Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
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91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 369 total aligned reads displayed.
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|
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CCATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatacttcacggtt < SRR13214404.1828238/150‑29 (MQ=60)
CCATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTT < SRR13214404.1058708/150‑1 (MQ=0)
CATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCagtgaggttattgagatacttcacggttc > SRR13214404.738433/1‑121 (MQ=60)
CATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTC < SRR13214404.4211616/150‑1 (MQ=0)
CATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTC > SRR13214404.3292842/1‑150 (MQ=0)
TTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGAT < SRR13214404.752472/150‑1 (MQ=60)
TTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGAT < SRR13214404.932901/150‑1 (MQ=60)
TTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatacttcgcggttcgatgct > SRR13214404.690246/1‑115 (MQ=60)
TCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTC > SRR13214404.4719574/1‑150 (MQ=16)
TCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTC < SRR13214404.4506718/150‑1 (MQ=60)
CGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCT > SRR13214404.4319775/1‑150 (MQ=60)
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GGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTG > SRR13214404.3582175/1‑150 (MQ=60)
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C‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTT < SRR13214404.2697368/150‑1 (MQ=60)
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TGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTAT < SRR13214404.1264594/150‑1 (MQ=60)
TGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTAT > SRR13214404.1857857/1‑150 (MQ=60)
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TCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAacc > SRR13214404.2817065/1‑147 (MQ=60)
TCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAacc > SRR13214404.1422536/1‑147 (MQ=60)
CCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAaccg > SRR13214404.2998058/1‑146 (MQ=60)
CTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAaccgt > SRR13214404.3866503/1‑145 (MQ=60)
AATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAaccgttact > SRR13214404.1569176/1‑141 (MQ=60)
ATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAaccgttactc < SRR13214404.586003/150‑11 (MQ=60)
|
AATTTTAGTTTAACACCTTAATTATGCTGATATCCTCCGTAAACCTTAAATTTCAAGCAATACCGAAAAACCGAAGAGCTTTCCATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATGCCTCGAATAGTCTCCATGCCCTTTATCGTGGTTGAGGCAGTACGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCTATTAGATTGTTAAGGTATTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAATTCATTACTCTGTA > CP043523/1882348‑1882616
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
