Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,930,457 |
Δ1 bp |
coding (1515/1560 nt) |
kup → |
low affinity potassium transport system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,930,457 | 0 | C | . | 100.0%
| 1376.6
/ NA
| 298 | coding (1515/1560 nt) | kup | low affinity potassium transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (156/142); total (156/142) |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTCGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTG > NC_000913/3930369‑3930544
|
ccGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTc < 2:1527318/93‑1 (MQ=255)
ccGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTc < 2:3364730/93‑1 (MQ=255)
gcgGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTg < 1:3579979/93‑1 (MQ=255)
gcgGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTg > 1:3110096/1‑93 (MQ=255)
gcgGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTg > 2:549124/1‑93 (MQ=255)
gcgGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTg > 2:5734511/1‑93 (MQ=255)
ggTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGtt > 2:447951/1‑93 (MQ=255)
gtgtATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTa < 2:7338638/93‑1 (MQ=255)
gtgtATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTa > 1:631869/1‑93 (MQ=255)
gtgtATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTa < 1:6156131/93‑1 (MQ=255)
tgtATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTaa > 1:1444257/1‑93 (MQ=255)
tataTGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAAct < 2:5445623/93‑1 (MQ=255)
tataTGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAAct > 1:6611532/1‑93 (MQ=255)
tataTGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAAct > 1:2062601/1‑93 (MQ=255)
atatGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTGActc > 2:290778/1‑93 (MQ=255)
atatGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActc < 2:3866173/93‑1 (MQ=255)
atatGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActc > 2:532364/1‑93 (MQ=255)
atatGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActc < 1:7200422/93‑1 (MQ=255)
tatGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActct < 2:672360/93‑1 (MQ=255)
atGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTg > 1:5751273/1‑93 (MQ=255)
gTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTgcg > 1:6713580/1‑93 (MQ=255)
gcgTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCAc > 2:4032885/1‑93 (MQ=255)
gcgTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCAc > 2:3579039/1‑93 (MQ=255)
gcgTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCAc < 1:392445/93‑1 (MQ=255)
cgTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAGCTCTGCGCAcc < 2:5166395/93‑1 (MQ=255)
tGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGa > 1:7142620/1‑93 (MQ=255)
gCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGaa < 1:1483499/93‑1 (MQ=255)
gCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGaa < 1:920643/93‑1 (MQ=255)
cAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAg < 2:6363189/93‑1 (MQ=255)
cAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAg > 2:6485744/1‑93 (MQ=255)
aaTCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGa < 2:1047380/93‑1 (MQ=255)
aaTCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGa > 2:6457803/1‑93 (MQ=255)
aaTCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGa < 2:1561830/93‑1 (MQ=255)
aaTCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGa < 2:764525/93‑1 (MQ=255)
aaTCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGa < 1:333155/93‑1 (MQ=255)
aaTCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGa < 1:2267802/93‑1 (MQ=255)
aTCAACGTCATTCCCTTTGTGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGAc < 1:4451347/93‑1 (MQ=255)
aTCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGAc > 2:2235835/1‑93 (MQ=255)
aTCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGAc > 1:2917710/1‑93 (MQ=255)
aCGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTc < 1:63283/93‑1 (MQ=255)
aCGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTc > 2:365172/1‑93 (MQ=255)
cGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTcc > 2:2313527/1‑93 (MQ=255)
cGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTcc < 2:3042966/93‑1 (MQ=255)
cGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTcc < 2:2872210/93‑1 (MQ=255)
gTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCa > 2:6845524/1‑93 (MQ=255)
gTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCa < 2:1406407/93‑1 (MQ=255)
gTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCa > 1:6244942/1‑93 (MQ=255)
tCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCat > 2:6314003/1‑93 (MQ=255)
aTTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCatat < 1:4751351/93‑1 (MQ=255)
aTTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCatat > 2:2994138/1‑93 (MQ=255)
aTTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCatat > 1:5538591/1‑93 (MQ=255)
ttCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATg < 2:3495757/93‑1 (MQ=255)
ttCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATg > 2:2482144/1‑93 (MQ=255)
tCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGt > 2:1992432/1‑93 (MQ=255)
cccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTc > 1:2740441/1‑93 (MQ=255)
cccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTc < 1:2618355/93‑1 (MQ=255)
cccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTc > 2:6585406/1‑93 (MQ=255)
cccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTc < 2:2416072/93‑1 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTcc < 2:6949943/93‑1 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTcc > 1:2803142/1‑93 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTcc > 1:6988994/1‑93 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTcc > 1:3399083/1‑93 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTcc > 1:5208635/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCa < 1:1024117/93‑1 (MQ=255)
ttGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATa < 2:5632269/93‑1 (MQ=255)
gcTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgt < 1:5350555/93‑1 (MQ=255)
cTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtc < 2:362421/93‑1 (MQ=255)
tGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtcc < 1:7352415/93‑1 (MQ=255)
tGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtcc > 2:5278311/1‑93 (MQ=255)
tGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtccgtc < 1:4943623/93‑1 (MQ=255)
tGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtccgtc > 1:6861887/1‑93 (MQ=255)
gCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCg > 2:1185718/1‑93 (MQ=255)
cATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCgg < 1:2435967/93‑1 (MQ=255)
aTAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCggg > 1:3982972/1‑93 (MQ=255)
aTAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCggg > 1:1795912/1‑93 (MQ=255)
aaCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTa > 2:1289931/1‑93 (MQ=255)
aCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTAc > 2:3177232/1‑93 (MQ=255)
aCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTAc > 2:4325917/1‑93 (MQ=255)
ccTTAAACATAACAAGGTATTGCCTGAACGGAT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCGCCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACa < 2:7123426/93‑1 (MQ=255)
ccTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACa > 1:1077737/1‑93 (MQ=255)
cTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAg > 1:2585908/1‑93 (MQ=255)
aCATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGa < 1:6477739/93‑1 (MQ=255)
aCATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGa > 1:4181144/1‑93 (MQ=255)
cATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaa < 2:7500367/93‑1 (MQ=255)
tAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaaca > 2:4150753/1‑93 (MQ=255)
aaCAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaacaa < 2:5373074/93‑1 (MQ=255)
aCAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaacaac < 1:7082513/93‑1 (MQ=255)
aaGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTg > 2:2570420/1‑93 (MQ=255)
aGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGt < 2:496483/93‑1 (MQ=255)
aGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGt > 1:813556/1‑93 (MQ=255)
tATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGc < 1:3250820/93‑1 (MQ=255)
ttGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGccc > 2:6620465/1‑93 (MQ=255)
tGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCa < 2:1798047/93‑1 (MQ=255)
gCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCAc > 1:4360649/1‑93 (MQ=255)
aTGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACtt < 2:4687216/93‑1 (MQ=255)
taaGCGGGT‑GATTGTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACttt < 1:3779981/91‑1 (MQ=255)
tGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACttt > 1:162859/1‑93 (MQ=255)
gAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTc < 2:6123019/93‑1 (MQ=255)
aGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCt > 2:1636898/1‑93 (MQ=255)
gCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTg > 2:7413018/1‑93 (MQ=255)
|
CCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTCGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTG > NC_000913/3930369‑3930544
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTCGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCGCGT > NC_000913/3930364‑3930550
|
CGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTG < SRR4302542.7295003/94‑1 (MQ=60)
CGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTG > SRR4302542.1886057/1‑94 (MQ=60)
GGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGGGCGGGT‑GAT > SRR4302542.6761636/1‑94 (MQ=60)
GACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATT > SRR4302542.4638707/1‑94 (MQ=60)
GACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATT > SRR4302542.4790713/1‑94 (MQ=60)
GACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATT > SRR4302542.5030449/1‑94 (MQ=60)
CGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTG > SRR4302542.3139652/1‑94 (MQ=60)
CGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTG < SRR4302542.3475476/94‑1 (MQ=60)
CGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTG > SRR4302542.7172472/1‑94 (MQ=60)
GCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGT < SRR4302542.3613387/94‑1 (MQ=60)
CGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTT > SRR4302542.1060178/1‑94 (MQ=60)
CGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTT < SRR4302542.1842022/94‑1 (MQ=60)
GGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTA > SRR4302542.637314/1‑94 (MQ=60)
GTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAA > SRR4302542.1456723/1‑94 (MQ=60)
GTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAA < SRR4302542.6215739/94‑1 (MQ=60)
TGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAAC < SRR4302542.7136706/94‑1 (MQ=60)
GTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACT > SRR4302542.7411264/1‑94 (MQ=60)
GTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACT > SRR4302542.1782714/1‑94 (MQ=60)
GTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACT > SRR4302542.2080425/1‑94 (MQ=60)
GTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACT > SRR4302542.6676664/1‑94 (MQ=60)
GTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACT > SRR4302542.5532551/1‑94 (MQ=60)
GTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACT < SRR4302542.6064632/94‑1 (MQ=60)
ATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCT < SRR4302542.7271083/94‑1 (MQ=60)
TATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTG > SRR4302542.5807101/1‑94 (MQ=60)
ATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGC < SRR4302542.2916679/94‑1 (MQ=60)
ATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGC < SRR4302542.3768103/94‑1 (MQ=60)
TGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCG < SRR4302542.7373101/94‑1 (MQ=60)
TGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCG > SRR4302542.6779713/1‑94 (MQ=60)
TGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCG < SRR4302542.4003672/94‑1 (MQ=60)
GCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACC < SRR4302542.646187/94‑1 (MQ=60)
GCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACC < SRR4302542.395840/94‑1 (MQ=60)
GCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACC < SRR4302542.721138/94‑1 (MQ=60)
GTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGA < SRR4302542.5024638/94‑1 (MQ=60)
GTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGA > SRR4302542.7212709/1‑94 (MQ=60)
GCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAG < SRR4302542.1496304/94‑1 (MQ=60)
GCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAG < SRR4302542.3829583/94‑1 (MQ=60)
GCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAG < SRR4302542.928570/94‑1 (MQ=60)
CAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGA > SRR4302542.789324/1‑94 (MQ=60)
CAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGA < SRR4302542.3376360/94‑1 (MQ=60)
AATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGAC > SRR4302542.2945684/1‑94 (MQ=60)
AATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGAC < SRR4302542.5148974/94‑1 (MQ=60)
AATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGAC < SRR4302542.336046/94‑1 (MQ=60)
AATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGAC < SRR4302542.2287315/94‑1 (MQ=60)
ATCAACGTCATTCCCTTTGTGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACG < SRR4302542.4495007/94‑1 (MQ=60)
CAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCT < SRR4302542.6580664/94‑1 (MQ=60)
CAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCT > SRR4302542.4881815/1‑94 (MQ=60)
AACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTC > SRR4302542.3733385/1‑94 (MQ=60)
AACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTC > SRR4302542.716516/1‑94 (MQ=60)
ACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCC < SRR4302542.63797/94‑1 (MQ=60)
CGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCA > SRR4302542.6306469/1‑94 (MQ=60)
CGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCA < SRR4302542.66649/94‑1 (MQ=60)
GTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCAT < SRR4302542.2831703/94‑1 (MQ=60)
CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATAT > SRR4302542.5592430/1‑94 (MQ=60)
CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATAT < SRR4302542.6385540/94‑1 (MQ=60)
CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATAT > SRR4302542.247050/1‑94 (MQ=60)
CATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATAT > SRR4302542.1294303/1‑94 (MQ=60)
ATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATG > SRR4302542.3467512/1‑94 (MQ=60)
ATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATG < SRR4302542.4797648/94‑1 (MQ=60)
TTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGT < SRR4302542.3370993/94‑1 (MQ=60)
TTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGT > SRR4302542.2231023/1‑94 (MQ=60)
TCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTC > SRR4302542.2766864/1‑94 (MQ=60)
TCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTC > SRR4302542.1460677/1‑94 (MQ=60)
CCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCC > SRR4302542.3430964/1‑94 (MQ=60)
CCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCC > SRR4302542.5259294/1‑94 (MQ=60)
CCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCC > SRR4302542.874584/1‑94 (MQ=60)
CCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCC < SRR4302542.2643660/94‑1 (MQ=60)
CCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCC < SRR4302542.6954546/94‑1 (MQ=60)
CCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCC > SRR4302542.2830131/1‑94 (MQ=60)
CCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCC > SRR4302542.7057644/1‑94 (MQ=60)
CCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCAAAGACGCTCCATATGTCCA < SRR4302542.5676305/94‑1 (MQ=60)
CTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCAT < SRR4302542.1032941/94‑1 (MQ=60)
CTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCAT < SRR4302542.999580/94‑1 (MQ=60)
CTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAAAAAGGTATTGCATGACCGGGT‑TATTTTGTTATCTCTGCGGACCGAAGACGCTCAATATGTCCAT < SRR4302542.4427633/94‑1 (MQ=59)
GCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACG > SRR4302542.634296/1‑94 (MQ=60)
CGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGT > SRR4302542.2162996/1‑94 (MQ=60)
GCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTC < SRR4302542.5402524/94‑1 (MQ=60)
CTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCC < SRR4302542.7249050/94‑1 (MQ=60)
CTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCC > SRR4302542.128907/1‑94 (MQ=60)
CTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCC < SRR4302542.3112254/94‑1 (MQ=60)
CTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCC > SRR4302542.3127291/1‑94 (MQ=60)
CTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCC < SRR4302542.4258870/94‑1 (MQ=60)
TGGTGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCCTTAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGGGCCCCGAAGACGCTTCATATGGCCATAACGTCCC < SRR4302542.2414950/94‑1 (MQ=60)
TGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCG < SRR4302542.7424412/94‑1 (MQ=60)
ATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTC > SRR4302542.6929305/1‑94 (MQ=60)
TGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCG < SRR4302542.417765/94‑1 (MQ=60)
TGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCG < SRR4302542.631588/94‑1 (MQ=60)
TGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCG < SRR4302542.4991657/94‑1 (MQ=60)
GCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGG < SRR4302542.6885797/94‑1 (MQ=60)
GCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGG > SRR4302542.268420/1‑94 (MQ=60)
GCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGG < SRR4302542.2812619/94‑1 (MQ=60)
CATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGG > SRR4302542.381764/1‑94 (MQ=60)
CATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGG > SRR4302542.6441129/1‑94 (MQ=60)
CATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGG > SRR4302542.4022259/1‑94 (MQ=60)
CATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGG > SRR4302542.1811491/1‑94 (MQ=60)
CATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGG > SRR4302542.868315/1‑94 (MQ=60)
CATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGG < SRR4302542.2640269/94‑1 (MQ=60)
CATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGG < SRR4302542.2459667/94‑1 (MQ=60)
ATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGT > SRR4302542.2623896/1‑94 (MQ=60)
AACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTAC < SRR4302542.6387413/94‑1 (MQ=60)
AACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTAC > SRR4302542.5945770/1‑94 (MQ=60)
AACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTAC > SRR4302542.1562783/1‑94 (MQ=60)
ACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACA > SRR4302542.5626976/1‑94 (MQ=60)
ACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACA < SRR4302542.1799379/94‑1 (MQ=60)
ACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACA > SRR4302542.1086995/1‑94 (MQ=60)
CCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAG > SRR4302542.2610962/1‑94 (MQ=60)
CCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAG < SRR4302542.3213842/94‑1 (MQ=60)
CTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGA > SRR4302542.3173411/1‑94 (MQ=60)
CTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGA > SRR4302542.3354606/1‑94 (MQ=60)
TTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGAT < SRR4302542.7056691/94‑1 (MQ=60)
TTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGAT > SRR4302542.7143312/1‑94 (MQ=60)
TTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGAT > SRR4302542.5283509/1‑94 (MQ=60)
TAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATT > SRR4302542.4459282/1‑94 (MQ=60)
AAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTG > SRR4302542.5318531/1‑94 (MQ=60)
AACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGA > SRR4302542.6299904/1‑94 (MQ=60)
AACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGA > SRR4302542.4222381/1‑94 (MQ=60)
AACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGA > SRR4302542.329891/1‑94 (MQ=60)
ACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAA > SRR4302542.2455326/1‑94 (MQ=60)
ACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAA < SRR4302542.6541557/94‑1 (MQ=60)
CATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAAC > SRR4302542.159157/1‑94 (MQ=60)
TAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAA > SRR4302542.6560605/1‑94 (MQ=60)
TAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAA > SRR4302542.6770681/1‑94 (MQ=60)
ACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACT < SRR4302542.7152011/94‑1 (MQ=60)
ACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACT > SRR4302542.4966293/1‑94 (MQ=60)
AAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGT > SRR4302542.820596/1‑94 (MQ=60)
AAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGT > SRR4302542.6792391/1‑94 (MQ=60)
AGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTC > SRR4302542.1903256/1‑94 (MQ=60)
AGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTC > SRR4302542.6229338/1‑94 (MQ=60)
GGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCG < SRR4302542.3983482/94‑1 (MQ=60)
TATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCC < SRR4302542.3281534/94‑1 (MQ=60)
ATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGCACAGATTGAACAACTGTCGACC > SRR4302542.2436691/1‑94 (MQ=60)
ATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGGCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCC < SRR4302542.4552602/94‑1 (MQ=60)
TGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCAC > SRR4302542.4403465/1‑94 (MQ=60)
GCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACT > SRR4302542.1494861/1‑94 (MQ=60)
CATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTT > SRR4302542.5541876/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTT > SRR4302542.164239/1‑94 (MQ=60)
TGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTC < SRR4302542.4597943/94‑1 (MQ=60)
TGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTC < SRR4302542.2788268/94‑1 (MQ=60)
TAAGCGGGT‑GATTGTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTC < SRR4302542.3817372/94‑1 (MQ=60)
GAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCT < SRR4302542.980825/94‑1 (MQ=60)
AGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTG < SRR4302542.816370/94‑1 (MQ=60)
AGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTG < SRR4302542.423064/94‑1 (MQ=60)
GCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGG < SRR4302542.4173702/94‑1 (MQ=60)
GCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGG < SRR4302542.2756385/94‑1 (MQ=60)
GCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGG < SRR4302542.2547476/94‑1 (MQ=60)
GCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGG > SRR4302542.7451069/1‑94 (MQ=60)
CGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGC > SRR4302542.4067315/1‑94 (MQ=60)
CGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGC < SRR4302542.5928893/94‑1 (MQ=60)
CGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGC > SRR4302542.4322861/1‑94 (MQ=60)
CGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGC < SRR4302542.7072170/94‑1 (MQ=60)
CGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGCACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGC > SRR4302542.4899231/1‑94 (MQ=60)
GGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCG > SRR4302542.6488986/1‑94 (MQ=60)
GGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCG > SRR4302542.6853247/1‑94 (MQ=60)
GGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCGC < SRR4302542.1976689/94‑1 (MQ=60)
TGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACGGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCGCGT < SRR4302542.6170236/94‑1 (MQ=60)
TGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCGCGT > SRR4302542.2444115/1‑94 (MQ=60)
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CGGGACCGCGGTGTATATGTCGCGTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTCGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACAACTGTCGCCCACTTTCTGGCGCGT > NC_000913/3930364‑3930550
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
