTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTA < SRR4302545.5494192/94‑1 (MQ=60)
TTTTATGGCGCAAGTGATTAATGAAAGTGAT‑GTTCAGTCCCATTATTTTGTTATTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTG < SRR4302545.4824652/94‑1 (MQ=48)
TTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGA > SRR4302545.10768610/1‑94 (MQ=60)
TTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAA > SRR4302545.10646132/1‑94 (MQ=60)
TTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAA > SRR4302545.6203759/1‑94 (MQ=60)
TATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAT > SRR4302545.1756203/1‑94 (MQ=60)
TATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAT < SRR4302545.3993836/94‑1 (MQ=60)
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ATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATG > SRR4302545.93990/1‑94 (MQ=60)
ATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGGTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATG > SRR4302545.214474/1‑94 (MQ=60)
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TGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTATGTTTTTACTGGGACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGT > SRR4302545.2614525/1‑94 (MQ=60)
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GGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTG > SRR4302545.2948627/1‑94 (MQ=60)
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GGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTG > SRR4302545.10558341/1‑94 (MQ=60)
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GGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTA > SRR4302545.10192847/1‑94 (MQ=60)
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|
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
