Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 266 total aligned reads displayed.
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|
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ATCCGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAA > SRR13214404.1920685/1‑150 (MQ=17)
ATCCGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAA < SRR13214404.3338893/150‑1 (MQ=17)
ATCCGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAA < SRR13214404.3340312/150‑1 (MQ=17)
AGCCGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAA > SRR13214404.2322860/1‑150 (MQ=2)
CCGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgaga > SRR13214404.2742644/1‑134 (MQ=60)
CGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagat > SRR13214404.114986/1‑133 (MQ=60)
CGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGAT < SRR13214404.94413/150‑1 (MQ=14)
CGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTATATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagat > SRR13214404.4420145/1‑133 (MQ=24)
GAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagata > SRR13214404.2315787/1‑132 (MQ=60)
GAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagata > SRR13214404.3184018/1‑132 (MQ=60)
GAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagata > SRR13214404.3184244/1‑132 (MQ=60)
GAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagata > SRR13214404.3957293/1‑132 (MQ=60)
GAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagata > SRR13214404.2388805/1‑132 (MQ=60)
GAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagata > SRR13214404.1165652/1‑132 (MQ=60)
GAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagata > SRR13214404.2389873/1‑132 (MQ=60)
GAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATA < SRR13214404.316216/150‑1 (MQ=9)
GAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATA < SRR13214404.316202/150‑1 (MQ=9)
GAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATA > SRR13214404.2322996/1‑150 (MQ=9)
AAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatac < SRR13214404.4579854/150‑20 (MQ=60)
AAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGatac < SRR13214404.3029020/150‑5 (MQ=7)
AGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatact > SRR13214404.4554701/1‑130 (MQ=60)
GAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatactt < SRR13214404.2698709/150‑22 (MQ=60)
GAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatactt < SRR13214404.2698647/150‑22 (MQ=60)
GAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatactt < SRR13214404.366095/150‑22 (MQ=60)
AGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatacttc > SRR13214404.2268867/1‑128 (MQ=60)
AGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTC > SRR13214404.4214772/1‑150 (MQ=4)
AGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTC < SRR13214404.3168550/150‑1 (MQ=4)
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GCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatacttcg < SRR13214404.866576/150‑24 (MQ=60)
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GTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGatacttcaca > SRR13214404.1975252/1‑140 (MQ=4)
GTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGatacttcaca > SRR13214404.2021919/1‑140 (MQ=4)
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AATTTTAGTTTAACACCTTAATTATGCTGATATCCTCCGTAAACCTTAAATTTCAAGCAATACCGAAAAACCGAAGAGCTTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATGCCTCGAATAGTCTCCATGCCCTTTATCGTGGTTGAGGCAGTACGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCTATTAGATTGTTAAGGTATTTCACG > CP043523/1882348‑1882576
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
