Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,172,702 |
A→G |
intergenic (‑97/+90) |
coaA ← / ← b3975 |
pantothenate kinase/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,172,702 | 0 | A | G | 99.6%
| 875.1
/ NA
| 250 | intergenic (‑97/+90) | coaA/b3975 | pantothenate kinase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (100/149); minor base T (0/1); total (100/150) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAA > NC_000913/4172612‑4172791
|
tttCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCa < 1:1102882/93‑1 (MQ=255)
tttCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCa < 1:4364347/93‑1 (MQ=255)
tttCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCa < 1:3172761/93‑1 (MQ=255)
ttCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAg > 2:895756/1‑93 (MQ=255)
tCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGa < 2:5770078/93‑1 (MQ=255)
tCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGa < 2:1505484/93‑1 (MQ=255)
cTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGAt > 2:5110619/1‑93 (MQ=255)
tGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATg > 2:6397958/1‑93 (MQ=255)
tGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATg > 2:4708418/1‑93 (MQ=255)
tGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATg < 2:2569832/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATg > 1:2251308/1‑93 (MQ=255)
gCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATggg < 2:4787678/93‑1 (MQ=255)
cGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATgggg < 2:3877114/93‑1 (MQ=255)
ggTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGgga < 1:10348/93‑1 (MQ=255)
ggTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGgga < 2:4935318/93‑1 (MQ=255)
gTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGggag > 1:6112431/1‑93 (MQ=255)
tCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGggagg < 2:230156/93‑1 (MQ=255)
cATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGggagga < 2:3792808/93‑1 (MQ=255)
aTAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGaa > 2:4165490/1‑93 (MQ=255)
aTAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGaa < 1:194532/93‑1 (MQ=255)
aTAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGaa < 1:796006/93‑1 (MQ=255)
tAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGaat > 2:5058847/1‑93 (MQ=255)
gCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGCTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGaataa > 1:1301988/1‑93 (MQ=255)
ctctATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGaataat < 2:5291432/93‑1 (MQ=255)
tctATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAataata < 1:1009807/93‑1 (MQ=255)
tctATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAataata > 1:91674/1‑93 (MQ=255)
ctATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCACGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAGCGCCAGATGGGGAGGAAtaataa < 1:5092090/93‑1 (MQ=255)
tATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGTAGGAATAATAAg > 2:5743359/1‑93 (MQ=255)
tATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAg > 2:6455804/1‑93 (MQ=255)
tATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAg < 1:5367789/93‑1 (MQ=255)
tATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAg < 1:2033206/93‑1 (MQ=255)
tCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGaa > 2:5890100/1‑93 (MQ=255)
cGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGaaa < 1:1579111/93‑1 (MQ=255)
cAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGaaaaaa < 1:3877485/93‑1 (MQ=255)
cAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGaaaaaa < 1:5835063/93‑1 (MQ=255)
aaaGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAAt < 1:2837202/93‑1 (MQ=255)
aaaGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTATTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGGAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAAt > 1:2772203/1‑93 (MQ=255)
cGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATctct < 2:5569391/93‑1 (MQ=255)
cGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATctct < 1:5512484/93‑1 (MQ=255)
atatTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGc > 2:5655636/1‑93 (MQ=255)
atatTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGc < 2:3446480/93‑1 (MQ=255)
tttGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGACAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATATCTGCCAg > 1:1814818/1‑93 (MQ=255)
gCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGaa > 2:6158237/1‑93 (MQ=255)
gCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGaa < 2:1081983/93‑1 (MQ=255)
cATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGc > 1:1333675/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCt < 1:3804061/93‑1 (MQ=255)
aTGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCt < 1:3989110/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTa < 2:4415948/93‑1 (MQ=255)
ggCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTAt < 1:6244397/93‑1 (MQ=255)
gcgcGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATc < 1:4125436/93‑1 (MQ=255)
gcgcGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATc > 1:5256892/1‑93 (MQ=255)
gcgTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGt < 2:3679639/93‑1 (MQ=255)
gcgTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGt > 1:6478680/1‑93 (MQ=255)
gcgTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGt < 2:3009907/93‑1 (MQ=255)
gTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTg > 2:1651711/1‑93 (MQ=255)
tCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGa < 2:4024222/93‑1 (MQ=255)
acaGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGaaa < 1:1710127/93‑1 (MQ=255)
acaGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGaaa > 2:6126181/1‑93 (MQ=255)
ttCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCa < 2:4582320/93‑1 (MQ=255)
tCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCaa > 2:1874726/1‑93 (MQ=255)
gTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAAtgt < 1:5703285/93‑1 (MQ=255)
gTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAAtgt > 1:4006331/1‑93 (MQ=255)
gTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGACGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAgtgt > 1:4551494/1‑93 (MQ=255)
ttGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAAtgtg > 2:1711055/1‑93 (MQ=255)
tGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGa < 2:2945512/93‑1 (MQ=255)
tGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGa < 1:3009103/93‑1 (MQ=255)
tGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGa < 2:3180353/93‑1 (MQ=255)
gAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGAc > 2:2701919/1‑93 (MQ=255)
gAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGAc > 1:3475736/1‑93 (MQ=255)
aaTGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACa < 1:4998917/93‑1 (MQ=255)
aaTGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACa > 2:5283554/1‑93 (MQ=255)
aaTGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACa < 2:2081391/93‑1 (MQ=255)
aTGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAg > 2:238842/1‑93 (MQ=255)
gggTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGat < 2:2877653/93‑1 (MQ=255)
gTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGatat < 1:5136133/93‑1 (MQ=255)
gTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGatat > 1:6358939/1‑93 (MQ=255)
gTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGatat < 2:719222/93‑1 (MQ=255)
ttAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATAtt > 2:3070931/1‑93 (MQ=255)
tAATGGGCAGTAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTc < 2:205750/93‑1 (MQ=255)
tAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTc < 1:4186997/93‑1 (MQ=255)
tAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTc < 2:3349299/93‑1 (MQ=255)
aTGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCa < 2:4909237/93‑1 (MQ=255)
aTGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCa > 1:3580501/1‑93 (MQ=255)
ggCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCt < 2:785318/93‑1 (MQ=255)
ggCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCt > 1:4783369/1‑93 (MQ=255)
gCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTg < 1:6091414/93‑1 (MQ=255)
aggaggGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGAt > 1:2196762/1‑93 (MQ=255)
ggaggGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATa > 2:3638465/1‑93 (MQ=255)
ggaggGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATa > 2:4476169/1‑93 (MQ=255)
ggaggGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATa < 1:5163375/93‑1 (MQ=255)
aggGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATaaa < 2:2737205/93‑1 (MQ=255)
ggTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATaaaaa > 1:4278659/1‑93 (MQ=255)
tAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGa < 1:2626653/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGaa < 2:1295147/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGaa > 2:5852669/1‑93 (MQ=255)
aaCGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGaa < 1:4916466/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGaa < 1:2501851/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGaa < 1:1211165/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGaa < 1:2382819/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGaa < 2:4276397/93‑1 (MQ=255)
|
GTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAA > NC_000913/4172612‑4172791
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATGTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTAT > NC_000913/4172610‑4172795
|
ATGTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGC > SRR4302537.3244455/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGC > SRR4302537.4862391/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGGAACGC > SRR4302537.3021471/1‑94 (MQ=60)
TTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAG < SRR4302537.3195053/94‑1 (MQ=60)
TTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAG < SRR4302537.1110501/94‑1 (MQ=60)
TTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAG < SRR4302537.4394529/94‑1 (MQ=60)
TTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAG < SRR4302537.503204/94‑1 (MQ=60)
TTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGA > SRR4302537.2452922/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATG > SRR4302537.2267202/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATG > SRR4302537.1717675/1‑94 (MQ=60)
GCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGG < SRR4302537.751379/94‑1 (MQ=60)
CGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGA > SRR4302537.5308346/1‑94 (MQ=60)
CGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGA < SRR4302537.4230957/94‑1 (MQ=60)
CGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGA < SRR4302537.2952088/94‑1 (MQ=60)
GGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAG < SRR4302537.10424/94‑1 (MQ=60)
GGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAG > SRR4302537.6154437/1‑94 (MQ=60)
GTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGG < SRR4302537.5355388/94‑1 (MQ=60)
TCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGA < SRR4302537.4112243/94‑1 (MQ=60)
CATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAA < SRR4302537.40630/94‑1 (MQ=60)
CATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAA > SRR4302537.1304152/1‑94 (MQ=60)
ATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAAT < SRR4302537.195915/94‑1 (MQ=60)
ATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAAT < SRR4302537.801466/94‑1 (MQ=60)
ATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAAT < SRR4302537.3880772/94‑1 (MQ=60)
AGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAA < SRR4302537.4740145/94‑1 (MQ=60)
AGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAA > SRR4302537.1407178/1‑94 (MQ=60)
AGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGCAACGCCAGATGGGGAGGAATAA > SRR4302537.4312955/1‑94 (MQ=60)
AGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGCTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAA > SRR4302537.1311041/1‑94 (MQ=60)
CTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATA > SRR4302537.92341/1‑94 (MQ=60)
CTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATA > SRR4302537.5176014/1‑94 (MQ=60)
TCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAA < SRR4302537.1016771/94‑1 (MQ=60)
CTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAG < SRR4302537.5127154/94‑1 (MQ=60)
CTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCACGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAGCGCCAGATGGGGAGGAATAATAAG < SRR4302537.5127153/94‑1 (MQ=60)
TATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGA < SRR4302537.2047375/94‑1 (MQ=60)
TATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGA < SRR4302537.5404517/94‑1 (MQ=60)
ATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAA > SRR4302537.3953190/1‑94 (MQ=60)
TCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAA > SRR4302537.3242218/1‑94 (MQ=60)
CGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAA < SRR4302537.1590146/94‑1 (MQ=60)
CGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAA < SRR4302537.3998276/94‑1 (MQ=60)
CGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAA < SRR4302537.2523566/94‑1 (MQ=60)
GCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAA < SRR4302537.305941/94‑1 (MQ=60)
GCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAAAGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAA > SRR4302537.2367120/1‑94 (MQ=60)
gaaatCGATAGTTGCCATGTCGCCTCATAGTTGTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCATATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAAT < SRR4302537.2015144/89‑1 (MQ=60)
CAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAAT < SRR4302537.5875056/94‑1 (MQ=60)
CAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAAT < SRR4302537.2513008/94‑1 (MQ=60)
CAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAAT < SRR4302537.5102945/94‑1 (MQ=60)
CAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAAT < SRR4302537.3904605/94‑1 (MQ=60)
CAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTATTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGGAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAAT > SRR4302537.2791577/1‑94 (MQ=60)
AAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATC < SRR4302537.2857052/94‑1 (MQ=60)
AAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCT > SRR4302537.818457/1‑94 (MQ=60)
AGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTC > SRR4302537.1072382/1‑94 (MQ=60)
GCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCT < SRR4302537.494270/94‑1 (MQ=60)
GCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCT < SRR4302537.6521006/94‑1 (MQ=60)
CGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTG > SRR4302537.4841853/1‑94 (MQ=60)
CGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTG < SRR4302537.5550127/94‑1 (MQ=60)
GATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGC < SRR4302537.1158456/94‑1 (MQ=60)
ATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAG < SRR4302537.2246061/94‑1 (MQ=60)
ATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGACAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATATCTGCCAG > SRR4302537.1827468/1‑94 (MQ=60)
TTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGG < SRR4302537.6003984/94‑1 (MQ=60)
TTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGA < SRR4302537.1028169/94‑1 (MQ=60)
TGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAG > SRR4302537.6249657/1‑94 (MQ=60)
GCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAG > SRR4302537.5194218/1‑94 (MQ=60)
CCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGC > SRR4302537.1342962/1‑94 (MQ=60)
ATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTA < SRR4302537.4017045/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTA < SRR4302537.3830741/94‑1 (MQ=60)
TGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTAT < SRR4302537.1311842/94‑1 (MQ=60)
GGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATC < SRR4302537.6287310/94‑1 (MQ=60)
GGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATC < SRR4302537.6287309/94‑1 (MQ=60)
GGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATC > SRR4302537.5293069/1‑94 (MQ=60)
GCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCG < SRR4302537.4154227/94‑1 (MQ=60)
GCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCG < SRR4302537.2217776/94‑1 (MQ=60)
CGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGT > SRR4302537.6522715/1‑94 (MQ=60)
CGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGT > SRR4302537.1767111/1‑94 (MQ=60)
GCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTT < SRR4302537.5511241/94‑1 (MQ=60)
CGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTG > SRR4302537.3641018/1‑94 (MQ=60)
GTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGA < SRR4302537.5732275/94‑1 (MQ=60)
CACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAA > SRR4302537.818441/1‑94 (MQ=60)
ACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAA < SRR4302537.1722074/94‑1 (MQ=60)
ACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGGAACGCCAGATGGGGAGGCATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAA > SRR4302537.6136457/1‑94 (MQ=60)
CAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAG < SRR4302537.5202823/94‑1 (MQ=60)
CAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAG < SRR4302537.3614403/94‑1 (MQ=60)
TCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAAT < SRR4302537.1413331/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATG < SRR4302537.2735442/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATG < SRR4302537.5559052/94‑1 (MQ=60)
TGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGT > SRR4302537.4034369/1‑94 (MQ=60)
TGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGACGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAGTGT > SRR4302537.4582989/1‑94 (MQ=60)
GTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTG < SRR4302537.5742316/94‑1 (MQ=60)
TGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGAC > SRR4302537.3500330/1‑94 (MQ=60)
TGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGAC > SRR4302537.1844532/1‑94 (MQ=60)
TGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGAC < SRR4302537.3030046/94‑1 (MQ=60)
GAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGTCAGATGGGGGGGAGTATTTAGAAAACATCTCTGCCGGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGAtg > SRR4302537.432407/1‑92 (MQ=60)
GAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACA < SRR4302537.3542837/94‑1 (MQ=60)
AATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAG > SRR4302537.3214561/1‑94 (MQ=60)
AATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAG < SRR4302537.5033362/94‑1 (MQ=60)
GGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATAT > SRR4302537.6402328/1‑94 (MQ=60)
GGTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATAT > SRR4302537.2876730/1‑94 (MQ=60)
GTTAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATT < SRR4302537.5171522/94‑1 (MQ=60)
TAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCC < SRR4302537.4216229/94‑1 (MQ=60)
TAATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCC < SRR4302537.6506512/94‑1 (MQ=60)
AATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCA > SRR4302537.3605743/1‑94 (MQ=60)
AATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCA > SRR4302537.1993918/1‑94 (MQ=60)
ATGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCAT > SRR4302537.5835346/1‑94 (MQ=60)
TGGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATC > SRR4302537.4022683/1‑94 (MQ=60)
GGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCT > SRR4302537.4816388/1‑94 (MQ=60)
GGGCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCT < SRR4302537.4438411/94‑1 (MQ=60)
GCAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGA < SRR4302537.6133266/94‑1 (MQ=60)
CAGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGAT > SRR4302537.2212241/1‑94 (MQ=60)
AGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATA > SRR4302537.6326283/1‑94 (MQ=60)
AGGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATA < SRR4302537.6049461/94‑1 (MQ=60)
AGGAGGGGAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATA > SRR4302537.2714445/1‑94 (MQ=60)
GGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAA < SRR4302537.5198960/94‑1 (MQ=60)
GGAGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAA < SRR4302537.1091784/94‑1 (MQ=60)
AGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAA > SRR4302537.1730798/1‑94 (MQ=60)
AGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAA < SRR4302537.2375080/94‑1 (MQ=60)
AGGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAA > SRR4302537.4515346/1‑94 (MQ=60)
GGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAA > SRR4302537.4308400/1‑94 (MQ=60)
GGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAA > SRR4302537.4272986/1‑94 (MQ=60)
GGGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAA > SRR4302537.2144900/1‑94 (MQ=60)
GGTAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAG < SRR4302537.128549/94‑1 (MQ=60)
TAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAA > SRR4302537.4165773/1‑94 (MQ=60)
TAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAA < SRR4302537.2645054/94‑1 (MQ=60)
TAACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAA < SRR4302537.2809111/94‑1 (MQ=60)
AACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAAT < SRR4302537.1219592/94‑1 (MQ=60)
AACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAAT < SRR4302537.2399607/94‑1 (MQ=60)
AACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAAT < SRR4302537.5040707/94‑1 (MQ=60)
AACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAAT < SRR4302537.2519450/94‑1 (MQ=60)
AACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAAT < SRR4302537.4950389/94‑1 (MQ=60)
ACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATT > SRR4302537.976987/1‑94 (MQ=60)
ACGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATT < SRR4302537.5391109/94‑1 (MQ=60)
CGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTA < SRR4302537.1906696/94‑1 (MQ=60)
CGCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTA < SRR4302537.4343829/94‑1 (MQ=60)
GCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTAT > SRR4302537.2112806/1‑94 (MQ=60)
GCCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTAT < SRR4302537.2477489/94‑1 (MQ=60)
|
ATGTTTCTGGCGGTCATAGCTCTATCGGCAAAGCGATATTTGCCATGGCGCGTCACAGTTCTGTTGAATGGGTTAATGGGCAGGAGGGTAACACCAGATGGGGAGGAATAATAAGAAAAAATCTCTGCCAGGAAGCTATCGTTGAAAAGCAATGTGACAGATATTCCATCTGATAAAAAGAATTAT > NC_000913/4172610‑4172795
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
