Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,870,631 |
Δ1 bp |
coding (610/1764 nt) |
dgoA ← |
2‑oxo‑3‑deoxygalactonate 6‑phosphate aldolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,870,630 | 0 | C | . | 100.0%
| 1367.0
/ NA
| 293 | coding (611/1764 nt) | dgoA | 2‑oxo‑3‑deoxygalactonate 6‑phosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (152/141); total (152/141) |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAA > NC_000913/3870538‑3870718
|
cccAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCAc > 1:2918671/1‑93 (MQ=255)
cccAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCAc < 2:6722995/93‑1 (MQ=255)
cccAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCAc < 2:3601157/93‑1 (MQ=255)
ccAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCAct > 2:7457876/1‑92 (MQ=255)
ccAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCAct < 1:145994/93‑2 (MQ=255)
cAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCActg > 1:6039872/1‑91 (MQ=255)
aCCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCActgcc < 1:1079631/93‑5 (MQ=255)
aCCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCActgcc < 1:4626453/93‑5 (MQ=255)
ccGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCct > 1:2738749/1‑93 (MQ=255)
aCCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCtctc < 1:3524780/93‑1 (MQ=255)
aCCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCtctc > 1:2616096/1‑93 (MQ=255)
aCCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCtctc < 2:1520115/93‑1 (MQ=255)
aCCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCtctc > 1:1402085/1‑93 (MQ=255)
cACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGa < 1:7418963/93‑1 (MQ=255)
cACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGa < 1:917844/93‑1 (MQ=255)
cACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGa < 1:3071862/93‑1 (MQ=255)
aCGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAt > 2:6277287/1‑93 (MQ=255)
aCGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAt > 1:4392581/1‑93 (MQ=255)
aCGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAt > 1:4903978/1‑93 (MQ=255)
gCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAc < 1:4084493/93‑1 (MQ=255)
cTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGc > 2:5156607/1‑93 (MQ=255)
ttCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGcc > 1:5237650/1‑93 (MQ=255)
tCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCt > 2:2354672/1‑93 (MQ=255)
aTCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTa > 2:3017326/1‑93 (MQ=255)
aTCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTa < 1:5840352/93‑1 (MQ=255)
tCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTaa > 1:1745365/1‑93 (MQ=255)
ggTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACa > 1:596372/1‑93 (MQ=255)
ggTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACa > 2:4985476/1‑93 (MQ=255)
ttCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAt > 2:7241730/1‑93 (MQ=255)
tCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtg > 2:926349/1‑93 (MQ=255)
tCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtg > 2:1361465/1‑93 (MQ=255)
cAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgc < 1:3156230/93‑1 (MQ=255)
aaTTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgct > 1:6932407/1‑93 (MQ=255)
aaTTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgct < 1:702682/93‑1 (MQ=255)
ttttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgc < 2:2441825/93‑1 (MQ=255)
ttttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgc < 1:5523648/93‑1 (MQ=255)
tttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgct < 2:5718598/93‑1 (MQ=255)
ggAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctg > 1:3750513/1‑93 (MQ=255)
ggAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctg > 2:6625779/1‑93 (MQ=255)
gAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgc < 2:4247371/93‑1 (MQ=255)
cATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctgc < 1:4279/93‑1 (MQ=255)
tCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcgc < 1:3884974/93‑1 (MQ=255)
cAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCgg < 2:3904849/93‑1 (MQ=255)
aGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGt < 2:7333506/93‑1 (MQ=255)
cGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgc < 1:5113694/93‑1 (MQ=255)
cGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgc < 1:6632420/93‑1 (MQ=255)
ggggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcg > 2:7032208/1‑93 (MQ=255)
gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcgc > 2:1906481/1‑93 (MQ=255)
gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcgc > 2:1103798/1‑93 (MQ=255)
gAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACATATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctc < 2:1213428/93‑1 (MQ=255)
gAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctc < 1:4111455/93‑1 (MQ=255)
gAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctc > 2:5819741/1‑93 (MQ=255)
ggTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTa < 2:6803188/93‑1 (MQ=255)
ggTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTa > 2:7187035/1‑93 (MQ=255)
gTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGGCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTAc < 1:6214816/93‑1 (MQ=255)
gTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTAc < 2:537644/93‑1 (MQ=255)
tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACg > 2:5329251/1‑93 (MQ=255)
tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACg < 2:2808390/93‑1 (MQ=255)
tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACg > 1:7343566/1‑93 (MQ=255)
tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACg > 2:3684198/1‑93 (MQ=255)
tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACg > 2:7430196/1‑93 (MQ=255)
aaaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACgg > 2:1762016/1‑93 (MQ=255)
aaaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACgg < 2:1417960/93‑1 (MQ=255)
aaaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACgg > 1:3646335/1‑93 (MQ=255)
aaaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACgg > 2:3284266/1‑93 (MQ=255)
aaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGa > 2:4583228/1‑93 (MQ=255)
aCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAt < 2:5497544/93‑1 (MQ=255)
aTACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGc > 1:468315/1‑93 (MQ=255)
tACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGcc < 1:1291494/93‑1 (MQ=255)
aCGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGccc < 2:2582950/93‑1 (MQ=255)
aCGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGccc < 1:1620850/93‑1 (MQ=255)
aCGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGccc > 1:6340270/1‑93 (MQ=255)
cGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCg > 1:6156893/1‑93 (MQ=255)
cGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCg > 1:7191971/1‑93 (MQ=255)
cGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCg < 2:6546887/93‑1 (MQ=255)
gTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCgg > 2:6096091/1‑93 (MQ=255)
ggTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcg > 1:2165019/1‑93 (MQ=255)
ggTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcg > 1:994122/1‑93 (MQ=255)
gTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcgc > 1:1929555/1‑93 (MQ=255)
gTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcgc < 2:4745452/93‑1 (MQ=255)
tAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGcgcg < 1:2303465/93‑1 (MQ=255)
aTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGAt > 2:378494/1‑93 (MQ=255)
aTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGAt > 1:2498949/1‑93 (MQ=255)
aTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGAt < 1:2059204/93‑1 (MQ=255)
tttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATag < 1:5607574/93‑1 (MQ=255)
ttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCTGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATaga < 1:3932232/93‑1 (MQ=255)
ttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATaga > 2:5560637/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATaga < 1:4498483/93‑1 (MQ=255)
ttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATaga > 2:4048592/1‑93 (MQ=255)
ggTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAgaga < 2:2129467/93‑1 (MQ=255)
tGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATc < 1:2868324/93‑1 (MQ=255)
aTTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGc < 1:1154644/93‑1 (MQ=255)
ttttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCt < 2:3972498/93‑1 (MQ=255)
ttttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCt > 2:3180752/1‑93 (MQ=255)
ttttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCt < 1:6080910/93‑1 (MQ=255)
tttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTg > 1:5472162/1‑93 (MQ=255)
tCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGcc < 1:6722659/93‑1 (MQ=255)
tCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGcc > 1:3282446/1‑93 (MQ=255)
aTTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTa > 1:2188008/1‑93 (MQ=255)
aTTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTa < 1:1013260/93‑1 (MQ=255)
|
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAA > NC_000913/3870538‑3870718
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCCGC > NC_000913/3870538‑3870724
|
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACT < SRR4302542.3225182/94‑1 (MQ=60)
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACT < SRR4302542.641458/94‑1 (MQ=60)
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACT < SRR4302542.1395061/94‑1 (MQ=60)
AACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCC < SRR4302542.1036991/94‑1 (MQ=60)
ACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCT > SRR4302542.2765161/1‑94 (MQ=60)
ACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCT < SRR4302542.4671655/94‑1 (MQ=60)
ACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCT < SRR4302542.1088899/94‑1 (MQ=60)
CCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTC < SRR4302542.4307262/94‑1 (MQ=60)
GACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTC < SRR4302542.6093154/94‑1 (MQ=60)
GACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTC > SRR4302542.1414206/1‑94 (MQ=60)
GACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTC > SRR4302542.2641370/1‑94 (MQ=60)
ACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCG < SRR4302542.3557721/94‑1 (MQ=60)
ACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCG < SRR4302542.7540388/94‑1 (MQ=60)
CCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGA > SRR4302542.3005900/1‑94 (MQ=60)
CACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAT < SRR4302542.925759/94‑1 (MQ=60)
CACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAT > SRR4302542.4951680/1‑94 (MQ=60)
CACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAT < SRR4302542.3101134/94‑1 (MQ=60)
CACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAT < SRR4302542.6236553/94‑1 (MQ=60)
CACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAT > SRR4302542.4435678/1‑94 (MQ=60)
CACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAT > SRR4302542.1458157/1‑94 (MQ=60)
CACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAT < SRR4302542.7491559/94‑1 (MQ=60)
ACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATA < SRR4302542.2667670/94‑1 (MQ=60)
ACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATA > SRR4302542.5552823/1‑94 (MQ=60)
ACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATA < SRR4302542.2318847/94‑1 (MQ=60)
CGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAC < SRR4302542.3608601/94‑1 (MQ=60)
GCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACG < SRR4302542.4124741/94‑1 (MQ=60)
CCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGC > SRR4302542.3941429/1‑94 (MQ=60)
CCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGC > SRR4302542.944174/1‑94 (MQ=60)
CCTTCATCAGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGC > SRR4302542.5716503/1‑94 (MQ=60)
CTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCC > SRR4302542.5288568/1‑94 (MQ=60)
CTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCC > SRR4302542.1950697/1‑94 (MQ=60)
TTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCT > SRR4302542.7251579/1‑94 (MQ=60)
TCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTT < SRR4302542.2261747/94‑1 (MQ=60)
TCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTT < SRR4302542.6021400/94‑1 (MQ=60)
TCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTT > SRR4302542.3691387/1‑94 (MQ=60)
ATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAA < SRR4302542.5897011/94‑1 (MQ=60)
ATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAA > SRR4302542.1760511/1‑94 (MQ=60)
TCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAAC < SRR4302542.1179842/94‑1 (MQ=60)
CGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACA < SRR4302542.985318/94‑1 (MQ=60)
CGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACA > SRR4302542.601514/1‑94 (MQ=60)
CGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACA < SRR4302542.1151167/94‑1 (MQ=60)
CGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACA < SRR4302542.7151112/94‑1 (MQ=60)
CGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACA < SRR4302542.1682991/94‑1 (MQ=60)
GGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAA > SRR4302542.4363627/1‑94 (MQ=60)
GTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAA > SRR4302542.3106088/1‑94 (MQ=60)
GTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAA > SRR4302542.6699376/1‑94 (MQ=60)
GTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAA < SRR4302542.1853301/94‑1 (MQ=60)
TTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAT > SRR4302542.2083211/1‑94 (MQ=60)
TTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAT < SRR4302542.7313312/94‑1 (MQ=60)
TTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAT > SRR4302542.1942984/1‑94 (MQ=60)
TTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATG > SRR4302542.4018855/1‑94 (MQ=60)
TTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATG > SRR4302542.4428086/1‑94 (MQ=60)
TTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATG < SRR4302542.2944447/94‑1 (MQ=60)
TTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATG < SRR4302542.1062469/94‑1 (MQ=60)
TCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGC > SRR4302542.4148278/1‑94 (MQ=60)
TCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGC > SRR4302542.6799942/1‑94 (MQ=60)
CAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCT < SRR4302542.3186196/94‑1 (MQ=60)
CAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCT < SRR4302542.3186195/94‑1 (MQ=60)
CAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCT > SRR4302542.7000473/1‑94 (MQ=60)
AATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTG < SRR4302542.388889/94‑1 (MQ=60)
AATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTG < SRR4302542.708764/94‑1 (MQ=60)
AATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTG < SRR4302542.4149337/94‑1 (MQ=60)
TTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCT < SRR4302542.5577334/94‑1 (MQ=60)
TCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCC < SRR4302542.220373/94‑1 (MQ=60)
TCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCC < SRR4302542.5535448/94‑1 (MQ=60)
TCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCC < SRR4302542.1872903/94‑1 (MQ=60)
CAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCT > SRR4302542.6182040/1‑94 (MQ=60)
CAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCT < SRR4302542.3504484/94‑1 (MQ=60)
AGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTG > SRR4302542.7079059/1‑94 (MQ=60)
AGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTG > SRR4302542.3787623/1‑94 (MQ=60)
GAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCT > SRR4302542.6440958/1‑94 (MQ=60)
CATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCG < SRR4302542.5594065/94‑1 (MQ=60)
CATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCG < SRR4302542.4312/94‑1 (MQ=60)
CATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCG > SRR4302542.3888107/1‑94 (MQ=60)
CATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCG > SRR4302542.6032426/1‑94 (MQ=60)
CATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCG > SRR4302542.3906785/1‑94 (MQ=60)
TCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCG < SRR4302542.6114033/94‑1 (MQ=60)
TCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCG < SRR4302542.3923336/94‑1 (MQ=60)
CCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGG < SRR4302542.1528717/94‑1 (MQ=60)
CAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGT > SRR4302542.5649112/1‑94 (MQ=60)
CAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGT < SRR4302542.4737503/94‑1 (MQ=60)
AGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTG < SRR4302542.2930541/94‑1 (MQ=60)
CGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCG < SRR4302542.5163361/94‑1 (MQ=60)
CGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCG < SRR4302542.6697801/94‑1 (MQ=60)
GGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGC < SRR4302542.5749734/94‑1 (MQ=60)
GGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCT > SRR4302542.5289871/1‑94 (MQ=60)
GGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCT > SRR4302542.5289872/1‑94 (MQ=60)
GAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCT > SRR4302542.4635907/1‑94 (MQ=60)
GAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCT < SRR4302542.4151980/94‑1 (MQ=60)
AGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTA > SRR4302542.6314654/1‑94 (MQ=60)
AGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTA < SRR4302542.2748122/94‑1 (MQ=60)
AGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGACTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTA < SRR4302542.5922370/94‑1 (MQ=60)
GGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTGTAC < SRR4302542.2178337/94‑1 (MQ=60)
GTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGGCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACG < SRR4302542.6276041/94‑1 (MQ=60)
GTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACG > SRR4302542.7415490/1‑94 (MQ=60)
TAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGG > SRR4302542.3680370/1‑94 (MQ=60)
TAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGG < SRR4302542.1210572/94‑1 (MQ=60)
AAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGA > SRR4302542.287852/1‑94 (MQ=60)
AACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAT < SRR4302542.1373239/94‑1 (MQ=60)
AACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAT > SRR4302542.6774160/1‑94 (MQ=60)
AACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAT < SRR4302542.3225747/94‑1 (MQ=60)
AACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGAT < SRR4302542.3613199/94‑1 (MQ=60)
ACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATT > SRR4302542.4106517/1‑94 (MQ=60)
ACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATT < SRR4302542.3680697/94‑1 (MQ=60)
CGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTG < SRR4302542.452336/94‑1 (MQ=60)
GATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGC > SRR4302542.472375/1‑94 (MQ=60)
GATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGC > SRR4302542.6103436/1‑94 (MQ=60)
ATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCC > SRR4302542.815891/1‑94 (MQ=60)
ATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCC > SRR4302542.3054167/1‑94 (MQ=60)
ATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCC > SRR4302542.6167057/1‑94 (MQ=60)
TACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCC < SRR4302542.1302618/94‑1 (MQ=60)
TACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCC < SRR4302542.6230790/94‑1 (MQ=60)
TACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCC > SRR4302542.6402731/1‑94 (MQ=60)
TACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCC < SRR4302542.6723430/94‑1 (MQ=60)
ACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCG > SRR4302542.6216514/1‑94 (MQ=60)
ACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCG < SRR4302542.5020531/94‑1 (MQ=60)
ACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCG < SRR4302542.1644937/94‑1 (MQ=60)
ACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCG < SRR4302542.1634851/94‑1 (MQ=60)
ACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCG > SRR4302542.7262540/1‑94 (MQ=60)
ACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCG < SRR4302542.7456185/94‑1 (MQ=60)
TGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCG > SRR4302542.681089/1‑94 (MQ=60)
TGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCG > SRR4302542.2633306/1‑94 (MQ=60)
TGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCG > SRR4302542.1002679/1‑94 (MQ=60)
TGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCG > SRR4302542.2183666/1‑94 (MQ=60)
TGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCG > SRR4302542.2187897/1‑94 (MQ=60)
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GGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGC < SRR4302542.1449643/94‑1 (MQ=60)
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GTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCG < SRR4302542.4665399/94‑1 (MQ=60)
GTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCG < SRR4302542.5117711/94‑1 (MQ=60)
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AATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGAT < SRR4302542.3436869/94‑1 (MQ=60)
AATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGAT > SRR4302542.5250130/1‑94 (MQ=60)
ATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATA < SRR4302542.2349140/94‑1 (MQ=60)
ATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATA > SRR4302542.5184074/1‑94 (MQ=60)
ATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATA < SRR4302542.2076994/94‑1 (MQ=60)
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TTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGA > SRR4302542.1522718/1‑94 (MQ=60)
TTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCTGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAG < SRR4302542.3971032/94‑1 (MQ=60)
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GGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGAT > SRR4302542.4681989/1‑94 (MQ=60)
GGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGAT > SRR4302542.1103854/1‑94 (MQ=60)
TGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCG < SRR4302542.2895878/94‑1 (MQ=60)
TGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCG < SRR4302542.5786263/94‑1 (MQ=60)
GATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGC > SRR4302542.7296825/1‑94 (MQ=60)
ATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCT > SRR4302542.4684381/1‑94 (MQ=60)
ATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCT < SRR4302542.4512047/94‑1 (MQ=60)
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TTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTG < SRR4302542.6139786/94‑1 (MQ=60)
TTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCC > SRR4302542.3313409/1‑94 (MQ=60)
TTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCC > SRR4302542.6316230/1‑94 (MQ=60)
TTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCC > SRR4302542.2607003/1‑94 (MQ=60)
TCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCT < SRR4302542.705794/94‑1 (MQ=60)
TCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCT < SRR4302542.6788855/94‑1 (MQ=60)
TCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCT < SRR4302542.7489469/94‑1 (MQ=60)
CATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTA > SRR4302542.3942432/1‑94 (MQ=60)
CATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTA > SRR4302542.2354092/1‑94 (MQ=60)
CATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTA > SRR4302542.2206850/1‑94 (MQ=60)
ATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAA < SRR4302542.1021987/94‑1 (MQ=60)
ATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAA > SRR4302542.2021970/1‑94 (MQ=60)
TGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGC > SRR4302542.4463123/1‑94 (MQ=60)
GCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCC > SRR4302542.1873205/1‑94 (MQ=60)
caCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCC > SRR4302542.1275369/3‑94 (MQ=60)
caCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCC > SRR4302542.3946384/3‑94 (MQ=60)
caCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCC > SRR4302542.7082908/3‑94 (MQ=60)
caCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCC < SRR4302542.3703224/92‑1 (MQ=60)
caCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCC > SRR4302542.3472724/3‑94 (MQ=60)
caCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCC < SRR4302542.1566657/92‑1 (MQ=60)
CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCCGC > SRR4302542.6190530/1‑94 (MQ=60)
CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCACGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCCGC > SRR4302542.4792125/1‑94 (MQ=60)
|
CCCAACCGACCACGCCTTCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGATAGAGATCGCTGCCTAAGCCCGC > NC_000913/3870538‑3870724
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
