Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R2
|
775 |
327.3 |
10718052 |
97.2% |
10417946 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
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mutation |
annotation |
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description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,761,825 |
A→G |
T437A (ACT→GCT) |
pykF → |
pyruvate kinase PykF |
|
| |
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position |
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reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,761,825 | 0 | A | G | 99.4%
| 1140.0
/ NA
| 339 | T437A (ACT→GCT) | pykF | pyruvate kinase PykF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (95/240); total (95/244) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
TCCCGGATGCCACCATCCTGGCACTGACCACCAACGAAAAAACGGCTCATCAGTTGGTACTGAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGACTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAATTTGTATATCGAA > NZ_CP025268/1761688‑1761961
|
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cGAAAAAACGGCTCATCAGTTGGTACTGAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTg > 2:510481/1‑140 (MQ=255)
gCTCATCAGTTGGTACTGAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGt < 1:4561443/140‑1 (MQ=255)
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caGTTGGTACTGAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTgg < 1:1188366/140‑1 (MQ=255)
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caGTTAGTACTGAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGCGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTgg < 2:4701063/140‑1 (MQ=255)
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tGGTACTGAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCa < 1:3886629/140‑1 (MQ=255)
tGGTACTGAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCa < 1:2568343/140‑1 (MQ=255)
tGGTACTGAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCa < 1:2303133/140‑1 (MQ=255)
ggTACTGAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCAc < 1:2775007/140‑1 (MQ=255)
tGAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTa < 1:3434943/140‑1 (MQ=255)
gAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAc > 1:2866338/1‑140 (MQ=255)
aGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAACGGTGACGTGGTAGCTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAcc > 2:725134/1‑140 (MQ=255)
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aGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAcc > 1:5252248/1‑140 (MQ=255)
aGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAcc > 1:1832843/1‑140 (MQ=255)
aGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAcc > 2:849438/1‑140 (MQ=255)
aGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAcc > 2:2820297/1‑140 (MQ=255)
cAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGa < 1:4821271/140‑1 (MQ=255)
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aaaGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAg < 2:4785360/140‑1 (MQ=255)
aaaGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAg < 1:635186/140‑1 (MQ=255)
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gCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGc < 2:2731914/140‑1 (MQ=255)
ttGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCact > 2:5272461/1‑140 (MQ=255)
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tgCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCactact < 2:3317339/140‑1 (MQ=255)
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tGTTAAAGATATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCAt > 2:628638/1‑140 (MQ=255)
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tGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCAt < 1:41720/140‑1 (MQ=255)
tGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCAt < 2:184274/140‑1 (MQ=255)
gTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATc < 2:3488049/140‑1 (MQ=255)
agagATCACTTATACTGATGATGTCTACCGGCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCAGT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCCAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTc < 2:3052565/140‑1 (MQ=255)
gaTCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACg < 1:1581333/140‑1 (MQ=255)
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tCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTTCCTCTGCAGAGCGGCCTGGCACACCAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTGCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑TGTACAAAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACGTc < 2:4377369/140‑1 (MQ=255)
cACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACGTcc > 1:2756474/1‑140 (MQ=255)
aCTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACGTCCt < 2:4235427/140‑1 (MQ=255)
atgatTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTCCTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAGTATTGc > 1:142675/1‑140 (MQ=255)
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GATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATAT < SRR14920189.1206316/151‑1 (MQ=60)
GATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATAT < SRR14920189.4822706/151‑1 (MQ=60)
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GGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAATTTGTATATCGAAGCGCCCTGATGGG > SRR14920189.1145495/1‑151 (MQ=60)
GGCTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAATTTGTATATCGAAGCGCCCTGATGGG > SRR14920189.4185977/1‑151 (MQ=60)
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GTACGTAAATACTTCCCGGATGCCACCATCCTGGCACTGACCACCAACGAAAAAACGGCTCATCAGTTGGTACTGAGCAAAGGCGTTGTGCCGCAGCTTGTTAAAGAGATCACTTCTACTGATGATTTCTACCGTCTGGGTAAAGAACTGACTCTGCAGAGCGGTCTGGCACACAAAGGTGACGTTGTAGTTATGGTTTCTGGTGCACT‑‑‑‑‑‑‑‑GGTACCGAGCGGCACTACTAACACCGCATCTGTTCACGTCCTGTAATATTGCTTTTGTGAATTAATTTGTATATCGAAGCGCCCTGATGGG > NZ_CP025268/1761675‑1761974
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
