Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
521 |
238.2 |
12299412 |
96.0% |
11807435 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,544,363 |
+C |
coding (169/1314 nt) |
gntT → |
gluconate permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,544,363 | 1 | . | C | 100.0%
| 656.7
/ NA
| 190 | V57L (GTC→CTC) | gntT | gluconate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (109/81); total (109/81) |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑C‑GG‑AC‑G‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544283‑3544437
|
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGcc < 1:4614757/93‑1 (MQ=255)
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGcc < 2:4810560/93‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCt < 2:2584263/93‑1 (MQ=255)
gTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCtt > 1:2408873/1‑93 (MQ=255)
gcgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGcc > 1:1540008/1‑93 (MQ=255)
cgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGccc < 1:3367032/93‑1 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCt > 1:5885933/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCTGTAGCCTTGCCCTg > 2:5626078/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTg > 2:4713545/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTg > 1:2675158/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGCAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGa < 2:3493194/93‑1 (MQ=255)
gCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATc > 2:438604/1‑93 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGCTCa < 1:3069669/93‑1 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa > 2:2107246/1‑93 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa < 2:5819900/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAt < 2:1929768/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAt > 2:1679070/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:4990789/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:5156412/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:1515196/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg < 2:1221220/93‑1 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:3132548/1‑93 (MQ=255)
ggATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTTCCCTGATCATGGGt > 2:364513/1‑93 (MQ=255)
ggATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGt > 2:632017/1‑93 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtt > 2:828326/1‑93 (MQ=255)
aTTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGttt < 2:4729732/93‑1 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 2:727937/1‑93 (MQ=255)
tAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTg > 1:1986682/1‑93 (MQ=255)
tAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTg > 1:5269967/1‑93 (MQ=255)
tAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTg < 2:4440004/93‑1 (MQ=255)
tGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcg > 1:1763363/1‑93 (MQ=255)
tGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcg > 2:3763007/1‑93 (MQ=255)
tGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcg > 2:3785519/1‑93 (MQ=255)
tGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcg > 2:4514608/1‑93 (MQ=255)
cAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCa > 2:3930323/1‑93 (MQ=255)
cAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCa > 2:1826604/1‑93 (MQ=255)
caGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 2:381634/92‑1 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa > 1:5701269/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa > 2:207511/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa > 2:3578772/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 2:1550195/93‑1 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 2:1486843/93‑1 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑CC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 1:5077361/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 2:5934756/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 2:5790052/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 2:3095506/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 1:3372025/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc > 2:5301429/1‑93 (MQ=255)
aaTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCt < 1:3775719/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTTGCGCAGTGCTg > 2:3441761/1‑93 (MQ=255)
tGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTgg < 1:1603394/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTgg > 2:4580398/1‑93 (MQ=255)
gCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTggg > 2:3198178/1‑93 (MQ=255)
gCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTggg > 2:5445313/1‑93 (MQ=255)
ccGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCCTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGc > 1:2451517/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCa > 1:1361194/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 2:793543/1‑93 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa > 2:35272/1‑93 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt > 2:4529740/1‑93 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt < 1:4882184/93‑1 (MQ=255)
gATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATg > 2:1379295/1‑93 (MQ=255)
gATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATg < 1:3397494/93‑1 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt > 2:2625069/1‑93 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt > 2:2203247/1‑93 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt > 2:4047774/1‑93 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGAG‑GG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt < 2:5929132/93‑1 (MQ=255)
aaaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTg > 1:4666028/1‑93 (MQ=255)
aaaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTg < 1:3424791/93‑1 (MQ=255)
aGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGc < 2:5530199/93‑1 (MQ=255)
aGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGc < 2:5938132/93‑1 (MQ=255)
aGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGc > 2:4463641/1‑93 (MQ=255)
gTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCa > 1:5519777/1‑93 (MQ=255)
tATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGa < 1:2425223/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc > 1:1712804/1‑93 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc > 1:3737535/1‑93 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 1:1559251/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTCTATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt > 1:3717411/1‑93 (MQ=255)
ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt < 1:5171259/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt < 1:1263418/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt > 1:892050/1‑93 (MQ=255)
tGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTg < 2:1648373/93‑1 (MQ=255)
tGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTg > 1:1091499/1‑93 (MQ=255)
tgCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc < 2:5166033/92‑1 (MQ=255)
ggCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc < 2:3555579/93‑1 (MQ=255)
gcaccATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑C‑GGCACAC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGTCGCAATGCTGGGTAAAATGCTGCCAGACTTCg < 1:4183331/90‑1 (MQ=255)
cTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCgg < 1:3783475/93‑1 (MQ=255)
cTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCgg > 2:293364/1‑93 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCggg > 1:744563/1‑92 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 2:1324790/93‑1 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg > 2:5827274/1‑93 (MQ=255)
aTCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTggg > 2:5566249/1‑92 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg > 1:2748819/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGACCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGTTGGAAAATTGCGgggggc > 1:5726781/1‑91 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac < 1:4428883/93‑1 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 1:4393714/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 2:5228766/1‑93 (MQ=255)
aGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcaca < 2:2307164/93‑1 (MQ=255)
aGCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcaca < 1:1157952/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 1:5379596/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGG‑‑CGGG‑AC‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 2:5432354/93‑1 (MQ=255)
|
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑C‑GG‑AC‑G‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544283‑3544437
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CG‑G‑‑‑AC‑‑G‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGA > NC_000913/3544283‑3544456
|
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCT < SRR4302532.4772101/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTT < SRR4302532.3368814/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTT > SRR4302532.2489019/1‑94 (MQ=60)
GTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTG > SRR4302532.1789659/1‑94 (MQ=60)
TGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGC < SRR4302532.1954426/94‑1 (MQ=60)
GGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCC > SRR4302532.1592052/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCT > SRR4302532.6207187/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCT > SRR4302532.6089759/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCT < SRR4302532.3479577/94‑1 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCT > SRR4302532.1581820/1‑94 (MQ=60)
GCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTG > SRR4302532.2764950/1‑94 (MQ=60)
CTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGA > SRR4302532.4556610/1‑94 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT < SRR4302532.3869211/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT > SRR4302532.5281361/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGCTCAT < SRR4302532.3171101/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT > SRR4302532.5066502/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT > SRR4302532.5216194/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.5161851/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.3236531/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.5333851/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.5921661/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.5333853/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.1566368/1‑94 (MQ=60)
GTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGG < SRR4302532.559056/94‑1 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG > SRR4302532.5451692/1‑94 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG < SRR4302532.3194462/94‑1 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG > SRR4302532.349710/1‑94 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG > SRR4302532.2052693/1‑94 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG > SRR4302532.1822492/1‑94 (MQ=60)
TGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGC > SRR4302532.1160339/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302532.5900105/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CG‑G‑‑‑GCCGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302532.5251915/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302532.4405940/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302532.988064/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGCGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302532.2692931/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCCAAGCCGGTGGC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATC > SRR4302532.3846941/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG > SRR4302532.5754933/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG > SRR4302532.1598457/1‑94 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGC > SRR4302532.6076764/1‑94 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGC > SRR4302532.2525052/1‑94 (MQ=60)
GAATGCCTCTGGATAAAGTTATTGGCTCCAACAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCT < SRR4302532.3484780/94‑1 (MQ=60)
GAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCT < SRR4302532.3484781/94‑1 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG < SRR4302532.3902870/94‑1 (MQ=60)
TGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGG > SRR4302532.390992/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGG < SRR4302532.1657671/94‑1 (MQ=60)
GCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCCTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGC > SRR4302532.2533040/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCA > SRR4302532.1406779/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCA > SRR4302532.492967/1‑94 (MQ=60)
GCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAA > SRR4302532.1200673/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT > SRR4302532.1769644/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT > SRR4302532.781538/1‑94 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG < SRR4302532.5050049/94‑1 (MQ=60)
GATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGC < SRR4302532.3511224/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCG > SRR4302532.5525469/1‑94 (MQ=60)
TAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTG < SRR4302532.1350491/94‑1 (MQ=60)
TAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTG > SRR4302532.4825111/1‑94 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG < SRR4302532.3539529/94‑1 (MQ=60)
AATTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CG‑G‑‑‑GCCGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGC < SRR4302532.250612/94‑1 (MQ=60)
AAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCACTGTC‑GGCAG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTTGGCAAAATGCTGCC < SRR4302532.4524383/94‑1 (MQ=60)
AGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCA > SRR4302532.5711325/1‑94 (MQ=60)
GTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGGGGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAG > SRR4302532.236079/1‑94 (MQ=60)
TTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGA > SRR4302532.4755453/1‑94 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC < SRR4302532.2505823/94‑1 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC > SRR4302532.1770543/1‑94 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC > SRR4302532.3863118/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCTATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT > SRR4302532.3842181/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCTGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTTGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGGCT < SRR4302532.1611987/94‑1 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT > SRR4302532.922512/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT < SRR4302532.1611986/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTG < SRR4302532.1305677/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTG < SRR4302532.5349368/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTG > SRR4302532.1128013/1‑94 (MQ=60)
TGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302532.2794836/94‑1 (MQ=60)
GGCTCCATCAACGCCTGTGTCGG‑‑CGCG‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGACCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCTAAATCATGGCAGACTGCG < SRR4302532.852662/94‑1 (MQ=40)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302532.150558/94‑1 (MQ=60)
GCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGACAGACTGCGG < SRR4302532.4323654/94‑1 (MQ=60)
GCACCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CG‑GCACAC‑‑‑‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGTCGCAATGCTGGGTAAAATGCTGCCAGACTTCGG < SRR4302532.4323655/94‑1 (MQ=44)
CTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGT < SRR4302532.3911039/94‑1 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGG > SRR4302532.770030/1‑94 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302532.4779070/94‑1 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302532.3549681/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG < SRR4302532.5402360/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG < SRR4302532.3013990/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302532.3525897/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302532.2841140/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGACCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGttggaaaattgcggggggc > SRR4302532.5926230/1‑75 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAC > SRR4302532.4543171/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACA < SRR4302532.4579767/94‑1 (MQ=60)
AGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA < SRR4302532.1196638/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302532.5565941/94‑1 (MQ=60)
G‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCAC < SRR4302532.1800674/94‑1 (MQ=60)
AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGC > SRR4302532.430186/1‑94 (MQ=60)
C‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGA > SRR4302532.4031544/1‑94 (MQ=60)
|
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CG‑G‑‑‑AC‑‑G‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACGCTGA > NC_000913/3544283‑3544456
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
