Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,873,986 |
T→C |
T199A (ACG→GCG) |
yidA ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,873,986 | 0 | T | C | 82.4%
| 801.8
/ 168.6
| 375 | T199A (ACG→GCG) | yidA | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/35); new base C (159/150); total (190/185) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.33e-01 |
Only 100 of 377 total aligned reads displayed.
TTCAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCG > NC_000913/3873894‑3874078
|
cAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCAc > 2:4246156/1‑93 (MQ=255)
aaTCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCAcc < 1:939230/93‑1 (MQ=255)
aaTCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCAcc > 2:6004955/1‑93 (MQ=255)
aaTCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCAcc > 1:4595602/1‑93 (MQ=255)
aTCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCt > 1:1183612/1‑93 (MQ=255)
tCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCAGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCtt > 2:5824861/1‑93 (MQ=255)
cATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCttt > 1:4973086/1‑93 (MQ=255)
ttGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGt > 1:357689/1‑93 (MQ=255)
ttGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGt < 1:3785843/93‑1 (MQ=255)
nnatatCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAACACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTaa < 1:1407051/91‑1 (MQ=255)
tatCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAcnn > 2:2764542/1‑91 (MQ=255)
tatCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAcgc > 1:3633642/1‑93 (MQ=255)
tatCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAcgc > 2:1613983/1‑93 (MQ=255)
gTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGttt > 1:3371774/1‑93 (MQ=255)
ttttCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTa > 1:5879247/1‑93 (MQ=255)
ttttCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTa > 2:6487343/1‑93 (MQ=255)
tttCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTAt < 1:7432400/93‑1 (MQ=255)
tCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCg > 1:571414/1‑93 (MQ=255)
ccTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGa < 2:1847107/93‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGa < 1:3279686/93‑1 (MQ=255)
cTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAg < 2:734117/93‑1 (MQ=255)
tGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAgg > 2:2706465/1‑93 (MQ=255)
tGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAgg > 2:3054313/1‑93 (MQ=255)
tGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAgg > 1:7344292/1‑93 (MQ=255)
tGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAgg > 2:6267854/1‑93 (MQ=255)
tGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAgg > 2:7437080/1‑93 (MQ=255)
gATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGa < 2:2045284/93‑1 (MQ=255)
gATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGa < 2:3920217/93‑1 (MQ=255)
gATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGa > 1:1755541/1‑93 (MQ=255)
gATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGa > 1:6074513/1‑93 (MQ=255)
tcgccaatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGAtt < 2:3463345/93‑1 (MQ=255)
tcgccaatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGAtt < 2:5750309/93‑1 (MQ=255)
tcgccaatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGAtt > 1:6183035/1‑93 (MQ=255)
tcgccaatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGAtt < 1:1584955/93‑1 (MQ=255)
gccaatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTc > 2:5441825/1‑93 (MQ=255)
gccaatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTc < 1:6914088/93‑1 (MQ=255)
atcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAgg > 1:1096159/1‑93 (MQ=255)
tcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGa < 2:761227/93‑1 (MQ=255)
cgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGaa < 1:4416589/93‑1 (MQ=255)
gccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAg > 2:6910858/1‑93 (MQ=255)
gccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAg > 2:4521166/1‑93 (MQ=255)
ccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGt > 1:2738595/1‑93 (MQ=255)
ccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGt > 2:7262409/1‑93 (MQ=255)
ccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGt > 1:4111606/1‑93 (MQ=255)
ccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGt < 2:1097130/93‑1 (MQ=255)
caTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTa > 1:5317488/1‑93 (MQ=255)
caTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTa < 1:5955124/93‑1 (MQ=255)
caTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTa < 1:236539/93‑1 (MQ=255)
caTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTa > 2:4361610/1‑93 (MQ=255)
aTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTAc < 2:4694232/93‑1 (MQ=255)
tGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACg > 2:80694/1‑93 (MQ=255)
gATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACgg > 2:507998/1‑93 (MQ=255)
aTTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGgc > 1:2040591/1‑93 (MQ=255)
tttCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGgcg > 1:7142394/1‑93 (MQ=255)
tttCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGgcg < 1:3156303/93‑1 (MQ=255)
ttcttcCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGgcgc > 1:57534/1‑93 (MQ=255)
cttcCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCAc < 2:1334791/93‑1 (MQ=255)
tcCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACtt > 1:5096271/1‑93 (MQ=255)
ggTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTc < 1:3412457/93‑1 (MQ=255)
ggTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTc < 2:2668262/93‑1 (MQ=255)
gTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCa < 2:6735290/93‑1 (MQ=255)
gTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCa > 2:518926/1‑93 (MQ=255)
tttAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCAAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAg > 1:6661060/1‑93 (MQ=255)
ttAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGc > 2:910325/1‑93 (MQ=255)
ttAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGc > 1:5624631/1‑93 (MQ=255)
aaTACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGGTTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCAc < 1:4489229/93‑1 (MQ=255)
aTACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACg > 2:5670507/1‑93 (MQ=255)
aTACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACg < 2:3270714/93‑1 (MQ=255)
tACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACgg > 1:1788164/1‑93 (MQ=255)
tACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTCATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACgg < 1:5249426/93‑1 (MQ=255)
aCCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGt > 2:2183938/1‑93 (MQ=255)
aCCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGt < 1:7030115/93‑1 (MQ=255)
ccTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGta > 1:1270634/1‑93 (MQ=255)
ccTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGta > 2:1012266/1‑93 (MQ=255)
ccTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGta < 1:3695054/93‑1 (MQ=255)
acacGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATAtt > 2:3773989/1‑93 (MQ=255)
acacGTCGGCCAGTGATTTAACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATAtt > 1:6229072/1‑93 (MQ=255)
acGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTtc > 2:2384695/1‑93 (MQ=255)
gTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTtctc < 2:6602057/93‑1 (MQ=255)
tCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTctct > 2:6192444/1‑93 (MQ=255)
tCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTctct < 1:2942451/93‑1 (MQ=255)
tCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTctct < 2:4924543/93‑1 (MQ=255)
cGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCtt < 1:5388137/93‑1 (MQ=255)
ggCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCttt > 1:1352919/1‑93 (MQ=255)
ccAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCa < 2:3129544/93‑1 (MQ=255)
cAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCAc > 1:423563/1‑93 (MQ=255)
aGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACt > 2:7126524/1‑93 (MQ=255)
gTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACtt < 1:4688200/93‑1 (MQ=255)
gTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACtt > 2:4046875/1‑93 (MQ=255)
gTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACtt > 1:2671159/1‑93 (MQ=255)
gTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACtt > 1:2196887/1‑93 (MQ=255)
gATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTcc < 2:1955523/93‑1 (MQ=255)
tttCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTg > 1:6963655/1‑93 (MQ=255)
tCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCg > 1:1674938/1‑93 (MQ=255)
cccccGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGaa < 1:1012409/93‑1 (MQ=255)
cccccGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGaa > 2:6786665/1‑93 (MQ=255)
ccccGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAAt > 2:1516930/1‑93 (MQ=255)
ccccGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAAt > 1:2605362/1‑93 (MQ=255)
cccGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATa < 2:1679517/93‑1 (MQ=255)
ccGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATAc < 1:2268460/93‑1 (MQ=255)
|
TTCAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCG > NC_000913/3873894‑3874078
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 211 total aligned reads displayed.
ATTCAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCGC > NC_000913/3873893‑3874079
|
ATTCAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGC > SRR4302542.1683367/1‑94 (MQ=60)
ATTCAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGC > SRR4302542.5108462/1‑94 (MQ=60)
ATTCAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGC > SRR4302542.3917396/1‑94 (MQ=60)
TCAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTAC < SRR4302542.1791134/94‑1 (MQ=60)
TCAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCAC > SRR4302542.5080217/1‑94 (MQ=60)
CAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACC > SRR4302542.2356689/1‑94 (MQ=60)
CAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACC > SRR4302542.4640539/1‑94 (MQ=60)
AATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCT < SRR4302542.7348214/94‑1 (MQ=60)
AATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCT > SRR4302542.1193822/1‑94 (MQ=60)
AATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCT > SRR4302542.1609780/1‑94 (MQ=60)
AATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCT > SRR4302542.1082915/1‑94 (MQ=60)
AATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCT < SRR4302542.947316/94‑1 (MQ=60)
ATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTT > SRR4302542.5669219/1‑94 (MQ=60)
TCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTT > SRR4302542.5021365/1‑94 (MQ=60)
CATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTG < SRR4302542.112777/94‑1 (MQ=60)
CATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTG > SRR4302542.7169699/1‑94 (MQ=60)
CATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTG < SRR4302542.5783982/94‑1 (MQ=60)
CATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTG > SRR4302542.265628/1‑94 (MQ=60)
CATTGCGATATCGTTTTACTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTG > SRR4302542.327713/1‑94 (MQ=60)
ATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGT > SRR4302542.360807/1‑94 (MQ=60)
ATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGT < SRR4302542.2726826/94‑1 (MQ=60)
TTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTT < SRR4302542.3823287/94‑1 (MQ=60)
TTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTT > SRR4302542.1533292/1‑94 (MQ=60)
CGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAAC < SRR4302542.1506133/94‑1 (MQ=60)
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ATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGC > SRR4302542.3667501/1‑94 (MQ=60)
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TCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTT < SRR4302542.3436113/94‑1 (MQ=60)
TCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTT > SRR4302542.340604/1‑94 (MQ=60)
CGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTT > SRR4302542.3403455/1‑94 (MQ=60)
CGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTT > SRR4302542.4257780/1‑94 (MQ=60)
CGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTT > SRR4302542.5855142/1‑94 (MQ=60)
CGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTT < SRR4302542.6154213/94‑1 (MQ=60)
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GTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTA < SRR4302542.6849401/94‑1 (MQ=60)
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GATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGAT < SRR4302542.1303902/94‑1 (MQ=60)
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TCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTT < SRR4302542.3670146/94‑1 (MQ=60)
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ATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCG > SRR4302542.4624118/1‑94 (MQ=60)
TTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGC > SRR4302542.58006/1‑94 (MQ=60)
TTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGC > SRR4302542.1734360/1‑94 (MQ=60)
TTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGC < SRR4302542.3186269/94‑1 (MQ=60)
CTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACT > SRR4302542.3042534/1‑94 (MQ=60)
TTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTT < SRR4302542.3401208/94‑1 (MQ=60)
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CCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTT > SRR4302542.3637511/1‑94 (MQ=60)
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TTAATACCTAACACGTCGGCCAGCGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCA < SRR4302542.5540069/94‑1 (MQ=60)
TAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCAC < SRR4302542.1771425/94‑1 (MQ=60)
TAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCAC < SRR4302542.4329618/94‑1 (MQ=60)
AATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGGTTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACG < SRR4302542.4533279/94‑1 (MQ=60)
AATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACG < SRR4302542.3662312/94‑1 (MQ=60)
ATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGG > SRR4302542.1803685/1‑94 (MQ=60)
ATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGG > SRR4302542.2825105/1‑94 (MQ=60)
ATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGG > SRR4302542.7344630/1‑94 (MQ=60)
TACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGT < SRR4302542.7064689/94‑1 (MQ=60)
TACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTCATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGT < SRR4302542.5300452/94‑1 (MQ=60)
ACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTA > SRR4302542.1281550/1‑94 (MQ=60)
CCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTAT < SRR4302542.3731618/94‑1 (MQ=60)
CCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTAT < SRR4302542.6001425/94‑1 (MQ=60)
CCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTAT < SRR4302542.4886273/94‑1 (MQ=60)
CTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATA < SRR4302542.6062104/94‑1 (MQ=60)
CTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATA < SRR4302542.3502912/94‑1 (MQ=60)
TAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATAT > SRR4302542.5309628/1‑94 (MQ=60)
TAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATAT < SRR4302542.4721723/94‑1 (MQ=60)
TAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATAT < SRR4302542.5946653/94‑1 (MQ=60)
TAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATAT < SRR4302542.2715437/94‑1 (MQ=60)
TAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATAT < SRR4302542.1702582/94‑1 (MQ=60)
AACACGTCGGCCAGTGATTTAACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATT > SRR4302542.6290409/1‑94 (MQ=60)
CACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTC > SRR4302542.7419949/1‑94 (MQ=60)
ACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCT < SRR4302542.5516162/94‑1 (MQ=60)
ACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCT < SRR4302542.4502935/94‑1 (MQ=60)
ACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCT < SRR4302542.4233722/94‑1 (MQ=60)
ACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCT < SRR4302542.3509529/94‑1 (MQ=60)
CGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTC < SRR4302542.4360325/94‑1 (MQ=60)
CGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTC > SRR4302542.34303/1‑94 (MQ=60)
GTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCT < SRR4302542.5945260/94‑1 (MQ=60)
TCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTT < SRR4302542.2970627/94‑1 (MQ=60)
TCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTT > SRR4302542.5390504/1‑94 (MQ=60)
CGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTT < SRR4302542.19224/94‑1 (MQ=60)
CGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTT > SRR4302542.1364602/1‑94 (MQ=60)
CGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTT < SRR4302542.5440469/94‑1 (MQ=60)
GGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTC < SRR4302542.6499771/94‑1 (MQ=60)
GGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTC < SRR4302542.5109642/94‑1 (MQ=60)
GCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCA > SRR4302542.7107404/1‑94 (MQ=60)
GCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCA > SRR4302542.6788704/1‑94 (MQ=60)
CCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCAC > SRR4302542.427197/1‑94 (MQ=60)
CAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACT > SRR4302542.6022497/1‑94 (MQ=60)
CAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACT < SRR4302542.6532685/94‑1 (MQ=60)
CAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACT < SRR4302542.7001494/94‑1 (MQ=60)
CAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACT > SRR4302542.5283580/1‑94 (MQ=60)
AGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTT < SRR4302542.1193296/94‑1 (MQ=60)
AGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTT > SRR4302542.2696934/1‑94 (MQ=60)
AGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTT > SRR4302542.1719826/1‑94 (MQ=60)
AGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTT < SRR4302542.522045/94‑1 (MQ=60)
AGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTT > SRR4302542.2215805/1‑94 (MQ=60)
AGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTAAATTTCTCTTTCACTT > SRR4302542.1155138/1‑94 (MQ=60)
GTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTC > SRR4302542.4748966/1‑94 (MQ=60)
GTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTC < SRR4302542.4733986/94‑1 (MQ=60)
TGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCC < SRR4302542.6766083/94‑1 (MQ=60)
TGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCC < SRR4302542.4882938/94‑1 (MQ=60)
TGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCC > SRR4302542.3821980/1‑94 (MQ=60)
GATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCT < SRR4302542.3662895/94‑1 (MQ=60)
GATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGGATATTTCTCTTTCACTTCCT > SRR4302542.2047830/1‑94 (MQ=60)
ATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTG > SRR4302542.7032071/1‑94 (MQ=60)
ATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTG < SRR4302542.537066/94‑1 (MQ=60)
TTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCG < SRR4302542.2246843/94‑1 (MQ=60)
TTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCG > SRR4302542.1689409/1‑94 (MQ=60)
CACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTaaatcctcgataaac < SRR4302542.3935620/94‑16 (MQ=60)
CCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAAT < SRR4302542.1021129/94‑1 (MQ=60)
CCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAAT > SRR4302542.7020780/1‑94 (MQ=60)
CCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAAT > SRR4302542.2630556/1‑94 (MQ=60)
CCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATA < SRR4302542.7301076/94‑1 (MQ=60)
CCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATA > SRR4302542.2117655/1‑94 (MQ=60)
CCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACG < SRR4302542.2287978/94‑1 (MQ=60)
CCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACG < SRR4302542.5904648/94‑1 (MQ=60)
CCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACG > SRR4302542.2910111/1‑94 (MQ=60)
CGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGC > SRR4302542.7155703/1‑94 (MQ=60)
CGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGC > SRR4302542.431737/1‑94 (MQ=60)
CGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGC < SRR4302542.4376665/94‑1 (MQ=60)
GCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCG < SRR4302542.170500/94‑1 (MQ=60)
GCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCG > SRR4302542.357065/1‑94 (MQ=60)
GCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCG < SRR4302542.1153170/94‑1 (MQ=60)
TACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCGC > SRR4302542.5220182/1‑94 (MQ=60)
CACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCGC < SRR4302542.4910695/94‑1 (MQ=60)
|
ATTCAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCGC > NC_000913/3873893‑3874079
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
