Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F15 I1 R1 782 634.5 21863942 98.1% 21448527 138.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NZ_CP025268 390,887 G→A A356V (GCG→GTG)  CXP41_RS02035 ← IS3‑like element IS3 family transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NZ_CP025268390,8870GA100.0% 40.9 / NA 23A356V (GCG→GTG) CXP41_RS02035IS3‑like element IS3 family transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (20/3);  total (20/3)

GGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACGCCGTT  >  NZ_CP025268/390751‑390892
                                                                                                                                        |     
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                                                                                                                                        |     
GGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACGCCGTT  >  NZ_CP025268/390751‑390892

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output
AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACGCCGTTGCCCGCATTA  >  NZ_CP025268/390737‑390902
                                                                                                                                                      |               
AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTACTCACATTCGATATAATTAAACA                 >  SRR14920162.7398358/1‑151 (MQ=43)
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   CTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCG              >  SRR14920162.5500798/1‑151 (MQ=31)
   CTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCG              >  SRR14920162.7820857/1‑151 (MQ=31)
   CTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCG              >  SRR14920162.6401491/1‑151 (MQ=31)
    TACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGT             <  SRR14920162.1125506/151‑1 (MQ=27)
    TACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGT             <  SRR14920162.2308096/151‑1 (MQ=27)
    TACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGT             <  SRR14920162.3874283/151‑1 (MQ=27)
     ACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTACCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTT            >  SRR14920162.3809378/1‑151 (MQ=24)
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         GGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCC        <  SRR14920162.6514857/151‑1 (MQ=16)
         GGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCC        <  SRR14920162.8020430/151‑1 (MQ=16)
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                                                                                                                                                      |               
AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACGCCGTTGCCCGCATTA  >  NZ_CP025268/390737‑390902

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑