Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 630 total aligned reads displayed.
TTCAATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATT > CP043523/1707627‑1707925
|
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CAATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGT < SRR13214404.3544720/150‑1 (MQ=60)
AATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTA > SRR13214404.4151182/1‑150 (MQ=60)
AATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTA > SRR13214404.3373392/1‑150 (MQ=60)
TTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAAT > SRR13214404.24277/1‑150 (MQ=60)
TTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAAT > SRR13214404.4403643/1‑150 (MQ=60)
TACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATT > SRR13214404.3890024/1‑150 (MQ=60)
TACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATC > SRR13214404.2221520/1‑150 (MQ=60)
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CATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGC < SRR13214404.4372288/150‑1 (MQ=60)
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GGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCT < SRR13214404.984697/150‑1 (MQ=60)
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AAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAA > SRR13214404.889754/1‑150 (MQ=60)
AACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAAC > SRR13214404.4644886/1‑150 (MQ=60)
AACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAAC < SRR13214404.2838172/150‑1 (MQ=60)
AACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAAC > SRR13214404.1686002/1‑150 (MQ=60)
AACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAAC < SRR13214404.3798623/150‑1 (MQ=60)
CACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACAT < SRR13214404.2409700/150‑1 (MQ=60)
CACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACAT < SRR13214404.2197077/150‑1 (MQ=60)
ACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATT < SRR13214404.966070/150‑1 (MQ=60)
CACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTA < SRR13214404.538011/150‑1 (MQ=60)
CACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTA < SRR13214404.2719944/150‑1 (MQ=60)
ACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAA < SRR13214404.3641170/150‑1 (MQ=60)
ACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAA > SRR13214404.4708479/1‑150 (MQ=60)
ACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAA < SRR13214404.3477392/150‑1 (MQ=60)
ACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAA < SRR13214404.2619742/150‑1 (MQ=60)
ACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAA < SRR13214404.628102/150‑1 (MQ=60)
CACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAA < SRR13214404.2086244/150‑1 (MQ=60)
ACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAC < SRR13214404.4165689/150‑1 (MQ=60)
ACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAT < SRR13214404.2823047/150‑1 (MQ=60)
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ATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAA < SRR13214404.2590233/150‑1 (MQ=60)
TATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAA < SRR13214404.1897701/150‑1 (MQ=60)
ATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaa > SRR13214404.3450145/1‑144 (MQ=60)
TCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaat < SRR13214404.4276692/150‑8 (MQ=60)
TCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAA < SRR13214404.871142/150‑1 (MQ=60)
TCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAA < SRR13214404.1564702/150‑1 (MQ=60)
TGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgc > SRR13214404.3288714/1‑140 (MQ=60)
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TTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTttctgtcatttgtgttgtttttgttgccgaagca < SRR13214404.4658260/150‑35 (MQ=60)
ggcgtggtttcaggcccttgtcgcaagtgCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACA < SRR13214404.2997849/121‑1 (MQ=60)
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CCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAAT > SRR13214404.717332/1‑150 (MQ=60)
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CTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactatgattatatatcgcgatatcacatttaagt < SRR13214404.3615158/150‑65 (MQ=60)
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TTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGG > SRR13214404.2580760/1‑150 (MQ=60)
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TTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTA < SRR13214404.4335357/150‑1 (MQ=60)
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TGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATT > SRR13214404.421111/1‑150 (MQ=60)
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TTCAATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATT > CP043523/1707627‑1707925
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |