Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F159 I0 R1
|
879 |
305.9 |
9588012 |
96.6% |
9262019 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
750,112 |
A→T |
38.4% |
intergenic (‑188/‑521) |
gltA ← / → sdhC |
citrate synthase/succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 750,112 | 0 | A | T | 38.4%
| 217.0
/ 278.1
| 221 | intergenic (‑188/‑521) | gltA/sdhC | citrate synthase/succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/86); new base T (35/50); total (85/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.70e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATG > CP009273/749963‑750258
|
gAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTa < 1:617826/150‑1 (MQ=255)
gAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTa < 1:3006413/150‑1 (MQ=255)
aCTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACt > 2:923964/1‑150 (MQ=255)
ttAAATTTGCCTTCGCACCTCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAAGCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGACTAAATGGCGAATCAAGTACtga > 2:4513418/1‑148 (MQ=255)
ttAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTa < 1:4398960/150‑1 (MQ=255)
aaaTTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGACAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGc > 1:1870839/1‑150 (MQ=255)
aaTTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCa > 2:3860840/1‑150 (MQ=255)
aaTTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCa > 2:1449731/1‑150 (MQ=255)
tttGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAAt < 1:2407569/150‑1 (MQ=255)
cTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGaa > 1:351308/1‑150 (MQ=255)
ttCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAat < 2:1533679/150‑1 (MQ=255)
ttCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAat < 2:1534268/150‑1 (MQ=255)
tCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAatt < 1:4525788/150‑1 (MQ=255)
tCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAatt < 2:3806660/150‑1 (MQ=255)
cGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAatta < 2:296882/150‑1 (MQ=255)
cGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAatta < 2:3608954/150‑1 (MQ=255)
aTCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTaaa > 1:3257711/1‑150 (MQ=255)
aaCCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACtt > 2:51523/1‑150 (MQ=255)
aaCCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACtt > 2:1946240/1‑150 (MQ=255)
cTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTc < 2:4018504/150‑1 (MQ=255)
cTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTc < 1:850721/150‑1 (MQ=255)
tACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACt > 2:1970534/1‑150 (MQ=255)
tACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACt < 2:3902753/150‑1 (MQ=255)
aCCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACta > 1:1981830/1‑150 (MQ=255)
ccGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACtaat < 2:4665915/150‑1 (MQ=255)
gTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACtaataa < 1:742067/150‑1 (MQ=255)
ttttttATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAAc < 2:1286274/150‑1 (MQ=255)
ttttttATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAAATTGTCTACCACTAATAAc > 1:2802640/1‑150 (MQ=255)
tttttATTGGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAAGGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACt < 1:232314/150‑1 (MQ=255)
tttATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGt < 1:3834840/150‑1 (MQ=255)
tttGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCg > 2:2042290/1‑150 (MQ=255)
tttGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCg < 1:447957/150‑1 (MQ=255)
ttGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCga < 2:460268/150‑1 (MQ=255)
ggCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCgaat < 2:3585791/150‑1 (MQ=255)
gccgcTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAAtt > 2:484707/1‑150 (MQ=255)
gccgcTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAAtt > 2:748426/1‑150 (MQ=255)
ctctGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTc > 2:1175106/1‑150 (MQ=255)
ctctGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTc < 1:4786182/150‑1 (MQ=255)
tctGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCa < 2:490874/150‑1 (MQ=255)
ctGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCaa < 2:1491107/150‑1 (MQ=255)
tgtgAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGACGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAAt < 2:2304687/150‑1 (MQ=255)
gtgAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATa < 2:3136518/150‑1 (MQ=255)
gtgAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATa > 2:3359494/1‑150 (MQ=255)
tgAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATAc < 2:3529383/150‑1 (MQ=255)
aaaGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACtt < 2:4712363/150‑1 (MQ=255)
aaGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTc > 1:967664/1‑150 (MQ=255)
gagGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCca < 2:4333684/150‑1 (MQ=255)
gagGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCca > 2:173031/1‑150 (MQ=255)
ggggAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCcaca < 2:4267705/150‑1 (MQ=255)
ggggAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCcaca < 2:4267042/150‑1 (MQ=255)
ggggAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCcaca < 1:2479139/150‑1 (MQ=255)
gggAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCacac < 1:2133929/150‑1 (MQ=255)
ggAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACt < 1:51523/150‑1 (MQ=255)
aaaaCCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGt > 1:718812/1‑150 (MQ=255)
aaCCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTa < 1:59738/150‑1 (MQ=255)
cTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACAt < 2:2659093/150‑1 (MQ=255)
gggTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATaa < 2:2176923/150‑1 (MQ=255)
gggTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATaa < 1:1460020/150‑1 (MQ=255)
tACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGtt < 2:2695556/150‑1 (MQ=255)
gagCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATc < 1:1324468/150‑1 (MQ=255)
agCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCt < 1:3709880/150‑1 (MQ=255)
ctctGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTa < 2:4744139/150‑1 (MQ=255)
tGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGt > 2:4326176/1‑150 (MQ=255)
gggCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTg < 2:1495078/150‑1 (MQ=255)
gggCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTg < 1:1748589/150‑1 (MQ=255)
ggCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGa < 2:1652880/150‑1 (MQ=255)
ttGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATAc > 1:4212777/1‑150 (MQ=255)
tGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATAcc < 2:716432/150‑1 (MQ=255)
aaaGGATCCATTGATTACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCa < 1:1819071/150‑1 (MQ=255)
aaaGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCa < 1:4224086/150‑1 (MQ=255)
aaGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCAt < 2:1870839/150‑1 (MQ=255)
aaGGATACATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCAt < 1:2669314/150‑1 (MQ=255)
gATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAAc < 1:1067876/150‑1 (MQ=255)
aTCCATTGATGACTAATAAATTGCTAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACt < 1:3346480/150‑1 (MQ=255)
cATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACtttt > 2:4531337/1‑150 (MQ=255)
atgaCGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCa > 1:2888651/1‑150 (MQ=255)
tgaCGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCAt < 1:435209/150‑1 (MQ=255)
gaCGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCAtt < 2:3780157/150‑1 (MQ=255)
aCGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATta < 2:2311805/150‑1 (MQ=255)
aCGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATta > 1:3331514/1‑150 (MQ=255)
cGAATAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATtat > 1:4715313/1‑150 (MQ=255)
aaTAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTatat < 1:1175106/150‑1 (MQ=255)
aaTAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTatat > 2:178783/1‑150 (MQ=255)
aaTAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTatat < 1:1642870/150‑1 (MQ=255)
tAAATGGCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGc < 2:1308979/150‑1 (MQ=255)
aaaTGGCGAATCAAGTACTTAGCAANCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTNAGGTGANATACCGNCTNCATAACTTTTACGCATTATATGCt < 1:4080189/150‑1 (MQ=255)
aaaTGGCGAATCAACTACAAAGCAATCCGAATTATTAAACTTGACTACCACTAATAACTGTCACGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGATAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCt > 1:3771268/1‑150 (MQ=255)
aTGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCttt > 2:3457731/1‑150 (MQ=255)
tGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCtttt < 1:4695952/150‑1 (MQ=255)
tGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCtttt < 1:1321972/150‑1 (MQ=255)
ggCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTc < 1:986509/150‑1 (MQ=255)
ggCGAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTc < 1:4517980/150‑1 (MQ=255)
ggCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTc > 1:3937918/1‑150 (MQ=255)
ggCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTc < 1:3581274/150‑1 (MQ=255)
gAATCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTg < 1:4216707/150‑1 (MQ=255)
gAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTg < 1:3034887/150‑1 (MQ=255)
aaTCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTgg < 1:4105487/150‑1 (MQ=255)
aaTCAAGTTCTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTgg < 1:149688/150‑1 (MQ=255)
aaGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTGAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAAt > 1:2540707/1‑150 (MQ=255)
aGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTAATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATg > 2:1458644/1‑150 (MQ=255)
|
GAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATG > CP009273/749963‑750258
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
