Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,237,242 |
+C |
intergenic (+55/‑342) |
ygjT → / → ygjU |
putative transport protein/putative transport protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,237,240 | 1 | . | C | 98.0%
| 489.9
/ 2.3
| 149 | intergenic (+53/‑344) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base C (121/25); total (122/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.47e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 |
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
CTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑C‑CTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC > NC_000913/3237148‑3237324
|
cTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGATCACCGTTTt‑ct > 2:4546466/1‑93 (MQ=255)
cTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑ct > 1:417017/1‑93 (MQ=255)
cTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑ct < 2:5082714/93‑1 (MQ=255)
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑ct‑c > 2:4595651/1‑93 (MQ=255)
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑ct‑c > 1:6098389/1‑93 (MQ=255)
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑ct‑c < 2:33118/93‑1 (MQ=255)
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑ct‑c < 2:2636963/93‑1 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑ct‑c‑c > 1:118522/1‑93 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑ct‑c‑c > 1:2799142/1‑93 (MQ=255)
gTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑ct‑c‑cct > 1:399875/1‑91 (MQ=255)
tGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑ct‑c‑cctc < 1:3511318/93‑4 (MQ=255)
gAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑ct‑c‑cctct > 2:1225332/1‑89 (MQ=255)
aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctcc‑ctct‑c‑c > 1:4878307/1‑93 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctcc‑ctct‑c‑cc > 1:1155895/1‑92 (MQ=255)
tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctcc‑ctct‑c‑cct > 2:3739530/1‑91 (MQ=255)
aTCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctcc‑ctct‑c‑cctt > 1:3910725/1‑90 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGAATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGGTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCa < 2:6299388/93‑1 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAg < 2:1155916/93‑1 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAg > 2:1444395/1‑93 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAg < 1:20430/93‑1 (MQ=255)
aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAggg > 2:5906919/1‑93 (MQ=255)
aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCT‑CTCTTCCAggg > 1:2083403/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGga < 1:1381213/93‑1 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGga > 2:1594442/1‑93 (MQ=255)
gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGgag > 1:4622332/1‑93 (MQ=255)
gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGgag > 1:5550802/1‑93 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGgaga > 2:3499255/1‑93 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGgaga > 2:295857/1‑93 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGgaga < 2:3862941/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGgaga < 1:217112/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGgaga < 1:5447689/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGagag < 1:2858271/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGagag > 1:475380/1‑93 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGagag < 2:2929787/93‑1 (MQ=255)
aaGCAGCGGGGAGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CTCTCTCC‑CTTCCAGCGTGAgg > 2:5042820/1‑93 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAggg > 2:3629603/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt < 2:2445468/93‑1 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt > 1:5458457/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt > 2:1400877/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt > 1:1423863/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt > 2:4290113/1‑93 (MQ=255)
cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTc < 1:3149922/93‑1 (MQ=255)
cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTc < 1:4929673/93‑1 (MQ=255)
cagcGGGGTGGATAATTCTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTc > 2:3460595/1‑93 (MQ=255)
agcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGACTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCg > 2:2342040/1‑93 (MQ=255)
gggggTGAATATTTTTTAATCTGCCTAGGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCCCCTTTTTCCC‑C‑CTCTCC‑CTCCCAGGGAGAGGGTCggg < 2:4663525/92‑1 (MQ=255)
cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCggg > 1:944555/1‑93 (MQ=255)
ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgggg < 2:6197747/93‑1 (MQ=255)
ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgggg > 1:2551858/1‑93 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCggggg > 2:115969/1‑92 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt < 2:5860041/93‑1 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt > 2:4237110/1‑93 (MQ=255)
gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa > 1:1593470/1‑93 (MQ=255)
tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAg > 1:6050364/1‑93 (MQ=39)
ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgg > 2:6086499/1‑93 (MQ=39)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGCACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 1:3709305/1‑93 (MQ=38)
aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGt > 2:3014505/1‑93 (MQ=38)
aTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAt > 1:1880867/1‑93 (MQ=38)
tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt > 1:451058/1‑93 (MQ=38)
ttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttt > 1:2373259/1‑93 (MQ=38)
tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtttt > 2:5520114/1‑93 (MQ=38)
tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtttt > 2:6003264/1‑93 (MQ=38)
aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCg > 2:2471382/1‑93 (MQ=38)
tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa > 1:3955975/1‑93 (MQ=38)
cTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAc > 2:5631829/1‑93 (MQ=38)
gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg > 2:4800022/1‑93 (MQ=38)
ccTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGa > 2:3592684/1‑93 (MQ=38)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTACTTTTTCGCACCGAt > 1:3090421/1‑93 (MQ=38)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 2:6145254/1‑93 (MQ=38)
tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg > 1:2456126/1‑93 (MQ=38)
aaGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGc > 2:2132254/1‑93 (MQ=38)
gCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg > 2:4863592/1‑93 (MQ=38)
ccGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTgg > 2:5356282/1‑93 (MQ=38)
cGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGc > 1:2346177/1‑93 (MQ=37)
cGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGc > 2:1731906/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 1:3156904/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 2:1691918/1‑93 (MQ=37)
gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg > 2:5212043/1‑93 (MQ=37)
tACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGt > 2:184469/1‑93 (MQ=37)
aCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGtt > 1:922080/1‑93 (MQ=37)
ccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcc > 1:1806184/1‑93 (MQ=38)
ccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcc > 1:521901/1‑93 (MQ=37)
ccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcc > 1:6373503/1‑93 (MQ=37)
ccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGAAGTTTTCGCACCGATACTGGCCTGTTct > 1:3575857/1‑92 (MQ=37)
cTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTccc > 1:685856/1‑93 (MQ=25)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTTAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc < 2:4390393/93‑1 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc > 1:5084740/1‑93 (MQ=37)
cATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCATGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTcc > 1:2874678/1‑92 (MQ=25)
aTTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtccccccc > 1:5513609/1‑89 (MQ=25)
aTTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAc > 1:5952296/1‑93 (MQ=25)
ttAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAcc > 2:2856452/1‑93 (MQ=25)
ttAACATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAcc > 2:2012476/1‑93 (MQ=25)
aaCATGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAcccc > 1:4783146/1‑92 (MQ=21)
aTGAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAc > 1:5376364/1‑93 (MQ=21)
tGAGCACCGTTTTCCC‑C‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCctcaccctcacc > 1:5182104/1‑93 (MQ=18)
gAGCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCCCCCTAAccc > 2:2743144/1‑93 (MQ=21)
gCACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCCCCCCCCCCCAccccc > 2:3762279/1‑91 (MQ=18)
cACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCctct > 2:3257366/1‑93 (MQ=18)
cACCGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAACctct > 1:6194569/1‑93 (MQ=18)
cGTTTT‑CTCC‑CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCGCACCCTTACCCTCTccc > 1:6238409/1‑93 (MQ=18)
|
CTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑C‑CTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC > NC_000913/3237148‑3237324
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAG > NC_000913/3237149‑3237336
|
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CC > SRR4302537.119374/1‑94 (MQ=60)
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CC > SRR4302537.2818713/1‑94 (MQ=60)
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CC > SRR4302537.5724051/1‑94 (MQ=60)
GGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCC < SRR4302537.1460692/94‑1 (MQ=60)
GGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCct > SRR4302537.89000/1‑92 (MQ=60)
GGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCct > SRR4302537.402646/1‑92 (MQ=60)
TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCT < SRR4302537.3536155/94‑1 (MQ=60)
GAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCT‑C > SRR4302537.3821026/1‑94 (MQ=60)
AATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCT‑C‑C < SRR4302537.6374021/94‑1 (MQ=60)
AATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCT‑C‑C > SRR4302537.4912007/1‑94 (MQ=60)
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCctctccc > SRR4302537.1163939/1‑87 (MQ=60)
TTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCctctccct < SRR4302537.5993494/94‑9 (MQ=60)
TTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCctctccct < SRR4302537.667429/94‑9 (MQ=60)
TATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCctctccctt > SRR4302537.3938062/1‑85 (MQ=60)
ATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCctctcccttc < SRR4302537.2077755/94‑11 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCA > SRR4302537.4016542/1‑94 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAG < SRR4302537.5355958/94‑1 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGG < SRR4302537.20591/94‑1 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGG > SRR4302537.4810294/1‑94 (MQ=60)
CATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCT‑CTCTTCCAGGG > SRR4302537.2098081/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAG > SRR4302537.5588705/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAG < SRR4302537.1390850/94‑1 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAG > SRR4302537.4654330/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAG < SRR4302537.6131519/94‑1 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAG < SRR4302537.5124442/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAG > SRR4302537.5112818/1‑94 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAG > SRR4302537.478630/1‑94 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAG < SRR4302537.5484850/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAG < SRR4302537.218661/94‑1 (MQ=60)
TAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGG < SRR4302537.2878314/94‑1 (MQ=60)
TAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGG < SRR4302537.3825498/94‑1 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGT > SRR4302537.1433777/1‑94 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGT < SRR4302537.2376183/94‑1 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGT > SRR4302537.4523445/1‑94 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGT > SRR4302537.5495690/1‑94 (MQ=60)
CAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCG < SRR4302537.4963655/94‑1 (MQ=60)
CAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCG > SRR4302537.2417634/1‑94 (MQ=60)
CAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCG < SRR4302537.3172012/94‑1 (MQ=60)
GCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGG > SRR4302537.951084/1‑94 (MQ=60)
CGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGG > SRR4302537.2569739/1‑94 (MQ=60)
GGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTGGGGGG > SRR4302537.5420648/1‑94 (MQ=60)
GGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGA > SRR4302537.1604606/1‑94 (MQ=60)
GTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAG > SRR4302537.6091920/1‑94 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302537.3560026/1‑94 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302537.6276547/1‑94 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGCACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302537.3735382/1‑94 (MQ=60)
AATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAT > SRR4302537.1893947/1‑94 (MQ=60)
ATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATT > SRR4302537.454181/1‑94 (MQ=60)
ATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATT > SRR4302537.2840210/1‑94 (MQ=60)
TTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTT > SRR4302537.2389981/1‑94 (MQ=60)
TTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCACGGAGAGGGTCGGGGTGGGGGGAATTTT > SRR4302537.4847982/1‑94 (MQ=60)
TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTT > SRR4302537.1782685/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCG > SRR4302537.36663/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCG > SRR4302537.5249047/1‑94 (MQ=60)
AATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCTAGGGAGAGGGTCGGGGTGGGGGTAATTTTTCGC > SRR4302537.3376101/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302537.3983656/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302537.5547438/1‑94 (MQ=60)
TGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCG > SRR4302537.3120665/1‑94 (MQ=60)
TGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCG > SRR4302537.933615/1‑94 (MQ=60)
CCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTACTTTTTCGCACCGAT > SRR4302537.3111975/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302537.2473401/1‑94 (MQ=60)
CCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGC > SRR4302537.2362695/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302537.2970175/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302537.3179066/1‑94 (MQ=60)
GTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGT > SRR4302537.6353887/1‑94 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT > SRR4302537.928447/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCC > SRR4302537.525489/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCC > SRR4302537.1818785/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCC > SRR4302537.6416971/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGAAGTTTTCGCACCGATACTGGCCTGTTCT > SRR4302537.3601070/1‑94 (MQ=60)
CCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCC > SRR4302537.690560/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCC > SRR4302537.5119735/1‑94 (MQ=60)
GTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTC > SRR4302537.1851472/1‑94 (MQ=60)
TCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCATGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCC > SRR4302537.2894853/1‑94 (MQ=60)
TCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccc > SRR4302537.5554365/1‑87 (MQ=60)
TCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccc > SRR4302537.2317485/1‑87 (MQ=60)
CATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtccccccc > SRR4302537.5551259/1‑86 (MQ=60)
CATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAC > SRR4302537.5993159/1‑94 (MQ=60)
ATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccccc > SRR4302537.5656346/1‑85 (MQ=60)
TAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCC > SRR4302537.4816164/1‑94 (MQ=60)
ACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtccccccccccca > SRR4302537.1417013/1‑81 (MQ=60)
ACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGAAGTTTTCGCACCGATTCTGGCCTGTTtctctcaccccgc > SRR4302537.1218161/1‑81 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTCAC > SRR4302537.2102255/1‑94 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAC > SRR4302537.5413146/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCACCGTTTTCCC‑CCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTCACC > SRR4302537.5217763/1‑94 (MQ=60)
AGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTttcccccccccccacccc > SRR4302537.5550058/1‑76 (MQ=60)
AGCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGAGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccccccctaacctc > SRR4302537.2681184/1‑76 (MQ=60)
GCACCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAACCTCT > SRR4302537.6237256/1‑94 (MQ=60)
CCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtccccccccccccccccccccc > SRR4302537.2284340/1‑72 (MQ=60)
CCGTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCGCACCCTTACCCTCTCCC > SRR4302537.6281302/1‑94 (MQ=60)
GTTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCCAACCCTCTCCCCC > SRR4302537.2879405/1‑94 (MQ=60)
TTTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTgcccccccccccccccccccccccc > SRR4302537.3454892/1‑69 (MQ=60)
TTT‑CTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCCAACCCTCTCCCCCAA > SRR4302537.4003575/1‑94 (MQ=60)
CCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCccccaccaaccagccccccacaccgggg > SRR4302537.5941785/1‑66 (MQ=60)
CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCG > SRR4302537.1054358/1‑94 (MQ=60)
CTC‑‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCCAACGGGGCGAG > SRR4302537.622301/1‑94 (MQ=60)
|
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAG > NC_000913/3237149‑3237336
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
