Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
336 |
367.5 |
14491858 |
96.8% |
14028118 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 369 total aligned reads displayed.
ACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTG > CP009974/1898264‑1898563
|
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CCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCC > SRR10918235.1277036/1‑151 (MQ=60)
CGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCT > SRR10918235.5487321/1‑151 (MQ=60)
GAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTT > SRR10918235.4845745/1‑151 (MQ=60)
GAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTT < SRR10918235.2012814/151‑1 (MQ=60)
GTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAA < SRR10918235.5093252/151‑1 (MQ=60)
CTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACG > SRR10918235.2770452/1‑151 (MQ=60)
CTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACG > SRR10918235.1279642/1‑151 (MQ=60)
TGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGG > SRR10918235.6228732/1‑151 (MQ=60)
TGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACAG > SRR10918235.3193352/1‑151 (MQ=60)
GTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTT < SRR10918235.3360803/151‑1 (MQ=60)
TCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTG > SRR10918235.419600/1‑151 (MQ=60)
CAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGC < SRR10918235.6956099/151‑1 (MQ=60)
CAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGC < SRR10918235.4809426/151‑1 (MQ=60)
TAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGA < SRR10918235.2702331/151‑1 (MQ=60)
TAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGA < SRR10918235.6864732/151‑1 (MQ=60)
TGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTTGTGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCAC > SRR10918235.1682055/1‑151 (MQ=60)
gtcggccgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCCGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACG > SRR10918235.6111694/53‑151 (MQ=30)
GACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACA > SRR10918235.3930833/1‑151 (MQ=60)
GACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACA < SRR10918235.4892470/151‑1 (MQ=60)
tcggccgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGA < SRR10918235.1485991/100‑1 (MQ=0)
cggccgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGAC < SRR10918235.1402017/101‑1 (MQ=0)
ggccgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACA > SRR10918235.850296/50‑151 (MQ=1)
gccgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAG > SRR10918235.6330016/49‑151 (MQ=3)
gccgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAG > SRR10918235.3304756/49‑151 (MQ=3)
ccgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGG > SRR10918235.1744215/48‑151 (MQ=7)
ccgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGG < SRR10918235.4127421/104‑1 (MQ=7)
cgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGG < SRR10918235.1384993/105‑1 (MQ=11)
cgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGG < SRR10918235.6653185/105‑1 (MQ=11)
accagGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGT > SRR10918235.5993342/6‑151 (MQ=60)
accagGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGT < SRR10918235.1547225/146‑1 (MQ=60)
tgattgtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTC < SRR10918235.347526/107‑1 (MQ=24)
ccagGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTC < SRR10918235.5087193/147‑1 (MQ=60)
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AGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGT > SRR10918235.3832569/1‑151 (MQ=60)
AGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGT > SRR10918235.2250755/1‑151 (MQ=60)
AGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGT > SRR10918235.2249673/1‑151 (MQ=60)
tggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTT > SRR10918235.4107281/42‑151 (MQ=24)
gtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTag < SRR10918235.7241509/112‑3 (MQ=24)
tgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagc > SRR10918235.1899030/39‑148 (MQ=24)
CGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCT > SRR10918235.3990140/1‑151 (MQ=60)
GCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGGTTTGTCGAGGGTCAGTTGCGCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTA > SRR10918235.6797306/1‑151 (MQ=60)
actttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgc < SRR10918235.6634556/115‑6 (MQ=24)
CCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTAC < SRR10918235.4325076/151‑1 (MQ=60)
CCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTAC > SRR10918235.428877/1‑151 (MQ=60)
ctttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgcc > SRR10918235.7087831/36‑145 (MQ=24)
TTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCG < SRR10918235.5467656/151‑1 (MQ=60)
TTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCG > SRR10918235.4986448/1‑151 (MQ=60)
tgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgac > SRR10918235.5962431/33‑142 (MQ=24)
GTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACG > SRR10918235.631547/1‑151 (MQ=60)
accaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgacgt < SRR10918235.3240174/121‑12 (MQ=24)
caagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgacgtag < SRR10918235.5789957/123‑14 (MQ=24)
caagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgacgtag < SRR10918235.5145894/123‑14 (MQ=24)
GCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAG < SRR10918235.4678888/151‑1 (MQ=60)
aagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgacgtaga > SRR10918235.655048/28‑137 (MQ=24)
gtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACG < SRR10918235.6108714/126‑1 (MQ=21)
GCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACG < SRR10918235.3415327/151‑1 (MQ=60)
cgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTT < SRR10918235.3865192/128‑1 (MQ=20)
ccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGT < SRR10918235.5574994/130‑1 (MQ=20)
tcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCG < SRR10918235.2677275/133‑1 (MQ=20)
GGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCG > SRR10918235.149228/1‑151 (MQ=60)
cgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGG > SRR10918235.2785254/18‑151 (MQ=20)
cgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGG < SRR10918235.6534186/134‑1 (MQ=20)
cgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGG > SRR10918235.1737926/18‑151 (MQ=20)
gttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGG < SRR10918235.5296041/135‑1 (MQ=20)
GTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGG > SRR10918235.1836466/1‑151 (MQ=60)
GTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGCTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGG > SRR10918235.4536257/1‑151 (MQ=60)
cccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAG < SRR10918235.6792582/139‑1 (MQ=23)
cccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAG < SRR10918235.4587341/139‑1 (MQ=23)
cccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAG > SRR10918235.1866611/13‑151 (MQ=23)
CTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGC > SRR10918235.5155805/1‑151 (MQ=60)
cggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGcc < SRR10918235.6270561/141‑3 (MQ=23)
cggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGcc < SRR10918235.1240096/141‑3 (MQ=23)
TGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGcc < SRR10918235.1957497/151‑3 (MQ=60)
TGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGcc < SRR10918235.817193/151‑3 (MQ=60)
GGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGcca > SRR10918235.3444293/1‑148 (MQ=60)
gcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTCCAACGGTAGCGAGCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgaggtagcccgtgtccgggccagccac > SRR10918235.6799914/9‑118 (MQ=28)
GTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGATGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGccacgg < SRR10918235.2650097/151‑7 (MQ=60)
acctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGccacggtg > SRR10918235.2234049/5‑143 (MQ=23)
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AACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCG > SRR10918235.4654736/1‑151 (MQ=47)
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ACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGT < SRR10918235.5214760/151‑1 (MQ=29)
ACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTCCTGCCGTCGCTCcgggt > SRR10918235.7136772/1‑146 (MQ=28)
cttgccaccgTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTG < SRR10918235.2492670/141‑1 (MQ=51)
CTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTG < SRR10918235.126047/151‑1 (MQ=47)
TTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGA < SRR10918235.1340074/151‑1 (MQ=47)
TTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGA < SRR10918235.6490688/151‑1 (MQ=47)
TTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGA < SRR10918235.21261/151‑1 (MQ=47)
TGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAA > SRR10918235.2302418/1‑151 (MQ=48)
GCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGAgatcggaagagcacacgtctgaactc > SRR10918235.5734589/1‑125 (MQ=32)
GCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAG < SRR10918235.96989/151‑1 (MQ=48)
GCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAG < SRR10918235.7202564/151‑1 (MQ=48)
CCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGG < SRR10918235.5618532/151‑1 (MQ=48)
CCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGG > SRR10918235.4938323/1‑151 (MQ=48)
caacgTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGT < SRR10918235.3694303/146‑1 (MQ=50)
caacgTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGT < SRR10918235.5373959/146‑1 (MQ=50)
caacgTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGT < SRR10918235.1538105/146‑1 (MQ=50)
CGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGT < SRR10918235.5778926/151‑1 (MQ=29)
aacgTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTC < SRR10918235.3203254/147‑1 (MQ=50)
aacgTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTC > SRR10918235.1000757/5‑151 (MQ=50)
aacgTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTC < SRR10918235.2804925/147‑1 (MQ=47)
ACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCA > SRR10918235.5869253/1‑151 (MQ=49)
ggTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAA < SRR10918235.6459657/149‑1 (MQ=50)
CATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAA > SRR10918235.6366347/1‑151 (MQ=29)
GTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAAT < SRR10918235.3518462/151‑1 (MQ=49)
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ATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAAT > SRR10918235.17028/1‑151 (MQ=29)
TCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATG < SRR10918235.4014990/151‑1 (MQ=50)
CCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGC > SRR10918235.5174487/1‑151 (MQ=50)
GCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCAC > SRR10918235.7060145/1‑151 (MQ=50)
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CACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACT < SRR10918235.7015167/151‑1 (MQ=50)
CACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACT > SRR10918235.6967237/1‑151 (MQ=50)
ACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGCTCTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTG > SRR10918235.779754/1‑151 (MQ=48)
|
ACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTG > CP009974/1898264‑1898563
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
