Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I1 R3
|
782 |
676.6 |
23254289 |
97.6% |
22696186 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,292,876 |
C→T |
intergenic (‑18/+29) |
CXP41_RS06830 ← / ← CXP41_RS06835 |
RtT sRNA/RtT sRNA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,292,876 | 0 | C | T | 94.6%
| 817.9
/ NA
| 394 | intergenic (‑18/+29) | CXP41_RS06830/CXP41_RS06835 | RtT sRNA/RtT sRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/5); major base T (104/248); minor base G (15/5); total (132/262) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
AGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCT > NZ_CP025268/1292740‑1293012
|
AGGATTACTCAGAGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCATCCCCGCATGGGCAGAATAGGTGATTGCGGATTCGTTTg < 2:11319127‑M1/140‑1 (MQ=255)
GGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCTAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTga > 1:9293794‑M1/1‑140 (MQ=255)
GATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTgag > 1:5815981‑M1/1‑140 (MQ=255)
GATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTgag > 2:2571738‑M1/1‑140 (MQ=255)
GATGACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTgag > 2:8817666‑M1/1‑140 (MQ=255)
aCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGATAAtt > 2:9783950/1‑140 (MQ=11)
tCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTcc > 2:10459210/1‑140 (MQ=11)
aGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCGCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCGGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGTGAATTCCgg > 1:8795801/1‑140 (MQ=11)
gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCggg < 2:10244035/140‑1 (MQ=11)
gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTGGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCACAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGTATTCGTTTGAGAATTCCggg < 2:2600130/140‑1 (MQ=11)
cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCgggg < 1:2849125/140‑1 (MQ=11)
cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAAACTTGGTCGAAGCTTCACAACCTTCCCCGCGTGGGCCGAAAATGTGATTGCGGATTCGTTTGTGAATTCAgggg > 1:6862482/1‑140 (MQ=11)
cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCGTGGGCGAAGCGTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCCGGATATTTGGTTGCGGGTTCGGTGGGGGATTCCggggggttt > 1:11316215/1‑135 (MQ=11)
cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCGCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCGTGGTCGAAGCGTCTCATCCATCCCCGCGTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTGGGTTGAGATTTCCGGGGCgttt > 1:8917584/1‑140 (MQ=11)
cgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGa < 2:1348923/140‑1 (MQ=11)
gcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGaa < 2:5617031/140‑1 (MQ=11)
ttCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGACGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGATTGAGACTTCCGGGGCTTTTGAAAg > 2:8718165/1‑140 (MQ=11)
cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTg < 2:11532220/140‑1 (MQ=11)
cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCGCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTATCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGTTTTCGGGTTCGGTTGGGAATTCAGGGGGGTTTGAAAGTg > 1:9203284/1‑140 (MQ=11)
gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGa < 1:8612020/140‑1 (MQ=11)
cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAt < 1:3393627/140‑1 (MQ=11)
cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAt < 1:6198835/140‑1 (MQ=11)
ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCACGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGAGTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtg < 2:694971/140‑1 (MQ=11)
ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtg < 2:743103/140‑1 (MQ=11)
tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCGTGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTACGGGGCGTTTGAAAGTGAaggtg > 1:8005089/1‑140 (MQ=11)
gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGATTTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtggt < 1:8331630/140‑1 (MQ=11)
gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtggt < 2:8228324/140‑1 (MQ=11)
gggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGAtggtggt < 1:6045271/140‑1 (MQ=11)
tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 1:10672504/140‑1 (MQ=11)
tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 1:6686490/140‑1 (MQ=11)
ggtGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAGCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:6368320/138‑1 (MQ=11)
gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGa < 2:10553191/122‑1 (MQ=11)
gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGGAAGTGATGGTGGTggggg < 1:1993903/140‑1 (MQ=11)
gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 1:2324201/140‑1 (MQ=11)
gTTGCCTGCGGCAACGCTATCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGACTAATTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCGGGGGCTTATGAAAGTGAGGGTGGAggtgg > 2:8473747/1‑140 (MQ=11)
cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:10503781/140‑1 (MQ=11)
cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:90142/140‑1 (MQ=11)
cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCGCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAAGTCCGGGGCTTGTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:4769445/140‑1 (MQ=11)
gCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAtt < 2:504050/140‑1 (MQ=11)
gCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACt < 1:3431495/140‑1 (MQ=14)
gCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACt < 1:4041266/140‑1 (MQ=14)
aaCGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCa < 1:2679367/140‑1 (MQ=14)
aaCGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGGTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCa > 2:9168402/1‑140 (MQ=14)
cGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCCGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCGTTTGAAAGTGTTGGTGGTGGGGGAAGGATTagaaacg > 1:4641332/1‑134 (MQ=11)
cGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTcctc > 2:7227092/1‑137 (MQ=14)
gCTCTCTCGCTGACGCTCGCGCCGCACCTTCGTCGACGCTTCTCCGCCTTCCCCGCTTGGGCAGACTATTTGATAGCGGAAACGGTTGAGATTTCCGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcg < 2:9518033/140‑1 (MQ=11)
tctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCCTCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGAGTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgc < 1:7175692/140‑1 (MQ=14)
tctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgc < 1:9369045/140‑1 (MQ=14)
tctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgc < 1:10569097/140‑1 (MQ=14)
cGCTGGCGCTCACGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTCGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgcgcg < 1:7420573/140‑1 (MQ=14)
gggCGCTCACGTCGAACCTTGGTCGAAGCGTCTCCTCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCtt < 2:1938868/139‑1 (MQ=14)
ggCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCCGCGCTCTGCGCGTc > 2:10883113/1‑140 (MQ=14)
ggCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTc < 1:3773678/140‑1 (MQ=14)
ggCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGATTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTc < 1:4793552/140‑1 (MQ=17)
gcgcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGCATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg < 2:6482383/140‑1 (MQ=14)
gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGTATAACTCAGCGCTGCGCGCATAGcc > 1:6761848/1‑140 (MQ=14)
gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGcc > 1:10339560/1‑140 (MQ=14)
gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGATCTGCGAGCTTCGcc > 2:4724262/1‑140 (MQ=14)
caagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCtt < 1:7814370/135‑1 (MQ=14)
aagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc > 2:5798537/5‑140 (MQ=14)
aaCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCg > 1:5762933/1‑140 (MQ=255)
aaCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCg < 1:1225191/140‑1 (MQ=255)
aaCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAATCAGCGCTGCGCGCATCGCCCTTCGGGACg > 1:3644014/1‑140 (MQ=14)
cctttgtCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCCTGGGCAGCATATTTGATTGCGGAGTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCGGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGtt < 2:4337082/134‑1 (MQ=11)
ttggtCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGc > 2:5486529/5‑140 (MQ=255)
ggtCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg > 2:8037826/3‑95 (MQ=255)
gtggAATCTTATCATCATTCCCCGCATGGGCATAATATTTGATTGAGGATTCGCTTGATAGTTCAGGGAATTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGTGTAGGATTACTCATCGCTGCGCGATTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTg < 1:591215/137‑1 (MQ=11)
gAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCgg < 2:7649448/140‑1 (MQ=255)
gCTTATCATCCTTCCCCGTTTGGGCAGATTATTTTATTGCGGATTAGTTTGAGAATTCCGGTGCTTTTGTAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCaa < 2:5139407/140‑1 (MQ=14)
cTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATGCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAAc < 2:1554892/140‑1 (MQ=255)
ttCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACg < 1:5486961/140‑1 (MQ=255)
gtctcATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACg < 1:10416382/139‑1 (MQ=255)
tctcATCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGAGTCGATTGTGCATTCCGGGGCTTTAGACAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGc < 2:4112434/140‑1 (MQ=14)
ctcATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGct < 2:3380518/140‑1 (MQ=255)
ttCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGAGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCATGGGGCAACGGGCTCTAGc > 2:3121015/1‑140 (MQ=14)
tCCCCGCTTGGGCTGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAATCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGAGGCAACGATCTCTCGCt > 1:10018768/1‑140 (MQ=14)
tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCt > 1:3048941/1‑140 (MQ=255)
ccccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAATCATCGCTTCGCTCATCACCCTTCGGGACGTTGCCTGAGGCAACGATCTCTCGCtt > 2:6793035/1‑139 (MQ=11)
cccGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGa < 1:4249953/140‑1 (MQ=255)
cccGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGCTCTCTCGCTgt > 2:6417745/1‑139 (MQ=255)
cccGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATGCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGTTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTGGCGGa > 1:7500641/1‑140 (MQ=14)
gcttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGGTTGAGAATTACGGGGCGTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGATGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGc > 1:7872014/4‑140 (MQ=17)
cttGGGCAGAATATTTGATTTCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCt < 2:6055125/138‑1 (MQ=255)
cttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTAGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAAAGCTCTCTCTCTGACGca > 1:9863778/3‑139 (MQ=14)
ttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgcgcg < 1:11461463/90‑1 (MQ=255)
ttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTc > 2:990557/2‑140 (MQ=255)
ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAg > 2:1740229/1‑140 (MQ=255)
ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCACTCACGCTGACGcaagag > 1:3569087/1‑135 (MQ=14)
ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGAcccaccag > 1:5314493/1‑133 (MQ=255)
aGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 2:1278096/140‑1 (MQ=255)
aGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 1:2950096/140‑1 (MQ=255)
aGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGGGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 1:10123705/140‑1 (MQ=255)
gAATATTTGATTGCTGATTCGTTGTAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTAGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGTGCCGa < 1:9535163/140‑1 (MQ=14)
tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 1:3883575/140‑1 (MQ=255)
gCGGATTCGTTTGAGTATTCGGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 2:3458081/140‑1 (MQ=255)
gCGGATTCGTTTGAGAATTCGGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:8201227/140‑1 (MQ=255)
gCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 2:3716774/140‑1 (MQ=255)
gCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 2:2190494/140‑1 (MQ=255)
gATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCt < 1:1914069/140‑1 (MQ=255)
ttCGTTTGAGAATTCCGGTGCTTTTGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCCTCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTtc < 1:11000896/140‑1 (MQ=14)
|
AGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCT > NZ_CP025268/1292740‑1293012
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
