Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F434 I0 R1
|
1130 |
215.9 |
7031662 |
97.1% |
6827743 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,736,722 |
C→A |
100% |
G210G (GGC→GGA) |
yiaK → |
2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,736,722 | 0 | C | A | 96.1%
| 503.1
/ 9.5
| 183 | G210G (GGC→GGA) | yiaK | 2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/7); new base A (97/77); total (99/84) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CCATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGC > CP009273/3736577‑3736866
|
ttccttccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTAt > 1:2487571/1‑148 (MQ=255)
ttccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCgag < 2:865522/148‑1 (MQ=255)
tccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCgaga < 2:2249478/148‑1 (MQ=255)
tccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCgaga < 2:3451525/148‑1 (MQ=255)
tccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCgaga < 1:1905048/148‑1 (MQ=255)
tccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCgaga > 2:1645588/1‑148 (MQ=255)
tccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCgaga > 2:2023155/1‑148 (MQ=255)
ccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGagaa < 2:538652/148‑1 (MQ=255)
aCGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGagaaga < 1:721399/148‑1 (MQ=255)
cGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAgaagaa < 1:1371703/148‑1 (MQ=255)
cGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAgaagaa > 1:2177409/1‑148 (MQ=255)
cGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATcg < 1:716305/148‑1 (MQ=255)
aTCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGTTGTTTAGGGCAAATTGAACAAAGAACCAGGAGTTATCGAgaagaaaagcc > 1:1505214/1‑143 (MQ=255)
tCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATcgccg > 1:1929598/1‑148 (MQ=255)
ccATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGGTTTGTTGTTGTGGGCAATTTGACCAAAGAACCAGGAGTTATAGAGAATAATCGCCCCAt > 1:1486623/1‑148 (MQ=255)
ccATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGAAAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCCATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATAGAGAAGAATCGCCGCAt > 2:2701327/1‑148 (MQ=255)
cATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCAtt > 1:2444444/1‑148 (MQ=255)
aTGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCAttt < 1:1527468/148‑1 (MQ=255)
gTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGc > 2:3284308/1‑148 (MQ=255)
gTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGc < 1:2212865/148‑1 (MQ=255)
tCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATAGCCGCATTTTGcc > 1:168445/1‑148 (MQ=255)
cGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCg < 2:49217/148‑1 (MQ=255)
cGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCg < 2:56207/148‑1 (MQ=255)
cGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCg > 2:1746601/1‑148 (MQ=255)
cGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATAGAGAAGAATCGCCGCATTTTTCCg > 1:1325363/1‑148 (MQ=255)
atatGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGAt > 2:1060606/1‑148 (MQ=255)
tatGTCGATGTCGCTGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATg < 2:1120095/148‑1 (MQ=255)
tatGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATg > 2:1127178/1‑148 (MQ=255)
atgtcgatgtcgATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATgg > 2:3075988/1‑148 (MQ=255)
atgtcgatgtcgATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATgg > 1:1096666/1‑148 (MQ=255)
tgtcgatgtcgaTGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATggg < 1:1777072/148‑1 (MQ=255)
tgtcgatgtcgaTGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATggg < 1:911248/148‑1 (MQ=255)
tgtcgatgtcgaTGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATggg < 1:1777136/148‑1 (MQ=255)
tcgatgtcgatgTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCt > 2:2888916/1‑148 (MQ=255)
gtcgatgtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTgg > 2:3177215/1‑148 (MQ=255)
gtcgatgtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTgg > 2:1462056/1‑148 (MQ=255)
gtcgatgtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTgg > 2:1086065/1‑148 (MQ=255)
tcgatgtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGa > 2:110524/1‑148 (MQ=255)
cgatgtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGaa < 2:3457594/148‑1 (MQ=255)
gatgtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGaaa < 2:1618102/148‑1 (MQ=255)
gtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGt > 2:2499628/1‑148 (MQ=255)
ttCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGtt > 1:1245591/1‑148 (MQ=255)
ctTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTgg > 2:2759568/1‑148 (MQ=255)
tACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCa > 2:827877/1‑148 (MQ=255)
aCGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCAt > 2:3023060/1‑148 (MQ=255)
cATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCg < 1:3075988/148‑1 (MQ=255)
aTGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGa < 1:2192928/148‑1 (MQ=255)
tGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGAt > 2:1353915/1‑148 (MQ=255)
tGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGAt > 2:3101422/1‑148 (MQ=255)
gTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGAtt < 2:3255964/148‑1 (MQ=255)
ttAGAATTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTACCGGCCGATGTTGGCTTTGATGATTAGGTCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTTGCATGTCGATtg < 2:211103/148‑1 (MQ=255)
ttAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATtg < 2:211084/148‑1 (MQ=255)
tAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAATAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATtgt > 2:1131594/1‑148 (MQ=255)
gAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGc > 2:936949/1‑148 (MQ=255)
gTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTgg < 1:960600/148‑1 (MQ=255)
tAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGat > 2:2264358/1‑148 (MQ=255)
aaCCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGata < 2:2912164/148‑1 (MQ=255)
aaCCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGata < 1:1609778/148‑1 (MQ=255)
gTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGAt < 1:217609/148‑1 (MQ=255)
tCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATc > 2:1840503/1‑148 (MQ=255)
cTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCg < 2:1839319/148‑1 (MQ=255)
tGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGTGCAATTTGACCAAAGAACCTGGATTTATCGATAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGc < 1:2514827/148‑1 (MQ=255)
tGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGc < 2:384081/148‑1 (MQ=255)
gtcgtcAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCCATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTActct > 1:1284027/1‑148 (MQ=255)
gtcAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCt < 2:1911978/148‑1 (MQ=255)
gtcAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCt < 2:694901/148‑1 (MQ=255)
gtcAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCt < 1:2755507/148‑1 (MQ=255)
tcAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCtt < 2:900/148‑1 (MQ=255)
cAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCttt < 2:2845937/148‑1 (MQ=255)
gCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCt > 1:2863602/1‑144 (MQ=255)
gCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTcc > 1:208091/1‑148 (MQ=255)
cTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATTATCGCTACTCTCCTTTCCg > 1:879558/1‑148 (MQ=255)
cTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCg < 2:1555579/148‑1 (MQ=255)
cTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCg < 2:2866736/148‑1 (MQ=255)
ccGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACg > 2:3226236/1‑148 (MQ=255)
cGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCa > 2:2309759/1‑148 (MQ=255)
ggtggCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCg < 2:1394100/148‑1 (MQ=255)
gatgatgaGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAg < 1:110524/148‑1 (MQ=255)
gatgatgaGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAg > 2:2666173/1‑148 (MQ=255)
tgatgaGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTc > 2:729065/1‑148 (MQ=255)
gatgaGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCa > 2:1848511/1‑148 (MQ=255)
atgaGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCAc < 2:2260193/148‑1 (MQ=255)
atgaGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCAc > 2:1142482/1‑148 (MQ=255)
tgaGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCAcc > 1:3497441/1‑148 (MQ=255)
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GAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAG < SRR19973065.424392/150‑1 (MQ=60)
AATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAAC < SRR19973065.3281564/150‑1 (MQ=60)
attttaaaAAAGAACCTGGTTTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACA < SRR19973065.77200/142‑1 (MQ=60)
GACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGA > SRR19973065.1731523/1‑150 (MQ=60)
GACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGA < SRR19973065.1621040/150‑1 (MQ=60)
ACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGAC > SRR19973065.809708/1‑150 (MQ=60)
AAGAACCTGGATTTATCGATAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGGTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCTGGACAACAGCGACGAAT < SRR19973065.2728649/150‑1 (MQ=60)
AAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAAT > SRR19973065.2615847/1‑150 (MQ=60)
AAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTAACCCAGGACAACAGCGACGAAT < SRR19973065.2278673/150‑1 (MQ=60)
AGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATA < SRR19973065.3108111/150‑1 (MQ=60)
AACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACG < SRR19973065.2394732/150‑1 (MQ=60)
AACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACG < SRR19973065.1656635/150‑1 (MQ=60)
AACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACG < SRR19973065.2036165/150‑1 (MQ=60)
AACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTAACCCAGGACAACAGCGACGAATACG < SRR19973065.2394733/150‑1 (MQ=60)
TGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGCAT > SRR19973065.89625/1‑150 (MQ=60)
AGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGCATTTC > SRR19973065.1752443/1‑150 (MQ=60)
AGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGCATTTC > SRR19973065.2661809/1‑150 (MQ=60)
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CGCCATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGCATTTC > CP009273/3736575‑3736871
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
