Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
245,306 |
C→A |
33.4% |
pseudogene (1252/1713 nt) |
lfhA ← |
pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 245,306 | 0 | C | A | 33.4%
| 280.3
/ 131.8
| 167 | pseudogene (1252/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/60); new base A (23/33); total (74/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
GCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACAAATCAGGAATATAGCT > CP009273/245159‑245450
|
gCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTc > 1:694994/1‑148 (MQ=255)
ccTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGt < 2:1183239/148‑1 (MQ=255)
ccTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGt > 2:1445092/1‑148 (MQ=255)
ccTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGt < 2:2032559/148‑1 (MQ=255)
gCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCagcagc < 2:664098/148‑1 (MQ=255)
aacgaacgGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGcc > 1:568583/1‑148 (MQ=255)
aacgGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGt > 2:1051193/1‑148 (MQ=255)
aTGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACt < 2:164153/148‑1 (MQ=255)
tGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACtt < 2:1762130/148‑1 (MQ=255)
gggTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACttt < 1:2334754/148‑1 (MQ=255)
gggTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACttt > 1:1322813/1‑148 (MQ=255)
aaTGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGACACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGc > 1:1283241/1‑148 (MQ=255)
aaTGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGc > 1:3467777/1‑148 (MQ=255)
aaTGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGc > 1:1607065/1‑148 (MQ=255)
aTGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCa < 2:3155545/148‑1 (MQ=255)
tgctgcGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTCCACTTTCAGCaa > 1:1676151/1‑148 (MQ=255)
tgctgcGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCaa > 1:1676703/1‑148 (MQ=255)
gctgcGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAAc > 1:2142681/1‑148 (MQ=255)
ctgcGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACt < 2:2182135/148‑1 (MQ=255)
gcgcCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTgg < 1:22952/148‑1 (MQ=255)
gCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGa < 2:3395413/148‑1 (MQ=255)
cAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAgc > 1:1116531/1‑148 (MQ=255)
ggCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCGTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAgcgc > 2:2962847/1‑148 (MQ=255)
gcgcACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGcgcc > 2:264637/1‑148 (MQ=255)
cacaTCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCcgcg > 2:3055008/1‑148 (MQ=255)
cacaTCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCcgcg > 1:3007549/1‑148 (MQ=255)
cacaTCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCcgcg > 2:556434/1‑148 (MQ=255)
cacaTCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCcgcg > 2:3055016/1‑148 (MQ=255)
cacaTCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCcgcg < 2:476295/148‑1 (MQ=255)
cGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCNCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCaa > 1:1807353/1‑148 (MQ=255)
cGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCNCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCaa > 1:1807269/1‑148 (MQ=255)
ggCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCaaa < 1:1820371/148‑1 (MQ=255)
ggCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCaaa < 1:1820198/148‑1 (MQ=255)
ccgccAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATc < 1:1068704/148‑1 (MQ=255)
gccAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCtt > 2:1499792/1‑148 (MQ=255)
ccAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTc > 2:978454/1‑148 (MQ=255)
ccAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTc > 1:3109683/1‑148 (MQ=255)
gcagAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGc > 2:3265839/1‑148 (MQ=255)
cagAATATGAACTTTCGACACCGACCTACTGGCGACCAGCACCGTGGCGATGCTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGcc < 1:1628237/148‑1 (MQ=255)
atatGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGAc > 2:727830/1‑148 (MQ=255)
cGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTc < 1:264637/148‑1 (MQ=255)
gTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcg < 2:405292/148‑1 (MQ=255)
gTCACCGTGCTACGGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcg < 2:685502/148‑1 (MQ=255)
cACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgac > 1:2329603/1‑148 (MQ=255)
cACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgac < 2:2967316/148‑1 (MQ=255)
aCCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgacg > 1:648724/1‑148 (MQ=255)
aCCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGACGTcgacg < 1:300259/148‑1 (MQ=255)
gTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATa < 1:3195130/148‑1 (MQ=255)
tGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATaa < 1:2234833/148‑1 (MQ=255)
tGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATaa < 1:2629942/148‑1 (MQ=255)
gCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCATATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATaaa < 1:63311/148‑1 (MQ=255)
gCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATaaa < 2:2383117/148‑1 (MQ=255)
aCTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACgg < 2:1742421/148‑1 (MQ=255)
aCTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACgg < 1:546260/148‑1 (MQ=255)
cTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGt < 1:447968/148‑1 (MQ=255)
cTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGt < 2:3525606/148‑1 (MQ=255)
ggCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTa < 1:3074808/148‑1 (MQ=255)
gCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTAt > 2:208045/1‑148 (MQ=255)
gCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTAt > 1:1736308/1‑148 (MQ=255)
cAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAAc > 2:81685/1‑148 (MQ=255)
cAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAAc < 1:2170269/148‑1 (MQ=255)
cAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAAc > 2:1880360/1‑148 (MQ=255)
cAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAAc < 1:3056419/148‑1 (MQ=255)
gCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTg < 2:2950138/148‑1 (MQ=255)
gCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTg > 1:1328333/1‑148 (MQ=255)
cACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGc > 1:350900/1‑148 (MQ=255)
ggTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTa < 2:2067325/148‑1 (MQ=255)
ggTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTa < 1:822629/148‑1 (MQ=255)
ggCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAata < 2:1807242/148‑1 (MQ=255)
ggCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAata < 2:2142681/148‑1 (MQ=255)
ggCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAata < 2:1459439/148‑1 (MQ=255)
ggCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAata < 1:1424615/148‑1 (MQ=255)
gCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAatat < 1:2798829/148‑1 (MQ=255)
tGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATatcatc < 1:1480026/148‑1 (MQ=255)
ggTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATAtcatca < 1:1463374/148‑1 (MQ=255)
gTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATcatcat < 2:1322813/148‑1 (MQ=255)
gACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAg < 1:3383769/148‑1 (MQ=255)
aCGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGt > 1:2496941/1‑148 (MQ=255)
cGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGtt > 2:17671/1‑148 (MQ=255)
cGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGtt > 2:17108/1‑148 (MQ=255)
atatCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTaa < 1:3194960/148‑1 (MQ=255)
tatCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTaaa < 2:1291548/148‑1 (MQ=255)
atCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAAc > 1:3349239/1‑148 (MQ=255)
atCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAAc > 1:440478/1‑148 (MQ=255)
tCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACa < 2:1016431/148‑1 (MQ=255)
cgcgCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAATCaa < 2:2622198/148‑1 (MQ=255)
cgcgCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACaa < 2:841895/148‑1 (MQ=255)
cgcgCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACaa < 1:912826/148‑1 (MQ=255)
gcAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACAAATc < 2:2815185/148‑1 (MQ=255)
aGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACAAATCAg < 2:3425146/148‑1 (MQ=255)
aaaCGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACAAATCAGGAat < 2:33590/148‑1 (MQ=255)
aaaCGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCGGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTACTATCATCATAGTTAAACAATTCAGGAat > 2:926891/1‑148 (MQ=255)
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aaaCGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACAAATCAGGAat < 1:1000691/148‑1 (MQ=255)
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aCGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACAAATCAGGAatat < 1:3055008/148‑1 (MQ=255)
aCGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACAAATCAGGAatat < 1:556434/148‑1 (MQ=255)
gCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACAAATCAGGAATATAg > 1:2013377/1‑148 (MQ=255)
cTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACAAATCAGGAATATAGCt > 1:1753651/1‑148 (MQ=255)
|
GCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACAAATCAGGAATATAGCT > CP009273/245159‑245450
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
