Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,777,636 |
T→C |
S1081G (AGT→GGT) |
ypjA ← |
putative ATP‑binding component of a transport system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,777,636 | 0 | T | C | 100.0%
| 688.0
/ NA
| 199 | S1081G (AGT→GGT) | ypjA | putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (105/94); total (105/94) |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACTGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGCCC > NC_000913/2777547‑2777725
|
aaCATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGcc < 1:5798788/93‑1 (MQ=255)
aCATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGccc < 1:3581783/93‑1 (MQ=255)
aCATCACCATCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGccc < 1:4062798/93‑1 (MQ=255)
aTCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCg < 1:5349/93‑1 (MQ=255)
tCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCgg > 1:490693/1‑93 (MQ=255)
cACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGc < 1:3857871/93‑1 (MQ=255)
aCCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCt < 2:5875699/93‑1 (MQ=255)
aCCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCt > 2:3680487/1‑93 (MQ=255)
cgtcgtTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTgg < 2:344504/93‑1 (MQ=255)
gtTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGTTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAATCCAGACACCGCCACAGCTCGCatc > 1:119183/1‑91 (MQ=255)
gtTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGc > 2:5671285/1‑93 (MQ=255)
gtTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGc < 2:5047286/93‑1 (MQ=255)
ttGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCCGCTGGCAGcc > 1:5033143/1‑93 (MQ=255)
tGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCg < 2:3020876/93‑1 (MQ=255)
gTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCa < 2:315618/93‑1 (MQ=255)
gTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCa < 1:5974919/93‑1 (MQ=255)
gTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCa < 1:4367668/93‑1 (MQ=255)
tAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAg > 1:4985773/1‑93 (MQ=255)
tAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAg < 1:283539/93‑1 (MQ=255)
gCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGt < 2:5396474/93‑1 (MQ=255)
cAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTc > 2:5223484/1‑93 (MQ=255)
aaaCTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCg < 1:6151222/93‑1 (MQ=255)
aaCTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAggacag > 2:2446367/1‑89 (MQ=255)
aaCTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCgg > 2:4537084/1‑93 (MQ=255)
aaCTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCgg > 1:689006/1‑93 (MQ=255)
cTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCa < 1:6229657/93‑1 (MQ=255)
cTGTTTACTCTATATACGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCa > 1:1471300/1‑93 (MQ=255)
gTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAg < 2:2495591/93‑1 (MQ=255)
tttACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGTAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGc < 2:4375042/93‑1 (MQ=255)
tttACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGc < 2:1601053/93‑1 (MQ=255)
tttACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGc < 2:3984387/93‑1 (MQ=255)
ttACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCg > 1:3912563/1‑93 (MQ=255)
tACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGt < 1:4795585/93‑1 (MQ=255)
aCTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTg < 2:5751239/93‑1 (MQ=255)
tctATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGt < 1:3885836/93‑1 (MQ=255)
tctATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGt > 1:2610067/1‑93 (MQ=255)
ctATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTa > 1:6392496/1‑93 (MQ=255)
ctATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTa < 2:2810142/93‑1 (MQ=255)
ctATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTa < 1:2664528/93‑1 (MQ=255)
ctATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTa > 1:1749493/1‑93 (MQ=255)
tataTTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTAt < 2:303590/93‑1 (MQ=255)
atatTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATc < 1:3135329/93‑1 (MQ=255)
tatTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCg > 2:5026123/1‑93 (MQ=255)
tatTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCg > 2:669615/1‑93 (MQ=255)
atTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGa > 1:2071690/1‑93 (MQ=255)
atTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGa > 1:1560687/1‑93 (MQ=255)
ttCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACCCCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGAc < 1:909030/93‑1 (MQ=255)
tCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACg > 2:6474047/1‑93 (MQ=255)
tCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACg < 2:1505528/93‑1 (MQ=255)
cGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGc < 1:4222804/93‑1 (MQ=255)
gCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGcc > 2:5492837/1‑93 (MQ=255)
cAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCa < 1:5730253/93‑1 (MQ=255)
cAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCa < 1:5827349/93‑1 (MQ=255)
aGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCAt < 1:4482302/93‑1 (MQ=255)
gTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCAtt > 2:3656465/1‑93 (MQ=255)
gTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCAtt < 1:3821307/93‑1 (MQ=255)
gTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCAtt > 1:1780178/1‑93 (MQ=255)
gTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCAtt > 1:2015823/1‑93 (MQ=255)
gCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTcc > 2:5100419/1‑93 (MQ=255)
cTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTccc > 1:5769063/1‑93 (MQ=255)
tGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCa > 1:4155829/1‑93 (MQ=255)
gTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCaga > 2:5436865/1‑93 (MQ=255)
tACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCagag < 1:21576/93‑1 (MQ=255)
tACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCagag > 1:6325685/1‑93 (MQ=255)
tACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCagag < 1:2542940/93‑1 (MQ=255)
ccTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTc > 1:2895111/1‑93 (MQ=255)
ccTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTc > 1:3535494/1‑93 (MQ=255)
cTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCa < 1:1275319/93‑1 (MQ=255)
tGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCaa < 1:1356623/93‑1 (MQ=255)
tGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCaa < 2:2558560/93‑1 (MQ=255)
gCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAAt > 2:1051732/1‑93 (MQ=255)
cacaGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATg < 1:5593936/93‑1 (MQ=255)
acaGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGt > 1:1588693/1‑93 (MQ=255)
caGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTc > 1:4701187/1‑93 (MQ=255)
caGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTc > 2:5701475/1‑93 (MQ=255)
caGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTc < 2:4786327/93‑1 (MQ=255)
aGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTcg > 1:2236243/1‑93 (MQ=255)
gAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTcgcg > 1:3081902/1‑93 (MQ=255)
gAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTcgcg > 1:6274161/1‑93 (MQ=255)
aaTTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGTAAGCGTGGTATCGACGCCATTACCCAGAGTCAATGTCgcgc < 2:6278126/93‑1 (MQ=255)
attattGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCt > 1:2478635/1‑93 (MQ=255)
attattGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCt > 2:2003212/1‑93 (MQ=255)
attattGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAAGGTCGCGCt < 2:1285268/93‑1 (MQ=255)
ttattGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTa < 1:2716864/93‑1 (MQ=255)
tattGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTAt > 1:637666/1‑93 (MQ=255)
tattGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTAt < 1:1202855/93‑1 (MQ=255)
tattGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTAt < 2:4212519/93‑1 (MQ=255)
gCTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGt > 1:961640/1‑93 (MQ=255)
cTGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTa < 2:1898664/93‑1 (MQ=255)
tGTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTaa > 1:4325121/1‑93 (MQ=255)
gTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAAt > 2:4850065/1‑93 (MQ=255)
gTTAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAAt < 2:4183974/93‑1 (MQ=255)
tAAGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATcc < 2:5616969/93‑1 (MQ=255)
aaGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCg < 2:1944704/93‑1 (MQ=255)
aGCCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCTCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCgg > 1:643099/1‑93 (MQ=255)
ccAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGAc < 2:1189179/93‑1 (MQ=255)
cAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGAcc > 1:1646457/1‑93 (MQ=255)
aGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCg > 1:1873450/1‑93 (MQ=255)
aGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCg < 1:3625091/93‑1 (MQ=255)
gACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGc > 1:3291946/1‑93 (MQ=255)
|
AACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACTGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGCCC > NC_000913/2777547‑2777725
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACTGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGCCCCTTC > NC_000913/2777543‑2777729
|
AATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACC < SRR4302537.1566251/94‑1 (MQ=60)
AATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACC < SRR4302537.4022954/94‑1 (MQ=60)
AATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACC > SRR4302537.4101698/1‑94 (MQ=60)
ATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCG > SRR4302537.6127393/1‑94 (MQ=60)
ATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCG < SRR4302537.4261760/94‑1 (MQ=60)
AAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCC > SRR4302537.2646330/1‑94 (MQ=60)
AAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCC > SRR4302537.2684522/1‑94 (MQ=60)
AACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCC < SRR4302537.5838543/94‑1 (MQ=60)
ACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACCGCCCC < SRR4302537.3607032/94‑1 (MQ=60)
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CCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACC < SRR4302537.39077/94‑1 (MQ=60)
CCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACC > SRR4302537.1657991/1‑94 (MQ=60)
CCAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACC > SRR4302537.5064337/1‑94 (MQ=60)
CAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCATGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCG > SRR4302537.4189280/1‑94 (MQ=60)
CAGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCG > SRR4302537.1886486/1‑94 (MQ=60)
AGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGC < SRR4302537.3650638/94‑1 (MQ=60)
AGACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGC > SRR4302537.3315206/1‑94 (MQ=60)
ACACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGCCC < SRR4302537.2058386/94‑1 (MQ=60)
CACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGCCCC < SRR4302537.3636832/94‑1 (MQ=60)
CACCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGCCCC > SRR4302537.3435934/1‑94 (MQ=60)
CCGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGCCCCTT < SRR4302537.1968064/94‑1 (MQ=60)
CGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGCCCCTTC > SRR4302537.4804836/1‑94 (MQ=60)
|
AATAAACATCACCGTCGTTGAGTAGCAAACTGTTTACTCTATATTCGCAGTTGCTGGTACCTGCACAGGAATTATTGCTGTTAAGCCAGACACTGCCCCGGCTGGCAGCCGTCAGGTCGGCAAGCGTGGTATCGACGCCATTTCCCAGAGTCAATGTCGCGCTATCGGTAATCCGGACCGCCCCTTC > NC_000913/2777543‑2777729
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
