Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 633 total aligned reads displayed.
CACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGGAATTATTTATGCCAGTT > CP043523/1707667‑1707965
|
CACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTC > SRR13214404.653472/1‑150 (MQ=60)
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AATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCA > SRR13214404.626044/1‑150 (MQ=60)
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TATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACA > SRR13214404.1770776/1‑150 (MQ=60)
TATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACA > SRR13214404.4635457/1‑150 (MQ=60)
ATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTT < SRR13214404.2249431/150‑1 (MQ=60)
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AGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTC > SRR13214404.3819818/1‑150 (MQ=60)
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TATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATA < SRR13214404.21457/150‑1 (MQ=60)
ATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATAT < SRR13214404.358118/150‑1 (MQ=60)
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ATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATAT > SRR13214404.4273125/1‑150 (MQ=60)
ATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATAT < SRR13214404.3499757/150‑1 (MQ=60)
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ATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACAT < SRR13214404.4057409/150‑1 (MQ=60)
TCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAA < SRR13214404.448748/150‑1 (MQ=60)
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CCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatg > SRR13214404.1466746/1‑120 (MQ=60)
TTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGT > SRR13214404.3460229/1‑150 (MQ=60)
TTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGT > SRR13214404.857812/1‑150 (MQ=60)
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TCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactat > SRR13214404.2192326/1‑115 (MQ=60)
TCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCAT > SRR13214404.4622266/1‑150 (MQ=60)
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GCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactatgattatatatcgcgatatcacatttaagttacaaaagaaacctatagattatt < SRR13214404.4293371/150‑89 (MQ=60)
GCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTA > SRR13214404.2811581/1‑150 (MQ=60)
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GTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATT < SRR13214404.1369012/150‑1 (MQ=60)
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CTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactatgattatatatcgcgatatcacatttaagttacaaaagaaacctatagattattattt > SRR13214404.2550154/1‑58 (MQ=60)
CTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTT > SRR13214404.4140775/1‑150 (MQ=60)
CTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTT < SRR13214404.3647696/150‑1 (MQ=60)
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AATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactatgattatatatcgcgatatcacatttaagttacaaaagaaacctatagattattatttcgta > SRR13214404.1629326/1‑54 (MQ=60)
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TCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactatgattatatatcgcgatatcacatttaagttacaaaagaaacctatagattattatttcgtaac < SRR13214404.682858/150‑99 (MQ=60)
TCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactatgattatatatcgcgatatcacatttaagttacaaaagaaacctatagattattatttcgtaaa < SRR13214404.3885063/150‑99 (MQ=60)
CAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactatgattatatatcgcgatatcacatttaagttacaaaagaaacctatagattattatttcgtaaca > SRR13214404.4030676/1‑51 (MQ=60)
AGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAG > SRR13214404.3202676/1‑150 (MQ=60)
GATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactatgattatatatcgcgatatcacatttaagttacaaaagaaacctatagattattatttcgtaacatt > SRR13214404.2863518/1‑49 (MQ=60)
GACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGG > SRR13214404.3168326/1‑150 (MQ=60)
ACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGGA > SRR13214404.4136390/1‑150 (MQ=60)
CTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGGAA < SRR13214404.1126228/150‑1 (MQ=60)
TTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGGAAT < SRR13214404.3773081/150‑1 (MQ=60)
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CTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGGAATTATTTAT < SRR13214404.494757/150‑1 (MQ=60)
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TTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGGAATTATTTATGCCAGTT > SRR13214404.3419314/1‑150 (MQ=60)
CTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAA > SRR13214404.1945494/1‑32 (MQ=0)
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CACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGGAATTATTTATGCCAGTT > CP043523/1707667‑1707965
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
