Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP043523 |
1,882,555 |
T→G |
intergenic (+266/‑289) |
FTN78_chr1926 → / → FTN78_chr1927 |
hypothetical protein/3‑ketoacyl‑CoA thiolase, Acetyl‑CoA acetyltransferase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP043523 | 1,882,555 | 0 | T | G | 85.5%
| 985.0
/ 188.2
| 543 | intergenic (+266/‑289) | FTN78_chr1926/FTN78_chr1927 | hypothetical protein/3‑ketoacyl‑CoA thiolase, Acetyl‑CoA acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/45); new base G (303/161); total (337/206) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 |
Only 100 of 544 total aligned reads displayed.
TACCGAAAAACCGAAGAGCTTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATGCCTCGAATAGTCTCCATGCCCTTTATCGTGGTTGAGGCAGTACGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCTATTAGATTGTTAAGGTATTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAATTCATTACTCTGTAATTTTCTAAAGGCAGAGCCAATAGACGGAGCTTTATCCGTGACAATTACTCTAGGTTCAACAAACTGCTTATGTAGTCGTTTCA > CP043523/1882408‑1882700
|
ccGAAAATCCGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTaa < 2:2304435/148‑2 (MQ=17)
cGAAAATCCGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTaaa < 2:3873940/148‑3 (MQ=11)
atccGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGtt < 1:3317723/146‑1 (MQ=11)
tccGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTa > 1:1599544/2‑148 (MQ=11)
gAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAga < 2:705464/148‑2 (MQ=11)
agagCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATa < 2:1053817/148‑1 (MQ=11)
agcgttCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATact > 2:3055359/5‑146 (MQ=11)
gcgttCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATActt < 2:3661772/145‑1 (MQ=11)
cgtgccATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACGTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTc < 1:572537/144‑1 (MQ=11)
ttCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCAc > 2:3382768/1‑148 (MQ=17)
tCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACg > 2:1217990/1‑148 (MQ=17)
ccATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCAcag < 1:4291487/148‑3 (MQ=11)
ccATTTCTTCGGGTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCAcag < 1:1901402/148‑3 (MQ=11)
aTTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGtt > 1:458287/1‑148 (MQ=255)
ttcttcGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCg < 1:747185/148‑1 (MQ=255)
cttcGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGAt > 1:2642274/1‑148 (MQ=255)
cGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGct < 1:4094460/148‑1 (MQ=255)
ggTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGctc < 1:421068/148‑1 (MQ=18)
gTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGctct < 2:3966835/148‑1 (MQ=14)
gTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGctct > 2:3169799/1‑148 (MQ=18)
ttCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTg > 1:1027005/1‑148 (MQ=255)
tCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGCGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAGATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGt < 2:4434203/148‑1 (MQ=255)
tCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGt > 1:1654332/1‑148 (MQ=255)
cTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTc > 2:2844760/1‑148 (MQ=255)
cTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTc < 1:2680041/148‑1 (MQ=18)
cTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTc > 1:908696/1‑148 (MQ=255)
tttttGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCt > 1:3380572/1‑148 (MQ=18)
ttttGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCtt > 2:2910763/1‑148 (MQ=255)
tttGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTa < 1:2333615/148‑1 (MQ=255)
ttGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAg < 1:1481447/148‑1 (MQ=18)
gTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGta > 2:1411667/1‑148 (MQ=255)
atatTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGtata > 2:2597167/1‑148 (MQ=255)
tattccTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGATGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGtatat > 1:695984/5‑148 (MQ=18)
tattccTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGtatat > 2:4266283/5‑148 (MQ=18)
attccTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTAAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGtatata < 2:4329883/145‑1 (MQ=17)
tccTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATaaa > 2:3689764/2‑147 (MQ=18)
cTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATaaacc > 1:2799056/1‑145 (MQ=18)
gtttcCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTActct > 1:833531/4‑148 (MQ=17)
ttcCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGt > 2:543410/2‑148 (MQ=18)
ccATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTaa > 2:2674477/1‑148 (MQ=17)
aTGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTaact > 1:1443180/1‑146 (MQ=18)
gCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAActtt < 2:1970833/148‑1 (MQ=17)
gCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAActtt > 1:3025822/1‑148 (MQ=17)
cccTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTc < 2:1665642/148‑1 (MQ=17)
ccTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCt > 2:3916007/1‑148 (MQ=17)
ccTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCt > 1:2212581/1‑148 (MQ=17)
taaTCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTaaa < 2:2802663/146‑1 (MQ=18)
taaTCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTaaa < 1:2580771/146‑1 (MQ=18)
taaTCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTaaa > 2:3247322/3‑148 (MQ=18)
aaTCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTaaat > 2:1521144/2‑147 (MQ=17)
cGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTaaatgta > 2:1845645/1‑144 (MQ=17)
gtgggtggGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCag < 2:4220101/148‑1 (MQ=17)
tGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCaga > 1:1818179/1‑148 (MQ=18)
ggCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATa < 2:2572993/148‑1 (MQ=12)
gCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAg < 2:4511152/148‑1 (MQ=12)
cAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGa < 2:1499045/148‑1 (MQ=12)
gttcGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGagg > 2:2983353/4‑146 (MQ=17)
ttcGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGaggg > 1:3159781/3‑145 (MQ=12)
ttcGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGaggg > 1:1252027/3‑145 (MQ=12)
ttcGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGaggg > 1:973675/3‑145 (MQ=17)
ttcGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGa < 1:4330257/143‑1 (MQ=12)
cGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGagggcg > 2:359329/1‑143 (MQ=12)
cGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGagggcg < 2:1158229/148‑6 (MQ=12)
cGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTCGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGagggcg > 1:2273519/1‑143 (MQ=12)
tAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGagggcgct > 2:587771/1‑141 (MQ=12)
aGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCtt > 1:4655322/1‑148 (MQ=12)
aCTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTa > 1:2462052/1‑148 (MQ=12)
ttCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATc > 1:1010650/1‑148 (MQ=12)
tCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATcc > 2:2409807/1‑148 (MQ=12)
gATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGt > 2:1349664/1‑148 (MQ=12)
aaaTTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACa < 1:2391820/148‑1 (MQ=12)
aaaTTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACa < 2:4036223/148‑1 (MQ=12)
tttATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAAtt > 1:3797277/1‑148 (MQ=12)
tttATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAAtt > 2:856931/1‑148 (MQ=12)
ttATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTa > 2:4608772/1‑148 (MQ=12)
aTTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTAct > 2:1770289/1‑148 (MQ=16)
aTTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTAct < 2:2370698/148‑1 (MQ=17)
tGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTActct < 2:902109/148‑1 (MQ=12)
tGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTActct > 1:1291809/1‑148 (MQ=16)
gCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTActctt < 2:459065/148‑2 (MQ=12)
cgtcgtTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTActcttg < 2:1589042/148‑3 (MQ=12)
gtcgtTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTActcttgg > 2:4149929/1‑145 (MQ=12)
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GTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGT > SRR13214404.2386314/1‑150 (MQ=60)
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GTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCGGAGCCAATAGAAGGTGCTT > SRR13214404.718992/1‑150 (MQ=26)
GTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAGCCAAGAGAAGGCGCTT > SRR13214404.718807/1‑150 (MQ=35)
GTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAgggcgatt > SRR13214404.3782381/1‑142 (MQ=47)
TAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTT > SRR13214404.1561226/1‑150 (MQ=36)
GACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTAT > SRR13214404.4284638/1‑150 (MQ=41)
ACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATC > SRR13214404.247817/1‑150 (MQ=41)
ACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATC > SRR13214404.2974401/1‑150 (MQ=41)
ACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATC > SRR13214404.2604530/1‑150 (MQ=41)
ACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATC > SRR13214404.1017802/1‑150 (MQ=37)
CTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCC < SRR13214404.713972/150‑1 (MQ=39)
TTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGCTTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCG < SRR13214404.2665272/150‑1 (MQ=36)
CGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTCCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTG > SRR13214404.804596/1‑150 (MQ=36)
GATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGA > SRR13214404.1041770/1‑150 (MQ=37)
TAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACA > SRR13214404.4144927/1‑150 (MQ=39)
AAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAA > SRR13214404.86398/1‑150 (MQ=41)
AAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAA > SRR13214404.86779/1‑150 (MQ=41)
AAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAAT > SRR13214404.4182387/1‑150 (MQ=41)
AATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTTACAATT > SRR13214404.1728021/1‑150 (MQ=35)
AATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAACGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATT > SRR13214404.3821361/1‑150 (MQ=43)
TATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTC > SRR13214404.3312575/1‑150 (MQ=44)
ATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCT > SRR13214404.4203277/1‑150 (MQ=44)
ATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCT > SRR13214404.1300921/1‑150 (MQ=44)
ATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCT > SRR13214404.2130863/1‑150 (MQ=45)
TTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTT < SRR13214404.2899420/150‑1 (MQ=44)
TGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTG > SRR13214404.2262147/1‑150 (MQ=41)
TGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTG > SRR13214404.4491419/1‑150 (MQ=41)
TGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTG > SRR13214404.2421520/1‑150 (MQ=42)
GTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTT > SRR13214404.288665/1‑150 (MQ=36)
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CGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGA > SRR13214404.3995475/1‑150 (MQ=34)
GTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTtggttgac > SRR13214404.1123694/1‑142 (MQ=33)
GTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTtggttgac > SRR13214404.1291755/1‑142 (MQ=33)
GTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTtggttgac > SRR13214404.2883329/1‑142 (MQ=33)
TTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTtggttgacc > SRR13214404.1672761/1‑141 (MQ=32)
cgatcTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTtggttgacca < SRR13214404.4639568/145‑11 (MQ=24)
TTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTtggttgacca > SRR13214404.3073482/1‑140 (MQ=30)
TGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAA > SRR13214404.3864556/1‑150 (MQ=27)
TGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAA > SRR13214404.3922533/1‑150 (MQ=27)
TGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAA > SRR13214404.213668/1‑150 (MQ=28)
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ATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAAAC > SRR13214404.1673418/1‑150 (MQ=25)
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TCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAAACTGTTT < SRR13214404.2167139/150‑1 (MQ=20)
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GATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAAACTGTTTAT > SRR13214404.1408211/1‑150 (MQ=21)
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GATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAAACTGTTTAT > SRR13214404.1621488/1‑150 (MQ=20)
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AATACCGAAAAACCGAAGAGCTTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATGCCTCGAATAGTCTCCATGCCCTTTATCGTGGTTGAGGCAGTACGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCTATTAGATTGTTAAGGTATTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAATTCATTACTCTGTAATTTTCTAAAGGCAGAGCCAATAGACGGAGCTTTATCCGTGACAATTACTCTAGGTTCAACAAACTGCTTAT > CP043523/1882406‑1882688
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |