Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
309,541 |
C→A |
39.9% |
intergenic (‑25/‑527) |
ykgP ← / → eaeH |
pseudogene, oxidoreductase family/pseudogene, attaching and effacing protein homology;factor; Not classified |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 309,541 | 0 | C | A | 39.9%
| 363.6
/ 289.1
| 276 | intergenic (‑25/‑527) | ykgP/eaeH | pseudogene, oxidoreductase family/pseudogene, attaching and effacing protein homology;factor; Not classified |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (88/77); new base A (62/48); total (150/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TTTGATAGTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATAAAA > CP009273/309392‑309687
|
tttgatAGTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAc > 2:1956483/1‑150 (MQ=255)
tgatAGTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGt < 1:3592347/150‑1 (MQ=255)
aGTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAg < 1:3422866/150‑1 (MQ=255)
gTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAgg > 1:1743672/1‑150 (MQ=255)
tttACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGa < 1:4082777/150‑1 (MQ=255)
tttACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGa > 1:2242296/1‑150 (MQ=255)
ttACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGaa < 1:713150/150‑1 (MQ=255)
ttACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGaa < 2:2160430/150‑1 (MQ=255)
tACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGaaa > 1:1257212/1‑150 (MQ=255)
tACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGaaa > 1:3483543/1‑150 (MQ=255)
tACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGaaa > 1:2678706/1‑150 (MQ=255)
aCTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGaaaa > 1:4552104/1‑150 (MQ=255)
aCTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGaaaa > 2:4098680/1‑150 (MQ=255)
tcGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTc < 1:3017423/150‑1 (MQ=255)
cGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCg < 2:3415847/150‑1 (MQ=255)
ggAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGAt < 1:3487629/150‑1 (MQ=255)
agaATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTa < 1:1316317/150‑1 (MQ=255)
ataataGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGAc < 2:425131/150‑1 (MQ=255)
ataataGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGAc > 2:1194635/1‑150 (MQ=255)
aataGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACgg < 1:2281472/150‑1 (MQ=255)
aataGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACgg < 1:847591/150‑1 (MQ=255)
ataGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGc > 1:3965704/1‑150 (MQ=255)
tatTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAAt > 1:1977506/1‑150 (MQ=255)
atTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAAtt > 1:4218282/1‑150 (MQ=255)
tAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGt > 1:148124/1‑150 (MQ=255)
aTCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCa > 2:883512/1‑150 (MQ=255)
tCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAg > 2:201127/1‑150 (MQ=255)
tCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAg > 2:3684688/1‑150 (MQ=255)
aTTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAgggg < 1:1357802/150‑1 (MQ=255)
ttAACGGAAACCAGCCAGTTTCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGt < 2:4400309/150‑1 (MQ=255)
ttAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGt > 1:1769878/1‑150 (MQ=255)
aaCGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTa > 2:2226666/1‑150 (MQ=255)
ggAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGa > 2:2712472/1‑150 (MQ=255)
gAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGaa < 2:2592608/150‑1 (MQ=255)
aaaCCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAAc > 2:1912800/1‑150 (MQ=255)
aCCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGa > 1:1022744/1‑150 (MQ=255)
aCCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGa > 1:4487863/1‑150 (MQ=255)
cagccagTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGaaa > 2:1531622/1‑150 (MQ=255)
gccagTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAAtt > 1:794454/1‑150 (MQ=255)
ccagTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTc < 1:2479333/150‑1 (MQ=255)
agTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCAt > 1:4346738/1‑150 (MQ=255)
agTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCAt > 1:4616129/1‑150 (MQ=255)
agTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCAt < 2:2126056/150‑1 (MQ=255)
agTTCCTTTCGATGCCAGAATTTGATACCATAGTTTATCCGGAATGGATAATTCATGAACAAGTTGTGTTATAGTTAATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGATCGATTAGACGGCAGACTTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCAt > 2:3198146/1‑150 (MQ=255)
gTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATa > 2:1713523/1‑150 (MQ=255)
gTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATa > 1:2357683/1‑150 (MQ=255)
ttCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATaa < 1:3437806/150‑1 (MQ=255)
ttCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATaa < 1:3912535/150‑1 (MQ=255)
tCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATaaa < 2:3953133/150‑1 (MQ=255)
cTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATc < 1:2729676/150‑1 (MQ=255)
cTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATc < 2:3946416/150‑1 (MQ=255)
tttCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCt < 1:2643875/150‑1 (MQ=255)
tCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGt > 2:3786159/1‑150 (MQ=255)
tCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGt > 2:1461699/1‑150 (MQ=255)
cGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGtt > 1:3246225/1‑150 (MQ=255)
gATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGttt > 1:3169090/1‑150 (MQ=255)
tGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGa > 1:831298/1‑150 (MQ=255)
gCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAg > 2:2553878/1‑150 (MQ=255)
cTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAgtg > 2:1494676/1‑150 (MQ=255)
cTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAgtg > 1:2432642/1‑150 (MQ=255)
gAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGtt > 2:4153988/1‑150 (MQ=255)
aaTTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTg < 2:221683/150‑1 (MQ=255)
aaTTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTAAATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCATAATTTGTCAGGGGTTATGAAAGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTg > 2:3394146/1‑150 (MQ=255)
tGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGAt < 1:249006/150‑1 (MQ=255)
aTCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATgg < 1:2853655/150‑1 (MQ=255)
aTCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATgg > 2:1846037/1‑150 (MQ=255)
aTCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATgg < 2:55194/150‑1 (MQ=255)
aTCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATgg > 1:2228296/1‑150 (MQ=255)
cATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAg > 1:3552679/1‑150 (MQ=255)
tttATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCaa > 2:1265256/1‑150 (MQ=255)
tATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGt < 2:700559/150‑1 (MQ=255)
cGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGa < 2:2071029/150‑1 (MQ=255)
aaTGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGatat < 2:2552078/150‑1 (MQ=255)
aaTGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGatat < 2:3027615/150‑1 (MQ=255)
tGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATAtct < 1:2580735/150‑1 (MQ=255)
gTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCAATATCTcc > 1:4187939/1‑150 (MQ=255)
aTGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTa > 2:1781199/1‑150 (MQ=255)
aaCAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAg < 1:4026239/150‑1 (MQ=255)
gTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGa > 2:4495975/1‑150 (MQ=255)
ttGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGAt > 1:1876908/1‑150 (MQ=255)
tgtgTTATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATg < 1:3157315/150‑1 (MQ=255)
tgtgTTATCGTTAATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGTTTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTTGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTAGAGTACGATg < 2:1113092/150‑1 (MQ=255)
ttATCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAgg < 1:2835678/150‑1 (MQ=255)
aTCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGaa < 2:799909/150‑1 (MQ=255)
aTCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGaa < 2:2678706/150‑1 (MQ=255)
tCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGaaa < 2:2893075/150‑1 (MQ=255)
tCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGaaa > 2:3098808/1‑150 (MQ=255)
tCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGaaa < 2:2343701/150‑1 (MQ=255)
tCGTTCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGaaa < 2:3923205/150‑1 (MQ=255)
cGTTCATGAGAAGCATAACGTATAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGaaaa < 1:3201080/150‑1 (MQ=255)
ttCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATg < 1:3827630/150‑1 (MQ=255)
tCATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGa < 1:3803374/150‑1 (MQ=255)
cATGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGaa < 2:231061/150‑1 (MQ=255)
aTGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAat > 1:2612367/1‑150 (MQ=255)
aTGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAat < 1:929342/150‑1 (MQ=255)
aTGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCACCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAat > 1:351714/1‑150 (MQ=255)
tGAGAAGCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAata < 2:3999248/150‑1 (MQ=255)
aaGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCa < 1:2553645/150‑1 (MQ=255)
gCATAAAGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATa < 1:2204961/150‑1 (MQ=255)
cATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATaa > 1:215034/1‑150 (MQ=255)
|
TTTGATAGTTTTACTCTCGGGAGAATAATAGATATTTAATCCATTAACGGAAACCAGCCAGTTCCTTTCGATGCCTGAATTTGATCCCATAGTTTATCCGGAATGGTTAATTCATGAACAAGTTGTGTTATCGTTCATGAGAAGCATAACGTAAAGGGAAAAGCTCGATTAGACGGCAGAATTTGTCAGGGGTTATGAACGAAATTCATAAATCTGTTTGAGTGTTGCGATGGGTAGTGCAAGTTCGATATCTCCGCAATTTACAGTCCGATGAAGGAAAATGAATATCCATAAAA > CP009273/309392‑309687
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
