Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,544,360 |
+G |
coding (166/1314 nt) |
gntT → |
gluconate permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,544,358 | 1 | . | G | 99.6%
| 797.1
/ ‑4.2
| 235 | A55G (GCG→GGG) | gntT | gluconate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base G (128/106); minor base T (1/0); total (129/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GC‑GGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544283‑3544437
|
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGcc > 2:2000658/1‑93 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCt < 1:5495830/93‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCt < 1:4191242/93‑1 (MQ=255)
gTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCtt > 2:2402863/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTg > 2:5470691/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTg > 2:3509496/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGc > 1:663238/1‑93 (MQ=255)
cgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGccc > 2:5932981/1‑93 (MQ=255)
cgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGccc > 1:5322454/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGa < 1:5991127/93‑1 (MQ=255)
tccTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAt < 1:2429901/91‑1 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAt < 2:7385903/93‑1 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAt < 2:6530366/93‑1 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa < 1:6537662/93‑1 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:4301810/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 2:4235681/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 2:5715707/1‑93 (MQ=255)
ttGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATgg > 1:6230841/1‑93 (MQ=255)
ttGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATgg < 2:4095028/93‑1 (MQ=255)
ttGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATgg > 2:5054445/1‑93 (MQ=255)
tGGATTAGTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATggg < 2:3799065/93‑1 (MQ=255)
tGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATggg < 2:4510117/93‑1 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 2:4270307/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 1:5750178/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 2:2322876/1‑93 (MQ=255)
aaTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTgg > 1:1386699/1‑93 (MQ=255)
gCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcgc > 1:6674059/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 2:4443713/93‑1 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 2:3385798/93‑1 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 2:3275008/93‑1 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 2:5361985/93‑1 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 1:2632649/93‑1 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 1:6932687/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 1:3660834/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 2:6858401/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc > 1:3556152/1‑93 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGGGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGc > 1:7211585/1‑93 (MQ=255)
aaTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCt < 1:5108664/93‑1 (MQ=255)
aaTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCt < 2:517264/93‑1 (MQ=255)
aaTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCt < 2:7020790/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg < 1:7350711/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg < 2:1384896/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCa > 1:2484148/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCa > 2:1464693/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 2:2600273/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 2:5270797/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 2:847447/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 1:7490909/1‑93 (MQ=255)
cTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaa > 2:4213353/1‑93 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 1:4669125/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa > 2:5810480/1‑93 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa > 2:5163707/1‑93 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt > 1:3976576/1‑93 (MQ=255)
gATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATg > 2:397004/1‑93 (MQ=255)
gATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATg > 2:7221785/1‑93 (MQ=255)
gATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATg > 1:5241974/1‑93 (MQ=255)
gATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATg < 2:3155060/93‑1 (MQ=255)
aTAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGc > 2:1252442/1‑93 (MQ=255)
aTAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGc > 1:127886/1‑93 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt > 1:3493482/1‑93 (MQ=255)
aaaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTg > 2:78070/1‑93 (MQ=255)
aaaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTg < 1:4030208/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg < 2:6057836/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg > 2:1436722/1‑93 (MQ=255)
gTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCa < 2:3689817/93‑1 (MQ=255)
ttATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAg > 1:3290429/1‑93 (MQ=255)
tATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGa < 1:71223/93‑1 (MQ=255)
tATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGa > 2:6772818/1‑93 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 1:1093864/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc > 1:6444906/1‑93 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 2:3880966/93‑1 (MQ=255)
ggCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc > 2:3889008/1‑93 (MQ=255)
ggCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc > 1:7296821/1‑93 (MQ=255)
ggCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc > 1:4705884/1‑93 (MQ=255)
ggCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc < 2:3029897/93‑1 (MQ=255)
ggCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc < 1:3780928/93‑1 (MQ=255)
ggCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc < 2:1572747/93‑1 (MQ=255)
cTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCgg < 2:4579587/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt > 1:1259812/1‑93 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt > 2:1781110/1‑93 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt > 1:4511298/1‑93 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 1:2538618/93‑1 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg > 1:1485729/1‑93 (MQ=255)
cATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTgg > 2:1142310/1‑93 (MQ=255)
cATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTgg < 1:3061413/93‑1 (MQ=255)
aTCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgc > 2:4024330/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg > 2:4977087/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg > 2:4914426/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg > 1:4330966/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca > 1:291801/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca < 1:2221569/93‑1 (MQ=255)
aaaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca > 2:6312795/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca > 1:961270/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 2:5534417/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 1:6021199/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 2:2759627/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 1:906010/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa > 1:3360039/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa > 1:1777295/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 1:3826324/93‑1 (MQ=255)
|
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GC‑GGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544283‑3544437
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CGGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACG > NC_000913/3544268‑3544452
|
TCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGG < SRR4302542.3725542/94‑1 (MQ=60)
TCANCNCTCTNGTCCTCGNGGCGCTTGCTNTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTNNATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGG < SRR4302542.4668045/94‑1 (MQ=60)
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCT < SRR4302542.7387934/94‑1 (MQ=60)
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCT > SRR4302542.1868654/1‑94 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTT < SRR4302542.7590322/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTT < SRR4302542.4232572/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTT < SRR4302542.5549211/94‑1 (MQ=60)
GTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTG < SRR4302542.6374925/94‑1 (MQ=60)
TGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGC > SRR4302542.7285200/1‑94 (MQ=60)
TGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGC > SRR4302542.668956/1‑94 (MQ=60)
TGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGC < SRR4302542.731310/94‑1 (MQ=60)
GCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCTGGACGCTCGGTAGCCTTGCCC > SRR4302542.2838368/1‑94 (MQ=60)
GCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCC > SRR4302542.1281406/1‑94 (MQ=60)
GCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCC > SRR4302542.5374159/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCT > SRR4302542.2525481/1‑94 (MQ=60)
CTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGA < SRR4302542.3759752/94‑1 (MQ=60)
CTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGA > SRR4302542.2953780/1‑94 (MQ=60)
CTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGA > SRR4302542.4749013/1‑94 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT > SRR4302542.6763876/1‑94 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT < SRR4302542.3986857/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT < SRR4302542.6049157/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT < SRR4302542.95397/94‑1 (MQ=60)
TCCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATC < SRR4302542.2453521/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT > SRR4302542.55399/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT < SRR4302542.6602129/94‑1 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302542.4344109/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302542.7599664/1‑94 (MQ=60)
GTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGG > SRR4302542.6292189/1‑94 (MQ=60)
GATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT < SRR4302542.3055615/94‑1 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT > SRR4302542.5805995/1‑94 (MQ=60)
TAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGG > SRR4302542.1398679/1‑94 (MQ=60)
TAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGG > SRR4302542.1151176/1‑94 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG > SRR4302542.6715390/1‑94 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATAAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302542.6100122/94‑1 (MQ=60)
TGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGC > SRR4302542.6739810/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302542.4764846/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302542.3695358/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302542.7000756/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT < SRR4302542.2658081/94‑1 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG < SRR4302542.6642974/94‑1 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG < SRR4302542.6879084/94‑1 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG > SRR4302542.4318773/1‑94 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGC < SRR4302542.2511908/94‑1 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGC > SRR4302542.3589382/1‑94 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGGGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGC > SRR4302542.7282344/1‑94 (MQ=60)
GAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCT < SRR4302542.7053563/94‑1 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG < SRR4302542.1820348/94‑1 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG < SRR4302542.5158285/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGG < SRR4302542.6692355/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGG < SRR4302542.7422697/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGG < SRR4302542.7241963/94‑1 (MQ=60)
CCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCA > SRR4302542.2508221/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302542.7564410/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302542.1363277/1‑94 (MQ=60)
GCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAA > SRR4302542.4277204/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302542.5742412/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTTGCGCAATGCCGGGCAAAA > SRR4302542.5171196/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT > SRR4302542.3525505/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT < SRR4302542.4714765/94‑1 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT > SRR4302542.4595446/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT < SRR4302542.3367122/94‑1 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT > SRR4302542.4015813/1‑94 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG > SRR4302542.1414951/1‑94 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG < SRR4302542.4022429/94‑1 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG > SRR4302542.5292933/1‑94 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG > SRR4302542.5263145/1‑94 (MQ=60)
GATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGC > SRR4302542.128933/1‑94 (MQ=60)
ATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCT < SRR4302542.4391843/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCT > SRR4302542.3526153/1‑94 (MQ=60)
ATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCT > SRR4302542.5368717/1‑94 (MQ=60)
ATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCT > SRR4302542.2604537/1‑94 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG < SRR4302542.4069979/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG < SRR4302542.2342116/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG > SRR4302542.3526327/1‑94 (MQ=60)
AGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCA < SRR4302542.464386/94‑1 (MQ=60)
GTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAG > SRR4302542.4354176/1‑94 (MQ=60)
GTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAG > SRR4302542.3321493/1‑94 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC < SRR4302542.71815/94‑1 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC > SRR4302542.6508374/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT < SRR4302542.1103236/94‑1 (MQ=60)
TGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGC > SRR4302542.4751792/1‑94 (MQ=60)
TGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGC > SRR4302542.7368326/1‑94 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302542.3818330/94‑1 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302542.6564712/94‑1 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302542.373439/94‑1 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302542.5900398/94‑1 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGT > SRR4302542.1270647/1‑94 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGT > SRR4302542.4555510/1‑94 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG > SRR4302542.1498555/1‑94 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302542.2563233/94‑1 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302542.3822980/94‑1 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG < SRR4302542.4099520/94‑1 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC < SRR4302542.3090610/94‑1 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC < SRR4302542.3683688/94‑1 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC < SRR4302542.5600660/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302542.4373535/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302542.1289932/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG < SRR4302542.3234695/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302542.3456021/1‑94 (MQ=60)
TCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGC > SRR4302542.3898391/1‑94 (MQ=60)
CAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCA > SRR4302542.969523/1‑94 (MQ=60)
CAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCA > SRR4302542.6151738/1‑94 (MQ=60)
CAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCA > SRR4302542.1663627/1‑94 (MQ=60)
CAAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCA > SRR4302542.294348/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAC < SRR4302542.2240679/94‑1 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAC > SRR4302542.913835/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAC > SRR4302542.6079514/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACA < SRR4302542.606175/94‑1 (MQ=60)
AGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > SRR4302542.3391621/1‑94 (MQ=60)
AGCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > SRR4302542.1792695/1‑94 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302542.3864180/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302542.2494764/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302542.748586/94‑1 (MQ=60)
GGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCAC > SRR4302542.4255542/1‑94 (MQ=60)
GGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCAC > SRR4302542.5485311/1‑94 (MQ=60)
GACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACG < SRR4302542.593122/94‑1 (MQ=60)
|
TCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CGGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACG > NC_000913/3544268‑3544452
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
