Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F142 I0 R1
|
859 |
274.6 |
8723680 |
96.4% |
8409627 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
991,460 |
A→T |
24.5% |
L314Q (CTG→CAG) |
ssuA ← |
aliphatic sulfonate binding protein, SsuABC ABC transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 991,460 | 0 | A | T | 24.5%
| 604.6
/ 215.0
| 297 | L314Q (CTG→CAG) | ssuA | aliphatic sulfonate binding protein, SsuABC ABC transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (123/99); new base T (30/43); total (153/144) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
GTATAGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAA > CP009273/991311‑991609
|
ataGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTAAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGt > 1:1249990/1‑150 (MQ=255)
taGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGtt < 1:862440/150‑1 (MQ=255)
taGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGtg > 2:2151350/1‑149 (MQ=255)
aGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGGACCATCTTCCGTTCCCAGATAATTCCCCTCACCCTGGGTCGGTAAAAACCAGAACAAATTCATAATAATAATTGTTTTGCTTCCTGTTg > 1:2911626/1‑150 (MQ=255)
aGCCAAGACGATCCGCCGCGTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTg < 2:1770751/150‑1 (MQ=255)
ccAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAg > 2:2801620/1‑150 (MQ=255)
ccAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAg > 2:721093/1‑150 (MQ=255)
ccAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAg < 1:1872011/150‑1 (MQ=255)
cAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGt < 1:892904/150‑1 (MQ=255)
aGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTgg < 1:1944659/150‑1 (MQ=255)
gACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTggg > 2:2287528/1‑150 (MQ=255)
tcGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGc < 1:4167286/149‑1 (MQ=255)
gATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTg > 1:661481/1‑150 (MQ=255)
gATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTACCACATAAATCCCCTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAAAACATATTAAGACACAGAATTGTTTTACTTACTGTTGAGTTGGCTg > 1:2933410/1‑150 (MQ=255)
gATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCATCTTACGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACAAATTAAGACTCATAATTGTTTTACTTACTGTTGAGTGGGCTg > 1:762420/1‑150 (MQ=255)
ccgcTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGAt < 1:2440327/150‑1 (MQ=255)
cAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCg > 1:3489346/1‑150 (MQ=255)
cAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCg < 2:3590515/150‑1 (MQ=255)
cAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCg > 1:3258831/1‑150 (MQ=255)
cAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCAAAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCg > 2:593540/1‑150 (MQ=255)
aTTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGaa > 1:990082/1‑150 (MQ=255)
tgttgCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAatat < 1:3983494/150‑1 (MQ=255)
gttgCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATc < 2:3592992/150‑1 (MQ=255)
gttgCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCGGGCGAATATc < 2:3592542/150‑1 (MQ=255)
tgCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGa < 1:2166656/150‑1 (MQ=255)
gATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACttt > 1:1251570/1‑150 (MQ=255)
aTAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACtttt < 1:3323983/150‑1 (MQ=255)
aTAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACtttt < 1:3796125/150‑1 (MQ=255)
aaCCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACtttttt > 1:2377546/1‑150 (MQ=255)
aCCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTc < 2:4308642/150‑1 (MQ=255)
gATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCCGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCAc < 2:4146747/150‑1 (MQ=255)
gATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCAc < 1:2215312/150‑1 (MQ=255)
tCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCa < 1:2471875/150‑1 (MQ=255)
tCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCa > 1:3697112/1‑150 (MQ=255)
tCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTACTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTAGGCACCa > 2:3289669/1‑150 (MQ=255)
aaCCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGa < 1:1492057/150‑1 (MQ=255)
aCCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGAc < 2:1046833/150‑1 (MQ=255)
cGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGa > 2:841577/1‑150 (MQ=255)
gggCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGAt > 2:2669057/1‑150 (MQ=255)
gTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTc > 2:3986536/1‑150 (MQ=255)
tGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCa < 2:4306976/150‑1 (MQ=255)
tGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCa > 1:54309/1‑150 (MQ=255)
aaCCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATa < 2:1601028/150‑1 (MQ=255)
aaCCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATa < 1:358139/150‑1 (MQ=255)
ccTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATaaa > 1:2336766/1‑150 (MQ=255)
ttcttcCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAAc > 1:2602455/1‑150 (MQ=255)
cttcCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAg > 1:1370810/1‑150 (MQ=255)
ttcCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGa < 1:3227559/150‑1 (MQ=255)
ttcCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGa < 1:574406/150‑1 (MQ=255)
ccGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATc < 2:3138086/150‑1 (MQ=255)
ccGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATc > 2:3862560/1‑150 (MQ=255)
gTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGAGGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTg > 2:285615/1‑150 (MQ=255)
tCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGcc < 2:4036351/150‑1 (MQ=255)
cccAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCg > 2:4263732/1‑150 (MQ=255)
cccAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCg < 2:1278767/150‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTtgctgc > 1:3068192/1‑150 (MQ=255)
tGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTgctgct < 2:3233621/150‑1 (MQ=255)
tGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTgctgct < 1:2046530/150‑1 (MQ=255)
cccGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGt < 2:3256521/150‑1 (MQ=255)
gTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAg > 1:2113731/1‑150 (MQ=255)
cACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAggc > 1:2067341/1‑150 (MQ=255)
aCCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAggcg < 2:3681128/150‑1 (MQ=255)
gggTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAAc < 1:3467382/150‑1 (MQ=255)
ggTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAAcc < 1:3242394/150‑1 (MQ=255)
ggTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAAcc < 1:1648885/150‑1 (MQ=255)
ggTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAAcc < 2:1226906/150‑1 (MQ=255)
gTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCt < 2:834621/150‑1 (MQ=255)
gTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCt < 1:3386185/150‑1 (MQ=255)
aaaaCCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGtt > 2:1992527/1‑150 (MQ=255)
cAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCg > 2:2107513/1‑150 (MQ=255)
aaCATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTGAAACgggt > 1:435757/1‑148 (MQ=255)
tatTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGAt < 2:1850600/150‑1 (MQ=255)
atTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGAtg < 1:219489/150‑1 (MQ=255)
atTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGAtg < 2:1057566/150‑1 (MQ=255)
ttCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGAtgg > 1:1132502/1‑150 (MQ=255)
tCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGAtggt > 1:102667/1‑150 (MQ=255)
cAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGACTATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGGTTGAtggtg > 1:1425116/1‑150 (MQ=255)
cAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGAtggtg > 2:3024730/1‑150 (MQ=255)
cAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGAtggtg > 2:3557595/1‑150 (MQ=255)
aGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGAtggtgg > 2:165933/1‑150 (MQ=255)
aGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGAtggtgg > 2:165459/1‑150 (MQ=255)
aCTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTa > 2:2352780/1‑150 (MQ=255)
cATAATTGTTTTCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTagga > 1:2708019/1‑150 (MQ=255)
aTTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGc > 2:2372329/1‑150 (MQ=255)
gTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCgat > 2:1179886/1‑150 (MQ=255)
tttCCTTCCTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCgatga < 2:2911626/150‑1 (MQ=255)
tttCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCgatga < 1:159405/150‑1 (MQ=255)
ttccttccTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCgatgat < 1:4280035/150‑1 (MQ=255)
ccttccTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCt > 2:1356008/1‑150 (MQ=255)
ccttccAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCt > 2:3423305/1‑150 (MQ=255)
cttccAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCta > 2:3037432/1‑150 (MQ=255)
cttccAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTACGAGGGCGATGATCta < 2:2589369/150‑1 (MQ=255)
ttccTGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAAGATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaa < 2:2933410/150‑1 (MQ=255)
ttccAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaa < 2:1546645/150‑1 (MQ=255)
ttccAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaa < 2:2200099/150‑1 (MQ=255)
ccAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCACCCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagt > 2:1247304/1‑150 (MQ=255)
ccAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagt < 2:453804/150‑1 (MQ=255)
aGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagtaa > 2:3168785/1‑150 (MQ=255)
aGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagtaa > 2:1894335/1‑150 (MQ=255)
aGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagtaa < 1:3147311/150‑1 (MQ=255)
|
GTATAGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAA > CP009273/991311‑991609
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
