Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
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393 |
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148.0 |
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N/A
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BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 513 total aligned reads displayed.
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|
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AATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATT < SRR13214404.1286536/150‑1 (MQ=60)
ATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTG < SRR13214404.2924466/150‑1 (MQ=60)
ttttttagtttattctaaaactTAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtctt > SRR13214404.405143/23‑127 (MQ=50)
TAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGT > SRR13214404.3956957/1‑150 (MQ=60)
tttttagtttattctaaaactTAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttc > SRR13214404.2721251/22‑126 (MQ=50)
ATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTAC < SRR13214404.4144690/150‑1 (MQ=60)
tttagtttattctaaaactTAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcct > SRR13214404.3838645/20‑124 (MQ=50)
ttagtttattctaaaactTAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcctc < SRR13214404.3511634/132‑28 (MQ=50)
tagtttattctaaaactTAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcctcc < SRR13214404.2458144/133‑29 (MQ=50)
AACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCAT < SRR13214404.4718141/150‑1 (MQ=60)
ACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATA > SRR13214404.418285/1‑150 (MQ=60)
gtttattctaaaactTAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcctccaa > SRR13214404.1893965/16‑120 (MQ=50)
CTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAA < SRR13214404.2734472/150‑1 (MQ=60)
TAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAAC > SRR13214404.4073098/1‑150 (MQ=60)
TAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAAC > SRR13214404.3185067/1‑150 (MQ=60)
ttattctaaaactTAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcctccaagt > SRR13214404.3311130/14‑118 (MQ=50)
AGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACT > SRR13214404.4274979/1‑150 (MQ=60)
tattctaaaactTAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcctccaagtc < SRR13214404.4634419/138‑34 (MQ=50)
GCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTT < SRR13214404.2577053/150‑1 (MQ=60)
CAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTG > SRR13214404.4385918/1‑150 (MQ=60)
ctaaaactTAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcctccaagtcgtcc > SRR13214404.4076433/9‑113 (MQ=50)
TTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAA < SRR13214404.2470359/150‑1 (MQ=60)
TTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAA < SRR13214404.2091683/150‑1 (MQ=60)
TTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAA > SRR13214404.1254416/1‑150 (MQ=60)
aaaactTAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcctccaagtcgtcctc > SRR13214404.1276829/7‑111 (MQ=50)
CGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGC > SRR13214404.929428/1‑150 (MQ=60)
gggttTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCA > SRR13214404.3119391/6‑150 (MQ=60)
ggttTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCAC < SRR13214404.1529366/146‑1 (MQ=60)
ggttTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCAC > SRR13214404.4581907/5‑150 (MQ=60)
gttTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACT > SRR13214404.3888499/4‑150 (MQ=60)
T‑‑TAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTA < SRR13214404.777876/150‑1 (MQ=60)
T‑‑TAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTA > SRR13214404.1059443/1‑150 (MQ=60)
T‑‑TAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcctccaagtcgtcctcttgca > SRR13214404.1247510/1‑106 (MQ=49)
T‑‑TAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcctccaagtcgtcctcttgca > SRR13214404.874366/1‑106 (MQ=49)
T‑‑TAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcctccaagtcgtcctcttgca > SRR13214404.4112720/1‑106 (MQ=49)
ttTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTT < SRR13214404.3074087/148‑1 (MQ=60)
TAT‑‑TAATATATCTATAAATCGTTGTTCTTGACACTCCCCAAGAATCCGCAATCGACTTAATCGGCGTACCACTTTCTACCAAGGTTTTAAGAAGCTTTACGTCTTgctccgaaaatttctcaggtcttcctccaagtcgtcctcttgcac > SRR13214404.4251971/1‑105 (MQ=50)
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AATATAGAGTGGTTTTTTTAATGTTTATTAATTAAAATTAATATTTAAAACATACAAATTAATAATACCATATACCCGAATTGCTAGTTAATTATCA‑AGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGG‑‑TAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCCCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTTGTGTTCCACTTTCTATCAATGTTTTAAGAAGCTTAACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTAT > CP043523/1848629‑1848908
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
