Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
166,411 |
T→A |
5.9% |
G49G (GGT→GGA) |
fhuC → |
iron‑hydroxamate transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 166,411 | 0 | T | A | 5.9%
| 592.1
/ 20.7
| 196 | G49G (GGT→GGA) | fhuC | iron‑hydroxamate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (92/91); new base A (7/5); total (100/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
TATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCGGCAGAA > CP009273/166264‑166558
|
aTGCAGGAATACACGAATCATTCCTATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTATCCTGACGGGAAAGTGACAGGTCTGATTGGTCACAAAGGGTCTGGTa > 1:3025662/1‑148 (MQ=255)
gCAGGAATACACGAGTCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTaaa > 2:593562/1‑148 (MQ=255)
gCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGACAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTaaa > 2:2222143/1‑148 (MQ=255)
gAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGGTCTGGTAAATCCa > 2:1520977/1‑148 (MQ=255)
aaTACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCAc > 2:2691740/1‑148 (MQ=255)
aTACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCAct < 2:1122161/148‑1 (MQ=255)
cacGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTg > 2:2489881/1‑148 (MQ=255)
acGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGc < 1:1502867/148‑1 (MQ=255)
tCAGTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCaaa < 2:3087626/148‑1 (MQ=255)
cATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGAGAGCCGTCTTATTTGTAACAACTGTTCTGGGAAATCCACACTGGTCaaaa > 1:46214/1‑148 (MQ=255)
cATGCCGATACCACTTTTGCACTGCTTAATATCTCCTTTCGTGTGCCGGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAATTGACGGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCAGTCTGCTCaaaa < 1:3289936/148‑1 (MQ=255)
ttCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATg < 1:16633/148‑1 (MQ=255)
aTACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTgg < 2:3346265/148‑1 (MQ=255)
aTACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTgg > 2:864793/1‑148 (MQ=255)
aCCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGTTTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGcc > 1:3361521/1‑148 (MQ=255)
cACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGt < 1:2499776/148‑1 (MQ=255)
cACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGt < 2:395555/148‑1 (MQ=255)
cACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGATAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGt > 2:3495202/1‑148 (MQ=255)
cTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGtca < 2:2540436/148‑1 (MQ=255)
cTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGtca < 2:595584/148‑1 (MQ=255)
tttGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTACTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGtcatc > 1:3198542/1‑148 (MQ=255)
cTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTAGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAgccgc > 2:109672/1‑148 (MQ=255)
tGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAgccgcc > 1:1056820/1‑148 (MQ=255)
tAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCg > 1:3510224/1‑148 (MQ=255)
aaTATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCgg > 2:3414623/1‑148 (MQ=255)
aaTATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCgg > 1:1128782/1‑148 (MQ=255)
atatCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGa > 2:1831134/1‑148 (MQ=255)
atatCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGa < 2:2586194/148‑1 (MQ=255)
atCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAg > 1:1387020/1‑148 (MQ=255)
atCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTGGCATCCGCTGTCGTTAACCGTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAg < 2:2076715/148‑1 (MQ=255)
tctcCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAgg < 1:2584216/148‑1 (MQ=255)
ctcCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAAAGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAggg > 1:1907667/1‑148 (MQ=255)
tcCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGGCCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCCGCCGCCGTCGGAAgggg > 1:1084752/1‑148 (MQ=255)
tCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAGGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGAtt < 1:2440238/148‑1 (MQ=255)
tCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGAtt < 2:1056820/148‑1 (MQ=255)
tCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGAtt < 2:3329674/148‑1 (MQ=255)
tCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGAtt > 1:886895/1‑148 (MQ=255)
tgCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATtcttct < 1:2211697/148‑1 (MQ=255)
gCCCGGGCGCACGCTTGTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTcttctt < 2:2620165/148‑1 (MQ=255)
ccGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCGTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGa < 2:1769746/148‑1 (MQ=255)
cGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGAt > 2:1659357/1‑148 (MQ=255)
cACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCaa < 1:645101/148‑1 (MQ=255)
cACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCaa < 1:2539767/148‑1 (MQ=255)
cACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACGCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCaa > 1:1357707/1‑148 (MQ=255)
cACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCaa < 1:1123629/148‑1 (MQ=255)
cACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCATTCCTTCCCGGCAATTTACCGGGGTGATTGGTGACAACGGTTATGGTAAAACCACTCATCTCAAAATGCTTGGCCGTAAAAAGCCCCCGGCGGAAGGGGAGATTCTTCATGATGCCCaa > 1:1640027/1‑148 (MQ=255)
cACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCATTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATACACTCTGCGCCAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGCGATTCTTCTTGATGCCCaa > 1:1272884/1‑148 (MQ=255)
cGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCaa > 1:505878/1‑146 (MQ=255)
cGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCaa < 2:505878/146‑1 (MQ=255)
cTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGCGATTCTTCTTGATGCCCAACCGc > 1:2183007/1‑148 (MQ=255)
tttGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTg < 1:2733584/148‑1 (MQ=255)
aTCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAg < 1:1738049/148‑1 (MQ=255)
aTCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAg < 1:1737883/148‑1 (MQ=255)
aTCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAg < 2:3259396/148‑1 (MQ=255)
aTCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAg < 2:3122924/148‑1 (MQ=255)
tCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGc < 1:2050124/148‑1 (MQ=255)
tCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGc < 2:1209918/148‑1 (MQ=255)
ccGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACAGCTGGAAAGCt < 2:2033301/148‑1 (MQ=255)
cTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGa < 1:1343573/148‑1 (MQ=255)
tGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGag < 2:3500691/148‑1 (MQ=255)
cGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGagcag > 2:20211/1‑148 (MQ=255)
cGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGagcag > 1:3020652/1‑148 (MQ=255)
ttAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAgcagca > 2:3350460/1‑148 (MQ=255)
ttAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAgcagca > 1:1755977/1‑148 (MQ=255)
tAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCaa < 2:1218385/148‑1 (MQ=255)
tAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCaa < 2:1521344/148‑1 (MQ=255)
tttCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGt < 1:575490/148‑1 (MQ=255)
ttCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGtt < 1:3355450/148‑1 (MQ=255)
tCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGttt > 1:545815/1‑148 (MQ=255)
tCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGAGTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGttt < 2:3312499/148‑1 (MQ=255)
cTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTTGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGc < 1:3426580/148‑1 (MQ=255)
cTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGc < 2:43059/148‑1 (MQ=255)
tGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGcc < 2:1387020/148‑1 (MQ=255)
ggAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCaa < 2:2252333/148‑1 (MQ=255)
ggAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCaa < 2:2738164/148‑1 (MQ=255)
ggAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCaa > 1:3184685/1‑148 (MQ=255)
gAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCaaa > 1:1550460/1‑148 (MQ=255)
gTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTgg > 2:1256147/1‑148 (MQ=255)
gTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTgg < 2:3025662/148‑1 (MQ=255)
ccGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTa < 2:2218138/148‑1 (MQ=255)
cGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTAt > 2:383693/1‑148 (MQ=255)
ggTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTAtt < 2:2732879/148‑1 (MQ=255)
ggTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTAtt > 1:356225/1‑148 (MQ=255)
gTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTAttt > 1:1592595/1‑148 (MQ=255)
gTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTAttt > 2:653669/1‑148 (MQ=255)
cTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGc > 1:2592674/1‑148 (MQ=255)
gATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCg > 1:2886934/1‑148 (MQ=255)
aTTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCgc > 1:1242316/1‑148 (MQ=255)
ttGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATTAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCgca > 2:3526386/1‑148 (MQ=255)
acaACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCt > 1:2172420/1‑148 (MQ=255)
caACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCtt < 1:2011666/148‑1 (MQ=255)
aaCGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTtc < 1:2265510/148‑1 (MQ=255)
aaCGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTtc < 2:3148187/148‑1 (MQ=255)
aCGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTtcc > 1:2017483/1‑148 (MQ=255)
gTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTtcctcc < 1:3495202/148‑1 (MQ=255)
ttCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCg > 2:232190/1‑148 (MQ=255)
cTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCGGc > 2:507452/1‑148 (MQ=255)
gTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCGGCAGa < 2:356225/148‑1 (MQ=255)
tAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCGGCAGaa > 2:1992559/1‑148 (MQ=255)
tAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCGGCAGaa < 1:2909866/148‑1 (MQ=255)
|
TATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCGGCAGAA > CP009273/166264‑166558
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
