Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R2
|
775 |
327.3 |
10718052 |
97.2% |
10417946 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
3,851,714 |
+C |
pseudogene (345/1502 nt) |
uhpB ← |
signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 3,851,710 | 1 | . | C | 95.0%
| 761.9
/ 30.4
| 239 | pseudogene (349/1502 nt) | uhpB | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/4); new base C (111/116); total (119/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑C‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCC > NZ_CP025268/3851571‑3851841
|
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cGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑c‑c < 1:2661255/140‑1 (MQ=255)
gggaTAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAACTCAGCAACAGCGCATTCCACGTCTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCATCGACTGGAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑c‑c‑c < 2:2575080/138‑1 (MQ=255)
gagaTAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑c‑c‑c > 1:3853650/1‑140 (MQ=255)
agaTAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑c‑c‑c‑c < 1:4549980/140‑1 (MQ=255)
aTAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑c‑c‑c‑cct > 2:1557589/1‑138 (MQ=255)
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tGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTaa > 1:2574487/1‑140 (MQ=255)
gCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAAc > 2:637258/1‑140 (MQ=255)
gAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCa > 2:3993230/1‑140 (MQ=255)
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ccAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTg > 1:4007575/1‑140 (MQ=255)
ccAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTg > 2:3180949/1‑140 (MQ=255)
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cAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTgc > 2:1462516/1‑140 (MQ=255)
gACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTgcgc > 1:1092465/1‑140 (MQ=255)
gACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTgcgc < 2:1860284/140‑1 (MQ=255)
gACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTgcgc > 2:3036505/1‑140 (MQ=255)
tatCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGt < 1:4982458/140‑1 (MQ=255)
atCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTc > 1:935174/1‑140 (MQ=255)
atCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAAAAGCGCATTCCACGACCCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCCACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTc > 2:2665817/1‑140 (MQ=255)
tCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCa > 2:3276092/1‑140 (MQ=255)
tCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCa > 1:3720399/1‑140 (MQ=255)
ggggCCAGCGTCAGGCCGCGAGTTAAAGTCAGCAACAGCGAATTCCACGACTCGTTGCAGTGCGAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑C‑C‑CACTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACg > 2:1059748/1‑140 (MQ=255)
gCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTg > 1:1042864/1‑140 (MQ=255)
cAGCGTCAGGCCGCCAGTTAACGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTACCAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGAt > 1:4750594/1‑140 (MQ=255)
gCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATgg > 1:2270008/1‑140 (MQ=255)
gCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATgg > 1:1097374/1‑140 (MQ=255)
cGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTGTTTGCCGTGCCAACGGCAGGGCAGCGACTTCAAAACCGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGCAACCGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGc > 2:5042142/1‑140 (MQ=255)
cGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGc > 1:2799337/1‑140 (MQ=255)
cGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGc > 1:3277843/1‑140 (MQ=255)
ccggCCGCCAGTTAATGTCAGCAATAGCCCGTCCCATGTCTCCTTGCCGTGCCCAAGCCAGGGCAGCGCCCGCACCATCGCCGCCGCCCTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAATGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGAt < 2:4907120/138‑1 (MQ=255)
cAGGCCGCCAGTTAAAGTCCGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAGGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAATGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGAt < 1:548303/140‑1 (MQ=255)
cAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGCCTCTTTGCCGTGCCAAAGCCTGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACTCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGAt < 1:1765676/140‑1 (MQ=255)
cAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGAt < 1:3226548/140‑1 (MQ=255)
cAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGAt < 1:1288825/140‑1 (MQ=255)
ggCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAg < 2:1739991/140‑1 (MQ=255)
cgccAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAgcgc < 2:4642178/140‑1 (MQ=255)
ccAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCga > 1:580290/1‑140 (MQ=255)
gTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGAt < 2:3057258/140‑1 (MQ=255)
gTTAAAGGCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGAt < 2:4224714/140‑1 (MQ=255)
tAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACATCAAGGTGCGCCAGTTACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCa < 1:4444749/140‑1 (MQ=255)
tCAGCAACTGCGCATTCCACGGCTCTTTGCCGTGTCAAAGCCAGGGCAGCGACTGTTACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCt < 2:3909642/140‑1 (MQ=255)
aGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTAc < 1:4074800/140‑1 (MQ=255)
cAACAGCGCATTCCACGACTATTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTACAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGCTCAGCGCTACgg > 2:3106703/1‑140 (MQ=255)
cAGCGCTTTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGct < 2:5177920/140‑2 (MQ=255)
gcgcATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGt < 2:2445434/140‑1 (MQ=255)
gcgcATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGt < 1:4705222/140‑1 (MQ=255)
cgcATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTa > 2:4550336/1‑140 (MQ=255)
cgcATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTa > 2:1692487/1‑140 (MQ=255)
ttCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGt < 1:5050498/140‑1 (MQ=255)
ttCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGt < 1:2431208/140‑1 (MQ=255)
ttCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGt < 2:3366635/140‑1 (MQ=255)
ttCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGt < 2:630388/140‑1 (MQ=255)
ccACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGCTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCa < 2:1254268/140‑1 (MQ=255)
cctctTTGCCGTGCCCGTGCCAGGGCACCGCCGGCAACATCGCCGCGGCCGTTAACGCCT‑C‑CTC‑CTGTAACAGCTAGGTGCGCCTGTTACGCTGCTGGCGATCGCGCAAGCTCATCGCTACGGGCAGTAACGTCAGGaag < 2:86189/139‑2 (MQ=255)
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tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTAc < 1:4157020/140‑1 (MQ=255)
tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTAc > 2:913006/1‑140 (MQ=255)
tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTAc > 1:3586537/1‑140 (MQ=255)
tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTAc > 2:3123983/1‑140 (MQ=255)
tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTAc > 2:1610587/1‑140 (MQ=255)
tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTAc > 1:2985949/1‑140 (MQ=255)
tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGGCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACtgc > 2:3199905/1‑138 (MQ=255)
tGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCg < 1:2313788/140‑1 (MQ=255)
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cGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGatc < 1:679243/140‑1 (MQ=255)
cGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGatc < 2:1188248/140‑1 (MQ=255)
tGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGatcat > 1:5256259/1‑140 (MQ=255)
tGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGatcat > 1:5269067/1‑140 (MQ=255)
tGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGatcat > 2:4563219/1‑140 (MQ=255)
gCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGatcatc > 1:817392/1‑140 (MQ=255)
ccAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGAtcatca > 2:3088371/1‑140 (MQ=255)
ccAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGAtcatca > 1:530544/1‑140 (MQ=255)
cAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCaa < 2:5188433/140‑1 (MQ=255)
cAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCaa < 1:5156688/140‑1 (MQ=255)
aaGCCAGGGCAGCGACTGGAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCC‑C‑C‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCTATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGGAAACTACCGATCATCAATa > 2:200736/1‑140 (MQ=255)
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CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACTCCG > SRR14920189.1927092/1‑151 (MQ=60)
CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACTCCG > SRR14920189.4663137/1‑151 (MQ=60)
CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACTCCG > SRR14920189.1383147/1‑151 (MQ=60)
CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACTCCG > SRR14920189.1207286/1‑151 (MQ=60)
CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACTCCG > SRR14920189.3741351/1‑151 (MQ=60)
CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCctgtctcttata > SRR14920189.1205563/1‑139 (MQ=60)
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CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACTCCGCG > SRR14920189.3336046/1‑151 (MQ=60)
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CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACTCCGCG > SRR14920189.3894681/1‑151 (MQ=60)
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TTATTGGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑C‑CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACTCCGCG > NZ_CP025268/3851566‑3851864
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |