Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
343 |
268.7 |
10873516 |
97.0% |
10547310 |
150.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009974 |
1,896,150 |
C→G |
intergenic (‑3928/‑4669) |
RPPX_08470 ← / → RPPX_08480 |
tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009974 | 1,896,150 | 0 | C | G | 92.3%
| 8674.1
/ inf
| 3935 | intergenic (‑3928/‑4669) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (157/144); new base G (1851/1783); total (2008/1927) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 3936 total aligned reads displayed.
CGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCG > CP009974/1896000‑1896299
|
ttCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGccc > 1:4098575/1‑151 (MQ=21)
ggtcaccgacggggtggcagtcagcttggccacgacttcatcgagggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCa < 1:808462‑M1/81‑1 (MQ=255)
gTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTCCCGAGCTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGcct > 2:5068284/1‑149 (MQ=255)
tGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATc > 2:240462/1‑151 (MQ=21)
gACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTGGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATcg < 2:362851/151‑2 (MQ=12)
ccgacggggtggcagtcagcttggccacgacttcatcgagggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTg < 1:5013606‑M1/86‑1 (MQ=255)
cgacggggtggcggtcagcttggccacgacttcatcgagggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCtga > 1:3240915‑M1/65‑150 (MQ=255)
acggggtggcagtcagcttggccacgacttcatcgagggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTa < 2:2201084‑M1/89‑1 (MQ=255)
aaGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATcgttgta > 1:3736107/1‑145 (MQ=12)
aGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAg > 1:4466840/1‑151 (MQ=12)
ggggTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAgg > 2:3533910/1‑150 (MQ=25)
ggggTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGa > 1:2228561/1‑151 (MQ=25)
gggtggcggtcagcttggccacgacttcatcgagggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGAc > 1:2035228‑M1/60‑151 (MQ=255)
gggTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGCGCTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGAc > 2:2768115/1‑151 (MQ=25)
gggTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGAc < 2:3080349/151‑1 (MQ=25)
gcagtcagcttggccacgacttcatcgagggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCAt > 2:4335542‑M1/55‑151 (MQ=255)
cggtcagcttggccacgacttcatcgagggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACatcatc < 2:3286782‑M1/98‑1 (MQ=255)
cgGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATc > 1:4918188/1‑151 (MQ=16)
cagTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATc < 1:545632/149‑1 (MQ=255)
ggTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCg < 2:5378079/151‑1 (MQ=16)
tCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGcc > 1:5109413/1‑151 (MQ=255)
gCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTg < 1:1525277/151‑1 (MQ=16)
cTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTgc > 2:1389350/1‑151 (MQ=19)
ggCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTgcgcc < 1:3134756/151‑2 (MQ=16)
gCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGACGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCCCCGCCCTgccccc > 2:5169235/1‑147 (MQ=255)
acgacttcatcgagggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGcgtcgt < 2:901789‑M1/112‑1 (MQ=255)
accacTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCtt > 2:64895/1‑142 (MQ=37)
ctacTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTg < 1:2835681/149‑1 (MQ=37)
gacttcatcgagggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTgg < 1:4548799‑M1/114‑1 (MQ=255)
acttcatcgagggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTggg > 1:1809743‑M1/37‑151 (MQ=255)
acTTCGTCGAGGGCGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGACCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTggg > 2:3184610/1‑151 (MQ=12)
cTTCGTCGAGGGTGGCGGTGACTTGAGCCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGgt < 2:818687/151‑1 (MQ=12)
ttCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGCGGgtg > 2:2870958/1‑151 (MQ=255)
cgtcgagggtgTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTa > 1:2613859/8‑151 (MQ=12)
cgtcgagggtgTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTa < 2:2485886/144‑1 (MQ=255)
cgtcgGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTa > 1:4008724/1‑151 (MQ=25)
gtcgagggtgTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTAc < 2:1891016/145‑1 (MQ=12)
tcgagggtgTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACg < 2:4150515/146‑1 (MQ=12)
tcgGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCCACTGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACg > 2:4858147/1‑151 (MQ=9)
gagggtgTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGgc > 1:2132304/4‑151 (MQ=38)
agggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGgcg < 2:3425148‑M1/124‑1 (MQ=255)
ggtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGgcgcg > 2:1593373‑M1/26‑151 (MQ=255)
gtgtCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGgcgcac < 1:4751786/151‑3 (MQ=255)
cGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGt < 1:5298903/151‑1 (MQ=16)
ggttaCTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGtt < 1:3626864/147‑1 (MQ=21)
gTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGttt > 1:1287441/1‑151 (MQ=25)
gaCTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCg < 1:2930771/150‑1 (MQ=9)
catccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGcc < 2:735936‑M1/137‑1 (MQ=255)
cTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCAcc < 1:23204/151‑1 (MQ=18)
tGAACCGAAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCCACTGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCgg < 1:537774/151‑1 (MQ=9)
acagtaGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCt < 2:1988583/146‑1 (MQ=16)
ccGAAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCCACTGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCtt < 1:190973/151‑1 (MQ=2)
ttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGa > 2:1790483‑M1/7‑151 (MQ=255)
ttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCCTGa < 2:4537196‑M1/145‑1 (MQ=255)
gAAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCCACTGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGa < 1:5205069/151‑1 (MQ=9)
gAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGa > 2:1070883/1‑151 (MQ=255)
gCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATgg < 1:1403363/151‑1 (MQ=18)
ccGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGt < 2:560030/151‑1 (MQ=255)
cACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCTCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGAc > 1:713845/1‑151 (MQ=17)
ccGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCt < 2:3831012/151‑1 (MQ=18)
ccGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCt > 2:2593738/1‑151 (MQ=17)
gCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTgg > 1:4287292/1‑151 (MQ=17)
cccAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGCTGGTGAccgcgg > 2:1302753/1‑147 (MQ=12)
cAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCa < 1:3028908/151‑1 (MQ=18)
aaCTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCAt > 2:1711700/1‑151 (MQ=18)
gcaGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCgttgtt < 1:3931689/149‑1 (MQ=11)
gAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCAttgttg > 1:4188054/1‑151 (MQ=14)
aGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCCACTGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGc > 2:1187095/1‑151 (MQ=2)
aGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGCTGGTGACCTGAGCGTTGTTGc > 2:2317428/1‑151 (MQ=12)
ggTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCt < 1:1190926/151‑1 (MQ=14)
tctcGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAg > 2:2682906/1‑151 (MQ=9)
tctcGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAg > 1:1620973/1‑151 (MQ=14)
ctcGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAgg < 2:2980732/151‑1 (MQ=14)
tcGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAggg < 1:4389674/151‑1 (MQ=9)
aacgttgcgcCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTCGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCa > 1:624092/7‑151 (MQ=14)
aaCGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCa > 2:1493916/1‑151 (MQ=18)
aCGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAGGGTCAc > 2:4649621/1‑151 (MQ=11)
cGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAGGGTCACg < 2:5277987/151‑1 (MQ=11)
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agcaccAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAGGGTCACGatc < 1:2505044/147‑3 (MQ=11)
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AACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCAT < SRR10918230.4733768/151‑1 (MQ=26)
gttgcaggttctcgaaggtcgcaCCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTT < SRR10918230.362747/128‑1 (MQ=39)
ACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATT > SRR10918230.3607483/1‑151 (MQ=26)
ttgcaggttctcgaaggtcgcaCCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTG > SRR10918230.2033812/23‑151 (MQ=37)
ttccAGGTTCTCGCACGCAGCGCCGGTGGCGTCGACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTG < SRR10918230.1019631/147‑1 (MQ=0)
CTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTG < SRR10918230.4336325/151‑1 (MQ=26)
CGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTT > SRR10918230.4964222/1‑151 (MQ=26)
CCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTT > SRR10918230.4890659/1‑151 (MQ=14)
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AGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTCTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGC > SRR10918230.980406/1‑151 (MQ=59)
TTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCA < SRR10918230.448522/151‑1 (MQ=18)
TTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCA > SRR10918230.3141739/1‑151 (MQ=60)
TCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGAgatcggaagagcacacgtctgaact > SRR10918230.1053717/1‑126 (MQ=0)
TCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAG < SRR10918230.2515539/151‑1 (MQ=7)
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CTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGG < SRR10918230.5276393/151‑1 (MQ=60)
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CGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGCGGGCGTCCGGCGCGCTGGCTTCGCCacccttgccggcgccctgacccccgctgcccacggc > SRR10918230.4824597/1‑115 (MQ=0)
GAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAGGGTC > SRR10918230.4241932/1‑151 (MQ=8)
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acgttGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCAC < SRR10918230.3730837/146‑1 (MQ=32)
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CACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCATTGTTGCTCAGGGTCACGATCAG > SRR10918230.4504556/1‑151 (MQ=0)
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TGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTG > SRR10918230.962010/1‑151 (MQ=28)
ccgatctACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGA < SRR10918230.2974317/144‑1 (MQ=27)
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GCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTCTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAG > SRR10918230.684672/1‑151 (MQ=31)
GCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGG > SRR10918230.70460/1‑151 (MQ=37)
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CGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGCTGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGG > SRR10918230.4982336/1‑151 (MQ=17)
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GATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACG < SRR10918230.299424/151‑1 (MQ=38)
GATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACG < SRR10918230.4055221/151‑1 (MQ=5)
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AGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGG < SRR10918230.4624702/151‑1 (MQ=34)
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|
CGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGG > CP009974/1896000‑1896300
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
