Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,428,643 |
G→T |
39.6% |
intergenic (‑162/+572) |
ynaE ← / ← ttcC |
cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,428,643 | 0 | G | T | 39.6%
| 318.7
/ 304.7
| 295 | intergenic (‑162/+572) | ynaE/ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (95/83); new base T (74/43); total (169/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
AATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAA > CP009273/1428497‑1428790
|
aaTATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGa < 2:1993831/148‑1 (MQ=37)
atatTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGAt > 1:2263604/1‑148 (MQ=37)
tattatTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTAtt > 2:3365702/1‑148 (MQ=37)
attattGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGttatta < 1:40321/148‑1 (MQ=37)
ttattGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTtattat < 2:1643630/148‑1 (MQ=37)
ttattGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTAt > 1:997106/1‑148 (MQ=37)
ttattGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTAt < 1:3011102/148‑1 (MQ=37)
ttattGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTAt > 1:2555325/1‑148 (MQ=37)
tattGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATc > 1:291789/1‑148 (MQ=37)
ttGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAg > 2:510005/1‑148 (MQ=37)
tGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGt > 2:1906781/1‑148 (MQ=37)
ttttCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATg > 2:2848232/1‑148 (MQ=37)
ttttCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATg < 2:1516006/148‑1 (MQ=37)
tttCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGc > 2:3111815/1‑148 (MQ=37)
tCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTg < 1:2436875/148‑1 (MQ=37)
cATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGt > 1:510017/1‑148 (MQ=37)
aTTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGtt > 2:861145/1‑148 (MQ=37)
atatTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCAtata > 2:742253/1‑148 (MQ=37)
atTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGc > 2:238307/1‑148 (MQ=37)
ttGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGcc < 2:271178/148‑1 (MQ=37)
ttGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGcc < 1:1754912/148‑1 (MQ=37)
tGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCt > 2:1760163/1‑148 (MQ=37)
tGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCt > 1:2341871/1‑148 (MQ=37)
gTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTc > 1:3508632/1‑148 (MQ=37)
aTGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGa > 2:2647452/1‑148 (MQ=37)
cTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTa > 2:1886475/1‑148 (MQ=37)
tGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAg > 2:981602/1‑148 (MQ=37)
aTTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTa < 2:704306/148‑1 (MQ=37)
atatGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGtt > 2:1729414/1‑148 (MQ=37)
tGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTtata < 2:2745448/148‑1 (MQ=37)
gTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTtatat > 1:2848718/1‑148 (MQ=37)
gTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTtatat > 1:387877/1‑148 (MQ=37)
ttGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTtatata > 2:376396/1‑148 (MQ=37)
tGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTatatat > 2:1038064/1‑148 (MQ=37)
taCATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAg < 2:341092/148‑1 (MQ=37)
taCATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAg < 1:1162892/148‑1 (MQ=37)
taCATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAg < 2:32289/148‑1 (MQ=37)
aCATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGt < 1:1117313/148‑1 (MQ=37)
cATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGtt > 1:2785984/1‑148 (MQ=37)
cATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGtt > 2:2528666/1‑148 (MQ=37)
cATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGtt > 2:2213677/1‑148 (MQ=37)
aTCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTg > 2:3475646/1‑148 (MQ=37)
aTCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTg < 2:1455244/148‑1 (MQ=37)
tCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGa < 2:3527764/148‑1 (MQ=37)
tCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGa < 2:251499/148‑1 (MQ=37)
tCGGTTTTGTCTGGGATATAGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTAATATCAGTATGCTGTTCAAATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGa > 2:2079221/1‑148 (MQ=11)
cGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGAc > 2:3050202/1‑148 (MQ=37)
cGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGAc > 2:919374/1‑148 (MQ=37)
gTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAAttttt < 2:2425838/148‑1 (MQ=37)
tCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTa < 2:1112170/148‑1 (MQ=37)
gggTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATcc < 2:2605655/148‑1 (MQ=38)
gTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTg < 2:1582874/148‑1 (MQ=255)
aTTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGgt > 2:19745/1‑148 (MQ=255)
tGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGgtgt > 1:3385885/1‑148 (MQ=39)
atatGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCt > 1:1506484/1‑148 (MQ=39)
tatGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCtt > 2:397009/1‑148 (MQ=255)
tatGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCtt < 1:3407027/148‑1 (MQ=39)
atGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTa < 1:2627510/148‑1 (MQ=39)
atGACAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTa < 2:14080/148‑1 (MQ=255)
tGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTaa < 1:1559474/148‑1 (MQ=255)
ccAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAg < 1:966860/148‑1 (MQ=39)
aaTCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGtt > 1:3138743/1‑148 (MQ=255)
aaTCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGtt > 1:648338/1‑148 (MQ=255)
cTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAg < 1:1440331/148‑1 (MQ=39)
tAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGa < 1:1320081/148‑1 (MQ=39)
aaTTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGAt < 1:1034351/148‑1 (MQ=255)
aaTTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGAt > 2:1650350/1‑148 (MQ=255)
tattaGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACa > 2:3201317/1‑148 (MQ=39)
ttaGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACAtt > 2:2252380/1‑148 (MQ=39)
agCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCg > 1:265076/1‑148 (MQ=38)
gACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCa > 1:483135/1‑148 (MQ=37)
aCTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCATGGGTGTTCTTAAAGTTATTATATAAACCTTGTCGTTTCAg > 2:2729150/1‑148 (MQ=11)
aaaaaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGta > 2:900337/1‑148 (MQ=37)
aaaaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGtat > 1:3217642/1‑148 (MQ=37)
aaaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGtata > 1:1917655/1‑148 (MQ=37)
aaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATAc < 1:2026794/148‑1 (MQ=37)
cTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGa < 1:179781/148‑1 (MQ=37)
cTGAATATGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATANGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTGTCAGGTATACAGGa > 1:1804250/1‑148 (MQ=255)
cTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTGTCAGGTATACAGGa > 1:1661410/1‑148 (MQ=37)
tGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGaa > 1:866374/1‑148 (MQ=37)
atatGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGc < 1:2812762/148‑1 (MQ=37)
atatGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGc > 1:1474011/1‑148 (MQ=37)
atatGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGc < 1:1455758/148‑1 (MQ=37)
atGATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTa < 2:291789/148‑1 (MQ=37)
atGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTa > 1:37005/1‑148 (MQ=37)
atGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCATGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTAAGGGATAAACGAATGCTa > 1:1572295/1‑148 (MQ=11)
gATAAGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAAc < 1:308921/148‑1 (MQ=37)
tAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATAAAGGAATGCTAACAg > 1:354593/1‑148 (MQ=37)
aaGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAgg < 2:2968863/148‑1 (MQ=37)
aGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCATGTATACATGAATGCTAACAGGt > 1:3324698/1‑148 (MQ=255)
aGGAGCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGt > 1:2134061/1‑148 (MQ=37)
gAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGCATGCTAACAGGTgg > 1:694516/1‑148 (MQ=37)
gAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTgg > 1:2488844/1‑148 (MQ=37)
gAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTgg > 1:465893/1‑148 (MQ=37)
gCGAAGTTATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTggcg > 2:698205/1‑148 (MQ=37)
aaGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCa > 2:439679/1‑148 (MQ=35)
gTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCaaa < 1:1696919/148‑1 (MQ=34)
tGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCaaaa < 2:3084024/148‑1 (MQ=34)
gATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCaaaaa > 1:1432686/1‑148 (MQ=34)
gATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCaaaaa < 2:2555215/148‑1 (MQ=34)
|
AATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAA > CP009273/1428497‑1428790
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
